PLoS ONE: Vækst Arrest-Specific Transcript 5 Associated snoRNA Niveauer er relateret til p53 Expression og DNA skader i kolorektal Cancer

Abstrakt

Baggrund

vækststandsning-specifik udskrift 5 gen

(

GAS5

) koder en lang ikke-kodende RNA (lncRNA) og er vært for en række små nucleolar RNA (snoRNAs), der for nylig er blevet impliceret i flere cellulære processer og kræft. Her undersøger vi forholdet mellem DNA-skader, p53, og

GAS5

snoRNAs for at opnå yderligere indsigt i potentielle rolle dette locus i celle overlevelse og onkogenese både

in vivo

in vitro

.

Metoder

Vi brugte kvantitative teknikker til at analysere effekten af ​​DNA-skader på

GAS5

snoRNA udtryk og at vurdere forholdet mellem p53 og

GAS5

snoRNAs i kræft cellelinjer og i normale, præmaligne og maligne menneskelige kolorektal væv og brugte biologiske teknikker til at foreslå mulige roller for disse snoRNAs i DNA skade responset.

Resultater

GAS5

-afledt snoRNA blev induceret af DNA-skader i en p53-afhængig måde i kolorektale cancer cellelinjer og deres niveauer blev ikke påvirket af DICER. Desuden p53 niveauer stærkt korreleret med

GAS5

-afledt snoRNA udtryk i kolorektal væv.

Konklusioner

I aggregat, disse data antyder, at

GAS5

-afledte snoRNAs er under kontrol af p53, og at de har en vigtig rolle i formidling p53 respons på DNA-skade, som ikke vedrører deres funktion i ribosomet. Vi foreslår, at disse snoRNAs ikke behandles af DICER at danne mindre snoRNA-afledte RNA med microRNA (miRNA) -lignende funktioner, men deres præcise rolle kræver yderligere vurdering. Da GAS5 vært snoRNAs ofte anvendes som endogene kontrol i qPCR kvantificering viser vi, at deres anvendelse som husholdning gener i DNA-skader eksperimenter kan føre til unøjagtige resultater

Henvisning:. Krell J, Frampton AE, Mirnezami R, Harding V, De Giorgio A, Roca Alonso L, et al. (2014)

Vækst Arrest-Specific Transcript 5

Associated snoRNA Niveauer er relateret til p53 Expression og DNA skader i kolorektal cancer. PLoS ONE 9 (6): e98561. doi: 10,1371 /journal.pone.0098561

Redaktør: Raffaele A. Calogero, University of Torino, Italien

Modtaget: Februar 28, 2014 Accepteret: 5 maj 2014; Udgivet: 13 juni 2014

Copyright: © 2014 Krell et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Forfatterne vil gerne takke The Searle Memorial (2005) Charitable Trust, Michael og Lottie Hunter, Peter og Marilyn Cooper, Steve Mobbs og Pauline Thomas, og Denise og Edward Pincheson for deres generøse støtte. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

snoRNAs er en velkarakteriseret klasse af ubikvitært udtrykt, ikke-kodende RNA’er (ncRNAer), som er 60-300 nukleotider i længden [1]. Overvejende placeret i nucleolus de klassisk fungerer som vejledning RNA for post-transkriptionel modning og ændring af ribosomale RNA (rRNA’er) og snRNAs involveret i spliceosome. snoRNA styresekvenser hybridiserer specifikt til deres rRNA målsekvens, og via foreninger med proteiner, danner små nucleolar ribonucleoprotein komplekser (snoRNPs) og udføre specifikke rRNA ændringer [1]. Derfor snoRNAs er afgørende for ribosomal funktion og effektiv regulering af translation og dermed ikke overraskende, er stærkt konserverede hele evolutionen [2]. Der er to hovedklasser af snoRNAs, betegnet C /D box snoRNAs og H /ACA box snoRNAs hhv. De forskellige med hensyn til deres sekvens og struktur, deres bindingspartnere og arten af ​​de post-transkriptionelle modifikationer, de inducerer [2], [3].

