PLoS ONE: Prognostisk relevans urin blærekræft følsomhed Loci

Abstrakte

I de sidste par år har følsomhed loci blevet identificeret for urin blærekræft (UBC) gennem kandidat-genet og genom-dækkende associationsstudier. Prognostisk betydning af de fleste af disse loci er endnu ukendt. I denne undersøgelse, brugte vi data fra Nijmegen blærekræft Study (NBCS) til at udføre en omfattende evaluering af den prognostiske relevans af alle bekræftede UBC modtagelighed loci. Detaljerede kliniske data vedrørende diagnose, stadie, behandling og sygdomsforløb af en population-baserede serier af 1.602 UBC patienter blev indsamlet retrospektivt baseret på en medicinsk fil undersøgelse. Kaplan-Meier overlevelse analyser og Cox proportional hazard regression blev udført, og log-rank test beregnet, at vurdere sammenhængen mellem 12 bekræftede UBC modtagelighed varianter og tilbagefald og progression i ikke-muskel invasiv blærekræft (NMIBC) patienter. Blandt muskel-invasiv eller metastatisk blærekræft (MIBC) patienter blev sammenslutning af disse varianter med samlede overlevelse testet. Undergruppe-analyser af tumor aggressivitet og rygning status blev udført i NMIBC patienter. I den samlede NMIBC gruppen (n = 1269), en statistisk signifikant sammenhæng mellem rs9642880 på 8q24 og risikoen for progression blev observeret (GT vs TT: HR = 1,08 (95% CI: 0,76-1,54), GG vs TT: HR = 1,81 (95% CI: 1,23-2,66), P for trend = 2,6 × 10

-3). I undergruppen analyser viste flere andre varianter suggestive, selvom ikke-signifikant, prognostisk relevans for tilbagefald og progression i NMIBC og overlevelse i MIBC. Denne undersøgelse giver tankevækkende dokumentation for, at genetiske loci involveret i UBC ætiologi kan påvirke sygdommen prognose. Belysning af den kausale variant (er) kunne fremme vores forståelse af mekanismen af ​​sygdom, kunne pege på nye terapeutiske mål, og måske hjælpe med forbedring af prognostiske værktøjer

Henvisning:. Grotenhuis AJ, Dudek AM, Verhaegh GW , Witjes JA, Aben KK, van der Marel SL, et al. (2014) Prognostisk relevans urin blærekræft modtagelighed Loci. PLoS ONE 9 (2): e89164. doi: 10,1371 /journal.pone.0089164

Redaktør: Peter C. Black, University of British Columbia, Canada

Modtaget: 26 august, 2013; Accepteret: 16 Jan 2014; Publiceret: 25 feb 2014

Copyright: © 2014 Grotenhuis et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. AG var understøttet af en investeringsanalyse tildeling af Radboud University Medical Centre. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Urinary blærekræft (UBC) er en heterogen sygdom med hensyn til dets prognose. De tilgængelige prognostiske værktøjer, der er baseret på klinisk-patologiske variabler, såsom Den Europæiske Organisation for forskning og behandling af kræft (EORTC) risiko borde og Club Urológico Español de Tratamiento Oncológico (CUETO) scoring model, har ikke tilstrækkelig diskriminerende evne til præcist at forudsige risikoen for tilbagefald og progression på niveauet for den enkelte patient. [1] Det samme gælder for scoringer, der omfatter molekylære markører. [2], [3] er klart behov for yderligere eller bedre markører for personlig sundhedspleje. Der er voksende beviser for en rolle (germline) genetiske polymorfier i sygdom prognose og behandlingsrespons. [4] – [7] Identifikation af sådanne genetiske varianter kan føre til en forbedring af resultatet sygdom forudsigelse i UBC patienter. Opdagelsen af ​​sådanne varianter kan også give et fingerpeg om den underliggende mekanisme af urothelial carcinogenese og kræft progression, og dermed vise vejen til nye terapeutiske mål.

Tilstrækkeligt drevne og veldesignede undersøgelser af prognostiske og prædiktive værdi af kimcellelinje genetiske polymorfier i UBC er sjældne. Chen

et al.

