PLoS ONE: Socioøkonomiske og ernæringsmæssige faktorer Redegøre for Sammenslutningen af ​​mavekræft med indfødt Stamtræ i et latinamerikansk af det blandede Population

Abstrakt

mavekræft er en af ​​de mest dødelige kræftformer, og dens forekomst varierer over hele verden, med Andes-regionen i Sydamerika viser høje incidensrater. Vi evaluerede den genetiske struktur af befolkningen fra Lima (Peru) og udførte en case-kontrol genetiske forening undersøgelse for at teste det bidrag af afrikansk, europæisk eller indiansk afstamning til at risikere for mavekræft, kontrol for effekten af ​​ikke-genetiske faktorer . Et bredt sæt af socioøkonomiske, kosten, og klinik oplysninger blev indsamlet for hver deltager i undersøgelsen og herkomst blev estimeret baseret på 103 herkomst informative markører. Selv bybefolkningen fra Lima normalt betragtes som mestits (dvs. blandet fra afrikanere, europæere og indianere), observerede vi en høj brøkdel af indiansk herkomst (78,4% i de tilfælde og 74,6% for kontrollen) og en meget lav afrikansk afstamning ( 5%). Vi bestemt, at højere indiansk individuel herkomst er forbundet med mavekræft, men socioøkonomiske faktorer, der er forbundet både med mavekræft og indiansk etnicitet konto for denne forening. Derfor er den høje forekomst af mavekræft i Peru ikke ud til at være relateret til modtagelighed alleler fælles i denne population. I stedet foreslår vores resultat en fremtrædende rolle for etniske-associeret socioøkonomiske faktorer og forskelle i adgangen til sundhedsydelser. Da indianerne er en overset gruppe i genomiske studier, foreslår vi, at befolkningen fra Lima og andre store byer fra vestlige Sydamerika med høj indianske herkomst baggrund kan være praktiske mål for epidemiologiske undersøgelser fokuserede på denne etniske gruppe.

Henvisning: Pereira L, Zamudio R, Soares-Souza G, Herrera P, Cabrera L, Hooper CC, et al. (2012) Socioøkonomiske og ernæringsmæssige faktorer Redegøre for Sammenslutningen af ​​mavekræft med indfødt Stamtræ i et latinamerikansk af det blandede Befolkning. PLoS ONE 7 (8): e41200. doi: 10,1371 /journal.pone.0041200

Redaktør: Zongli Xu, National Institute of Environmental Health Sciences, USA

Modtaget: Marts 1, 2012; Accepteret: 18 juni 2012; Udgivet: 3. august, 2012 |

Dette er en åben-adgang artiklen, fri for alle ophavsrettigheder, og kan frit gengives, distribueres, overføres, ændres, bygget på, eller på anden måde bruges af alle til ethvert lovligt formål. Værket gøres tilgængeligt under Creative Commons CC0 public domain dedikation

Finansiering:. Fogarty International Center og National Cancer Institute (5R01TW007894) finansierede denne undersøgelse. Undersøgelsen og dens deltagere modtog også støtte og stipendier fra følgende brasilianske agenturer: Brasiliansk National Research Council, Undervisningsministeriet, Ministeriet for Sundhed (PNPD-Saúde Program), og Minas Gerais State Reaearch Agency. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

mavekræft er en af ​​de mest dødelige former for kræft, der tegner sig for ca. 800.000 dødsfald om året, men forekomsten varierer betydeligt på verdensplan [1]. Den højeste forekomst af mavekræft er observeret i Østasien, Østeuropa, og Andes-regionen i Sydamerika. Ja, i den peruvianske befolkning, mavekræft ligger på andenpladsen i forekomsten blandt mænd og tredje blandt kvinder (22,6 og 20 tilfælde per 100.000 mænd og kvinder henholdsvis), som er den type kræft med den højeste dødelighed. Forholdsvis, forekomsten af ​​mavekræft i Peru er cirka fem gange højere end i USA, og det dobbelte observeret i Brasilien [1].