I eukaryote genomer, snoRNAs overvejende kodet i intronerne af protein-kodende værtsgener men nogle er under kontrol af uafhængige promotorer [4]. Hos mennesker er de fleste snoRNAs er intron og co-transkriberet med deres vært gentranskripter, og bearbejdes derefter ud af den udskårne introner [5]. Imidlertid transkriptionen af ​​et mindretal sker gennem uafhængig RNA-polymerase II eller III-aktivitet på en måde svarende til mange miRNA [5], [6]. Nært beslægtede snoRNA familiemedlemmer sædvanligvis indkodet i andre introner af den samme vært genet, men nogle værten gener koder talrige uafhængige snoRNAs. Selv om nogle snoRNA værtsgener synes at være ikke-proteinkodende, er mange involveret i nucleolar funktion og proteinsyntese, og som sådan er der ofte et element af co-fungerende [5], [7]. Det faktum, at hos mennesker, er de fleste snoRNAs indkodet i introns af protein-kodende og ikke-protein-kodende gener gav anledning til den antagelse, at disse værtsgener udelukkende fungerer som cellulære husholdere via deres snoRNA-sekvenser [8], [9 ]. Men de seneste undersøgelser udfordret dette koncept og har impliceret snoRNAs og deres vært gener i kontrollen af ​​onkogenese og celle skæbne [10], [11]. Eksistensen af ​​en række sjældne sygdomme snoRNAs med ingen kendte rRNA-mål, og demonstration af deres tilstedeværelse i andre end nucleolus [12] subcellulære steder, støtter konceptet, at denne gruppe af små ikke-kodende RNA kan regulere andre molekyler og har yderligere cellulære funktioner [13]. Desuden er en række undersøgelser tyder på en evolutionær sammenhæng mellem miRNA og snoRNAs [14] og andre rapporterer, at modne snoRNAs kan undergå yderligere cellulær behandling for at danne mindre snoRNA-afledte RNA (sdRNAs) med miRNA-lignende funktioner [3], [14] – [17]. Derudover har snoRNA ekspression blevet vist at være så variabel som miRNA ekspression i humane tumorprøver og normalisere miRNA polymerasekædereaktion (PCR) udtryk data til disse snoRNAs indført skævheder i associationer mellem miRNA og resultatet [18].

vækststandsning-specifik udskrift 5

gen (

GAS5

), som ligger på 1q25, er en ikke-protein-kodende flere snoRNA vært gen bestående af 12 exons [19], [20] oprindeligt opdaget under screening for potentielle tumorsuppressorgener udtrykt ved høje niveauer under vækst anholdelse. Hos mennesker det koder ti intron C /D box snoRNAs og to modne lange ikke-kodende RNA’er (lncRNAs) isoformer der stammer fra alternative 5′-splejsningsdonorsites i exon 7 [20]. Den åbne læseramme der kodes inden

GAS5

exoner er kort og menes ikke at kode for et funktionelt protein. Kortlægning af dens 5 * ende viser, at det besidder en oligopyrimidine tarmkanalen karakteristisk for 5 * terminale oligopyrimidine (5 * TOP) klasse af gener, som samler sig under cellecyklus arrest, men hurtigt nedbrydes af nonsens-medieret henfald under cellevækst. Klassificeringen af ​​

GAS5

som en 5 * TOP gen giver en forklaring på, hvorfor det er en vækst anholdelse specifik udskrift som mens splejset

GAS5

RNA normalt forbindes med ribosomer og hurtigt nedbrydes, under standset cellevæksten det ophobes i mRNP partikler. Interessant, de eneste regioner bevaring mellem mus og menneske

GAS5

gener er deres snoRNAs og 5 * -END sekvenser [20] tyder på, at disse er de vigtigste funktionelle komponenter. Selvom

