PLoS ONE: Distinct High-Profil denatureret gener i kolorektal Cancer

Abstrakt

Baggrund

Mutationer og initiativtagere ‘methylering af et sæt af kandidat cancer gener (CAN gener) er forbundet med progression af colorectal cancer (CRC). Vi antager, at disse gener ‘initiativtagere inaktiveres gennem epigenetisk inaktivering og kan vise en anden profil i højrisiko populationer. Vi undersøgte status CAN gen methylering og CHD5 proteinekspression i African American CRC væv microarrays (TMA) ved hjælp af immunhistokemisk farvning.

Metode /vigtigste resultater

status promotor methylering af dåsen gener blev undersøgt ved methylering-specifik PCR (MSP) i 51 iranere (en hvid befolkning) og 51 afrikanske amerikanere (AA). Mikrosatellit instabilitet (MSI) blev analyseret samt. Den differentielle hyppigheden af ​​methylering for hvert gen blev testet ved chi-square-analyse mellem de to grupper baseret på matchede alder og køn. CHD5 proteinekspression blev evalueret ved moderat til godt differentierede og dårligt differentierede carcinomer i forhold til matchede normalt væv ved hjælp af TMA. Desuden blev sammenhængen mellem disse epigenetiske biomarkører og forskellige klinisk-patologiske faktorer, herunder, alder, placering og stadium af sygdommen analyseres.

Syvoghalvfjerds og 34% af tumorer var distalt i iranske og African American patienter , henholdsvis. I begge populationer, procentdelen af ​​methylering var 65% for SYNE1, MMP2, APC2, GPNMB, EVL, PTPRD, og ​​STARD8, mens methylering var 50% for LGR6, RET, CD109, og RNF. Forskellen i methylering mellem de to populationer var statistisk signifikant for CHD5, ICAM5 og GPNMB. Tredive-én procent AA tumorer viste MSI-H, sammenlignet med 28% i iranerne.

Konklusioner /Betydning

En signifikant højere methylering sats blev fundet for GPNMB, ICAM5, og CHD5 gener i AA patienter i forhold til iranerne. Disse gener kan spille en rolle i den høje forekomst og aggressivitet CRC i AA population. Hypermethyleringen af ​​dåsen gener kan betragtes som en markør for colon carcinogenese

Henvisning:. Mokarram P, Kumar K, Brim H, Naghibalhossaini F, Saberi-firoozi M, Nouraie M, et al. (2009) Særskilte højt profilerede denatureret gener i kolorektal cancer. PLoS ONE 4 (9): e7012. doi: 10,1371 /journal.pone.0007012

Redaktør: Ulrich Zanger, Dr. Margarete Fischer-Bosch Institut for Klinisk Farmakologi, Tyskland

Modtaget: Januar 15, 2009; Accepteret: 17 juni 2009; Udgivet: 11 September, 2009

Copyright: © 2009 Mokarram et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af Grant # CA102681, finansieret af National Cancer Institute, NIH. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser: Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Tyktarmskræft (CRC) er fortsat den mest udbredte gastrointestinal cancer i USA [1]. Forekomsten og dødelighed på CRC er højere i AA [2], [3]. En betydelig stigning i CRC forekomst med en fremherskende distal lokalisering er også blevet rapporteret i Iran i løbet af de sidste ti år [4], [5].

En af de CRC veje indebærer transkriptionel dæmpning ved hypermethylering af CpG øer, som er benævnt methylator fænotype (CIMP

+) [6], hovedsagelig mål promotorområder af tumorsuppressorgener (fx p16 og hMLH1 gener) [7], [8], [9]. Det er for nylig blevet vist, at genetiske og epigenetiske ændringer af nogle kandidat cancer gener (CAN gener), herunder; SYNE1, MMP2, GPNMB, APC2, EVL, PTPRD, CDH5, LGR6, STARD8, CD109, ICAM5, CHD5, RNF, og RET, er vigtige i udviklingen af ​​CRC [10], [11].

