PLoS ONE: Risiko for kræft i æggestokkene og Arvet Varianter i Relapse-associerede Genes

Abstrakt

Baggrund

Vi har tidligere identificeret et panel af gener forbundet med udfaldet af kræft i æggestokkene. Formålet med den aktuelle undersøgelse var at vurdere, om varianter i disse gener korreleret med æggestokkene kræftrisiko.

Metoder og Resultater

Kvinder med og uden invasiv ovariecancer (749 sager, 1.041 kontroller) var genotypet på 136 single nukleotid polymorfier (SNP) inden 13 kandidatgener. Risk blev estimeret for hver SNP og for den samlede variation indenfor hvert gen. På gen-niveau, variation inden for

MSL1

(mand-specifik dødelige-1 homolog) var forbundet med risiko for serøs kræft (p = 0,03); haplotyper inden

PRPF31 Hotel (PRP31 præ-mRNA behandling faktor 31 homolog) var forbundet med risiko for invasiv sygdom (p = 0,03).

MSL1

rs7211770 var forbundet med nedsat risiko for serøs sygdom (OR 0,81, 95% CI 0,66-0,98; p = 0,03). SNPs i

MFSD7

,

BTN3A3

,

ZNF200

,

PTPRS

, og

CCND1A

var omvendt forbundet med risiko (p 0,05), og der var øget risiko ved

HEXIM1

rs1053578 (p = 0,04, OR 1,40, 95% CI 1,02-1,91).

Konklusioner

Tumor undersøgelser kan afsløre nye gener værdig opfølgning for kræft modtagelighed. Her fandt vi, at nedarvede markører i genet, der koder MSL1, en del af et kompleks, der modificerer histon H4, kan nedsætte risikoen for invasiv serøs ovariecancer

Henvisning:. Peedicayil A, Vierkant RA, Hartmann LC, Fridley BL, Fredericksen ZS, White KL, et al. (2010) Risiko for kræft i æggestokkene og Arvet Varianter i Relapse-associerede gener. PLoS ONE 5 (1): e8884. doi: 10,1371 /journal.pone.0008884

Redaktør: Alfons Navarro, University of Barcelona, ​​Spanien

Modtaget: Oktober 5, 2009; Accepteret: 16. december 2009; Udgivet: 27 Januar 2010

Copyright: © 2010 Peedicayil et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af National Cancer Institute [R01 CA122443, R01 CA88868], den i æggestokkene Cancer Research Fund, og Fred C. og Katherine B. Andersen Foundation. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

på verdensplan er der ca. 125.000 dødsfald hvert år som følge af kræft i æggestokkene [1]; øget forståelse af faktorer relateret til dens resultat og ætiologi bør reducere byrden af ​​denne sygdom. Vi har tidligere rapporteret resultater af tumor-mRNA-ekspression undersøgelser tydede på, at ændret ekspression af et bestemt sæt af gener forventede respons på kemoterapi blandt kvinder med fremskreden fase high-grade epitelial ovariecancer [2]. Disse gener inkluderet

SF3A3

,

MFSD7 Hotel (tidligere kendt som

FLJ22269

),

ID4

,

BTN3A3

,

OSGIN2 Hotel (tidligere kendt som

C8orf1

),

FARP1

,

PRKCH

,

C15orf15

,

ZNF200

,

MSL1 Hotel (tidligere kendt som

LOC339287

),

HEXIM1 Hotel (tidligere kendt som

His1

),

PTPRS

,

CC2D1A Hotel (tidligere kendt som

FLJ20241

), og

PRPF31

. Ekspressionsniveauer afveg blandt tumorer fra kvinder med forskellige resultater; nemlig i kombination, ekspressionen af ​​disse gener forudsagt tidligt tilbagefald ( 21 måneder). efter optimal kirurgi og platin-paclitaxel kemoterapi med en nøjagtighed på 86% og en positiv prædiktiv værdi på 95% [3], [2]

ætiologien af ​​ovariecancer er kendt for at være kompleks og, i det mindste delvist, omfatter arvet modtagelighed faktorer. Mutationer i