GAS5

spiller en rolle i post-transkriptionel modifikation af ribosomale RNA gennem sine snoRNAs, en række nylige undersøgelser har impliceret dette gen i andre vigtige cellulære processer [10], [18], [21], [ ,,,0],22]. Den GAS5 lncRNA blev vist at interagere med DNA-bindende domæne af glucocorticoidreceptoren hvor det virker som en riborepressor, påvirke celleoverlevelse og metaboliske aktiviteter under sult ved at modulere den transkriptionelle aktivitet af denne receptor [10]. Endvidere viste den samme gruppe i prostatacellelinjer, at GAS5 mRNA sekvestrerer androgen /androgen receptor kompleks og forhindrer dets binding til mål-DNA-sekvenser [10], som sandsynligvis vil spille en vigtig rolle i modulering af virkningerne af androgener i prostata . GAS5 transkripter er også blevet vist at være vigtige regulatorer af celle overlevelse og apoptose i humane T-celler og bryst- og prostatakræft-cellelinier [21] – [23], og deres overekspression sensibiliseret mammale cancercellelinier til inducere af apoptose [21] . Endvidere reduceret ekspression af GAS5 og /eller dens snoRNAs er blevet påvist i hoved og hals pladecellecarcinom [18], brystcancer [18], [21] og glioblastoma multiforme [24], mens overekspression af U44, U76 og U78 er blevet vist i NSCLC [25]. Den afvigende

GAS5

udtryk demonstreret i bryst- og hoved og hals var forbundet med dårlig prognose [18].

På trods af disse data, lidt er kendt om den præcise rolle specifik GAS5 snoRNAs i de veje, hvor de har været impliceret, og endnu mindre accepteres om mekanismerne bag dem. I betragtning af den tidligere beskrevne rolle

GAS5

i reguleringen af ​​apoptose og veldokumenteret rolle p53 i den samme proces, vi havde til formål at øge forskningen i sammenhængen mellem p53 og GAS5 snoRNAs at opnå yderligere indsigt i deres potentiale rolle i celle overlevelse og onkogenese i kolorektal cancer både

in vivo

in vitro

. Derudover har vi vist, at både U44 og U47 GAS5 afledt snoRNAs, der er blandt de mest almindelige snoRNAs anvendes som husholdning gener for normalisering i forbindelse med TaqMan miRNA udtryk analyse og bør undgås i DNA skader eksperimenter.

Materialer og metoder

Etik Statement

etisk godkendelse blev opnået fra Imperial College etiske review board. Undersøgelsen blev udført i overensstemmelse med Helsinki-deklarationen og skriftligt informeret samtykke blev opnået fra alle patienter forud for opnåelse af vævsprøver med henblik på undersøgelsen.

Indsamling, håndtering og RNA ekstraktion fra laser fanget mikro-dissekeret (LCM) tumorprøver

med godkendelsen af ​​vores institutionelle review board blev vævsprøver, der repræsenterer normal colon væv og colon adenocarcinom opnået umiddelbart efter operationen, skæres i blokke, og derefter formalin fikseret og indlejret i paraffin. Skriftligt informeret samtykke blev opnået. Før mikrodissektion blev otte 8-um serielle snit skåret (-25 ° C) fra det samme væv blok og anbragt på objektglas (1 mm), der blev derefter afparaffiniseret farvet med hematoxylin og eosin. De blev derefter mikrodissekeres hjælp af PALM Laser MicroBeam systemet (P.A.L.M. microLaser Technologies GmbH, Bernried, Tyskland). En samlet areal på 200.000 um

2 blev mikro-dissekeret fra hver slide. Figur 1 viser billeder af forskellige trin af mikrodissektion processen. RNA blev derefter ekstraheret fra mikro-dissekeret prøver RNeasy MinElute RNA Isolation Kit (Qiagen, Courtaboeuf, Frankrig).

