PLoS ONE: Manglende Sammenslutningen af ​​TP53BP1 Glu353Asp Polymorfi med risiko for kræft: en systematisk gennemgang og Meta-Analysis

Abstrakt

Målsætning

TP53BP1 gen kan være involveret i udviklingen af kræft gennem forstyrre DNA-reparation. Men studier, der undersøger sammenhængen mellem TP53BP1 Glu353Asp (rs560191) polymorfi og kræft gav modstridende og inkonklusive resultater. For at realisere disse tvetydige resultater blev en meta-analyse udført for at vurdere sammenhængen mellem TP53BP1 Glu353Asp (rs560191) polymorfi og modtagelighed for kræft.

Metoder

Vi gennemførte en ransagning af alle engelsk rapporter om undersøgelser for sammenhængen mellem TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfi og modtagelighed for kræft ved hjælp Medline, Cochrane Library, Embase, Web of Science, Google (lærd), og alle kinesiske rapporter blev identificeret manuelt, og on-line hjælp CBMDisc , Chongqing VIP database, og CNKI database. De strenge udvælgelseskriterier og eksklusionskriterier blev bestemt, og odds ratio (OR) med 95% konfidensintervaller (CIS) blev anvendt til at vurdere styrken af ​​foreninger. Den faste eller tilfældige effekt model blev valgt på grundlag af heterogenitet test blandt studier. Offentliggørelse skævhed blev estimeret ved hjælp af tragt plots og Egger regression test.

Resultater

I alt syv studier blev inkluderet i meta-analyse, herunder 3,213 sager og 3.849 kontroller. Resultaterne indikerede, at Glu353Asp (rs560191) polymorfi i TP53BP1 genet havde ingen sammenhæng med kræft risiko for alle genetiske modeller. I undergruppen analyse resultaterne antydede, at Glu353Asp polymorfi ikke var forbundet med risikoen for kræft efter etnicitet, kræft type, genotype metode, justeres med kontrol eller ej, HWE og kvalitet score.

Konklusioner

Denne meta-analyse foreslog, at Glu353Asp (rs560191) polymorfi i TP53BP1 genet ikke var forbundet med risiko for kræft

Henvisning:. Liu L, Jiao J, Wang Y, Zhang D, Wu J, Huang D (2014) Manglende Sammenslutningen af ​​TP53BP1 Glu353Asp Polymorfi med risiko for kræft: en systematisk gennemgang og meta-analyse. PLoS ONE 9 (3): e90931. doi: 10,1371 /journal.pone.0090931

Redaktør: William B. Coleman, University of North Carolina School of Medicine, USA

Modtaget: December 27, 2013; Accepteret: 4 Februar, 2014; Udgivet: 6 marts 2014

Copyright: © 2014 Liu et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Forfatterne har ingen støtte eller finansiering til at rapportere

konkurrerende interesser:.. forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Det blev rapporteret, at der var omkring 12,7 mio nye kræfttilfælde og 7,6 millioner kræftdødsfald gennem ud i verden i 2008 [1]. Imidlertid ætiologien af ​​cancer forbliver ukendt og sygdomsmodificerende behandlinger er begrænset. Eftersom inddragelsen af ​​cytokiner i kræft blev hypotese, der var mange kandidatgener nærmer i at designe en case-kontrol forening undersøgelse af enkelt nukleotid polymorfier (SNPs), herunder p53-bindende protein 1 (TP53BP1).

TP53BP1 gen har spillet en vigtig rolle i både DNA-reparation og cellecyklus kontrol og også medierer DNA skader checkpoint gennem samarbejde med skader sensorer og signal transducere [2]. Den TP53BP1 indeholder to BRCA1 C-terminal (BRCT) domæner, som er afgørende for tumor suppressor funktioner [3]. SNP’eme for TP53BP1 gen kan spille en vigtig rolle i ætiologien af ​​cancer på grund af en direkte rolle TP53BP1 i det cellulære respons på DNA beskadigelse. Tidligere undersøgelser har vist, at ingen sammenhæng mellem TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) SNPs og kræftrisiko [4] – [9], men Kiyohara et al. rapporterede, at Glu /Glu genotype TP53BP1 Asp353Glu var forbundet med en nedsat risiko for lungekræft [10]. Så resultaterne af undersøgelser vedrørende sammenhæng mellem Asp353Glu (rs560191) polymorfi i TP53BP1 gen og risiko for kræft er modstridende.

