PLoS ONE: Genetisk variation i TP53 Pathway og blærekræft Risk. En omfattende analyse

Abstrakt

Introduktion

kønscellelinie varianter i

TP63

er konsekvent forbundet med flere tumorer, herunder blærekræft, om betydningen af ​​

TP53

pathway i kræft genetisk modtagelighed. Imidlertid varianter i andre relaterede gener, herunder

TP53

rs1042522 (Arg72Pro), stadig er til stede kontroversielle resultater. Vi foretaget en grundig vurdering af sammenhænge mellem fælles germlinie varianter i

TP53

vej og blærekræft risiko.

Materiale og metoder

Vi undersøgte 184 tagSNPs fra 18 gener i 1.058 tilfælde og 1.138 kontroller fra den spanske blærekræft /Epicuro Study. Sager blev nydiagnosticeret blærekræft patienter under 1998-2001. Hospital kontrol var alderssvarende køn og område matches til tilfælde. SNP’er blev genotype i blod DNA ved hjælp Illumina Golden Gate og TaqMan analyser. Sager blev subphenotyped henhold til trin /stilling og tumor p53 udtryk. Vi anvendte klassiske test for at vurdere individuelle SNP foreninger og de mindst Absolute Svind og Selection Operator (LASSO) -penalized logistisk regressionsanalyse til at vurdere flere SNPs samtidigt.

Resultater

Baseret på klassiske analyser, SNPs i

BAK1 Hotel (1),

IGF1R Hotel (5),

P53AIP1 Hotel (1),

PMAIP1 Hotel (2),

SERINPB5

(3),

TP63 Hotel (3), og

TP73 Hotel (1) viste signifikante sammenhænge på p-value≤0.05. Dog sås ingen tegn på sammenhæng, enten med samlede risiko eller med specifikke sygdomstilstande undertyper, efter korrektion for multiple test (p-value≥0.8). LASSO valgt SNP rs6567355 i

SERPINB5

med 83% af reproducerbarhed. Dette SNP forudsat en OR = 1,21, 95% CI 1,05-1,38, p-værdi = 0,006, og en korrigeret p-værdi = 0,5, når de kontrollerer for overvurdering.

Diskussion

Vi fundet stærke beviser, at almindelige varianter i

TP53

vej er forbundet med blærekræft modtagelighed. Vores undersøgelse tyder på, at det er usandsynligt, at

TP53

Arg72Pro er impliceret i UCB i hvide europæere.

SERPINB5

TP63

variation fortjener yderligere efterforskning i længere studier

Henvisning:. Pineda S, Milne RL, Calle ML, Rothman N, López de Maturana E, Herranz J et al. (2014) Genetisk variation i

TP53

Pathway og blærekræft Risk. En omfattende analyse. PLoS ONE 9 (5): e89952. doi: 10,1371 /journal.pone.0089952

Redaktør: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan

Modtaget: 29 oktober, 2013; Accepteret: 24 Jan 2014; Udgivet: 12. maj 2014

Copyright: © 2014 Pineda et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af Fondo de Investigación Sanitaria, Spanien (tilskud nummer 00/0745, PI051436, PI061614, G03 /174); Red Tematica de Investigación Cooperativa en cancer (tilskud nummer RD06 /0020-RTICC), Spanien; Marato TV3 (tilskud nummer 050.830); Europa-Kommissionen (tilskud numre EU-FP7-HEALTH-F2-2008-201663-UROMOL; amerikanske National Institutes of Health (tilskud nummer USA-NIH-RO1-CA089715) og Intramural Research Program for afdelingen for Epidemiologisk Kræftforskning og Genetik, National Cancer Institute ved National Institutes of Health, USA;. Consolider ONCOBIO (Ministerio de Economía y Competitividad, Madrid, Spanien) de finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet.