Identificeret og (eksternt) valideret indflydelsen af ​​genetisk variation i den soniske pindsvineoverføringsvejen (

dvs

, rs1233560 i

SHH

(sonisk pindsvin) og rs11685068 i

GLI2

(GLI familie zink finger 2)) om risikoen for recidiv efter transuretral resektion af tumoren (TURT) i ikke-muskel invasiv blærekræft (NMIBC) patienter. [8] Den samme forskergruppe opdagede sammenslutning af en polymorfi i en af ​​microRNA biogenese gener (

dvs.

rs197412 i

DDX20

(DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptid 20)) med recidiv i samme UBC undergruppe, der kunne gentages i en ekstra NMIBC patient serien. [9] Den resterende del af de publicerede kandidat-gen undersøgelser for UBC prognosen er af lille størrelse og stadig afventer uafhængige replikationer at udelukke falsk-positive resultater. [10] – [12] Genome-wide association studier (GWAS) i UBC prognose mangler stadig. For UBC

modtagelighed

, har skiftet til en agnostiker GWAS tilgang førte til en vellykket identifikation af flere roman, etableret genetiske polymorfier. [13] I flere cancertyper, herunder colorektal, pancreas-, bryst-, lunge- og prostatakræft, det har vist sig, at GWAS identificerede modtagelighed også varianter har prognostisk betydning. [14] – [20] Ja, i en af ​​vores GWAS for UBC modtagelighed, fandt vi, at T-allelen af ​​de identificerede risici variant rs798766 (

TACC3 /FGFR3

(transformation, sure coiled-coil indeholder protein 3 /fibroblast vækstfaktor receptor 3) locus) er forbundet med en højere risiko for recidiv, specielt blandt patienter med lav kvalitet Ta tumorer. [21] Her har vi omfattende evaluere den prognostiske relevans 12 varianter på 11 (udførligt) replikeret UBC modtagelighed loci. Vores undersøgelse viser, at der er overlap i genetiske varianter underliggende UBC ætiologi og prognose.

Materialer og metoder

Etik erklæring

Undersøgelsen blev udført i overensstemmelse med de principper, der er udtrykt i erklæring fra Helsinki. Alle deltagere gav skriftligt informeret samtykke og undersøgelsen blev godkendt af Institutional Review Board af Radboud University Medical Center, Nijmegen, Holland.

Patient befolkning

Denne undersøgelse blev udført i 1.602 patienter med primære UBC fra Nijmegen blærekræft Study (NBCS). Den NBCS tjente som den hollandske opdagelse befolkning i UBC GWAS ledet af Radboud University Medical Center og deCODE Genetics (Reykjavik, Island). Den NBCS er blevet beskrevet i detaljer. [13] Patienter med tidligere eller samtidig (inden for tre måneder) diagnose af øvre urin kræft-tarmkanalen, er baseret på oplysninger fra Nederlandene Cancerregisteret (NCR), blev udelukket. Detaljerede kliniske data vedrørende diagnose, stadium, behandling, og sygdomsforløb (tumor recidiv og progression) er indsamlet retrospektivt af en medicinsk fil undersøgelse. Baseret på scenen og histologisk klasse blev alle NMIBC patienter klassificeret med hensyn til tumor aggressivitet (

dvs..

, Risikoen for progression). Motiver med lav risiko for progression blev defineret som dem, der har TNM stadie Ta i kombination med WHO 1973 differentiering grad 1 eller 2, WHO /ISUP 2004 lav kvalitet, eller Malmström (modificeret Bergkvist) grad 1 eller 2a. Alle andre patienter blev klassificeret som havende tumorer med høj risiko for progression (fase cis- eller T1, eller som 1973 grad 3, WHO /ISUP 2004 høj kvalitet, eller Malmström (modificeret Bergkvist) grad 2b eller 3). Selvrapporterede data om rygning status blev tilgængelig baseret på en livsstil spørgeskema udfyldt af deltagerne ved undersøgelsens inklusion.