N = normal colon, T = tumor, A = adenom. 1: hematoxylin og eosin-farvning; 2: områder, der skal mikrodissekeres er mærket; 3: slide efter mikrodissektion afmærkede områder; 4:. Mikrodissekeret væv efter catapulting på indersiden af ​​eppedORF caps

Indsamling, håndtering og RNA ekstraktion fra makro-dissekeret kolorektal væv

Vi ønskede at undersøge, om et forhold eksisterede mellem p53 aktivitet og udtryk for

GAS5

-snoRNAs i humant kolorektal væv, og især i kolorektale tumor prøver. Vi indsamlede parret prøver af frisk frosset kolorektal tumorvæv og tilsvarende normale kolorektal væv fra 20 individuelle patienter og målte miR-34a og snoRNA niveauer, og p53-ekspression i disse prøver. Enheder af normal, adenomatøs og ondartet kolorektal væv blev opnået fra personer, der udsættes kolorektal kirurgi eller koloskopi mellem 2011 og 2013 på St Marys Hospital, London, UK. Skriftligt informeret samtykke blev opnået fra hver patient. Prøver blev straks macrodissected på tidspunktet for kirurgi, placeres direkte i RNA

Senere

stabilisering opløsning (Qiagen, Hilden, Tyskland), opbevaret ved stuetemperatur i 2-3 timer, og derefter nedfrosset ved -80 ° C. H 0,01) og U47 (P 0,01) sammenlignet med behandling med en kontrol køretøj, men der var ingen signifikant ændring i niveauet af den ikke

GAS5

associeret snoRNA U19 (figur 2), eller snRNA U6, som ikke stammer fra GAS5 locus sammenlignet med GAPDH udtryk (data ikke vist). Doxorubicin behandling ikke øge

GAS5

-afledt snoRNA udtryk i HCT116 p53

KO-celler (figur 2), hvilket tyder på, at DNA skader inducerede ekspression af

GAS5

-afledte snoRNAs i en p53-afhængig måde. Doxorubicin behandling af HCT116 p53

WT-celler også signifikant forøget ekspression af MIR-34a (P≤0.006), anvendt som en positiv kontrol, selv om størrelsen af ​​folden ændring varierede afhængigt af hvilken små RNA blev udvalgt til at normalisere ekspressionsniveauer til (figur 2 3). Efter 24 timers behandling med doxorubicin, MIR-34a-ekspression steg signifikant med 2,8 gange og 2,6 gange (P≤0.006 for begge) når niveauerne blev normaliseret til U6 og U19 hhv. Men selv om der stadig statistisk signifikant, fold-ændringer i miR-34a ekspressionsniveauerne var, meget mindre (1,9 gange; P 0,01), når

GAS5

afledt snoRNAs U44 og U47 blev brugt til normalisering (figur 3). Lignende forskelle blev set, når p21 blev anvendt som en positiv kontrol (data ikke vist). Analyse af p53 chromatin immunoprecipitation sekventering (chip-seq) forsøg udført i HCT116-celler [29] indikerer tilstedeværelsen af ​​en signifikant top af p53 interaktion i to uafhængige forsøg med p53-aktivering induceret af Nutlin3 eller 5’fluorouracil (5FU)), ved samme position, ca. 800 bp væk fra GAS5 transkriptionelle startsted (TSS), hvilket indikerer, at p53 styrer direkte GAS5 transkription.

relative niveauer af (A) mIR-34a, (B) U19 snoRNA, (C) U44 snoRNA og (D) U47 snoRNA blev målt ved RT-qPCR i p53

WT HCT116 cellelinjer og p53

KO HCT116 cellelinier behandlet med enten doxorubicin (i en endelig koncentration 0,2 ug /ml) eller vehikel i 24 timer. Niveauer blev normaliseret til U6 snRNA niveauer og data præsenteres i forhold til køretøjet behandlede celler ± sem (hver af dem udført tre gange, Students t-test: * P 0,01, ** P≤0.006).

relative niveauer af miR-34a normaliseret til (A) U6 snRNA, (B) U47 snoRNA, (C) U44 snoRNA og (D) U19 snoRNA blev målt ved RT-qPCR i p53