Konkurrerende interesser: FX Real er et PLoS ONE Editorial Board medlem Dette ændrer ikke forfatternes tilslutning til alle PLoS ONE politikker om datadeling og materialer

Introduktion

i mere udviklede lande, urothelial karcinom i blæren (UCB) er den fjerde mest almindelige kræftform hos mænd og syttende hos kvinder, den samlede male:female forholdet være 3:01. Dette forhold er større (06:01) i Spanien, hvor sygdommen præsenterer en af ​​de højeste incidensrater blandt mænd (51 pr 100.000 årsværk) [1]. Tobaksrygning og erhvervsmæssig eksponering for aromatiske aminer er blevet etableret som de stærkeste risikofaktorer, blandt andre [2]. Mens ingen high-penetrans allel /gen er blevet identificeret til dato, som er forbundet med UCB, der er veletableret beviser for, at UCB risiko påvirkes af fælles genetiske varianter [3], [4].

Tidligere undersøgelser karakteriserende UCB er i overensstemmelse med tilstedeværelsen af ​​mindst to sygdomstilstande undertyper baseret på deres morfologiske og genetiske anlæg. Den første undertype omfatter lav risiko, papillær, ikke-muskel invasive tumorer (NMIT, 60-65% af alle UCB) og den anden type omfatter både høj-risiko NMIT (15-20% af alle UCB) og muskel invasive tumorer ( MIT, 20% -30% af alle UCB). Støtte disse morfologiske undertyper, blev differentierede genetiske pathways beskrevet og var forbundet med tydelig UCB evolution. Somatiske mutationer i

FGFR3

er hyppigere i lav risiko NMIT, mens mutationer i

TP53

RB

er hovedsageligt involveret i højrisiko-NMIT og MIT [5] [6]; mutationer i

PIK3CA

HRAS

forekomme på samme måde i de to tumor undertyper. Interessant, har en eksplorativ analyse vist, at nogle germlinie genetiske varianter kan være forskelligt forbundet med risikoen for at udvikle forskellige UCB underfænotyper defineret i henhold til tumor stadie (T) og bedømmelse (G) [7].

TP53

er den vigtigste menneskelige tumorsuppressorgen og dens konsekvenser i UCB er blevet grundigt undersøgt [8].

TP53

ligger in17p13, en region, der ofte udgår i humane cancere, og det koder for p53-proteinet. p53 er en transkriptionsfaktor kontrollerende celleproliferation, cellecyklus, celleoverlevelse, og genomisk integritet og – derfor – den regulerer et stort antal gener. Under normale cellulære betingelser, p53 bliver hurtigt nedbrudt på grund af aktiviteten af ​​

MDM2

, en negativ p53 regulator, som også er en p53 målgen. Ved DNA-beskadigelse eller andre påvirkninger, er p53 stabiliseret og regulerer ekspressionen af ​​mange gener involveret i cellecyklusstop, apoptose, og DNA-reparation blandt andre. Somatiske ændringer i

TP53-service /p53 er en af ​​de hyppigste ændringer forbundet med UCB, især med de mere aggressive tumorer [9].

Kimcellelinje

TP53

mutationer disponerer for et bredt spektrum af tidlig debut kræft og forårsage Li-Fraumeni og relaterede syndromer [10], [11]. Disse mutationer er sædvanligvis enkelt-basesubstitutioner. Over 200 germlinie enkelt nukleotid polymorfier (SNP) i

TP53

er blevet identificeret på nuværende [12]. SNP rs1042522 (Arg72Pro) er blevet vurderet i forbindelse med flere kræftformer, blandt dem UCB. Men resultaterne af disse undersøgelser er inkonsekvent, [13], [14], [15], [16], [17], [18]. I modsætning hertil en sammenhæng mellem SNP rs710521 i

TP63

, en

TP53

familiemedlem, og risikoen for UCB har været overbevisende replikeret, der peger på inddragelse af

TP53

vej medlemmer i UCB modtagelighed [4].

Formålet med denne undersøgelse var at omfattende undersøge, om germline SNPs i gener involveret i

TP53

vej er forbundet med risiko for UCB. Til dette formål blev der i alt 184 tagSNPs i 18 vigtige gener vurderes ved hjælp af data fra den spanske blærekræft /Epicuro studie.