BRCA1

,

BRCA2

,

MLH1

, og

MSH2

konto for ca. 50% af familiær ovariecancer [4], [5] , og de resterende sager med en familie historie er sandsynligvis på grund af en kombination af flere alleler der giver lav til moderat penetrant modtagelighed [6], [7] som varianter i

BNC2

[8] og eventuelt

TP53

[9],

CDKN2A

[10],

CDKN1B

[10], og

AURKA

[11]. Som et supplement til genom-dækkende søgninger, en nyttig metode til identifikation af yderligere lav risiko alleler er studiet af højt informative arvelige varianter i kandidatgener identificeret fra tumor udtryk undersøgelser. For at vurdere, om variation i gener med forskellige ekspressionsniveauerne af resultatet påvirket risiko for kræft i æggestokkene, vi gennemført en case-kontrol undersøgelse af arvelige varianter i gener i prædiktiv model nævnt ovenfor [2] samt i

HTRA1

(kodende serinproteasen HtrA1), som vi har vist er nedreguleret i et flertal af ovarietumorer [12], [13] og har en central rolle i apoptose [13]. Som den første undersøgelse af kimcellelinje variation i denne roman sæt af gener (Tabel 1), vi havde til formål at mere bredt belyse deres rolle i epitelial æggestokkene kræftfremkaldende processer.

Resultater

Demografiske, reproduktive, livsstil, og tumor karakteristika 749 epitelial invasive kræftpatienter i æggestokkene og 1.041 kontroller er beskrevet i tabel 2. Generelt blev de forventede fordelinger af risikofaktorer overholdes; en større andel af patienterne end kontroller havde aldrig brugt orale præventionsmidler (p 0,001), havde brugt hormonbehandling (p 0,001), var har født (p = 0,01), og havde en første eller anden grad familiens historie af kræft i æggestokkene (p 0,05.

MSL1

gen-niveau hovedkomponenter (sammenfattet kombinationer af genotyper baseret på to SNP’er) var forbundet med risiko for invasiv serøs sygdom (p = 0,03). På et af de to SNP’er i dette gen, rs7211440 (r

2 = 0,53 med rs17678694, figur S1), transport af den mindre allel var forbundet med nedsat risiko for både invasiv og invasiv serøs sygdom (OR 0,85, 95% CI 0,72-1,00, p = 0,05, OR 0,81, 95% CI 0,66-0,98, p = 0,03, henholdsvis tabel 4), hvilket tyder på denne SNP som den primære drivkraft for

MSL1

‘s gen-niveau serøs forening .

PRPF31

haplotyper (fortløbende serie af alleler baseret på otte SNPs) var forbundet med risiko for invasiv sygdom (p = 0,03). Som haplotypeanalyse kan afsløre skjulte foreninger, vi nærmere undersøgt de seksogtyve almindelige haplotyper inden

PRPF31

(tabel S2). I forhold til de mest almindelige haplotype 11111111 (store alleler på alle

PRPF31

SNP’er), de haplotype 10101111 (mindre alleler på intron tagging enkelt nukleotid polymorfier (tagSNPs) rs12985735 og rs254272) Tildelt reduceret risiko for invasiv ovariecancer (OR 0,22, 95% CI 0,06-0,82, p = 0,02). Disse to SNPs blev kun beskedent korreleret (r

2 = 0,23, figur S1), og hverken var uafhængigt associeret med risiko (rs12985735 pr allel OR 1,13, 95% CI 0,98-1,30, p = 0,10; rs254272 pr allel OR 1,05 , 95% CI 0,89-1,25, p = 0,56), hvilket tyder på, at en ungenotyped variant i umiddelbar nærhed af

PRPF31

haplotype kan bidrage til foreningen. Som to andre

PRPF31

haplotyper var forbundet med kræft i æggestokkene risiko ved p 0,10 (00.111.101 OR 2,81, 95% CI 0,85-9,22, p = 0,09; 10.101.101 OR 2,86, 95% CI 0,94-8,71, p = 0,06), andre varianter i genet kan også bidrage til den observerede globale haplotype association.