WT HCT116 cellelinjer og p53

KO HCT116 cellelinier behandlet med enten doxorubicin (i en endelig koncentration 0,2 ug /ml) eller vehikel i 24 timer. Data er præsenteret i forhold til køretøjets behandlede celler ± sem. (Hver af dem udført tredobbelt, Students t-test: * P 0,01, ** P≤0.006)

GAS5

afledt snoRNA udtryk varierer mellem normal og malign kolorektal frisk ikke-mikrodissekeret væv i en p53-afhængig måde

Vi fandt signifikante forskelle i ekspressionsniveauerne af

GAS5

-afledte snoRNAs mellem parret prøver af frisk frossen normal colorektal væv og colorektal tumor fra den samme patient (P figur 4). snoRNA niveauer signifikant højere i tumorer sammenlignet med den tilsvarende normale colorektal væv i 85% af patientprøver, men var betydeligt lavere i 15%. Der var ingen signifikant forskel i snRNA U6 niveauer mellem parrede normale og tumorprøver. Interessant MIR-34a niveauer var også signifikant højere hos patientprøver tumorprøver i sammenligning med deres tilsvarende normale colorektale vævsprøver (P≤0.0006, figur 4). Vi derefter målt p53 ekspressionsniveauerne i den parrede normale kolorektal væv og kolorektale tumor prøver ved anvendelse af vestlige blotting (figur 5A-C). p53 niveauer signifikant højere i kolorektale tumorer sammenlignet med deres tilsvarende normale kolorektal vævsprøver (P 0,01, figur 5D).

A Box plot sammenligning af de relative ekspressionsniveauer af MIR-34a, U44 snoRNA og U47 snoRNA mellem parret colorektal tumor (T) og normal colorektal (N) friske frosne vævsprøver. (Students t-test * P 0,01, *** P≤0.0006)

(A B). Western blot s viser p53 niveauer i de første 10 normal colorectal (A) og kolorektal tumor ( B) vævsprøver. GAPDH blev anvendt som en loading kontrol. (C) Kolonne diagram demonstrere fold ændringer i p53 ekspressionsniveauer vist i Western blots (A B) normaliseret til GAPDH og beregnes ved hjælp ImageJ software. (D) En kasse plot sammenligning af de relative ekspressionsniveauer af p53 mellem alle 25 parrede kolorektal tumor (T) og normal colorektal (N) vævsprøver (Students t-test * P 0,01).

Brug de samme prøver, vi beregnet Pearsons korrelationskoefficienter, sammenligner p53 ekspressionsniveauerne med snoRNA u44 og U47 niveauer, for at afgøre, om nogen sammenhæng eksisterede mellem

GAS5

afledt snoRNA niveauer og p53

in vivo

i mennesker. Vi fandt en stærk positiv korrelation mellem p53 ekspressionsniveauerne og niveauerne af både snoRNA U44 (Pearson korrelation = 0,64; R

2 lineære = 0,41; P = 0,02) og snoRNA U47 (Pearson korrelation = 0,69; R

2 lineære = 0,49, P = 0,01) i colorektale tumorprøver (figur 6A). Vi beregnede også Pearsons korrelationskoefficienter at sammenligne miR-34a ekspressionsniveauerne med snoRNA U44 og U47 niveauer, for at afgøre, om alle forhold eksisterede mellem niveauerne af

GAS5

-afledte snoRNAs og p53-regulerede miRNA i mennesker. Dette blev også udført for at give bevis for brugen af ​​miR-34a som et surrogat markør for p53 i denne sammenhæng for yderligere forsøg med RNA afledt Mikrodissekterede FFPE vævsprøver, hvor p53 niveauet ikke kunne måles ved Western blotting. Interessant, fandt vi en stærk positiv korrelation mellem miR-34a ekspressionsniveauerne og niveauerne af både snoRNA U44 (Pearson korrelation = 0,73; R

2 lineære = 0,53; P = 0,001) og snoRNA U47 (Pearson korrelation = 0,66; R

2 lineære = 0,43;. P = 0,02) i colorektale tumorprøver (figur 6B)

grafer, der viser Pearson korrelation analyser af forholdet mellem (A) p53 niveauer eller (B) mIR-34a-niveauer og den snoRNAs U44 og U47 i kolorektal tumor vævsprøver (A B).