Recavarren-Arce et al. og Correa foreslået en progression model for udvikling af tarm-typen gastrisk adenocarcinom, som består af en overgang fra overfladiske gastritis til metaplasi til dysplasi og endelig gastrisk adenocarcinom [2], [3]. En overflod af socio-økonomiske, miljømæssige og kostfaktorer modulere denne progression og den individuelle risiko for i sidste ende at udvikle mavekræft. Kronisk infektion i maven af ​​bakterien

Helicobacter pylori

fører til kronisk inflammation er en væsentlig henføres risikofaktor [4], selv om mindre end 2% af

H. pylori

luftfartsselskaber udvikle mavekræft [5].

Helicobacter pylori

mangfoldighed påvirker også risikoen for værten mavekræft, og tilstedeværelsen af ​​den bakterielle virulens faktor cag + er en af ​​de mest relevante risikofaktorer. Mens dette virulens faktor har en frekvens på -60% i europæiske og amerikanske befolkninger, det opnår mere end 90% i den peruvianske befolkning [6]. Også, mens indianske individer fra isolerede bestande er inficeret med det meste indfødte stammer, der ligner asiatiske stammer, på grund af Pleistocæn asiatisk oprindelse indfødte amerikanere, personer, der lever i mellemstore og store bycentre, selv om de kan have en dominerende indiansk herkomst, er smittet med stort set europæiske eller hybrid stammer bragt til Amerika efter det 15. århundrede. Disse stammer havde stort set har erstattet mindre virulente eller kraftig indfødte stammer [7], [8].

Fattigdom korrelerer også med gastrisk adenocarcinom [9] og mens forhøjet forbrug af forarbejdede eller røget mad og salt er risikofaktorer, hyppige indtag af frisk frugt og grøntsager er beskyttende [10], [11], [12], [13]. Menneskelig genetiske mangfoldighed er også relevant [14]. De observerede forskelle i forekomsten af ​​mavekræft verdensplan kan skyldes miljømæssige faktorer eller tilstedeværelsen af ​​modtagelighed genetiske varianter, der er mere hyppige i populationer med høj forekomst af sygdommen, men identifikation og diskrimination af disse faktorer er udfordrende. Selv fælles modtagelighed genetiske varianter er blevet identificeret i europæiske og kinesiske befolkninger ved genom-dækkende og kandidat-gen associationsstudier i gener, som

PLCE

[15],

IL1B

[14],

IL8

[16], [17], [18],

IL1RN

[19], og

PTGS2

[20], disse varianter tegner sig for en lille del af genetiske varians forbundet med sporadisk mavekræft.

Peru med sin høje forekomst af mavekræft, har den største indianske befolkning i Sydamerika [21] og store byer som Lima er befolket af mennesker, der er klassificeret som mestits ( dvs. personer med iblanding fra afrikanere, europæere og indianere). Hvis der er et menneske genetiske grundlag for den høje forekomst af mavekræft i Andes-regionen, forventer vi, at iblandede befolkning fra Lima til havnen genetiske varianter tegner sig for denne høje forekomst, og hvis disse varianter var mere almindelige i den indianske genetiske baggrund af denne population, vil det være muligt at anvende hele genomet strategi for iblanding mapping at opdage disse varianter. Tilsætning kortlægning undersøgelser har for nylig været med til at identificere varianter forbundet med prostatakræft [22] i populationer afrikansk-amerikanske, men denne fremgangsmåde er endnu ikke fuldt ud anvendes til de latinamerikanske eller Latino /spansktalende amerikanske befolkninger. I den forbindelse målene for denne case-kontrol genetiske forening undersøgelsen er: (i) at vurdere den etniske sammensætning og dens tilknyttede genetiske struktur af patienter deltager store hospitaler i Lima; (Ii) for at teste, om de enkelte Native amerikanske, europæiske og afrikanske ophav er risikofaktorer for mavekræft, kontrol for effekten af ​​ikke-genetiske faktorer (dvs. socioøkonomiske, ernæringsmæssige, og klinisk). Samfundsøkonomisk, kosten, og kliniske oplysninger blev indsamlet for hver deltager i undersøgelsen og herkomst blev estimeret baseret på 103 herkomst-informative markører (mål). Vi bestemt, at højere indiansk individuel herkomst er forbundet med mavekræft, men at socioøkonomiske faktorer forbundet både med mavekræft og etnicitet redegør for denne forening. På trods af den høje forekomst af mavekræft blandt peruanere med overvejende indiansk herkomst, behøver vores resultater ikke pege på en klar genetiske grundlag for denne uoverensstemmelse i forekomsten. Snarere, de foreslår en fremtrædende rolle for etniske-associeret socioøkonomisk og menneskelige økologiske faktorer og forskelle i adgangen til sundhedsydelser.