I betragtning af en enkelt undersøgelse kan ikke beføjelse til at levere en pålidelig konklusion, vi foretaget en meta-analyse af disse berettigede studier for at undersøge den præcise sammenhæng mellem TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfi og modtageligheden for kræft, hvilket ville have en langt større mulighed for at nå rimeligt stærke konklusioner.

Metoder

Udvælgelse af støtteberettigede Studies

Vi søgte Medline (US National Library of Medicine, Bethesda, MD), Embase, Cochrane Library, kinesisk Biologisk medicin, China National Viden Infrastructure, Wang Fang data og Chongqing VIP database (Sidste søgning blev opdateret i december 20, 2013) ved hjælp af udtrykkene “p53-bindende protein 1 eller TP53BP1 eller 53BP1”, “Asp353Glu eller rs560191 eller D353E”, “kræft eller tunor eller karcinom” og “polymorfi, variant eller mutation”. Udvælgelsen blev gjort uden begrænsning af sproget, men vi kun medtaget publicerede artikler skrevet på engelsk eller kinesisk. Vi brugte PubMed option “Relaterede artikler” for hver undersøgelse for at hente yderligere potentielt relevante artikler. Referencelister blev kontrolleret og forskere blev kontaktet for yderligere litteratur

Udvælgelseskriterier

Der blev udvalgt, hvis de opfyldte følgende kriterier: (1). Association studie med en case-kontrol eller kohorte design; (2) Undersøgelsen undersøgte sammenhængen mellem TP53BP1 (rs560191) polymorfi og risikoen for kræft; . (3) i tilfælde af flere publikationer fra samme studiegruppe, blev den mest komplette og seneste resultater anvendt

Udelukkelseskriterier

De udelukkelseskriterier blev defineret som: 1) abstracts, anmeldelser og dyreforsøg; 2) ubrugelige data rapporteret, genotype antal eller hyppighed ikke inkluderet; og 3) studie uden tilstrækkelige data til meta-analyse. Hvis mere end én undersøgelse blev offentliggjort af de samme forfattere bruger samme sag serien, blev kun den seneste undersøgelse eller at studiet med den største størrelse af prøver inkluderet i vores meta-analyse.

Data Extraction

To korrekturlæsere (Lei Liu og Jinghua Jiao) uafhængigt kontrolleret undersøgelser om sammenhængen mellem TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfi og risiko for kræft. Når uoverensstemmelser blev vist, blev alle investigatorer rekrutteret til at vurdere data. Følgende oplysninger blev indsamlet: Første forfatter, udgivelsesår, placering, etnicitet, stikprøvestørrelser af patienter og kontroller, studiedesign og genotype numre

Anmelderne udviklet en kvalitetsvurdering skala (tabel 1), som blev ændret. fra tidligere undersøgelser [11] – [13], for at vurdere kvaliteten af ​​de støtteberettigede undersøgelser

gennemgang og analyse blev vejledt til at foretage af PRISMA opgørelse for foretrukne rapportering af systematisk gennemgang og meta-analyse. [14].

Statistisk analyse

Odds ratio (OR) med 95% konfidensintervaller (CIS) for genotyper og alleler blev brugt til at vurdere styrken af ​​sammenhængen mellem TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfi og risiko for kræft. De yderste periferi blev udført for allel kontraster, additiv genetisk model, samt recessive genetiske model og dominerende genetiske model, hhv. Heterogenitet blev undersøgt med

jeg

2

statistik fortolkes som andel af den samlede variation bidraget med mellem-studie variation. Vi målte også effekten af ​​heterogenitet ved hjælp af en kvantitativ måling,