den funktionelle karakterisering af disse gener med hensyn til tumorudvikling er ikke afklaret helt. Disse gener kunne opdeles i 5 klasser: (1) tumorsuppressorer, herunder adenomatøs polypose coli tumor suppressor homolog 2 (APC2) og protein-tyrosin phosphatase receptortype-delta (PTPRD); (2) gener, der koder receptorerne, herunder omlejrede under transfektion proto-onkogen (RET), leucin-rige repeat-holdige G-protein koblet receptor 6 (LGR6) og Ena /VASP lignende protein (EVL); (3) gener vides at være involveret i protein-protein og protein-DNA interaktioner, herunder STAR-relaterede lipid overførsel (START) domæne-holdige 8 (STARD8), ringfinger protein (RNF182), CD109-antigen (CD109), glycoprotein NMB (GPNMB); (4) gener involveret i metastase og tumor vækst, herunder intercellulært adhæsionsmolekyle 5 (ICAM5), matrixmetalloproteinase 2 (MMP2), og synaptisk nuklear kappe protein 1 (SYNE1); og (5) gener, hvis ekspression er associeret med ændringer i chromatinstruktur, såsom chromodomain helicase DNA-bindende protein 5 (CHD5).

Disse gener blev udvalgt blandt mange lister over potentielle cancer-gener [11], [ ,,,0],12], fordi de seneste undersøgelser har vist, at i ikke-AA CRC, deres promotorer er methyleret og /eller muteret [10]. Dette er i virkeligheden baseret på den omfattende analyse af Sjöblom et al, hvor systematisk sekventering af CRC tumorer afslørede betydningen af ​​disse markører i CRC progression [11].

Mens de fleste af disse gener er hidtil ukendte, der er nogle funktionelle data i litteraturen. Receptorerne for glycoproteinhormoner, såsom LGR6 er G-protein-koblede 7-transmembrane receptorer [13]. SYNE1 indeholder flere spektrin gentagelser og en 60-aminosyre C-terminale region homolog med

Drosophila

protein Klarsicht. Der er to mRNA-isoformer, SYNE1A og SYNE1B, i skelet- og hjertemuskulatur [14], [15].

metastatiske potentiale af tumorceller har vist sig at korrelere med aktiviteten af ​​MMP2 enzym [16], er funktionelt aktivt på overfladen af ​​angiogene blodkar [16]. CD109 er et GPI-koblet celleoverfladeantigen udtrykt af CD34 + akut myeloid leukæmi-cellelinier, T-cellelinjer, aktiverede T lymfoblaster, endotelceller og aktiverede blodplader [17]. Ringfingeren Motivet er en specialiseret zinkfingerdomæne herunder RNF182 og findes i mange transkriptionelle regulatoriske proteiner [18]. Mutationer i RET-genet er forbundet med multipel endokrin neoplasi, type IIA og IIB [19].

Ændring af CHD5 udtryk er forbundet med ændringer i kromatin struktur, gennem histoner modifikation af acetylering og methylering [20]. Det blev bemærket, at opløselig ICAM5 niveau steg i kolonistimulerende faktor af patienter med akut encephalitis [21]. GPNMB fortrinsvis udtrykkes i lav-metastatiske melanomcellelinier som glycoprotein [22]. I melanom-metastase, der er et omvendt forhold mellem ekspressionen af ​​GPNMB og calcyclin eller thymosin-beta-10, to andre potentielle markører for progressionen af ​​kutan melanom. To tredjedele af stærkt metastatiske melanomer udtrykker rekombinant GPNMB viste langsommere subkutan tumorvækst, hvorimod en tredjedel viste reduceret potentiale for spontan metastase i nøgne mus [22] eller irispigmentdispersion i DBA /2J-mus [23]. APC2 er involveret i en serie af molekylære signaler initieres ved binding af Wnt protein til en frizzlede familie receptor på overfladen af ​​målcellen og slutter med en ændring i celle tilstand [24], [25]. APC2 protein interagerer med en mikrotubulus-associeret protein, som bevirker beta-catenin-medieret vækst signalering [24], [25]. Co-ekspression af EVL-proteinet sammen med alfa-II spektrin styrker celle-til-celle-interaktion. Methylering af den EVL-genet i alle ringe differentierede tumorer antyder, at det er en faktor i celle invasionsevne [26]. STARD8 blev identificeret som et tumorsuppressorgen, der inhiberer cancervækst [27]. Det er beliggende på kromosom Xq13 og koder DLC-3 (relateret til Rho GTPase). Transfektion af menneskelige bryst- og prostatacancer celler med en DLC-3alpha ekspressionsvektoren hæmmede celleproliferation, kolonidannelse og vækst i blød agar [27].

I den foreliggende undersøgelse, vi analyserede prøver fra AA og iranske patienter for methylering af CAN gener ‘initiativtagere. Vi antager, at CAN gener blev inaktiveret gennem epigenetisk inaktivering og kan vise tydelige methylering profiler i forskellige populationer.