Udvalg af varianter og genotype

De ti UBC modtagelighed enkelt nukleotid polymorfier (SNPs ), der blev identificeret gennem GWAS for UBC risiko og gentaget i mindst en uafhængig befolkning, blev udvalgt til denne undersøgelse (se tabel 1 for detaljer). Alle disse SNP’er blev genotypebestemt via Illumina HumanCNV370-Duo BeadChip, bortset rs2736098 der blev genotype af en enkelt-SNP Centaurus (Nanogen) assay. [22] genom-dækkende genotypning af SNPs i NBCS og relaterede kvalitetskontrol (QC) procedurer blev beskrevet i detaljer før. [13] Konkordansen på mellem (UBC modtagelighed) SNP genotyper målt ved anvendelse af Illumina platformen og dem afledt fra en enkelt-SNP Centaurus (Nanogen) assay blev tidligere fundet at være 99,5%. [13], [21], [23]

Desuden sletning af glutathion S-transferase mu 1 (

GSTM1

) gen (null genotype) og et tag SNP til N-acetyltransferase 2 (

NAT2

) langsom acetylering fænotype (rs1495741) [24], blev begge med en etableret indflydelse på UBC risiko baseret på (metaanalyse af) kandidat-gen studier, der indgår i dette undersøgelse (se tabel 1).

GSTM1

kopi nummer variation (CNV) status blev bestemt ved en Applied Biosystems TaqMan Copy Number assay (Assay ID: Hs02575461_cn).

NAT2

tagSNP blev genotypebestemmes gennem Illumina HumanCNV370-Duo BeadChip.

Som vi indser, at de 10 GWAS-identificerede genetiske varianter evaluerede er ikke nødvendigvis de kausale varianter, vi også vurderet genetiske varianter i en 200 kb region centreret på hver af modtagelighed SNPs i forhold til hver af de prognostiske endepunkter. Til dette brugte vi genom-dækkende målt og imputerede SNP data. Imputering blev udført ved hjælp af de 1000 genomprogramledere lav dækning pilot haplotyper (udgivet Juni 2010, 120 kromosomer) og HapMap3 haplotyper (udgivet februar 2009 1920 kromosomer) som en kombineret henvisning panel. [13] Vi dermed inkluderet automatisk de to UBC modtagelighed varianter (

dvs..

, Rs2978974 (8q24.3) og rs17863783 (2q37.1)), der blev identificeret i tidligere offentliggjorte finemapping indsats. [25], [26]

Resultat definition

I NMIBC undergruppe, sammenslutningen af ​​de 12 varianter med de prognostiske endpoints tilbagefald overlevelse (RFS) og progressionsfri overlevelse (PFS ) blev undersøgt.

Dato for første gentagelse

blev defineret som datoen for histologisk bekræftelse af en nyligt fundet blære eller prostata urinrøret tumor efter mindst et tumor-negative opfølgning cystoskopi eller to kirurgisk resektion sessioner for den primære tumor.

Dato for første progression

blev defineret som datoen for den første forekomst af grad progression, scene progression, lokale og /eller fjernmetastaser, og /eller cystektomi for terapi-resistent ( ‘ukontrollabel “) sygdom. Se tekst S1 for en mere detaljeret beskrivelse af de prognostiske endpoint definitioner. NMIBC patienter, som blev behandlet med en øjeblikkelig radikal cystektomi efter primær diagnose blev anset for ikke i fare for (intravesikal) gentagelse, og derfor udelukket fra yderligere analyser. I tilfælde af ingen gentagelse /progression, blev opfølgning censureret på den sidste dag i urologisk check-up. Kun de første 5 år efter den primære NMIBC diagnosen blev anset i analyserne for at fokusere på de mest klinisk relevante periode for de prognostiske endpoints, og også for at reducere effekten af ​​konkurrerende risici (især for ældre patienter). RFS og PFS blev defineret som tidsperioden mellem datoen for den første TURT og datoen for den første begivenhed (recidiv eller progression, henholdsvis), dato for at censurere, eller dato for fem-års follow-up, alt efter hvad der kom først.

i undergruppen af ​​muskel-invasive (≥T2) eller metastatisk blærecancer (MIBC) patienter blev sammenhængen mellem de 12 varianter og samlet overlevelse (OS) evalueret. Til dette formål blev der oplysninger om vitale status hentes via NCR gennem rekord kobling til den landsdækkende hollandske Municipal Personlige Records Database. Hvis patienter var stadig i live 31. december

st, 2011, opfølgning blev censureret på denne dato. Igen blev follow-up tid anset begrænset til de første fem år efter diagnosen. OS blev defineret som tidsperioden mellem datoen for den første TURT og dato for død (af alle årsager), dato for at censurere, eller dato for fem-års follow-up, alt efter hvad der kom først.