GAS5

-afledt snoRNA udtryk varierer mellem normal, pre-maligne og maligne mikrodissekeret FFPE kolorektal væv og niveauer korrelerer med miR-34a udtryk

der er megen debat om nøjagtigheden af ​​RNA og genekspressionsstudier, der bruger ikke-Mikrodissekterede tumorprøver, på grund af de mulige virkninger, at de cellulære komponenter af det omgivende stroma kan har på niveauerne af den målte molekyle. Vi derfor sigte at udføre yderligere eksperimenter i Mikrodissekterede vævsprøver til at støtte resultaterne ovenfor. Vi indsamlede 60 uparrede FFPE kolorektal vævsprøver, der består af 20 normal slimhinde, 20 adenom og 20 tumor prøver. Vi mikrodissekeres de krævede dele efter H 0,05, ** P≤0.006, *** P≤0.0005) . B, blev en Pearsons korrelationsanalyse udført for at bestemme forholdet mellem miR-34a niveauer og snoRNAs U44 og U47 i mikrodissekeret kolorektale FFPE tumor vævsprøver.

Brug de samme prøver, vi derefter beregnet Pearsons korrelation koefficienter at sammenligne mIR-34a ekspressionsniveauer og snoRNA u44 og U47 niveauer for at bestemme, om forholdet demonstreret i ikke-Mikrodissekterede prøver mellem

GAS5

afledt snoRNA niveauer og p53 (mIR-34a bruges her som en surrogatmarkør for p53) blev også set i Mikrodissekterede kolorektale tumorer. Vi fandt en stærk positiv korrelation mellem miR-34a ekspressionsniveauerne og niveauerne af både snoRNA U44 (Pearson korrelation = 0,69; R

2 lineære = 0,47) og snoRNA U47 (Pearson korrelation = 0,67; R

2 lineære = 0.45) i kolorektale tumor prøver (figur 7B).

udtrykket af

GAS5

afledt snoRNAs påvirkes ikke i kolorektale cancer cellelinjer, hvor DICER er blevet bankede-down og derfor ikke synes at blive behandlet af DICER

på baggrund af resultaterne, der er beskrevet i tidligere undersøgelser, som viste, at snoRNAs kan konverteres ved DICER til sdRNAs med miRNA-lignende funktioner, er det muligt, at miRNA-lignende molekyler fremstillet af GAS5 afledte snoRNAs er involveret i DNA beskadigelse respons [3]. For at undersøge mulig inddragelse af DICER i denne proces, vi vurderede effekten af ​​DICER knock-down på ekspressionen af ​​

GAS5

-afledte snoRNAs efter DNA-skade. For at opnå dette, vi brugte RT-qPCR at sammenligne ændringer i ekspressionen af ​​snoRNAs U44 og U47 efter doxorubicin behandling i de kolorektale cancer cellelinjer DLD1 og RKO i deres vildtype (WT) form og i en form, hvor DICER havde været stabilt slået ned (KD). Interessant, fandt vi, at selv om DICER knock-down førte til en statistisk signifikant reduktion i miR-34a niveauer (P≤0.006) i både DLD1 og RKO cellelinjer, som forventet, var der ingen effekt på niveauerne af snoRNA U44 eller snoRNA U47 (figur 8), hvilket tyder på, at funktionen af ​​

GAS5

-afledte snoRNAs i p53-regulerede respons på DNA-skade ikke indebar deres omdannelse til sdRNAs med miRNA-lignende funktion.