Materialer og Metoder

Undersøgelse Emner

Spanish blærekræft /Epicuro Study er en case-kontrol undersøgelse foretaget i 18 hospitaler fra fem områder i Spanien og beskrevet andetsteds [2], [4], [7]. Kort fortalt tilfælde var patienter diagnosticeret med primær UCB i en alder af 21-80 år mellem 1998 og 2001. Alle deltagere var af selvrapporteret hvide europæiske afstamning. Diagnostiske dias fra hver patient blev gennemgået af et panel af eksperter patologer at bekræfte diagnosen og for at sikre, at kriterierne ensartet klassificering blev anvendt på grundlag af WHO 1999 og International Society of Urologiske Patologi systemer [19].

Controls var patienter indlagt på de deltagende hospitaler for betingelser menes at være relateret til de UCB risikofaktorer. De vigtigste årsager til indlæggelse var: brok (37%), anden abdominal kirurgi (11%), fraktur (23%), andre ortopædiske problem (7%), hydrocoele (12%), kredsløbssygdomme lidelse (4%), dermatologisk lidelse (2%), oftalmologisk lidelse, (1%), og andre sygdomme (3%). Kontroller blev individuelt tilpasset til de sager om alder inden for 5-årige kategorier, køn, etnisk oprindelse og region bopæl.

Oplysninger om sociodemografi, rygevaner erhvervsmæssige og miljømæssige engagementer, fortid medicinske og familiær historie af kræft blev indsamlet af uddannede undersøgelse skærme, der gennemførte en omfattende computerstyret assisteret personlig samtale med undersøgelsens deltagere under deres hospitalsophold. Af 1.457 støtteberettigede tilfælde og 1.465 kontroller, 1219 (84%) og 1271 (87%), blev interviewet henholdsvis.

Alle emner gav skriftligt informeret samtykke til at deltage i undersøgelsen, som blev godkendt af de etiske komiteer af de deltagende centre.

Genotypning

i alt 184 tagSNPs fra 18 gener, der deltager i

TP53

pathway blev udvalgt ved hjælp af Select Your SNP’er (SYSNPs) programmet [20 ]. SYSNP brugt oplysninger fra dbSNP B25, hG17 og HapMap Meddelelse # 21. Haploview s Tagger algoritme (v3.32) blev påført med standard parameterværdier. Værktøjet finder alle tilgængelige oplysninger for hver SNP og implementerer algoritmer, der giver status for hver SNP som tagSNP, en erobrede SNP eller en ikke-fanget SNP. Ifølge disse oplysninger tagSNPs blev udvalgt. Følgende grupper af gener blev overvejet: 1)

TP53

familiemedlemmer (

TP53

,

TP63

TP73

) og 2) gener kendt være mål for p53 eller regulatorer af p53-funktion [

BAK1, BAX, BBC3, BIRC5, CDKN1A, FAS, GADD45A, IGF1R, MDM2, PCNA, PMAIP1, SERPINB5, SFN

(Stratifin, 14-3-3sigma) ,

TP53AIP1

), og 3) c-

MYC

, en stor onkogen involveret i en bred vifte af menneskelige kræftformer, der regulerer p53 pro-apoptotisk aktivitet (se tabel S1 i File S1). SNPs blev genotypet hjælp Illumina Golden Gate og TaqMan (Applied Biosystems) analyser på det spanske Core Genotypning Facility på CNIO (CEGEN- CNIO). Genotypebestemmelse var en succes for 1.058 tilfælde og 1.138 kontroller. Vi beregnede dækning for hvert gen ved hjælp Haploview 4.2 ved at vælge SNPs inden et gen med en MAF≥0.05 fra projekt 1000 genomer, som reference, og opnåede det antal SNPs taget med de SNPs genotypede på r2≥0.8 inden hvert gen.