Uden for to gen-niveau er forbundet gener (

MSL1

PRPF31

) , et lille antal SNPs i seks andre gener var forbundet på single-SNP-niveau (p 0,05, tabel 4), herunder tre SNPs forbundet med nedsat risiko for både invasiv og invasiv serøs sygdom (i

CC2DIA

,

MFSD7

, og

ZNF200

). Den stærkeste association SNP-niveau blev observeret ved den ikke-synonyme rs2305777 (T801M) i NF-KB aktiverende gen

CC2D1A

(invasiv OR 0,84, 95% 0,72-0,99, p = 0,03; serøs invasive OR 0,76 , 95% CI 0,62-0,99 p = 0,005). Baseret på sekvenskonservering tværs af arter [14], er denne SNP forudsiges at være relativt undamaging til proteinfunktion. Fordi denne SNP ikke var korreleret med andre genotypede SNPs (r

2 0,12, figur S1) og ikke mærke andre fælles HapMap SNPs på r

2 0,9, kan sekventering være forpligtet til at præcisere betydningen af ​​denne SNP association. Tilsvarende

MFSD7

rs6840253 var forbundet med en reduktion af kræft i æggestokkene risiko (invasiv OR 0,81, 95% CI 0,66 til 1,0, p = 0,05; serøs invasive OR 0,76, 95% CI 0,58-0,98, p = 0,03 ), som var

ZNF200

rs186493 (invasiv OR 0,83, 95% 0,71-0,82, p = 0,02; invasiv serøs OR 0,82, 95% CI 0,68 til 0,98, p = 0,03). Begge er promotorområdet SNPs (inden for 5 kb 5 ‘opstrøms) og uafhængig af andre HapMap SNPs på r

2 0,9. Fordi hver er korreleret på r

2 . 0.6 med andre genotypede SNPs, yderligere genotypebestemmelse af beskedent korrelerede SNPs kunne hjælpe belyse disse foreninger

Tre SNPs var forbundet kun med nedsat risiko for invasiv serøs sygdom (i

PTPRS

og

BTN3A3

), og én SNP forbundet med øget risiko for invasiv serøs sygdom (i

HEXIM1

). Således, mens resultatet var generelt ens i begge tilfælde grupper, ofte større statistiske signifikans af resultater blandt kvinder med serøs sygdom, trods reduceret effekt på grund af en 40% mindre stikprøve, tyder på, at undertype analyse viste heterogenitet ved histologi.

SNPs, der var uanstændige kun serøs sygdom omfattede to højt korreleret

PTPRS

intron 9 SNPs (r

2 = 0,99; rs886936 OR 0,85, 95% CI 0,72-1,00, p = 0,05; rs11878779 OR 0,79, 95% CI 0,66-0,95, p = 0,01). Interessant, disse og tre andre højt korrelerede intron 9 SNPs (figur S1) var uafhængige af hinanden i HapMap på r

2 0,9, der tjener som et eksempel på ikke-overførsel af koblingsuligevægt (LD) på tværs befolkninger. Det eneste SNP med mindre alleler forbundet med øget risiko var de potentielle

HEXIM1

promoter region SNP rs1053578 (serøse OR 1,40, 95% CI 1,02-1,91, p = 0,04), som var uafhængig af andre genotypede SNPs på r

2 0,04 og andre HapMap SNPs på r

2 0,9.

