LFA-1 og MHC klasse I og II-molekyler er vært-dependent

Komparative undersøgelser viste, at adskillige proteiner allerede fundet at være pakket ind i HIV-1-partikler gennem specifikke interaktioner med virale proteiner eller nukleinsyrer også påvist i HIV-2 og i simian immundefektvirus partikler. For nogle proteiner, blev deres bevarelse udvidet til mere fjerntliggende retrovira, såsom HTLV-1. Betydningen af ​​sådanne ligheder er tvivlsom. Det kan være enten argumenterede for bevarelse af en fælles mekanisme til at replikere hele viral evolution, eller det kan betragtes som et bevis for uspecifikke sammenslutning af proteiner med fjernt beslægtede vira. Bay 11-7082 Bay 11-782

I en række tilfælde, herunder for nogle kinaser, bevis for bevarelse af interaktion motiver i virale proteiner sammen med funktionelle studier af virus ude af stand til at pakke disse cellulære faktorer bevist, at disse komponenter bevarer en evolutionært bevaret funktion. Ud over den vanskelighed forbundet med at diskriminere mellem vært faktorer, der er selektivt eller passivt pakket i vira, identificering af cellulære proteiner indlejret i virale partikler er teknisk complicated.The mest kritiske aspekt er strengt nødvendigt at skelne mellem virus-inkorporeret komponenter og cellulære faktorer kontaminerende viral preparations.The sidstnævnte gruppe omfatter proteiner forankret til ydersiden af ​​cellefrie virioner. Denne gruppe omfatter også cellulære proteiner i mikrovesikler og exosomer med størrelser og tæthed kan sammenlignes med virus, som co-sediment med virale præparater og udgør en kilde til forurening, selv efter densitetsgradient separation af viruspartikler den.

Derfor bør udføres omhyggeligt prøveforberedelse. To referencepunkter protokoller er blevet udviklet til at producere præparater af stærkt oprenset HIV-1. Én fremgangsmåde involverer spaltning af virale prøver ved anvendelse af ikke-specifikke serinprotease subtilisin. Subtilisin fordøjelse af HIV-1 Fremstilling seliminates mere end 95% af de mikrovesikel associerede proteiner og fjerner kontaminanter forankret til ydersiden af ​​vira. Effektiviteten af ​​denne protocolis bestemmes af størrelsen reduktion af gp41 transmembrane kappeglycoproteinet. Denne fremgangsmåde er særligt tilpasset til studiet af proteiner inde virionerne. Alternativt kan CD45 immuno affinitet udtømning af HIV-1 anvendes til at isolere vira fra cellulære exosomer.

Denne teknik, som blev udviklet baseret på den iagttagelse, at CD45 membranmolekyler kasseres fra HIV-1 virus fremstillet af hæmatopoietisk celler, er tidligere blevet kombineret med masss pectrometry analyse for at frembringe en imponerende liste af cellefaktorer pakket i HIV-1-partikler fremstillet fra primære makrofager. CD45 udtømning er mest nyttig til undersøgelser, der kræver det ydre af virionerne at være intakte. Under alle omstændigheder, elektronmikroskopi billeddannelse tilvejebringer en pålidelig fremgangsmåde til at skelne mellem samles vira og exosomer fra et morfologisk synspunkt og at validere tilstedeværelsen af ​​værtsproteiner i virioner, som tidligere rapporteret. En anden teknisk funktion til at overveje, når man studerer HIV-1-associerede cellulære faktorer er celletypen og det virale isolat eller stamme anvendes til fremstilling af biologiske samples.The vifte af emballerede cellulære proteiner kan variere meget, afhængigt af den anvendte værtscelle til at propagere virus .

Dette aspekt er veldokumenteret for membranmolekyler indlejret i kuverten af ​​virioner fremstillet af forskellige T-cellelinjer. Købet af CD55 og CD59 supplement henfald faktorer, LFA-1 og MHC klasse I og II-molekyler er vært-dependent.Distinct iblanding profiler er også blevet rapporteret, når virus er fremstillet af permanente cellelinier eller primære perifere mononukleære blodceller blev analyseret. Med hensyn cytosoliske proteiner, dette punkt er ikke blevet grundigt undersøgt. Imidlertid LC-MS /MS-analyse af virus dyrket på makrofager kunne ikke påvise tilstedeværelsen af ​​nogle komponenter, der blev identificeret fra vira dyrkes på T-lymfocytter. VX-661 1152311-62-0

Især ERK-2, akinase opdaget fra HIV-1HZ321 isolat dyrket i Hut78 T-lymfocytter og fra HIV-1ELI virus fremstillet ud fra MT4 celler, blev ikke påvist fra HIV 1NLAD8 dyrket i primære makrofager. Den funktionelle betydning for en sådan forskel er stadig ukendt, og dets overensstemmelse med biologi HIV-1-replikation i distinkte celletyper stadig at blive analyseret.