Statistisk analyse

Kaplan-Meier overlevelse og Cox proportional hazard regression blev udført, og log-rank test beregnet, at vurdere sammenhængen mellem de 12 varianter og de ovennævnte prognostiske endepunkter. Multivariable Cox regressionsanalyse blev brugt til at justere hazard ratio (HR) for effekten af ​​behandlingen i NMIBC patienter, og for udvidet /metastaseret (

dvs

, primære fase T4 (B) eller en hvilken som helst T med N + /N ≥1 og /eller M1) versus lokaliseret sygdom (

dvs

., primære fase T2-T4A med n0 /NX og M0 /MX) ved diagnose i MIBC patienter. For at evaluere undergruppe-specifikke effekter, en stratificeret analyse ifølge tumor aggressivitet NMIBC (

dvs

, lav vs høj risiko for progression) og rygning status (

dvs

, aldrig vs. nogensinde cigaret rygning) blev udført.

foreningen med sygdom prognose blev vurderet på grundlag af en genotypisk model med homozygot genotype af de mest almindelige (større) allel (baseret på vores data) tildelt som reference kategori. For

GSTM1

vi studerede forening for patienter med nul-genotype sammenlignet med patienter med mindst én kopi af genet til stede, og at

NAT2

vi evaluerede sammenslutningen af ​​langsomme acetylatorer (rs1495741: AA) sammenlignet med mellemliggende /hurtig acetylatorer (AG /GG). Bonferroni korrektion blev anvendt for at justere tærsklen statistisk signifikans for de 12 testede varianter (alfa = 0,05 /12 = 4 × 10

-3) (med P-værdier udledt på basis af en (to-sidet) trend test). På dette alpha-niveau og under forudsætning af en risiko allel frekvens på 0,20, vores undersøgelse havde 80% magt til at opdage en HR større end 1,35 og 1,89 for recidiv (femårigt risiko: 50%), og en HR på 1,57 og 2,36 minimum for progression (femårigt risiko: 20%), i henhold til en dominerende og recessiv arvegang, henholdsvis (IBM SPSS SamplePower frigive 3.01)

Ud over den single-SNP-analyser, vi vurderet den kumulative prognostisk værdi. af UBC modtagelighed varianter ved test association med den genetiske risikoscore,

dvs

, samlede sum af antallet af UBC risikofaktorer alleler (0,1,2) for hver SNP blandt individer med succes genotypede for alle 12 varianter. For

NAT2

GSTM1

, vi tælles risikoen genotypen (0,1). Kumulativ (additiv) forening med RFS og PFS blandt NMIBC patienter blev testet ved at inkludere denne genetiske risiko score som kontinuerlig (uafhængig) variabel i en Cox regressionsmodel (med justering for behandling type). Statistiske analyser blev udført ved hjælp af IBM SPSS Statistics for Windows 20 (IBM Corp., Armonk, NY, USA).

Association parametre for imputerede SNP varianter omgiver GWAS risiko SNPs (ifølge en additiv arv model) var opnås ved Cox proportionel risiko regressions analyser udført med ProbABEL v0.1-3 fra GenABEL suite af programmer. [27] Cox proportionel risiko model (

pacoxph

funktion) implementeret i ProbABEL-pakke gør brug af kildekoden for R-pakken “overlevelse”, som gennemføres af T. Lumley. Regionale foreningens parceller blev trukket ved hjælp LocusZoom software. [28]

Resultater

Ikke-muskel invasiv blærekræft (NMIBC)