Statistisk Analyse

Afgang fra Hardy-Weinberg ligevægt blev vurderet i kontrol ved hjælp af Pearsons chi-square test. Manglende genotyper blev tilregnet for multi-SNP model ved hjælp Beagle 3.0 metoden [21]. Foreninger mellem UCB og SNPs betragtes blev vurderet ved hjælp af to metoder: klassisk logistiske og polytomous regressionsanalyser anvendes på hver SNP individuelt, og de mindst Absolute Svind og Selection Operator (LASSO) -penalized logistisk regression til at vurdere alle SNPs samtidigt. Alle modeller blev justeret for alder ved diagnose (tilfælde) eller interview (kontrol), køn, region, og rygning status. Rygning status blev kodet i fire kategorier (aldrig: 100 cigaretter i deres levetid, lejlighedsvis: mindst én per dag for ≥ 6. måneder tidligere: hvis de havde røget regelmæssigt, men stoppede i mindst 1 år før datoen for undersøgelsen integration; og strøm: hvis de havde røget regelmæssigt inden for et år af dato integration [2]

med de “klassiske” statistiske tilgange vi vurderede SNP vigtigste virkninger for hele sygdom og for forskellige undertyper af UCB, så godt. som SNP * SNP og SNP * rygning interaktioner. sygdom undertyper blev defineret på to måder. for det første, efter etablerede kriterier baseret på tumor stadie (T) og bedømmelse (G) så lav risiko NMIT (TAG1 og tag2), høj risiko NMIT (tAG3, T1G2, T1G3, og Tis), og MIT (T2, T3 og T4). og det andet, ifølge tumoren udtryk for p53 bestemmes ved hjælp DO7 antistof Vi anvendte histoscore som, hvor var den procentdel af cellerne .. med intensitet Vi derefter klassificeret tilfælde som lav eller høj p53 udtryk i forhold til medianen histoscore

for at vurdere de samlede primære effekter blev de fire former for arv overvejes: co dominerende, dominerende, recessive, og tilsætningsstof . Den statistiske signifikans af associationer blev bestemt ved anvendelse sandsynligheden kvotientkriteriet (LRT). Vi evaluerede sammenhænge mellem de enkelte SNPs og undertyper af UCB hjælp polytomous logistisk regression. Heterogenitet af sygdom undertype blev testet ved en LRT sammenligne denne model til at med ln (OR) begrænset til at være lig tværs undertyper. Vi evaluerede også alle to-vejs interaktioner mellem SNPs med en LRT sammenligne logistiske regressionsmodeller med de to SNPs (additiv model) og kovariater er beskrevet ovenfor, med og uden en eneste interaktion betegnelse for multiplikative, pr-allel effekter. Interaktioner mellem hver SNP og cigaret brug (aldrig vs. nogensinde) blev vurderet ved hjælp af en lignende metode. Multiple test blev tegnede sig for ved at anvende en permutation test med 1.000 gentagelser. Vi anvendte Quanto (https://hydra.usc.edu/gxe/) for at vurdere statistisk styrke i betragtning af den tilgængelige stikprøve.

Vi også vurderet kombineret SNP effekter ved hjælp LASSO. Metoden er blevet beskrevet i detaljer af [22]. Kort fortalt log-sandsynlighed funktion anvendes i klassisk logistisk regression (1), hvor

n

er antallet af observationer, er rekonstrueret inkorporerer en straf, så (2), hvor

s

er antallet af SNP’er og

λ

er lasso straf. Den Newton-Raphson algoritmen anvendes på ligning (2) at estimere

β

‘si en iterativ måde.

Lasso metode er baseret på ideen om at fjerne irrelevante prediktorvariabler (β = 0) via straffen parameter, hvorved der udvælges kun de mest relevante SNPs som delmængde af markører mest forbundet med sygdommen. Anvendelsen af ​​straffen parameter undgår også overfitting skyldes både høj dimensionalitet og kollinearitet mellem kovariater. Vi kun betragtes additive genetiske arvegang.