BTN3A3

‘s formodede promotorområde SNP rs12206812 var forbundet med nedsat risiko for serøs invasiv sygdom (OR 0,63, 95% CI 0,44-0,90, p = 0,01); Men vi har mistanke om genotype eller genetisk fejl på kortet på grund af fejl i WGA-DNA og uafhængighed med alle andre genotype

BTN3A3

SNPs (r

2 = 0; Figur S1). Ingen gen-niveau eller SNP-level foreninger på p 0,05 blev observeret for

SF3A3

,

ID4

,

OSGIN2

,

HTRA1

, eller

C15orf15

.

diskussion

Viden om genetik kræft i æggestokkene er i en hurtig tilstand af ekspansion. Som den mest dødelige gynækologiske kræft, kan opdagelsen af ​​arvelige faktorer relateret til ætiologi og resultatet bistå med udviklingen af ​​vigtige målrettet forudsigelse og terapeutiske strategier. Nyligt arbejde har afklaret roller mangeårige kandidat SNPs i progesteron receptor, retinoblastom, p53, og cellecyklus gener [10], og aktiveret genom-dækkende forening undersøgelser [8]. Analyse af højt informative varianter i selektive sæt af nye gener supplerer disse kandidat SNP og genom-dækkende forbindelsesundersøgelser, giver forbedret dækning i højt prioriterede områder baseret på kendt tumor biologi [16]. Her valgte vi nye kandidatgener baseret på forudgående dokumentation for deres forening med tiden til tilbagefald af kræft i æggestokkene, og vi valgte omfattende sæt af varianter [2], [13]. Vores primære resultat er, at variationen i

MSL1

var relateret til risikoen for serøs invasiv ovariecancer; især, mindre alleler på rs7211440 korreleret med nedsat risiko (OR 0,81, 95% CI 0,66-0,98, p = 0,03). Tidligere blev forøget ekspression af MSL1 korreleret med tidligere tid til tilbagefald [2]; yderligere validering af den prognostiske model og replikation af ætiologiske foreningen er berettiget.

MSL1

koder en af ​​fem proteiner, der danner den meget bevaret MSL kompleks med enzymatiske evner som histonacetyltransferase (HAT ) [17]. Hatte ændre en række histon domæner gennem acetylering, som sammen med andre coaktivatorer, regulerer histon og chromatin aktivering og påvirkninger genekspression [18]. MSL kompleks specifikt acetylerer lysinrest 16 på histon H4 (H4-Lys16), som spiller en afgørende rolle i reguleringen chromatin foldning og dæmpning af genekspression [19], [20], [17]. Knock-out modeller viser, at fravær af MSL-komplekset fører til fejlfunktioner i S-fasen af ​​cellens cyklus, hvilket fører til fejl i DNA-replikation [17]. Derudover tab af monoacetylation af H4-Lys16 og afvigende funktion på H4 er kendetegnende for kræftceller. Vores data tyder på, at arvelig variation i

MSL1

kan påvirke risikoen for invasiv serøs kræft i æggestokkene og er i overensstemmelse med resultater, som uregelmæssige H4 modifikationer kan forårsage fejl i kromatin foldning og genekspression og er udbredt i kræft fænotyper [21]. Med suggestive SNPs i gener for p53 og CDKN2A [10], [9], som også regulerer histon modifikation, evidens for en rolle af nedarvede risikofaktorer i forbindelse med histoner er akkumulerende.

Styrker af dette arbejde omfatter anvendelse af to case-kontrol undersøgelse populationer (fra Mayo Clinic og Duke University), avanceret SNP udvælgelse teknikker (fx højt krævede korrelation mellem alleler, inddragelse af formodede-funktionelle SNP’er, og udvælgelse af flere tagSNPs i store LD siloer), og fremragende kvalitet genotypebestemmelse. Vores vurdering af risiko for serøs invasiv sygdom foreslog en grad af genetisk heterogenitet ved histologisk undertype; dog foreslår vi forsigtighed fortolkning af resultater (især enlige-SNP resulterer i fravær af gen-niveau betydning) på grund af det relativt store antal prøvninger. Vi bemærker også, at ingen resultater er statistisk signifikante efter justering for multiple test ved hjælp af en konservativ Bonferroni korrektion. Således er replikation af vores resultater berettiget til at bekræfte disse associationer. Avenues for fremtidig forskning strækker sig fra dette udtryk-baserede kandidat gen arbejde omfatter analyse af andre histon regulatoriske gener og detaljeret vurdering af funktionelle mekanismer. Mere overhængende, vil undersøgelse af lovende SNPs inden

MSL1

blandt et større sæt af serøse invasive patienter og kontroller og ekstra fin-skala mapping [16] medvirke til afklaring af betydningen af ​​disse gener til kræft i æggestokkene modtagelighed. Dette bør til gengæld informere oversættelse af sådanne resultater til den kliniske behandling af kvinder med øget risiko for kræft i æggestokkene.