Blandt den samlede studiepopulation af 1.602 UBC patienter, 1327 blev diagnosticeret med NMIBC (trin Ta, T1, CIS). Tredive patienter blev ekskluderet, fordi de tidligere eller samtidigt blev diagnosticeret med kræft i de øvre urinveje. Desuden blev ni patienter ekskluderet, fordi gentagelse og progression status ikke gyldigt kunne vurderes på grundlag af den medicinske fil gennemgang. Endelig har vi udelukket 19 NMIBC patienter, der havde en øjeblikkelig radikal cystektomi (se tabel S1 for patient- og tumor egenskaber). Den mediane tid mellem datoen for den første TURT og datoen for den sidste urologisk check-up besøg af de resterende 1.269 NMIBC patienter var 5,3 (interkvartile område (IQR): 3.7-8.7) år. Demografiske og klinisk-patologiske karakteristika både NMIBC og MIBC gruppe er vist i tabel 2.

Foreningen af ​​UBC modtagelighed loci med recidiv.

Median tid med risiko for tilbagefald af 1269 inkluderet NMIBC patienter var 2,9 år. I de første 5 år efter den primære UBC diagnose, 601 (Kaplan-Meier 5-års risiko: 51,3%) NMIBC patienter oplevede recidiv. Ingen af ​​de 12 genetiske varianter undersøgte viste en statistisk signifikant sammenhæng med RFS på Bonferroni-justeret eller nominelt signifikansniveau (P 0,05) (se tabel 3)

Foreningen af ​​UBC modtagelighed loci med sygdom. progression.

Median tid med risiko for progression af de 1.269 NMIBC patienter var 4,9 år. 195 NMIBC patienter (Kaplan-Meier 5-års risiko: 17,2%) oplevede sygdomsprogression i de første fem år efter den primære UBC diagnose. En af de 12 genetiske varianter,

dvs

rs9642880 på

MYC

(v-myc aviær myelocytomatosis viral onkogen homolog) locus viste en statistisk signifikant sammenhæng med risiko for sygdomsprogression (P for trend = 2,6 × 10

-3). De genotype-specifikke resultater tyder på en recessiv virkningsmekanisme (GG vs TT: HR = 1,81 (95% konfidensinterval (CI): 1,23-2,66)), med ingen tegn på en forskel i progression risiko mellem GT heterozygoter og TT homozygote (se tabel 3 og figur 1). Med en strengere progression definition,

dvs

, overgang fra NMIBC (Ta /T1 /CIS) til muskel-invasiv sygdom (≥T2) (60 hændelser inden for 5 år efter diagnosen, Kaplan-Meier 5-års risiko: 5,5%), sammenslutningen af ​​rs9642880 blev endnu mere udtalt og øget risiko for progression blev observeret blandt både heterozygote og homozygote bærere af G-allelen (GT vs TT: HR = 1,49 (95% CI: 0,72-3,08) og GG vs. TT: HR = 3,15 (95% CI: 1,50-6,61), P for trend = 1,32 × 10

-3). Derudover strengere progression definition afslørede nominelle evidens for øget risiko for progression blandt bærere af rs710521 [G] allel (AG vs. AA: HR = 1,52 (95% CI: 0,89-2,61) og GG vs. AA: HR = 2,84 (95% CI: 1,24-6,51), P for trend = 0,01) i NMIBC patienter. Ingen af ​​de andre risikofaktorer varianter var nominelt eller statistisk signifikant associeret med tid til progression.

Kaplan-Meier overlevelse plot viser sammenhæng mellem rs9642880 genotype og progressionsfri overlevelse (PFS) af ikke-muskel invasiv blærekræft (NMIBC ) patienter.

undergruppe analyse ifølge tumor aggressivitet.