Materialer og metoder

Etik Statement

Denne undersøgelse blev godkendt af Howard University Institutional Review Board, og skriftligt informeret samtykke blev opnået.

studiepopulation, og tumorprøver

i alt 102 CRC prøver blev anvendt. Fifty-én sporadiske CRC prøver fra iranske patienter, rekrutteret på hospitalerne i Shiraz University of Medical Sciences fra 2003 til 2005 og 51 CRC prøver fra AA patienter rekrutteret på Howard University Hospital, modsvares af køn, alder (med ± 5 år) og fase, blev inkluderet i denne undersøgelse. Alle prøver blev evalueret og underkastet histologisk diagnose af ekspert patologer. Væv blev indsamlet (med godkendelse fra alle ovenstående sites ‘Institutional Review Boards og klinisk data blev opnået (herunder race, alder, sted af primær tumor, scene, og tumor differentiering). Familie historie af kræft blev analyseret for at udelukke disse stamtavler, der mødtes enten Amsterdam-i eller Amsterdam II kriterier.

methylering-specifik PCR

status CAN generne methylering promotoren blev bestemt som tidligere [28], [29], [30]. Det beskrevne sekvenser af primere anvendt til amplifikation af promotorområder af hver af dåsen gener er anført i tabel 1. MS-PCR’er blev udført som tidligere beskrevet (tabel 1) [10]. de MSP primere blev udformet under anvendelse af en software udviklet på Johns Hopkins University (www.mspprimers.org) [10] baseret på sekvenserne for hvilke accessionsnumre og tilsvarende funktion er angivet i tabel 2. PCR-betingelserne var som følger: Hotstart Taq polymerase (Qiagen) anvendes med initial aktivering og denaturering 95 ° C x 15 min; 35 cykler [95 ° Cx45 sec; 60 ° C × 45 sek; 72 ° C × 1 min] efterfulgt af afsluttende forlængelse 72 ° C × 10 min. In vitro methyleret DNA og ikke-methylerede lymfocytter blev DNA anvendt som positive og negative kontroller, henholdsvis. Den annealing temperaturen var 56 ° C i APC2 og CD109 [10], hvorimod det var 60 ° C for alle andre gener (tabel 1).

DNA isolation og MSI-analyse

Arkiveret og friske tumorblokke blev skåret i 5-um sektioner på SuperFrost dias (Fisher Scientific, Pittsburgh, PA). Tumor og normale områder blev diagnosticeret af en patolog under anvendelse af H R. G.) og den procentdel af den cytoplasmatiske farvning blev indspillet

Histopatologisk analyse

Uafhængige patologer evalueret specifikke histopatologiske karakteristika.. Sortering af tumorer blev opnået ved farvning med Hematoxylin-Eosin (H PTPRD og STARD8 blev hypermethyleret hos kvinder (90% vs. 67%) og (84% vs. 61%), hhv.

Alder og CAN gen methylering

Ingen af ​​de 13 gener analyserede viste nogen aldersbetinget methylering profil, selv om ICAM5 og CD109 viste ikke statistisk signifikante forskelle (tabel 5). Dette fund er i overensstemmelse med den måde generne blev valgt og støtter tanken om, at de fleste af dem er målrettet ved methylering i en kræftfremkaldende proces.

Tumor placering og CAN gen methylering

Ti af de analyserede gener har lignende methylering niveauer, uanset tumorens placering (tabel 5). Imidlertid CD109, LGR6, og ICAM5 viste højere methylering niveauer i proksimale tumorer end i distale dem. Methylering hyppigheden af ​​CD109 var 43% i proksimale tumorer vs. 21% i distale tumorer. Disse tal for ICAM5 var 34% i proximal og 16% i distale tumorer (p 0,05). For LGR6 genet, forskellen (51% vs. 33%) var ikke statistisk signifikant.

Tumor differentiering og CAN gen methylering

Mens 8 gener viste forskellige methylering profiler på forskellige niveauer af differentiering kun to viste statistisk signifikante forskelle (ICAM5 og MMP2). Der var imidlertid ingen korrespondance med tumorprogression mod dårlig differentiering (tabel 5). Kun APC2 og EVL-generne viste højere methylering i den normale progression af en tumor fra brønd til moderat til dårlig differentiering, med APC2 gen viser 91%, 97% og 100%, og EVL-genet viser 75%, 77%, og 100%, hhv. Disse resultater kunne understrege den rolle, disse gener i tumoren differentiering proces.