Denne teknik giver forudindtaget estimatorer til at reducere deres varians. På grund af dette, har implementeret pakke i R ikke give et skøn p-værdier for regression beta koefficienterne, da standard fejlene ikke mening under en forudindtaget estimator. Vi evaluerede derfor resultaterne ved først at påføre Lasso anvendelse af en 5-fold krydsvalidering (CV) metoden [23] for at vælge den optimale λ som giver den mindste Akaike information kriterium (AIC); vi derefter valgte delmængde af SNPs der var mest informative med denne λ. Vi vurderede robustheden af ​​hver SNP valgt i den optimale model ved at beregne reproducerbarhed som andelen af ​​gange hver SNP blev valgt til at være i den multivariate model fra 1000 bootstrap delprøver [24].

At evaluere foreningen med UCB risiko for at delmængde af SNP’er, testede vi dem ved LRT i en multivariat regressionsmodel med alle SNP’er i sammenligning med nul-model. For at korrigere for overvurdering grund den første udvælgelse af de bedste SNPs, vi udførte en permutation test med 10.000 gentagelser.

STATA 10 blev anvendt til at køre den klassiske logistiske og multinomial regressionsanalyser. Alle andre statistiske analyser blev kørt i R (https://www.R-project.org), ved hjælp af den straffet bibliotek [25] for LASSO straffet logistisk regression.

Resultater

Tabel 1 viser fordelingen af ​​forsøgspersonerne, der indgår i analysen: 1.058 sager og 1.138 kontroller. De fleste individer (87%) var mænd og sager var mere tilbøjelige til at være rygere end kontroller (43% vs. 25%, henholdsvis p-værdi 0,001).

Ingen tegn på afvigelse fra Hardy-Weinberg ligevægt blev observeret for eventuelle SNPs efter overvejelse af flere test (ikke-justerede p-værdi 10

-4). Polymorfier i

TP53

blev ikke individuelt forbundet med UCB risiko, selv ved en nominel, ukorrigeret 5% signifikansniveau (ukorrigeret p-værdi 0,4). Den procentdel af reproducerbarhed fra Lasso model ved hjælp af 1.000 bootstrap delprøver var 50%, hvilket indikerer en dårlig robusthed af modellerne. Resultater for de additive og samlet dominerende modeller er sammenfattet i tabel 2.

Brug klassisk logistisk regression, SNPs i

BAK1 Hotel (1),

IGF1R

( 5),

P53AIP1 Hotel (1),

PMAIP1 Hotel (2),

SERPINB5 Hotel (3),

TP63 Hotel (3), og

TP73 Hotel (1) viste betydelige resultater, ved en ikke-korrigeret p-value≤0.05, med samlede UCB risiko (tabel 3). Dog sås ingen tegn på sammenhæng med risiko for eventuelle individuelle SNPs efter korrektion for multiple test (permutation test p-værdi 0,8). Dette var også tilfældet for de foreninger med de etablerede sygdom undertyper, der er defineret i henhold til trin /stilling eller ved p53-ekspression (figur 1). Notatet SNPs rs3758483 og rs983751 i

FAS

blev forskelligt og omvendt forbundet med MIT og høj p53 udtrykkende tumorer i ukorrigerede analyser (tabel S2 og S3 i File S1). Vi observerede også ingen tegn på SNP * SNP interaktioner eller interaktioner mellem SNPs og rygning status (data ikke vist).

En SNP

p-værdi

over den røde linje betragtes som forbundet med den fænotype efter korrektion flere test af Bonferroni (4,2 for de vigtigste virkninger og 3.6 for undertyper). Alle modeller er korrigeret for alder, køn, region og cigaretrygning status.

Når alle 184 SNPs blev samtidig vurderet ved hjælp LASSO, valgt metoden rs6567355 i

SERPINB5

med en reproducerbarhed = 83%. Denne SNP billede en OR = 1,21, 95% CI 1,05-1,38, p-værdi = 0,006 i den vigtigste virkning logistisk regressionsmodel og en korrigeret p-værdi = 0,5, når de kontrollerer for overvurdering (tabel 3). Selvom det ikke er udvalgt af LASSO i den sidste model under de strenge kriterier,

IGF1R

-rs1058696 (OR = 0,63, 95% CI 0,44-0,90, p-værdi = 0,010) og

TP63

-rs13321831 (OR = 1,36, 95% CI 1,06-1,73, p-værdi = 0,014) viste en procentdel af reproducerbarhed . 80%

diskussion

Vi genotype almindelige varianter i gener i

TP53

vej i 1.058 tilfælde og 1.138 kontroller af hvide europæiske herkomst og fundet stærke beviser for association med risiko for UCB generelt, eller med undertyper af sygdommen defineret ved scenen og lønklasse eller ved p53-ekspression.

