PLoS ONE: Omfattende analyse af Long ikke-kodende RNA i kræft i æggestokkene afslører Globale mønstre og målrettet DNA Amplification

Abstrakte

Lange ikke-kodning RNA (lncRNAs) dukker op som potente regulatorer af celle fysiologi, og de seneste undersøgelser fremhæve deres rolle i tumor udvikling. Men mens etablerede protein-kodende onkogener og tumor undertrykkere ofte vise slående mønstre af fokal DNA-kopi-nummer ændring i tumorer, lignende beviser i høj grad mangler for lncRNAs. Her rapporterer vi om en genomisk analyse af GENCODE lncRNAs i høj kvalitet serøs æggestokkene adenocarcinom, baseret på The Cancer Genome Atlas (TCGA) molekylære profiler. Brug genomisk kopi-nummer data og dyb dækning transkriptom sekventering, afledt vi dobbelt kopi-nummer og udtryk data for 10,419 lncRNAs tværs 407 primære tumorer. Vi beskriver globale sammenhænge mellem lncRNA copy-nummer og udtryk, og associerede etableret udtryk undertyper med forskellige lncRNA signaturer. Ved at undersøge regioner af focal kopi-nummer forandring, der mangler protein-kodende mål, vi identificeret en intergeniske lncRNA på kromosom 1,

Oval