Tumor scenen og CAN gen methylering profil

Otte gener viste forskellige methylering profiler på forskellige tumor stadier, med LGR6 og APC2 gener viser statistisk signifikante forskelle med højere methylering på etape 1 og lavere methylering på fremskredne stadier i tilfælde af LGR6 og lavere methylering på etape 1 og højere methylering på fremskredne stadier i tilfælde af APC2 (tabel 5). Den eneste gen, der viste en højere methylering ved mere avancerede tumor stadier var CD109, som blev methyleret ved en hastighed på 56%, 76%, og 86% ved trin I, II og (III + IV), henholdsvis.

MSI og CAN gen methylering

MSI sats var 28% for iranere og 31% for AA (tabel 3), hhv. Tolv af de 13 testede gener viste ingen forskelle i methylering niveauer mellem MSI-H og ikke MSI-H-tumorer i begge populationer. En undtagelse kunne gøres for PTPRD genet med en statistisk signifikant sammenhæng med MSI-H (P 0,05) i begge populationer (tabel 5). Der er derfor en mulighed for, at methylering af PTPRD er knyttet til MSI-H fænotype.

Population til Population sammenligning

methylering profiler af mindst 9 gener i de to analyserede populationer var lignende uden signifikante forskelle (tabel 4 og figur 1): APC2, SYNE1, EVL, MMP2, CD109, RNF182, PTPRD, stard, og RET. For LGR6 genet, der var en væsentlig forskel, selv om statistisk insignifikant, i methylering niveauer med 31% vs. 49% i iranere og AA, hhv. For tre gener, nemlig GPNMB, CHD5, og ICAM5, der var statistisk signifikante forskelle i methylering plan, med AA viser højere methylering niveauer end iranere, 100%, 78% og 40% vs. 89%, 47%, og 7,5 % for de tre gener, henholdsvis (tabel 4)

CHD5 udtryk ved IHC, Differentiering og Tumor Stage

Da en af ​​vores laboratoriets hovedpunkterne er at løse problemet med den høje forekomst af CRC i AA, og baseret på den kendsgerning, at CHD5 promotor er stærkt methyleres i denne population, og synes at være involveret i tidlige stadier af carcinogenese som kromatin modifier, vi analyserede sit udtryk ved IHC til at validere methylering resultater. Blandt 59 CRC tilfælde til rådighed for analyse, at antallet af forsøgspersoner med trin I, II, III, og IV var 14 (24,5%), 20 (35,1%), 21 (36,8), 2 (3,5%) og 2 (manglende ) henholdsvis. Generelt var der ingen statistisk signifikante forskelle for alder, køn, anatomiske placering, CHD5 udtryk med tumor fase (data ikke vist). Ekspression af CHD5 (fig. 2C) blev tabt i 80% af AA patienter og 52% i iranske patienter med stadium II og III sygdom, hhv. Men forskellen var ikke statistisk signifikant. Tabet af CHD5 ekspression var konsistent med CHD5 methylering i CRC. Det cytoplasmatiske ekspression af CHD5 var til stede i normale colon epithelceller (fig. 2A) i forhold til den negative kontrol uden det primære antistof (fig. 2B), hvilket indikerer specificiteten af ​​antistoffet.

(A) Positive CHD5 farvning tydeligt i alle de normale kirtler i biopsiprøver fra normale colon biopsier (B) i normal patienter manglende brune farve indikerer fravær af cytoplamic farvning for CHD5 i fravær af primært antistof, (C) i CRC patienter ( 52%) af tilfældene viste fravær af cytoplasmatisk farvning for CHD5 i de maligne epitelceller.

diskussion

Epigenetisk analyse af tumorceller spiller en stor rolle i forståelsen af ​​kræftfremkaldende processer og målrettede behandlinger [7]. Sjöblom et al. har sekventeret tusinder af gener i 11 primære bryst- og colontumorer og konkluderede, at hver enkelt tumor har et gennemsnit på 14 genetiske ændringer [11]. En efterfølgende epigenetisk og mutation undersøgelse [10] førte til identifikation af tavshed initiativtagere, 13, der svarer til CAN gener analyseret i denne undersøgelse [11]. Vi besluttede at undersøge virkningen af ​​disse 13 gener i CRC ved hjælp af to forskellige prøvepopulationer. Vores valg af de 13 gener var baseret på den kendsgerning, at de var etableret fra en high throughput teknologi og en omfattende undersøgelse involverer begge cellelinier og kliniske hvide kolon prøver, der blev valideret ved anvendelse af DNA fra normalt og kræftvæv [10], [11] , [33]. Her har vi analyseret methylering profil af disse 13 gener i AA og iranske CRC, MSI status og udtryk ved IHC af CHD5, et gen der mistænkes for at være involveret i tidlige kræftfremkaldende processer.