Et centralt gen i reaktionsvejen er

TP53

, og den mest almindeligt studerede variant i dette særlige gen er Arg72Pro (rs1042522). Dens konsekvenser i følsomhed over for forskellige kræftformer er blevet rapporteret i asiatiske befolkningsgrupper, men ikke i hvide europæere. En meta-analyse af 49 livmoderhalskræft undersøgelser, der bidrager alt 7,946 tilfælde og 7,888 kontroller fandt, at Arg-allelen var forbundet med en øget risiko for cervical cancer [14]. Men en anden meta-analyse af 39 studier (26,041 tilfælde og 29,679 kontrol) fundet svag evidens for en sammenslutning af samme variant med reduceret risiko for brystkræft [18]. Med hensyn til gastrisk cancer, en kombineret analyse af 6,859 tilfælde og 9.277 kontroller fra 28 studier fundet en stærkere omvendt sammenhæng kun blandt asiater [26]. For lungekræft, en marginalt signifikant øget risiko var i en kombineret analyse af data med 15,647 tilfælde og 14,391 kontroller fra 36 studier, selvom foreningen syntes at være også begrænset til den asiatiske befolkning [27].

Foreningen mellem

TP53

Arg72Pro og UCB risiko er blevet vurderet af to meta-analyser. Samlet set blev der ingen sammenhæng observeret af Jiang et al. når man sammenligner 1.601 sager og 1.948 kontroller fra 10 studier, selv om en marginalt signifikant sammenhæng blev set blandt asiater (OR = 0,77, 95% CI 0,59-1,00, for ArgArg /ArgPro vs. ProPro) [13]. Uoverensstemmende resultater er for nylig blevet rapporteret kombinerer data fra 14 studier bidrager med 2.176 sager og 2.798 kontroller (OR = 1,268, 95% CI 1,003-1,602, for ArgArg /ArgPro vs. ProPro blandt den asiatiske befolkning) [17]. En lang række undersøgelser overlapning mellem de to meta-analyser. De manglende oplysninger om gen-gen og gen-miljø interaktioner, samt på den ledsagende effekt af

TP53

somatiske mutationer kan forklare de uoverensstemmende resultater [28].

Resultaterne fra vores undersøgelse bekræfter den manglende sammenslutning af Arg72Pro i

TP53

med risiko for UCB i hvide europæere (OR = 0,98, 95% CI 0,77-1,26, for ArgPro vs. ArgArg og OR = 0,91, 95% CI 0.75- 1.09, for ProPro vs. ArgArg, p-værdi = 0,5 for overordnede effekter) [13], [17]. Men vi kan ikke udelukke, at manglende statistisk styrke kan hæmme identifikation af en lille effekt forening: selv med sin store prøve størrelse, kunne den foreliggende undersøgelse stikprøvestørrelse detektere en OR≥1.3 pr-allel for denne SNP med 90% statistisk styrke og på et signifikansniveau på 5%.

med hensyn til andre SNPs i

TP53

, Lin et al rapporterede en forening med rs9895829 og rs1788227 (p-værdi = 0,003 og 0,027 henholdsvis) i en mindre studere med 201 tilfælde og 311 kontroller i en asiatisk befolkning [29]. Vi har ikke genotype disse SNPs, selvom de er i høj LD med to SNPs betragtes her: rs8079544 (LD = 1,0) og rs12951053 (LD = 0,7), hhv. Ikke desto mindre, at ingen af ​​de vurderede yderligere SNPs i

TP53

optrådte være forbundet med UCB risiko. Den delvise dækning af genet med de vurderede SNPs (38%) ikke tillader os at afvise rolle

TP53

i UCB modtagelighed.