Materialer og metoder

Undersøgelse Deltagerne

Emner deltog i to igangværende undersøgelser case-kontrol af epitelial kræft i æggestokkene indledt i januar 2000 på Mayo Clinic (Rochester, MN) og i maj 1999 Duke University (Durham, NC). Detaljer af forsøgsdesignets er blevet beskrevet mere detaljeret andetsteds [22] – [24]. Kort fortalt blev i alt 749 kvinder med histologisk bekræftet invasiv epitelial kræft i æggestokkene og 1.041 kontroller uden kræft i æggestokkene og uden bilateral oophorektomi rekrutteret fra de to studier sites (tabel 2, stedsspecifikke karakteristika i tabel S3). På Mayo Clinic, æggestokkene kræfttilfælde (patienter) var over 20 år med histologisk bekræftet hændelse epitelial ovariecancer og indskrevet i undersøgelsen inden for et år efter diagnosen. Alle sager set i gynækologiske eller medicinsk onkologi enheder, som levede i den seks-state region, der definerer den primære tjeneste befolkning Mayo Clinic (Minnesota, Iowa, Wisconsin, Illinois, North Dakota og South Dakota) blev inviteret til at deltage. Kontroller blev rekrutteret blandt kvinder set i generelle lægeundersøgelser og frekvens-matchede til patienter om alder og region bopæl (dvs. stat, amt). På Duke University, patienter var kvinder med histologisk bekræftet primær epitelial kræft i æggestokkene, mellem 20 og 74 år, og er identificeret inden for en 48-county region ved hjælp af North Carolina Central Cancer Registry. Kontroller blev identificeret ved hjælp af liste-assisteret tilfældig cifret opkald og frekvens matchet til patienter om race, alder og bopælsamt. Ingen undtagelser baseret på etnicitet blev foretaget. Ansøgere forudsat skriftligt informeret samtykke, og protokoller blev godkendt af Mayo Clinic og Duke University Institutional Review Board.

Data og Biospecimen Collection

Oplysninger om potentielle risikofaktorer blev indsamlet via in-person interviews på begge sider ved hjælp af tilsvarende spørgeskemaer. DNA blev ekstraheret fra 10 til 15 ml frisk venøst ​​blod ved hjælp af Gentra AutoPure LS Purgene udsaltning metodologi (Gentra, Minneapolis, MN). DNA fra Duke University deltagere blev overført til Mayo Clinic for hel-genom forstærkning (WGA) med Repli-G-protokol (Qiagen Inc, Valencia CA), som vi har vist givet yderst reproducerbare resultater [25]. DNA-koncentrationer blev justeret til 50 ng /pl før genotypebestemmelse og kontrolleres under anvendelse af PicoGreen dsDNA kvantificeringskit (Molecular Probes, Inc., Eugene OR). Prøver blev bar-kodet til at sikre nøjagtig og pålidelig behandling.

SNP Selection

Vi identificerede tagSNPs inden fem kb af hver kandidat gen ved hjælp af algoritmen af ​​ldSelect [26] for at bin parvis korreleret SNPs på r

2≥0.90 med mindre allel frekvens (MAF) ≥0.05 i HapMap CEU befolkning (Utah beboere med afstamning fra det nordlige og vestlige Europa) [27]. HapMap data blev brugt, fordi, i november 2007, var de mere informativt for disse gener end data fra Perlegen Sciences [28], Seattle SNP’er (https://pga.mbt.washington.edu), og NIEHS SNP’er (http: //www.egp.gs.washingon.edu). Én tagSNP pr bin blev valgt, hvis mindre end ti SNPs var i en LD bin, og to tagSNPs pr bin blev udvalgt i LD siloer med ti eller flere SNP’er. Blandt tagSNPs blev SNPs valgt at maksimere Illumina SNP score (et mål for forudsagt genotypebestemmelse succes) og derefter MAF.