Resultater

Vi rekrutterede personer deltager Gastroenterology divisioner og ordineres til en endoskopi i tre store hospitaler i Lima (tabel S1). Sager var voksne, der er nævnt for endoskopi og hvis biopsier blev bekræftet positive for mavekræft ved histopatologiske analyser. Kontrolgruppen bestod af individer, hvis biopsier var negative for mavekræft. Personer med intestinal metaplasi (n = 46) blev inkluderet som kontrol af den antagelse, at denne type metaplasi ikke øger risikoen for at udvikle mavekræft [23], [24], [25].

Vi brugte en valideret sæt af 103 AIMS [26] for at estimere Native amerikanske, europæiske og indiansk individuel aner for hver af de 241 gastriske kræfttilfælde og 300 kontroller rekrutteret til denne undersøgelse. Forstanderen Component Analysis (PCA, figur 1) af de enkelte genotyper for vores peruvianske prøver (herunder 296 indianere) og for europæiske, afrikanske og mexicanske personer fra HapMap-III viser, at de mål, der anvendes diskriminere mellem afrikanske, europæiske og peruvianske Native American forældrenes befolkninger, og at det blandede mexicanere (hjemmehørende i Los Angeles) og de peruvianske gastriske sager og kontroller deltager Lima hospitaler er placeret mellem europæere og indfødte amerikanere. Desuden peruvianske gastrisk sager og kontroller er relativt tættere på de peruanske indianske forældrenes befolkninger. Selv bybefolkningen fra Lima betragtes som mestits (dvs. typisk blandes), studerede grupperne heri viste en meget høj indiansk herkomst (78,4% i de tilfælde og 74,6% for kontrollerne, Box i figur 1), med en lav afrikansk afstamning ( 5%, figur S1). Interessant, der er en positiv sammenhæng mellem indiansk afstamning og mavekræft (logistisk regression, OR = 3,69, 95% CI af OR: 1,34 til 10,09, p = 0,011, R2 = 0,016), og dermed en negativ sammenhæng med europæisk herkomst .

(boks). Hver enkelt blev genotype for 103 herkomst informative markører valideret af Yaeger et al. (2008). Vi repræsenterer de første (horisontale) og anden (lodret) hovedkomponenter, som indfanger 35,3% og 7,7% af den samlede varians, henholdsvis den. HapMap individer: Yri: Yoruba fra Nigeria, LWK: Luhya fra Kenya, ASW: Afrikansk amerikansk fra Southwest USA, MKK: Maasai fra Kenya, CEU: Utah beboere med europæisk herkomst, TSI: Toscani fra Italien, MEX: Mexicansk herkomst bosiddende i Los Angeles. Peruvianske indianere: Shimaa (SHI) og Ashaninkas (ASH) fra Matsiguenga etniske gruppe, og personer fra Puno i Andesbjergene (PU). Boksen inden figuren viser tætheden plot og midler (lodrette linjer) af indiansk herkomst i mavens kræfttilfælde (gul) og kontroller (brun).