TP63

er et andet centralt medlem af det undersøgte pathway. En SNP (rs710521) placeret i dette gen er blevet rapporteret at være forbundet med risiko for UCB ved en GWAS (per-allel OR = 1,19, 95% CI 1,12-1,27, p-værdi = 1,15 × 10

-7) [30]. Denne forening blev overbevisende gentaget i en kombineret analyse af data fra forskellige undersøgelser (allel-specifik OR = 1,18, 95% CI 1,12-1,24, p-værdi = 1,8 × 10

-10), herunder vores, for hvilket det var genotypet som en del af et særskilt initiativ [4]. Notatet har denne særlige SNP ikke viser betydelige resultater i vores undersøgelse (OR = 0,95, 95% CI 0,83-1,10, p-værdi = 0,5), et faktum, der kan forklares ved de forskellige geografiske placering relaterede eksponeringer i de deltagende studier , bliver UCB en miljømæssig drevet sygdom [31]. Den foreliggende undersøgelse vurderede 32 SNPs i

TP63

, giver 24% af genet dækning. Tre af dem viste ukorrigerede betydelige resultater i det samlede UCB association analyse med en procentdel af reproducerbarhed 70% fra LASSO. Disse resultater berettiger en udvidet UCB undersøgelse af dette område.

Med hensyn til andre SNPs i de udvalgte gener, vi fandt ikke nogen stærke beviser for association efter korrektion for multiple test (permutation test p-value≥0.8 for den samlede vigtigste effekter og p-value≥0.3 for undertype effekter). Den øverste (ukorrigerede) betydelige SNPs var placeret i

BAK1

,

IGF1R

,

P53AIP1

,

PMAIP1

,

SERPINB5

, og

TP73

. Almindelige varianter i disse gener er ikke tidligere blevet rapporteret som forbundet med UCB risiko, selvom en ændret ekspression af

BAK1

IGF1R

er blevet beskrevet i blæretumorer.

Mange komplekse sygdomme, såsom UCB, sandsynligvis på grund af den kombinerede effekt af flere loci [32] og de fleste traditionelle associationsstudier vurderer vigtigste virkninger for én SNP ad gangen er underdimensioneret til at detektere små effekter [33]. Derfor kan konsekvenserne af fælles genetiske varianter bedre vurderet af en metode, der både vælger en langt reduceret sæt af potentielt tilknyttede SNP’er og prøver for foreningen globalt. Dette har været en udfordring på grund af den høje dimensioner og kollinearitet mellem SNP’er. Ikke desto mindre kan straffes teknikker håndtere disse problemer, og de er begyndt at dukke op i genetiske forbindelsesundersøgelser. Wu et al anvendte straffet logistisk regression i et genom-dækkende forening undersøgelse anvendt på cøliaki data og Zhou et al udvidet dette arbejde til vurderingen af ​​foreningen for almindelige og sjældne varianter anvendes til familie kræft registerdata [34] [35]. I den foreliggende undersøgelse, vi anvendte lassoen algoritme til at redegøre for kombinationseffekter af SNPs i TP53 vej og UCB risiko. Under de anvendte kriterier, denne metode er valgt en SNP (rs6567355), der viste en ikke-korrigeret p-værdi = 0,006 for tilsætningsstoffet tilstand af arv med en procentdel af reproducerbarhed = 83%. Dette er en hyppig G A SNP (MAF = 0,29) placeret i intron region

SERPINB5

. Som nævnt før, er der ikke beviser på tidligere associering mellem denne SNP og helst sygdom blevet præsenteret til stede.

SERPINB5

er en tumor suppressor (tabel S1 i File S1). Ekspressionsniveauerne for dette gen er blevet korreleret med de

DBC1

(Slettet i blærekræft 1) i UCB prøver, hvilket tyder på sit engagement i urokinase-plasminogen vej [36].

SERPINB5

ville fortjener yderligere efterforskning i udvidede undersøgelser, så godt.