for flere af modtagelighed loci blev ætiologiske sammenhæng med blærekræft tidligere er rapporteret til at være specifik for (eller mest fremtrædende blandt ) gruppen med lav eller høj risiko for progression. Derfor har vi også vurderet, om foreningen med recidiv og progression for de 12 genetiske varianter varierer mellem disse NMIBC undergrupper. Vi justeret for eventuelt resterende behandling variabilitet inden for de to NMIBC undergrupper. Efter begrænsning til NMIBC med kendt form for grundlæggende behandling blev 672 klassificeret som “lav risiko for progression”, og 534 som “høj risiko for progression”, mens 12 sager aggressivitet ikke kunne bestemmes. Fem-års risiko for recidiv er 48% og 52% blandt lave og høje sager risiko, henholdsvis (hvilket indikerer, at tumor aggressivitet er ikke en god sorterer for risikoen for recidiv). Med hensyn til progression, varierer femårig risiko mellem 9% blandt lav risiko og 26% blandt højrisikotilfælde. Den stratificerede analyse viste ikke statistisk signifikante foreninger i nogen af ​​de undergrupper, ikke for tilbagefald og ikke for progression; nogle tyder resultater af (grænsetilfælde) nominel signifikans blev fundet (se tabel S2).

Effect modifikation af rygning status.

På grund af deres engagement i afgiftning af miljøfremmede og kræftfremkaldende stoffer (herunder bestanddele af cigaretrøg, den vigtigste UBC risikofaktor), vi evalueret også sammenslutningen af ​​

NAT2

acetylering status,

GSTM1

CNV, og rs11892031 SNP (i UDP glucuronosyltransferase en familie, polypeptid Et komplekst locus (

UGT1A

) klynge) med NMIBC prognose efter rygning status (se tabel 4). Data om selvrapporteret rygning status og type af indledende behandling var tilgængelig for 1.035 NMIBC patienter (852 og 183 nogensinde og aldrig (cigaret) rygere, henholdsvis). Analyserne viste nogle beviser for en forhøjet risiko for tilbagefald i

NAT2

langsomme acetylatorer sammenlignet med patienter med en mellemliggende eller hurtig acetylering status specifikt blandt nogensinde rygere (rs1495741 AA vs AG /GG: HR

adj . = 1,29 (1,04-1,61), P for trend = 0,02). Desuden blandt aldrig rygere,

NAT2

langsom acetylering status viste sig at korrelere med en nedsat risiko for sygdomsprogression sammenlignet med mellemliggende /hurtig acetylatorer (HR

adj. = 0,42 (0,19-0,93), P for trend = 0,03). Der blev ikke fundet bevis for effekt modifikation af rygning status for sammenhængen mellem

GSTM1

CNV eller rs11892031 og NMIBC prognose.

Interessant, en eksplorativ analyse for anden modtagelighed loci angivne sammenslutning af rs798766 på 4p16.3 (

TACC3-FGFR3

) locus med risikoen for tilbagefald specifikt blandt aldrig rygere NMIBC patienter (aldrig cigaretrygere: CT vs. CC:. HR

adj = 2,71 (95 % CI: 1,73-4,24) og TT vs. CC: HR

adj = 2,43 (95% CI: 0,73-8,05), P for trend = 2,7 × 10

-5, nogensinde cigaretrygere:. CT vs . CC: HR

adj = 1,07 (95% CI: 0,86-1,32). og TT vs CC:. HR

adj = 0,98 (95% CI: 0,63-1,52), P for trend = 0,75) (se tabel 4 og figur 2)

Kaplan-Meier overlevelse plots viser sammenhæng mellem rs798766 genotype og tilbagefald overlevelse (RFS) i A) aldrig cigaret rygere (Logrank p = 3,0 × 10

. – 5) og B) nogensinde cigaretrygere (Logrank p = 0,84) med non-muskel invasiv blærekræft (NMIBC).

Prognostisk analyse af score genetiske risiko.

Ud over evaluering af den prognostiske relevans af UBC modtagelighed varianter på single-SNP-niveau, vi vurderede deres kumulative (additiv) virkning på NMIBC prognose ved prøvning association med det samlede antal UBC risikofaktorer alleler (

dvs

, den genetiske risikoscore). Efter begrænsning til patienter med komplette genotype data for alle 12 varianter og kendte behandling typen, 872 NMIBC patienter (390 tilbagefald og 117 progression begivenheder) blev inkluderet. Størstedelen af ​​ikke-støtteberettigede patienter for denne analyse var på grund af en manglende genotype for rs2736098 SNP (N = 279: ikke inkluderet i Centaurus assay [22]) eller