Som forventet, variabler, der er indikatorer for fattigdom (lav uddannelse niveau, hjem kvalitetsegenskaber såsom brugen af ​​lave kvalitet materialer, mangel på gode apparater, og dårlige sanitære forhold) var forbundet med gastrisk cancer (tabel 1). Også nogle fordøjelses-relaterede symptomer såsom afbrænding (p 0,0001), kvalme (p 0,0001), opkastning (p 0,0001), og tyngde (p 0,0001) var hyppigere i tilfælde end i kontrol, men disse symptomer er sandsynligvis en konsekvens af sygdommen (tabel 1). Den variable alder blev normalt ikke fordelt (p 0,01, Kolmogorov-Smirnov test), medianerne (og afvigelse interkvartile) til kontrol og sager var 61 (standardafvigelse (SD): 21) og 65 (SD: 25) år henholdsvis ( p = 0,042, Mann-Whitney-test); Derfor blev denne variabel betragtes som kovariat i yderligere logistisk regressionsanalyse.

Vi syntetiserede den brede sæt af ikke-genetiske variabler, som indsamles i de tilfælde og kontroller ved hjælp af en multivariat faktoranalyse, at reducere dimensionalitet af disse 43 ikke-genetiske variabler efter indfange korrelationen mellem dem (tabel 1 og tabel S2). Interessant er den første faktor (16,38% af den samlede varians) domineret af socioøkonomiske variabler, men indeholder en delmængde af korrelerede ernæringsmæssige variabler, højere værdier af faktoren svarende til rigere betingelser. Den anden faktor (5,95% af den samlede varians) indbefatter delmængder af socioøkonomiske og ernæringsmæssige variabler, samt klager, såsom smerte. Den tredje faktor (5,26% af den samlede varians) er domineret af fordøjelsesproblemer-relaterede symptomer. Vi anvendte de individuelle koordinater for hvert af disse tre faktorer til syntetisk repræsenterer den oprindelige sæt af 43 variable. Både den første “socioøkonomiske” faktor og den anden faktor er forbundet med gastrisk cancer (OR = 0,68, p = 0,0002 og OR = 0,7, p = 0,0008, henholdsvis) og også med etnicitet (p = 0,02 og p = 0,00003 henholdsvis hvor højere værdier af faktoren svarer til bedre socioøkonomiske forhold). Den tredje “fordøjelsessymptomer” faktor er forbundet med gastrisk cancer (OR = 2,16, p 0,0001).

Den observerede sammenhæng mellem indiansk herkomst og gastrisk cancer kan skyldes virkningen af ​​forstyrrende socioøkonomiske eller ernæringsmæssige variabler forbundet med både gastrisk cancer og herkomst. Det er velkendt, at høj indianske eller afrikansk afstamning er forbundet med fattigdom i mange befolkninger i Amerika (se også [27]). Konsekvent, vi observeret, at indiansk herkomst er forbundet med variabler, der er indikatorer for fattigdom (hvoraf mange blev også forbundet med mavekræft) samt deres syntetiske “socioøkonomiske” første faktor den multivariate analyse (tabel 1). Når vi kontrolleret for alle kovariater (dvs. de tre faktorer i den multivariate analyse og alder), sammenhængen mellem mavekræft og indiansk afstamning ikke vare ved (OR = 1,28, 95% CI af OR: 0,37 til 4,47, p = 0,69). Ligeledes når vi separat styret for effekten af ​​socioøkonomiske forhold (den første faktor i den multivariate analyse) eller alder, sammenhængen mellem mavekræft og indiansk herkomst heller ikke vare ved (OR = 2,58, 95% CI af OR: 0,83 -8,07 for faktor 1 og OR = 1,01, 95% CI af OR:. 0,99-1,02 for alder)

diskussion

Vi udførte en case-kontrol undersøgelse i det urbane iblandede befolkning fra Lima (Peru), og fastslog, at indiansk individuel herkomst er forbundet med mavekræft. Men denne forening synes primært at skyldes sammenslutningen af ​​socioøkonomiske variabler både med gastrisk kræft og med indiansk afstamning. Konsekvent, selv om sammenslutningen af ​​herkomst med mavekræft er signifikant (p = 0,011), herkomst forklarer kun 1,6% af variansen i sygdomsstatus. Når ikke-genetiske kovarianter er inkluderet, deres fælles virkning med aner forklarer 22,3% af variansen i sygdomsstatus. Derfor er den høje forekomst af mavekræft i Peru [1], [28] synes ikke at være på grund af tilstedeværelsen af ​​fælles modtagelighed genetiske varianter hyppigere i indianske befolkninger, men snarere en kombination af socioøkonomiske faktorer til stede i denne population . Der er dog behov for yderligere undersøgelser med større stikprøvestørrelser til at udforske denne observation, da magt til at opdage herkomst genetiske virkninger var begrænset i den aktuelle undersøgelse. Dette resultat er i overensstemmelse med det relative fald i mavekræft forekomst i USA i de seneste årtier, som følge af forbedringen af ​​socioøkonomiske forhold [29].