En begrænsning af vores undersøgelse er den ufuldstændige tagging af de udvalgte gener på grund af brugen af ​​en tidligere HapMap frigivelse at vælge tag SNPs, før tilgængeligheden af ​​data fra projektet 1000 genomer. Medianen dækning af de 18 gener der behandles i reaktionsvejen er ifølge de opdaterede HapMap releases, 44%, fra 21% til 86%. Derfor kan vi ikke udelukke helt konsekvenserne af fælles variation i disse gener i UCB modtagelighed

For almindelige SNPs (MAF 0,05)., Vores undersøgelse er strøm (90%) for at påvise ORs≥1.4 ved et signifikansniveau niveau på 0,05, idet det antages et tilsætningsstof nedarvningsmåde. Derfor undersøgelsen er ikke afgørende med OR 1.4. Mens denne undersøgelse repræsenterer en af ​​de største vurderinger foretaget indtil stede, vil meget større undersøgelser være forpligtet til at udelukke mindre vigtigste effekter forbundet med almindelige varianter i generne af denne vej. Dette er endnu vigtigere, når subphenotype analyser betragtes. Vi fandt også noget bevis for SNP-SNP interaktioner (permutation test p-value≥0.3) og SNP-ryger interaktioner (permutation test p-value≥0.07), selvom strømmen var endnu mere begrænset til at detektere disse. Ifølge kandidat pathway, blev de undersøgte SNP’er valgt som tags; derfor blev de ikke korreleret viser en lav LD. Dette faktum, lad os overvinde en potentiel begrænsning påvirker den procentdel af reproducerbarhed, når SNPs er høje korreleret.

Credit bør også gives til denne undersøgelse, ikke kun med hensyn til sin store prøve størrelse, men også for sin fremtidige natur og sygdom repræsentativitet for de homogene metoder anvendes til at indsamle oplysninger og biosamples af de deltagende centre, til integration af forskellige typer af information (sociodemografi, epidemiologiske, genetiske, kliniske og patologiske, og molekylære), og for de omfattende og innovative statistiske metoder anvendt at vurdere UCB modtagelighed forbundet med en meget kandidat vej.

som konklusion, ved hjælp af en omfattende analyse tegner forskellige modeller og forskellige tilgange, fandt vi ingen stærke beviser for, at almindelige varianter i

TP53

vej er forbundet med UCB risiko. Men specifikke medlemmer af vejen,

TP63

SERPINB5

fortjener yderligere efterforskning i længere studier. På den anden side, vores undersøgelse tyder på, at det er usandsynligt, at

TP53

Arg72Pro er impliceret i UCB i hvide europæere.

Mens biologisk lyd, har kandidat pathway analyse kaste begrænset anerkende i den genetiske følsomhed inden for mange sygdomme. Årsagerne til denne relative ringe effektivitet kan være, blandt andet stadig mangel på viden om alle de vigtigste komponenter i en given vej, indførelse af støj ved at overveje mange gener /varianter uden at vise forening, og den manglende dækning af sjældne varianter ikke opmærket med denne fremgangsmåde, foruden metodologiske forklaringer såsom en svækket statistisk styrke. Forskere skal undersøge, om det er tid til at afskedige denne tilgang til en mere omfattende strategi sådan hele genomet /exome sekventering i dissekere den genetiske arkitektur af komplekse sygdomme.

Støtte Information

File S1.

Kombineret Støtte Information fil, der indeholder: Tabel S1, placering og funktion af de udvalgte gener. Tabel S2, Heterogeneity i enkelte (SNP) risikoestimater blandt blærekræft underfænotyper defineret i henhold til scenen og lønklasse i den spanske blærekræft Study. Tabel S3, heterogenitet enkelt (SNP) risikoestimater blandt blærekræft underfænotyper defineret af p53-ekspression i den spanske blærekræft Study

doi:. 10,1371 /journal.pone.0089952.s001

(DOCX)

Tak

Vi anerkender koordinatorerne marken og administrative medarbejdere, teknikere og patienter i den spanske blærekræft /Epicuro Study.