De fleste af de analyserede gener blev stærkt methyleret med forskellige niveauer af methylering fra ét gen til et andet og én population til den anden. SYNE1, et synaptisk nuklear kappe indkoder protein, blev methyleret i alle analyserede prøver, mens RNF182 promotoren, koder for et ringfinger protein, blev methyleret i nogen. Ingen kendt funktion for RNF182 genet er tilgængelig til dato. SYNE1 protein blev vist at være involveret i processen med cytokinesen [34], hvor dette protein og KIF3B proteinet letter akkumuleringen af ​​membranvesikler på spindlen midterskrog.

methylering profil af de analyserede gener viste sig at være uafhængig alder (tabel 5). Mens der er en generel methyleringsmiddel proces, der er afhængig af alder og er ikke gen /sygdomsspecifikke, opnået med de analyserede gener resultaterne afspejler relevansen af ​​disse gener i processen for kræftfremkaldende-afhængig methylering. Disse resultater styrkes af, at mange af de involverede i denne undersøgelse patienter, især iranere, er relativt unge (40 år).

Mindst fire gener viste et niveau af methylering, der afhænger af patientens køn. Et højere methylering i mandlige patienter blev fundet for APC2 og RET, mens et højere methylering i kvindelige patienter blev vist for PTPRD og STARD8 gener (tabel 5). Mindst fire gener (CD109, CHD5, LGR6, og ICAM5) viste et andet niveau af methylering, afhængigt af tumor placering. Disse gener viste en lavere methylering i den distale colon. Dette fund er i overensstemmelse med tilstedeværelsen af ​​en faldende methylering gradient fra den proximale til den distale colon. Der blev observeret en højere grad af methylering fra brønd til dårligt differentierede tumorer kun for EVL genpromotoren. Bournier et al. har vist, at co-ekspression af EVL-proteinet sammen med alfa-II spektrin styrker celle-til-celle interaktion [26]. Den methylering af EVL genet i alle dårligt differentierede tumorer og mere end 75% af godt og moderat differentierede dem øger deres invasiv. Denne konklusion styrkes af det faktum, at dette gen methylering stiger også i avancerede stadie tumorer, hvor kun 65% af fase-I tumorer blev methylerede sammenlignet med 75% ved trin IV. En tilsyneladende fase-afhængig methylering blev observeret for LGR6, som koder for et leucin-rige repeat-holdige G-protein- koblede receptor, og er således involveret i celleproliferation [13]. Men dette fald i methylering status fra trin I til trin IV (71% til 43%) kan ikke forklares på baggrund af denne genfunktion som en spredning promotor. APC2 fase-afhængig methylering fra fase I til fase IV (82% til 97%) blev også observeret, og det kan være i overensstemmelse med tumorsuppressoraktivitet af APC2 gen i CRC og dens forbindelse til den Wnt-vejen.

den multivariate analyse for effekten af ​​konfoundere (websted, differentiering og scene) er forskellig blandt de to populationer (tabel 3). At være confounders disse variabler skal korreleret med methylering, også. Som det fremgår af tabel 5, er ICAM5 korreleret med differentiering og websted, mens GPNMB og CHD5 ikke er relateret til nogen af ​​disse variabler. Baseret på disse resultater, stedet og differentiering kan have en confounder rolle for ICAM5. At være konsekvent og inkluderende i statistisk analyse, vi udviklet tre logistiske regressionsmodeller anvendelse af forward udvalg med hvert gen som afhængig faktor og sted, befolkning (iransk vs AA), scene, og differentiering som uafhængige faktorer. For alle tre modeller AA forbliver den betydelige faktor for methylering.

methylering profil for alle, men en PTPRD gen var ens i begge MSI-H og ikke-MSI-H-tumorer, hvilket bekræfter en allerede etableret dissociation mellem CpG ø methylator fænotype (CIMP) og mikrosatellit ustabilitet fænotype i tyktarmskræft tumorer. Den PTPRD genet koder for et protein, der er medlem af proteintyrosinphosphatase familie, signalmolekyler, der regulerer en række cellulære processer, herunder cellevækst, differentiering, mitotisk cyklus, og oncogen transformation. Mori et al. (2004) har allerede vist, at PTPR typen O er stærkt methyleres i MSI-H-tumorer, styrke vores fund [35]