Nøjagtighed af afstamning skøn afhænger af flere spørgsmål. Det første er antallet og arten af ​​markører, der anvendes til at estimere blanding. De 103 FORMÅL anvendt i denne undersøgelse indeholde tilstrækkelige oplysninger til at producere acceptable iblanding skøn [26], [30]. Galanter et al. har også vist, at et panel af mere end 88 AIMS indeholder tilstrækkelig information til at anslå individuel blanding med nøjagtighed [31]. Et andet gennemgående metodisk problem i estimering blanding er vanskeligheden ved hjælp af data fra de mest repræsentative forældrenes Afrika, europæiske og indianske befolkninger i iblandede gruppe. I dette tilfælde, vi indgår som proxy for forældrenes befolkninger europæiske og afrikanske personer fra HapMap projektet, og et sæt af peruvianske indianere fra Andesbjergene i Peru og de tilstødende østlige områder. Mens dette valg ikke kan være optimal, brugte de 103 SNPs, som er formål, mildnet dette problem, fordi deres frekvenser er meget forskellige blandt de forældrenes etniske grupper og yderst homogent i dem [26]. Anvendelsen af ​​markører med disse egenskaber gør vores resultater robuste over for valg af suboptimale parentale populationer. Det tredje forskellige metoder til at estimere individuel blanding kan producere lidt forskellige resultater, selv startet ud fra samme datasæt. For at teste robustheden af ​​vores iblanding resultater i forhold til iblanding estimeringsmetoder, analyseres igen vi data ved hjælp af alternative maksimum-sandsynlighed tilgange foreslået af Tang et al. [32] og gennemført i softwaren Frappe, og den metode, Alexander et al. implementeret i softwaren Tilsætning v. 1.2 [33]. De tre metoder er produceret meget korrelerede resultater (figur S2) og det samme mønster af association med mavekræft (data ikke vist).

peruvianske personer født på landet har mere indiansk herkomst i gennemsnit, end beboerne i store bycentre (tabel 1). I en case-kontrol undersøgelse, kan sager ofte omfatte personer med mere indiansk afstamning, fordi de er henvist fra små landskabet sundhedscentre til store bymæssige hospitaler for at modtage bedre sundhedspleje. Denne henvisning mønster har mindre effekt på kontrol, og kan derfor skabe en falsk sammenslutning af indiansk afstamning med sygdom. Men vi indspillede steder fødsel for alle undersøgelsens deltagere, og dermed kontrollerede denne potentielle confounding faktor: når vi inkluderede fødested (Lima vs. landskabet) som kovariat i logistisk regression, sammenslutningen af ​​indiansk afstamning med mavekræft varet, dog på et lavere signifikans (p = 0,05 vs. p = 0,011). Vi konkluderer, at sammenhængen mellem mavekræft og herkomst er ikke en artefakt af henvisninger af landskabet personer med høj indiansk afstamning til vores undersøgelse hospitaler. Dette resultat understreger vigtigheden af ​​at indsamle fødested og opholdstilladelse data for genetiske associationsstudier med sygdomme i Latinamerika og andre regioner, hvor de fleste europæiske kolonisering og iblanding fandt sted i byerne, og mere autoktone individer dominerer i landdistrikterne, som i Melanesien og Sydafrika .