I

2

= 100% × (Q-d f) /Q. Hvis der var en statistisk forskel i form af heterogenitet (P 0,10,

jeg

2 50%

), ville den tilfældige effekter modellen anvendes til at estimere de samlede yderste periferi [15], [16] . Ellers blev de puljede yderste periferi anslået af den faste effekt model [17]. Følsomhedsanalyse blev udført ved at slette en enkelt undersøgelse, hver gang for at undersøge indflydelsen af ​​de enkelte datasæt på puljede yderste periferi. Den mulige publikationsbias blev vurderet med tragt plots og Egger test. En asymmetrisk plot antyder en mulig publikationsbias og P-værdi af Egger test mindre end 0,05 blev betragtet som repræsentative for statistisk signifikant publikationsbias [18]. Alle statistiske tests blev udført med RevMan-version 5.0 (Anmeldelse manager, København: Det Nordiske Cochrane Center, The Cochrane Collaboration, 2010) og omfattende metaanalyse software version 2.0 (Biostat, Englewood Cliffs, I.N.J., USA).

P

værdi mindre end 0,05 for en test blev anset for at være statistisk signifikant.

Resultater

Undersøgelse Inklusion og Karakteristik

Som vist i figur 1 , i alt syv undersøgelser blev inkluderet i denne meta-analyse, herunder 3,213 tilfælde og 3.849 kontroller [4] – [10]. Undersøgelserne identificeret og deres vigtigste karakteristika blev opsummeret i tabel 1 og tabel 2. genotype distribution af seks studier polymorfi adskilte sig ikke fra Hardy-Weinberg ligevægt med i kontrolgrupperne (alle var større end 0,05, tabel 3).

Kvantitative data Synthesis

som vist i tabel 4, meta-analyse af de samlede undersøgelser viste, at der ikke var nogen sammenhæng mellem Asp353Glu (rs560191) polymorfi og risiko for kræft under alle fem genetiske modeller i den samlede population (OR = 0,98, 95% CI = 0.86-1.11 for G versus A OR = 0,95, 95% CI = 0.71-1.28 for GG versus AA, OR = 0,99, 95% CI = 0,86-1,13 for GG versus AG OR = 0,97, 95% CI = 0,77-1,23 for recessiv model, OR = 0,96; 95% CI = 0,87-1,07 for dominant model) (figur 2 og figur 3). I undergruppen analyse ifølge etnicitet, kræft type, justeres med kontrol eller ej, genotypebestemmelsesmetoder, HWE og kvalitet score, resultater antydede, at Asp353Glu (rs560191) polymorfi ikke var forbundet med risiko for kræft. Der var ingen signifikant publikationsbias ifølge Begg-og Egger tests. (Begg, p = 0,21, Egger, p = 0,64) og tragt plot (figur 4)

Figur 2.B. Forest plot af sammenhængen mellem kræft og Glu353Asp (rs560191) mutation i den samlede population (GG vs AA). Figur 2.C. Forest plot af sammenhængen mellem kræft og Glu353Asp (rs560191) mutation i den samlede population (GG vs AG).

Figur 3.B. Forest plot af sammenhængen mellem kræft og Glu353Asp (rs560191) mutation i den samlede population (GG + AG vs AA). Vejviser

Følsomhedsanalyse

Ifølge følsomhedsanalyse, viste resultaterne os, at der ikke var nogen væsentlig ændring af vores estimater efter udelukkelse af enkelte studier, hvilket indikerer, at resultaterne var stabile (data ikke vist).

diskussion

Det er godt kendt, at SNPs kan bidrage til en persons modtagelighed for kræft og TP53BP1 er et centralt element i det cellulære respons på DNA skader [19]. Affaldsformer kan SNP’er af TP53BP1 spille en vigtig rolle i ætiologien af ​​cancer. Konklusionen om, at TP53BP1 genet spiller en vigtig rolle i DNA-reparation er veldokumenterede, men den funktionelle relevans af TP53BP1 genpolymorfisme er ikke blevet rapporteret. Det er muligt, at sekvensen variation i promotoren og kodende region af TP53BP1 kunne påvirke dens transskription og downstream biologisk funktion [4], [5].

Så vidt vi ved, nogle undersøgelser, der tager sigte på at rolle Asp353Glu (rs560191) polymorfi i kræftrisiko er blevet udført, men resultaterne er kontroversielle. For at vurdere om sammenhængen mellem Asp353Glu (rs560191) polymorfi og kræftrisiko, vi udførte denne meta-analyse.