FARP1 Hotel (307 kb) og

PRKCH Hotel (229 kb), der kræves over 100 tagSNPs hver og blev udelukket fra undersøgelsen for omkostningseffektivitet. For de resterende gener (Tabel 1), 117 tagSNPs og 19 formodede-funktionelle SNPs (inden for 10 kb opstrøms, 5 ‘UTR, 3’UTR, eller ikke-synonyme fra Ensembl-version 34 med europæisk-amerikanske MAF≥0.05 og Illumina SNP score ≥0.6) blev udvalgt. Således blev i alt 136 SNPs i disse 13 kandidatgener genotypebestemmes.

Genotypning

Som en del af en større undersøgelse, genotypning af 2.176 DNA-prøver (897 genomisk, 1279 WGA, og 129 dubletter ) fra 2.047 unikke undersøgelsens deltagere blev udført ved Mayo Clinic sammen med 65 laboratoriekontrol. Vi brugte Illumina GoldenGate BeadArray assay og BeadStudio software til automatiseret klyngedannelse og kalder ifølge en standardprotokol [29]. Af 2.047 deltagere genotypede, 44 prøver (2,1%) mislykkedes (kald sats 90%), og 213 deltagere (10,4%) blev fundet at være støtteberettiget eller har borderline sygdom og blev udelukket; således 1790 deltagere (herunder 749 patienter med invasiv sygdom og 1.041 kontroller) blev analyseret her. I alt 1.152 SNPs til en række projekter blev forsøgt; 25 mislykkedes SNPs inkluderet 15 (1,3%) med opkald sats 90%, ni (0,8%) med dårlig klyngedannelse, og én ( 0,1%) med uløste replikere eller mendelske fejl i genomisk DNA. Vi vurderede afgange fra Hardy Weinberg ligevægt (HWE) i selvrapporterede hvide, ikke latinamerikanske kontroller med en Pearson goodness-of-fit test eller, i tilfælde af SNP’er med en MAF 5%, et Fisher exact test, og vi udelukkede SNP’er med MAF 0,01 (N = 64, 5,6%) eller HWE p-værdi 0,0001 (N = 11, 1,0%), hvilket efterlader 1.052 SNP’er til analyse. For WGA DNA, yderligere 20 SNP’er (1,7%) blev udelukket på grund af en eller flere af de ovennævnte kriterier. Blandt de 13 kandidatgener undersøgt, blev 134 af 136 SNPs succes genotype i genomiske prøver, og alle, men seks af disse var også genotype med succes i WGA prøver (Tabel S4).

statistiske metoder

Udlodning af demografiske og kliniske variabler blev sammenlignet mellem patienter og kontroller ved hjælp af chi-square test eller t-tests, og skøn over parvis LD mellem SNPs blev opnået ved hjælp af Haploview software-version 4.1 [30]. Genetisk association analyser (beskrevet nedenfor) blev justeret for undersøgelsen site, alder, body mass index, hormonbehandling, oral prævention, antal levendefødte, alder ved første levende fødsel, og befolkningens struktur hovedkomponenter som tegnede sig for muligheden for befolkningen lagdeling ved hjælp af en metode svarende til den beskrevet tidligere [31]. Befolkning struktur hovedkomponenter blev oprettet ved hjælp af 2.517 SNPs fra dette og tidligere genotype paneler [23]; scatter plot matricer ved selvrapporteret løb viste, at de første fire populations struktur hovedkomponenter rimeligt tilnærmet racemæssige forskelle på tværs af individer og blev derfor medtaget som kovariater i alle modeller (figur S2).