i denne undersøgelse har vi inkluderet som kontrol personer med intestinal metaplasi (n = 46), forudsat at dette ikke øger risikoen for at udvikle mavekræft [23], [24], [25]. Imidlertid er denne antagelse ikke universelt accepteret [34]. Når vi alternativt antage tre ordinale kategorier af risiko for sygdom (dvs. personer uden tarm metaplasi, med intestinal metaplasi, og med gastrisk kræft), denne progression, vurderet af en ordinal logistisk regression er også forbundet med indiansk herkomst (OR = 2,83, 95 % CI af OR: 1,10 til 7,29, p = 0,031), men igen, er denne forening ikke vare ved, når kontrolleret for alle kovariater (faktor 1, 2 og 3 og alder) (eller = 1,08, 95% CI af OR : 0,35-3,34, p = 0,897). Således behøver vores resultater ikke afhænge af inddragelsen af ​​intestinale metaplasi individer som kontroller.

Et problem i vores eksperimentelle design er, at kontrollen blev udvalgt som symptomatiske individer deltager en gastroenterologi tjeneste, undergår en endoskopi, og de fleste af dem med en gastrisk læsion: 6 med histologisk normal gastrisk mucosa, 248 med gastritis, og 46 med metaplasi. Det kan hævdes, at den optimale kontrol ville bestå kun af personer med normal maveslimhinden. Men kun gennem en endoskopi er det muligt nøjagtigt at fastslå fraværet af gastriske læsioner, og udføre en endoskopi til forskningsformål kun, ikke motiveret af gastriske symptomer ikke længere etisk acceptabel. På den anden side, idet der som kontrol individer fra den generelle befolkning, der undergik ikke endoskopi er ikke nødvendigvis en bedre valg, da denne strategi ville have inkluderet som kontroller personer med uopdaget gastritis [35], og andre lignende læsioner. Derfor mener vi, at vores kontroller er bedre operationelle valg for denne undersøgelse, fordi de er enkeltpersoner deltager de samme gastroenterologi tjenester som sagerne, og da de har gennemgået en endoskopi, vi kender status for deres maveslimhinden præcist. Også i Latinamerika er der en betydelig grad af befolkningens lagdeling grund socioøkonomisk niveau og herkomst, der er korreleret i store bycentre i Latinamerika (ud over denne undersøgelse, se Avena et al. 2012 [30] for eksempel i Buenos Aires og Campbell et al. 2012 [27]). Ved at vælge kontroller blandt ledsagere af samme hospital end sager, vi mindske denne anden potentiel kilde til befolkningens lagdeling mellem cases og kontroller

I denne undersøgelse rapporterer vi en overraskende høj indiansk herkomst ( 74%). Både i kontrol og sager deltager offentlige sygehuse fra nu kosmopolitiske by Lima, den nationale hovedstad, der også var hovedstad i spanieren Vicekongedømmet i Peru i fem århundreder, og derfor, centrum for spanieren kolonimagt. Store byer i Ecuador, Peru, Bolivia, og Northern Argentina værtsbefolkningernes hvis sædvanlige kulturelle identifikation som

mestits

sandsynligvis ignorerer deres store indianske genetiske baggrund. Disse bybefolkningen ofte befolket af indvandrere fra landdistrikterne. Vores resultater tyder på, at store byer i det vestlige Sydamerika vært millioner af individer af overvejende indfødt genetisk baggrund. Moderne internationale Syd-til-North vandringer fra sydamerikanske byer fra Andes-regionen er også spreder den genetiske baggrund af indfødte amerikanere over hele verden, og det forventes, at de næsten en million amerikanske indvandrere fra lande Andes [36] har høje niveauer af Native American baggrund. Det ville ikke være overraskende, hvis disse populationer, der er klassificeret som “Hispano /Latino” i USA, havde mere indfødt herkomst end amerikanske individer klassificeret som indiansk.