Vi har ikke fundet en sinificant sammenhæng mellem TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfi og kræftrisiko i den samlede befolkning, men forskellige etnicitet, studiedesign, genotypebestemmelsesmetoder og kræft type ville være ansvarlig for de negtive konklusioner. Vi perfomed undergruppe analyse baseret på disse faktorer. Men viste os, de resluts at Asp353Glu (rs560191) polymorfi ikke var forbundet med risikoen for kræft efter etnicitet, kræft type, studie med matchende eller ikke, genotypebestemmelsesmetoder, HWE og studere score. Det kan være, fordi kun en undersøgelse [10] rapporterede, at Asp353Glu polymorfi var forbundet med en risiko for kræft. Derfor er der behov for yderligere undersøgelser for at bekræfte vores resultater.

Nogle undersøgelser tyder på, at TP53BP1 varianter kan have beskyttende virkning på pladecellekræft i hoved og (SCCHN) risiko hals, men sådanne virkninger var begrænset til TP53 Arg72Pro variant allel /haplotype luftfartsselskaber [5], [8]. Som årsag til nogle undersøgelser blev perfomed og der var mange metaanalyse relateret på TP53 Arg72Pro polymorfi og kræftrisiko [20], [21], kunne vi ikke bruge meta-analyse til at analysere forholdet mellem TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfi kombineret med TP53 genpolymorfisme og cancer. Desuden Rudd et al. [22] og Truong et al. [23] fandt, at Asp353Glu (rs560191) polymorfi var forbundet med risiko lungekræft, men denne forening blev ikke fundet i undersøgelsen [24] af Brooks JD et al. Hertil kommer, fordi manglen på tilstrækkelige data fra disse tre studier, vi kunne ikke inkludere disse undersøgelser på dette meta-analyse. Det kan være en anden årsag til den negtive konklusion i denne meta-analyse.

Metaanalysen af ​​Timofeeva et al. [25] viste ikke en signifikant sammenhæng mellem rs560191 polymorfi og risiko for lungekræft. Det kom til den samme konklusion med vores undersøgelse. Men det var kun bekymret lungekræft risiko. I vores metaanalyse, blev også analyseret sammenhængen mellem rs560191 polymorfi og andre cancertyper, herunder livmoderhalskræft, brystkræft og pladecellekræft i hoved og hals.

Der er flere begrænsninger i denne meta-analyse, bør overvejes. Først, kræft er en multifaktoriel sygdom, herunder komplekse samspil fra miljømæssig eksponering for gen faktorer. I denne metaanalyse, havde vi ikke tilstrækkelige data til at udføre en evaluering af sådanne interaktioner for den uafhængige rolle TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfi i udviklingen af ​​kræft. For det andet blev der kun syv studier inkluderet i denne meta-analyse. Således er der behov for flere undersøgelser for at identificere denne forening mere omfattende. For det tredje, undersøgelse af Naidu et al. [4] viser genotype fordelinger af kontrol befolkningen, der ikke var i HWE blev inkluderet i denne meta-analyse. Forth, vi ikke overveje undersøgelser offentliggjort i andre end engelsk /kinesisk eller data præsenteres i indvindes form, sprog; dermed kan offentliggørelse og potentielle sproglige fordomme opstår.

Som konklusion, foreslog denne meta-analyse, at polymorfi i TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) genet ikke kunne betragtes som en genetisk risikofaktor for kræft. Samtidig bør dette resultat fortolkes med forsigtighed. For at verificere dette resultat, er der behov for omfattende case-kontrol studier med detaljerede individuelle oplysninger store.

Støtte oplysninger

Tjekliste S1.

PRISMA 2009 Tjekliste

doi:. 10,1371 /journal.pone.0090931.s001

(DOC)

Tak

Takket være Jingpu Shi, Ph.D, Professor af Klinisk Epidemiologisk afdeling og Evidence Medicin i First Affiliated Hospital i Kina Medical University. Tak til redaktionen og anonyme anmeldere.