En befolkning-til-befolkningen sammenligning afslører en anden methylering profil mellem iranere og AA til.: GPNMB (89 vs. 100%), CHD5 (47 vs. 78%), LGR6 (31 vs. 49%), og ICAM5 (7,5 vs. 40%) med mindst 3 statistisk signifikante forskelle (GPNMB, CHD5 og ICAM5) . GPNMB, en type I-transmembrane glycoprotein, viser udtryk i de ydmyge metastatisk menneskelig melanom cellelinjer, men viser ikke udtryk i de meget metastatiske cellelinier [36]. Dette gen ‘produkt kan være involveret i væksten forsinkelse og reduktion af metastatisk potentiale. Derfor kan højere methylering niveau af GPNMB i AA delvis forklare den høje aggressivitet og hurtigt progression af colontumorer i AA. Denne konklusion styrkes også af det faktum, at et andet gen er involveret i metastase, ICAM5, er stærkt methyleres i AA i forhold til iranerne. ICAM5 koder for et type I transmembrant glycoprotein, der er medlem af det intercellulære adhæsionsmolekyle (ICAM) familie. Høj methylering niveau af ICAM5 nedsætter celle-til-celle-adhæsion i de tilsvarende tumorceller, øge deres invasive potentiale. Denne konstatering er i overensstemmelse med de GPNMB resultater fører til kumulative virkninger, der øger invasionsevne og metastatisk potentiale. I modsætning GPNMB og ICAM5, CHD-5 (chromodomain helicase DNA bindende protein 5) synes at være involveret i tidlige tumorigene processer på kromatin remodeling niveau og styrer begivenheder, såsom spredning, apoptose, og degeneration via p19 (ARF) /p53 pathway [37]. Methylering niveau af dette gen i AA (78% vs. 47% i iranerne) kan afspejle det høje forekomst af tyktarmskræft i AA. Faktisk kromatin ændring påvirker udtrykket profiler af mange gener på én gang og virkninger hurtig progression af tumor. Vores seneste publikationer har vist, at AA tyktarmstumorer vise en afvigende global histon (H3, og H4) acetylering og HDAC2 udtryk [38]. Den hypermethylering af de gener, der viste ligheder mellem de to populationer kan være et tidligt lyddæmpning markør for CRC indvielse.

Baseret på de opnåede resultater og kendte karakteristika af AA CRC, CAN generne methylering resultater understøtter den meget methylerede CHD5 og ICAM5 i AA tumorer, der peger på en fremtrædende rolle CHD5 og ICAM5. Der var en konsistent resultat mellem CHD5 methylering og mangel på CHD5 proteinekspression under anvendelse IHC (fig. 2). Desuden vil det udtryk og funktionel analyse af disse gener være et vigtigt perspektiv af dette arbejde, som vi planlægger at tage i fremtiden. For nylig CHD5 er blevet betegnet som et tumorsuppressorgen, hvilket understøtter vores påstand for epigenetisk inaktivering [39] og dets IHC udtryk analyse. Methylering af CHD5 er et deltagende faktor ved højere forekomst af CRC i AA sammen med andre markører (genetiske og epigenetiske). Forskelle i kosten, miljømæssige og molekylær genetiske faktorer kan også spille en rolle [2], [40], [41], [42]. Racistisk forskelle er observeret i lipoxygenase polymorfier [43], mikrosatellit ustabilitet [44], folat metaboliske gen polymorfismer [45], og D-vitamin receptor haplotyper [39], [46].

dåsen gener kunne være benævnt CIMP markører, da der ikke er nogen aftalt standard CIMP liste og forskellige laboratorier har forskellige CIMP gener liste [12], [47], [48], [49], [50].

som konklusion vores undersøgelse bekræfter hypermethylering af kræft kandidatgener som biomarkører og en højere methylering profil GPNMB blev ICAM5, og CHD5 gener i AA observeret. Derfor muligvis forklare vist omfang den høje forekomst og aggressivitet af CRC i AA. For et samlet overblik over epigenetiske processer i tyktarmen tumorigenese i disse grupper af patienter, skal måske ske på etablerede cellelinjer bruger agenter rettet både hel-genom methylering og /eller kromatin ændring hæmmere efterfulgt af differential en grundig analyse af begge populationer ‘tumorer microarray udtryk undersøgelser.

tak

Vi vil gerne takke Mohammad Daremipouran til at køre nogle af methylering analysen.