Foreninger med æggestokkene kræftrisiko blev vurderet ved hjælp af logistisk regression af SNP’er, gen-niveau hovedkomponenter, og gen-niveau haplotyper. For SNP’er blev odds ratio (OR) og 95% konfidensintervaller (CI) estimeret separat for heterozygote og homozygote mindre allel genotyper, ved hjælp af homozygot store allel genotype som referent gruppen. Vi inkluderede otte SNPs med HWE 0,05 (tabel S4) på ​​grund af acceptable genotype klynge plots, det store antal prøver (Bonferroni korrigeret p-value≤3.7 × 10

-4), og ingen antagelse om HWE for enkelt-SNP analyse. Formelle genotypiske tests af foreningen blev udført under forudsætning af en ordenstal (log-additiv) virkning ved hjælp af simple test for trend. Inden for hver gen, brugte vi en principal komponent analyse for at skabe ortogonale lineære kombinationer af de SNP mindre allel tæller variable (herunder genotyper imputerede hjælp af MACH softwarepakken [32]) for at angive en alternativ og tilsvarende repræsentation af samlingen af ​​SNP’er som helhed . Den resulterende mindste delmængde af gen-level hovedkomponenter, der tegnede sig for mindst 90% af SNP variabilitet var inkluderet i regressionsmodeller, og genspecifikke foreninger blev evalueret under anvendelse af en med flere frihedsgrader likelihood ratio test. Gene-centreret haplotype-baserede forening analyser blev udført ved hjælp af posterior sandsynligheder for alle mulige haplotyper for en person (ekskl SNPs med HWE p-værdi 0,05), betinget af de observerede genotyper. Forventningen-maksimering algoritme blev anvendt til at estimere haplotyper [33], og skabe haplotype design variabler fra 0 til 2. På grund af den involveret i lavfrekvente haplotyper unøjagtighed, vi udelukkede haplotyper med en anslået frekvens på mindre end ti. Vurderinger af risiko blandt almindelige haplotyper testede de samtidige virkninger af alle haplotyper kombineret i logistisk regression; individuelle haplotype foreninger brugte den mest almindelige haplotype som reference. Alle statistiske tests var to-sidet, og medmindre andet er angivet, blev udført ved hjælp af SAS-software (SAS Institute, Inc., Cary, NC).

Støtte oplysninger

figur S1.

bindingsuligevægt plots. Gener med genet maksimal eller SNP-niveau p 0,05 er vist; Haploview 4.1 baseret på selvrapporterede hvid-ikke-spansktalende kontroller (Barrett et al, 2005).; r2 = 0 = hvid og r2 = 1 = sort; tal repræsenterer r2 * 100.

doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s001

(1,04 MB DOC)

figur S2.

Matrix af scatterplots for fire populations struktur hovedkomponenter ved selvrapporteret løb. Befolkning struktur principal komponenter analyse baseret på 1.981 deltagere og 2.517 SNP’er herunder imputerede genotyper for hver scatterplot, vertikale akse svarer til komponenten anført i diagonalelementet til venstre af plottet, og vandrette akse svarer til komponenten anført i diagonal under plottet; resultater tyder på, at den første komponent differentierede hvide ikke-spansktalende og sorte ikke-spansktalende fra andre prøver, mens den fjerde komponent bidraget til yderligere at differentiere asiatisk fra andre prøver; disse fire populations struktur hovedkomponenter blev brugt som kovariater i forening test

doi:. 10,1371 /journal.pone.0008884.s002

(0,30 MB DOC)

tabel S1.

SNP’er og risiko for kræft i æggestokkene, OR (95% CI)

doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s003

(0,43 MB DOC)

tabel S2.

Haplotype resultater for PRPF31 (global p-værdi = 0,03)

Doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s004

(0,12 MB DOC)

tabel S3.

Karakteristik af undersøgelsens deltagere ved undersøgelse websted

doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s005

(0,14 MB DOC)

Tabel S4.

SNP og genotype oplysninger

doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s006

(0,56 MB DOC)

Tak

Vi takker Ms Karin Goodman og Ms . Ashley Pitzer for emne rekruttering, Ms Michele Schmidt og Mr. Sebastian Armasu for hjælp til statistiske analyser, og Ms. Katelyn Goodman for hjælp med manuskriptet forberedelse.