PLoS ONE: Gene Expression Profilering af leverkræft Stamceller ved RNA-sekventering

Abstrakt

Baggrund

Akkumulerende beviser understøtter, at tumorvækst og kræft tilbagefald er drevet af cancer stamceller. Vores tidligere arbejde har vist, at der findes CD90

+ leverkræft stamceller (CSCS) i hepatocellulært carcinom (HCC). Ikke desto mindre er de særlige kendetegn ved disse celler stadig dårligt forstået. I denne undersøgelse anvendte vi et mere følsomt RNA-sekventering (RNA-Seq) at sammenligne genekspressionen profilering af CD90

+ -celler sorteret fra tumor (CD90

+ CSCS) med parallelle ikke-tumor-levervæv (CD90

+ NTSCs) og belyse de roller formodede målgener i hepatocarcinogenese.

Metodologi /vigtigste resultater

CD90

+ celler blev sorteret fra henholdsvis tumor og tilstødende ikke-tumorform menneske levervæv anvendelse af fluorescens-aktiveret cellesortering. De amplificerede RNA’er af CD90

+ -celler fra 3 HCC patienter blev udsat for RNA-Seq analyse. En differentiel genekspression profil blev etableret mellem CD90

+ CSCS og CD90

+ NTSCs og valideret ved kvantitativ realtids-PCR (QRT-PCR) på det samme sæt af amplificerede RNA’er, og yderligere bekræftet i et uafhængigt kohorte 12 HCC-patienter. Fem hundrede gener differentielt udtrykt (119 up-reguleret og 381 ned-regulerede gener) mellem CD90

+ CSCS og CD90

+ NTSCs. Gene ontologi analyse viste, at over-udtrykte gener i CD90

+ CSCS blev associeret med inflammation, lægemiddelresistens og lipidmetabolisme. Blandt de differentielt udtrykte gener, glypican-3 (GPC3), et medlem af glypican familie, blev markant forhøjet i CD90

+ CSCS sammenlignet med CD90

+ NTSCs. Immunhistokemi viste, at GPC3 var stærkt udtrykt i toogfyrre human lever tumorvæv, men fraværende i tilstødende ikke-tumorform levervæv. Flowcytometri tilkendegivet, at GPC3 var stærkt udtrykt i leveren CD90

+ CSCS og modne kræftceller i leverkræft cellelinjer og humane lever tumorvæv. Endvidere blev GPC3 udtryk positivt korreleret med antallet af CD90

+ CSCS i lever tumorvæv.

Konklusioner /Betydning

De identificerede gener, såsom GPC3 der er tydeligt til udtryk i leveren CD90

+ CSCS, kan lovende gen kandidater til HCC terapi uden at fremkalde skader på normale lever stamceller

Henvisning:. Ho DWY, Yang ZF, Yi K, Lam CT, Ng MNP, Yu WC, et al. (2012) Gene Expression Profilering af leverkræft Stamceller ved RNA-sekventering. PLoS ONE 7 (5): e37159. doi: 10,1371 /journal.pone.0037159

Redaktør: Dean G. Tang, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, USA

Modtaget: September 1, 2011; Accepteret: April 15, 2012; Udgivet: May 14, 2012