Som konklusion, viste vi, at i den urbane iblandede befolkning fra Lima, er indiansk individuel herkomst i forbindelse med mavekræft, men dette forklares ved sammenslutningen af ​​socioøkonomiske variable med både gastrisk kræft og indiansk afstamning. På trods af den høje forekomst af mavekræft i den peruvianske befolkning med en meget høj indiansk herkomst, vores resultat viser, at denne epidemiologiske observation ikke er afhængig af en genetisk basis, hvilket tyder på en dominerende rolle for socioøkonomiske faktorer og forskelle i adgangen til sundhedsydelser. Vi rapporterer en overraskende høj indiansk herkomst ( 74%) i individer deltager hospitaler fra nu kosmopolitiske by Lima. Da indianerne er en overset gruppe i genomiske studier, foreslår vi, at befolkningen fra Lima og andre store byer i det vestlige Sydamerika kan være praktiske mål for epidemiologiske undersøgelser fokuserede på indianske befolkninger. Udøvelse af denne allé af forskning i efterfølgende større undersøgelser vil begynde at lukke hullet [37] i genetiske undersøgelser og deres potentielle fordele mellem europæiske borgere og dem fra andre generelt mindre godt tjent befolkninger.

Materialer og metoder

emner

til dette studie vi oprindeligt rekrutteret 576 personer deltager Gastroenterology hovedgrupper i følgende tre hospitaler i Lima, mellem 2006 og 2009: Arzobispo Loayza, Dos de Mayo (både regeringen-regerede), og den cancer-specialiserede Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Hver deltager besvaret et spørgeskema til rekord alder, køn, fødested og bopæl, og andre socioøkonomiske, ernæringsmæssige og kliniske oplysninger (tabel 1). Sager var voksne, der er nævnt for endoskopi og hvis biopsier blev bekræftet positive for mavekræft ved histopatologisk analyse. Kontrolgruppen blev også består af voksne individer, der er nævnt for endoskopi, men hvis biopsier viste sig negativ for mavekræft. Personer med præmaligne læsioner såsom dysplasi (n = 3) eller med tilstedeværelse af andre end gastrisk cancer mavetumorer (n = 16) blev udelukket fra undersøgelsen. Personer med intestinal metaplasi (n = 46) blev inkluderet som kontroller (se diskussion). Det endelige antal emner anses for at teste i foreningen undersøgelsen var 241 gastriske kræfttilfælde og 300 kontroller.

Vi har også indsamlet prøver fra 296 indianske personer, der blev brugt som forældrenes befolkninger at estimere herkomst i mavens kræfttilfælde og kontroller. Disse omfatter 23 landmænd fra Pichacani (Puno), der tilhører den fremherskende Andes Quechua etnisk gruppe, samt 87 Shimaa og 186 Ashaninka fra Matsiguenga etniske gruppe, afgøres mellem Andesbjergene og Amazonas-regionen. For alle mavens kræfttilfælde og kontroller, og for de indfødte amerikanere, vi udvindes genomisk DNA ved hjælp af phenol-chloroform metode beskrevet af Sambrook et al. med modifikationer eller den Gentra Puregene blod (Qiagen, USA) [38]. Denne undersøgelse blev godkendt af interne metoder af Asociación Benéfica PRISMA, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Johns Hopkins University, Universidade Federal de Minas Gerais, Sygehus Arzobispo Loayza, Hospital Dos de Mayo og Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Alle deltagere i undersøgelsen forudsat skriftligt informeret samtykke.

herkomst informative markører (mål) og genotype

For at estimere etnicitet for hver af forsøgspersonerne, vi genotype 106 SNPs, som er oplysende for Afrika, europæisk, og indiansk herkomst [26]. Den genotypebestemmelse blev udført på Biomedical Genomisk Center Børnenes Hospital Oakland Research Institute (University of Minnesota, MN, USA), ved hjælp af Sequenom IPLEX platform (San Diego, CA, USA). Kort fortalt er det baseret på en allel-specifik primerforlængelse efterfulgt af separation af alternative alleler ved massespektrometri. Genotypebestemmelse involverede fire multipleksede assays, tre indeholdende 26 SNPs og en med 28 SNPs. Før genotypning, DNA-prøver undergik en Quality Control (QC) procedure, der bestod af: (1) en ikke-allel kvantitativ-PCR-analyse, der måler mængden af ​​PCR-amplificerbart DNA og (2) et slutpunkt læsning fra en Taqman SNP genotypebestemmelsesassay (Applied Biosystems, Palo Alto, CA, USA), som, ud over at tilvejebringe en anden vurdering af evnen af ​​PCR til at amplificere hver prøve, er en følsom indikator for prøve-til-prøve krydskontaminering. Når vi fjernet de SNPs rs30125 og rs888861, som viste et opkald sats 95%, den gennemsnitlige takst for SNPs var 99,7%. Af de 106 markører, 104 håndfast genereret takster for mindst 95% af prøverne, men for de SNP rs2592888 der ingen genotyper offentligt tilgængelige for Hapmap befolkninger og SNP blev udelukket fra yderligere analyser. Således har vi brugt genotyper for 103 SNPs at estimere sammenblanding (se tabel S3 for den komplette liste, med deres allelfrekvenserne i undersøgelsen populationer).