Relativ niveauer af U44 snoRNA (rød), U47 snoRNA (blå) og mIR-34a (lilla) blev målt ved RT-qPCR i DLD1 DICER

WT cellelinier, DLD1 Dicer

KD cellelinier, RKO DICER

WT cellelinier, RKO DICER

KD cellelinier behandlet med enten doxorubicin (i en endelig koncentration 0,2 ug /ml) eller vehikel i 24 timer. Data er præsenteret i forhold til køretøjet behandlet tilsvarende cellelinier (stiplet linje) ± SEM (hver af dem udført tre gange, Students t-test: * P 0,01, ** P≤0.006).

diskussion

Vores resultater viste en sammenhæng mellem p53 aktivitet og udtryk for

GAS5

-afledte snoRNAs i kolorektale cancer cellelinjer og human colorectal væv. Desuden har de foreslået, at transskription af

GAS5

gen er direkte reguleret af p53, selvom ville være påkrævet kromatin immunopræcipitationsundersøgelser at bekræfte dette. Selv om der ikke funktionelle undersøgelser er blevet udført, foreslog disse resultater en vigtig rolle for de

GAS5

-afledte snoRNAs i p53-regulerede cellulært respons på DNA skader og i p53-associerede signalveje i humant kolorektal væv og kolorektal cancer .

Indtil Chang

et al.

(2002) [30] først beskrev potentielle rolle snoRNAs i tumorigenese, havde der været lidt begrundelse for systematisk evaluering af den rolle, snoRNAs i dette eller enhver anden patologisk tilstand. Men data hidrørende der linker en dysregulering i ekspressionen af ​​forskellige snoRNAs til udviklingen af ​​en række maligniteter [11], [25], [31], [32]. Da

GAS5

gen vært ti intron snoRNAs og en lncRNA og har været impliceret i onkogenese og regulering af cellens overlevelse og apoptose [21] – [23], og i betragtning af veldokumenteret rolle p53 i samme processer, vi havde til formål at øge forskningen i sammenhængen mellem p53 og GAS5 snoRNAs at opnå yderligere indsigt i deres potentielle rolle i tumorigenese. Vi fandt, at i kolorektale cancer cellelinjer,

GAS5

-afledte snoRNAs blev induceret i en p53-afhængig måde efter DOX stimulerede DNA-skader, men at dette påvirker ikke blev tabt, når DICER blev funktionelt slået ned. Dette antydede, at disse snoRNAs ikke blev forarbejdet til sdRNAs med miRNA-lignende funktion, og at deres rolle i DNA skade responset ikke kræve, at de behandles yderligere på denne måde. Dette indikerer, at disse snoRNAs kunne være involveret i koordineringen af ​​p53-medieret respons via deres rolle i reguleringen af ​​ribosomet. snoRNAs er afgørende for ribosomal funktion og effektiv regulering af oversættelse [2] og p53 er et centralt mediator af ribosom biogenese især som reaktion på såkaldt nucleolar stress [33]. Endvidere har p53 vist sig at mediere signalering mellem ribosom biogenese og cellecyklussen [34]. Det forekommer derfor logisk, at

GAS5

-afledte snoRNAs kan induceres direkte af p53-medieret transskription efter DNA-skader for at “strømline” post-transkriptionel modning og ændring af rRNA’er og sikre en mere effektiv oversættelse af gener kræves for at koordinere en reaktion på en sådan stress. Denne teori kræver tydeligvis yderligere eksperimentel evaluering ikke mindst ved at bevise, at der er en stigning i lokaliseringen af ​​disse snoRNAs til ribosomet snarere end en alternativ cellekompartment efter DNA beskadigelse. Det er muligt, at disse snoRNAs handler et andet sted end ribosomet placering og at de kan have sdRNA typen funktion, men kræver ikke DICER behandling for at aktivere denne. Hvorvidt disse DNA skader induceret

GAS5

-afledte snoRNAs simpelthen fungere til at rumme en stigning i gen oversættelse på ribosomet, eller om de er faktisk bearbejdes til sdRNAs og har yderligere, selvstændig funktion, kan deres effekt på genekspression vurderes gennem overekspression eksperimenter efterfulgt af gen-profilering eksperimenter.