GSTM1

CNV (N = 94; utilstrækkelig DNA beløb eller CNV analyse mislykkedes). . Denne analyse viste en tendens til en lidt dårligere RFS (HR

adj = 1,05 (95% CI:. 1,00-1,10, P for trend = 0,05) med hver ekstra risiko allel foretaget Dette udmønter sig i en ~1,3- fold og 1,6 gange øget risiko for tilbagefald blandt bærere af 5 og 10 risikofaktorer alleler (sammenlignet med patienter med nul UBC risiko alleler), hhv. Ingen association blev observeret mellem den genetiske risikoscore og PFS blandt NMIBC patienter (HR

adj = 0,99 (95% CI: 0,91-1,07), P for trend = 0,77)

muskel-invasive og metastatiske blærekræft (MIBC)

Nijmegen blærekræft Study indeholder. 275 MIBC patienter. To patienter blev udelukket fra analysen, fordi de tidligere eller samtidigt blev diagnosticeret med kræft i de øvre urinveje.

Foreningen af ​​UBC modtagelighed loci med den samlede overlevelse.

Median tid på risiko for den samlede død af de 273 MIBC patienter var 6,8 (IQR: 3.1-11)) år. I de første 5 år efter den primære diagnose, 81 af de MIBC patienter (Kaplan-Meier 5-års risiko: 29,9%) døde. Ingen af ​​de 12 varianter evaluerede viste sig at være associeret med OS på Bonferroni-justeret statistisk signifikans niveau (se tabel 5).

GSTM1

CNV viste en statistisk signifikant sammenhæng med OS på den nominelle P 0,05: HR = 1,70 (95% CI: 1,04-2,79) for patienter med null genotype versus alle andre. Foreningen mistede nominelle betydning men efter justering for overlevelse forskellen mellem patienter med udvidet /metastaseret og lokaliseret cancer (se tabel 5). På grund af den lille prøvestørrelse, analyser ingen undergruppe blev udført.

Regional forening analyse

Evalueringen af ​​sammenslutningen af ​​(målt og imputeret) genetiske varianter inden for en 200 kb region centreret på hver af de 10 GWAS identificerede modtagelighed SNPs ikke gav en forening på den statistiske signifikans tærskel P 1 × 10

-4 (i gennemsnit ~500 varianter i 200 kb region) for nogen af ​​de genetiske markører i forbindelse med den endpoints RFS og PFS i den samlede NMIBC undergruppe (se figur S1 og S2) og OS i MIBC undergruppe

for

MYC

locus, rs9642880 viser den anden stærkeste association signal.; rs10094872 viser en lidt stærkere associering signal med risiko for NMIBC progression (P = 1,8 × 10

-3; r

2 mellem de to SNP’er baseret på 1000G Pilot 1 CEU data = 0,54). Efter justering for effekten af ​​rs9642880, sammenslutningen af ​​rs10094872 mistet styrke i forhold til HR og statistisk signifikans (P = 0,25). Det samme gælder for sammenslutningen af ​​rs9642880 (P = 0,37) betinget af effekten af ​​rs10098472, hvilket indikerer, at begge varianter repræsenterer samme forening signal.

Diskussion

Der er stigende tegn på, at samme gener eller genetiske varianter kan være impliceret i både kræft disposition, sygdom prognose, og behandlingsrespons. Hidtil er denne indbyrdes forbundne på det genetiske niveau især observeret for gener involveret i velkendte onkogene veje såsom xenobiotisk metabolisme, DNA-reparation, og cellecykluskontrol. [29], [30] Herudover er adskillige GWAS identificerede cancer følsomhed loci (flere med endnu ukendt mekanisme) har vist sig at spille en rolle i cancer prognose. [14] – [21] Dette er den første omfattende evaluering af den prognostiske relevans af alle bekræftede UBC modtagelighed loci

På basis af denne undersøgelse, for kun en af ​​de undersøgte UBC modtagelighed loci en forening med sygdom prognose var. identificeret som passerede grænsen multiple test. Denne vigtigste fund angivet en effekt af rs9642880 SNP på