Stamtræ anslår

Vi anslåede herkomst ved hjælp af følgende tre forældre, der består af ubeslægtede individer: (1) Vestafrikanske Yoruba fra Nigeria (Yri – 118 personer fra HapMap II /III-projektet); (2) Utah personer med europæisk herkomst rådighed på

Centre d’Etude du Polymorphisme Humain-

CEPH samling (CEU – 60 personer fra HapMap II-projektet) og (3) 296 peruvianske indianere indsamlet af vores gruppe . De genotyper for afrikanere og europæere blev opnået fra den offentlige HapMap databasen [39], mens de indfødte amerikanere blev genotype til denne undersøgelse.

Vi vurderede den enkelte herkomst og dens 90% troværdighed interval ved hjælp af metoden implementeret i program struktur 2.3.3 [40], [41]. Det passer en Bayesian sandsynlighed model af befolkningens struktur og blanding ved hjælp af en Markov Chain Monte Carlo (MCMC) procedure, estimering bidrag K forældrenes befolkninger til genomerne af individer fra den iblandede befolkning. Vi antog, at HapMap Yri og CEU og vores indianske prøver var repræsentative for de forældrenes befolkninger, og at mavens kræfttilfælde og kontroller fra Lima var iblandede individer. Til dette datasæt, hver Struktur run havde 50.000 burn-in trin efterfulgt af 250.000 MCMC trin, og blev gentaget tre gange for at tillade kontrol for robustheden af ​​resultaterne. Denne længde af kørslen og proceduren kontrol udelukker uønsket mangel på konvergens mellem Markov kæder, der sker, når proceduren ikke korrekt udforske rummet af modelparametre. Alle kørsler blev udført under antagelse tre klynger (K ​​= 3), blev lambda sat til 1,0, og a-parametre blev estimeret for hver af de tre klynger, GENSBACK = 2, MIGRPRIOR = 0,05 og vi brugte ikke a priori information til de personer fra forældrenes befolkninger til at bistå klyngedannelse (USEPOPINFO = 0).

Statistisk analyse

for at repræsentere den genetiske struktur i vores prøver i forbindelse med forældrenes befolkning mangfoldighed, vi udførte principal komponent analyse (PCA) af individuelle genotyper (figur 1), som er gennemført i softwaren Adegenet og Ade4 for R miljø [42], [43]. Vi brugte også Ade4 at anvende en klyngedannelse metode, der er baseret på PCA todimensionale gengivelse af enkeltpersoner og deres befolkning centroid, designe bi-dimensionelle ellipser af spredning. Ud over køn, alder og selvrapporteret etnicitet, blev en bred række socioøkonomiske, ernæringsmæssige og kliniske oplysninger, der indsamles, herunder civilstand, fødested, uddannelsesniveau, husholdningsartikler betingelser, spisevaner, hyppigheden af ​​forbruget af frugt, grøntsager, kød og fjerkræ, infusioner, samt gastriske symptomer. Disse oplysninger blev organiseret i binær, ordinal, eller kategoriske variabler, som beskrevet i tabel S4). Vi ekskluderede variabler, der havde mere end 10% manglende data, og en endelig sæt af 43 variabler blev inkluderet i efterfølgende analyser.