MYC

locus på PFS i den samlede gruppe af NMIBC patienter. Patienter med rs9642880 GG genotypen oplevet en øget risiko for sygdomsprogression sammenlignet med patienter med GT eller TT genotype. Forskellige ætiologiske undersøgelser (inklusive den første GWAS) har indikeret konsekvent, at risikoen for UBC øges for bærere af rs9642880 [T] allel, der mest blev udtalt for lav kvalitet Ta tumorer. [23], [31] – [35] Denne ætiologisk link af rs9642880 [T] med en mindre aggressiv type UBC kunne forklare den nedsat risiko for progression i bærere af denne allel. Men vi observere nedsat risiko for progression i både lav og høj risiko for progression undergrupper. Dette indebærer, at inden for disse risiko strata rs9642880 [T] tillægger en yderligere gavnlig indflydelse på det kliniske sygdomsforløb. Undersøgelser i andre typer kræft viser en forening for andre (uafhængige) SNPs i 8q24 kromosomale område med sygdom aggressivitet og /eller klinisk resultat. [14], [36] – [41] Det styrker betydningen af ​​optrævling mysteriet om denne 8q24 locus, en såkaldt gen ørken, som synes at være involveret i modtagelighed og klinisk sygdom løbet af flere typer kræft. Ud over validering i et selvstændigt patientpopulation, det kræver yderligere undersøgelser, om foreningen, at vi fandt medieres gennem en langtrækkende, regulerende effekt på 30 kb opstrøms beliggende

MYC

proto-onkogen, eller gennem en anden biologisk mekanisme. [42], [43]

Tidligere i en af ​​de publikationer, på grundlag af vores GWAS for risiko blærekræft, beskrev vi association af rs798766 [T] allel (

TACC3 /FGFR3

locus ) med en øget risiko for tilbagefald blandt lav-trins lav kvalitet NMIBC sager. [21] Vi gør iagttage en lignende tendens i dette papir (lav risiko for progression undergruppe: CT vs. CC: HR

adj = 1,27 (95% CI:. 1,00-1,61), og TT vs CC: HR

adj = 1,18 (95% CI: 0,71-1,94), P for trend = 0,09). Men foreningen er mindre udtalt, og ikke passerer tærsklen betydning. Denne forskel i effekt skøn kan forklares ved den kendsgerning, at denne analyse og den tidligere GWAS analyse er baseret på kun en delvis overlappende patient serie og bruge en lidt anden gentagelse definition. Også i vores aktuelle vurdering, vi justeret for den uafhængige effekt af behandlingen på strataene ifølge tumor aggressivitet. Baseret på en eksplorativ analyse fandt vi tegn på, at sammenhængen mellem rs798766 og NMIBC gentagelse kan være medieret af rygning status, men dette skal bekræftes af andre undersøgelser.

For flere andre modtagelighed loci, vores undersøgelse giver suggestive evidens for en forening med UBC prognose, især i undergruppe analyser, som kunne afspejle de forskellige molekylære veje, der spiller en rolle i forskellige sygdomsområder undertyper. Vi præsenterede foreningen resultater på dette papir, men ikke diskutere dem nærmere her som disse resultater først kræver replikation i uafhængige UBC patient serien. Evaluering blandt MIBC undergruppe er hæmmet af den forholdsvis lille stikprøve. Fremtidige analyser skal udføres i større patientgruppe serie, der tillader analyser i relevante undergrupper med hensyn til sygdom scenen og behandling.

Vores prognostisk evaluering baseret på en kumulativ score genetisk risiko antyder, at UBC risiko loci tilsammen kan have indflydelse på NMIBC gentagelse. Dette resultat kan skyldes en kumulativ virkning af flere små stigninger i recidiv risiko knyttet til flere af modtagelighed varianter.

Hvor klassifikation af NMIBC patienter i to risiko lag med hensyn til tumor aggressivitet resulterede i rimelig diskrimination i risikoen for progression i vores kohorte, det syntes at være en dårlig sorterer for recidiv. Manglende data om tumor størrelse og præcis tumor nummer (to vigtige gentagelse prædiktorer i EORTC risiko model, men karakteristika, der er dårligt dokumenteret i medicinske diagrammer) for en stor del af patienterne begrænsede os i vores muligheder for at forbedre klassificeringen prognostisk risiko.