PLoS ONE: Systembiologi Approaches for Forudsigelse af mulige rolle af Chlamydia pneumoniae Proteiner i ætiologien af ​​lungekræft

Abstrakt

Akkumulerende beviser har for nylig støttet foreningen af ​​bakteriel infektion med vækst og udvikling af kræft, især i organer, der konstant udsættes for bakterier såsom lungerne, tyktarmen, livmoderhalskræft osv Vores

i silico

studere på proteom af

Chlamydia pneumoniae

antyder en hidtil uset idé om ætiologien af ​​lungekræft og har afsløret, at infektionen af ​​

C

.

pneumoniae

er forbundet med lungekræft udvikling og vækst. Det er rimeligt at antage, at

C

.

pneumoniae

transporterer sine proteiner inden host-intracellulære organeller under infektion, hvor de kan arbejde med vært-celle proteomanalyse. Den aktuelle undersøgelse blev udført til forudsigelse af nukleare målrettet protein af

C

.

pneumoniae

i værtscellen ved hjælp bioinformatik prædiktorer herunder ExPASy pI /Mw værktøj, kernelokaliseringssignal (NLS) Mapper, afbalanceret sub cellulære lokalisering prædiktor (BaCeILo), og Hum-mPLoc 2.0. Vi forudsagde 47/1112 nukleare målretning proteiner af

C

.

pneumoniae

forbundet med flere mulige ændringer i host replikation og transkription under intracellulær infektion. Disse nukleare målretning proteiner kan direkte til konkurrencedygtige interaktioner af vært og

C

.

pneumoniae

proteiner med tilgængeligheden af ​​samme substrat og kan være involveret som ætiologiske agenter i vækst og udvikling af lungekræft. Disse nye fund forventes at få adgang i en bedre forståelse af lungekræft ætiologi og identificere molekylære mål for terapi

Henvisning:. Khan S, Imran A, Khan AA, Abul Kalam M, Alshamsan A (2016) Systembiologi Approaches til forudsigelse af mulige rolle

Chlamydia pneumoniae

Proteiner i ætiologien af ​​lungekræft. PLoS ONE 11 (2): e0148530. doi: 10,1371 /journal.pone.0148530

Redaktør: Carl G. Maki, Rush University Medical Center, UNITED STATES

Modtaget: November 19, 2015; Accepteret: 20 Jan 2016; Udgivet: 12 Februar 2016

Copyright: © 2016 Khan et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Data Tilgængelighed:. Alle relevante data er inden for papir og dens Støtte Information filer

Finansiering:. Dette projekt blev finansieret af Research Groups Program (Research Group nummer RG-1436-027), Dekanat for Videnskabelig Forskning, King Saud University, Riyadh, Saudi-Arabien

konkurrerende interesser:.. forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Lunger kræft er den hyppigste dødsårsag på verdensplan [1]. I 2013, i henhold til CA kræft rapporter, lungekræft er næstmest udbredte kræft i os, da der var en anslået 159,480 (118.080 mænd og 110,110 kvinder) dødsfald som følge af lungekræft og 228.190 (mænd 87,260 og 72,220) nye tilfælde af lungekræft rapporteret [ ,,,0],2]. Processen med carcinogenese for lungekræft er stadig ikke helt forstået. Ved siden af ​​rygning, er der andre potentielle genetiske og miljømæssige faktorer som udsættelse for asbest og radon bestemte metaller, kul røg, forskellige hormoner, og luftforurening samt genetiske uforenelighed og kroniske infektioner af bakterier og parasitter er blevet tilsluttet lunge carcinogenese herunder

C

.

pneumoniae

, [3-6]. Den tvetydige sammenslutning af smitstoffer i ætiologien af ​​kræft har fokuseret interesse forskere i de seneste år.

rolle

C

.

pneumoniae

som en smitsom kræftfremkaldende i lungekræft er blevet undersøgt siden mere end 10 år siden [7, 8]. Epidemiologiske foreninger viste, at

C

.

pneumoniae

er potentielt associeret med vækst og udvikling af karcinom lunger celler [9]. Forskellige undersøgelser blev derefter udført for at analysere den mulige forbindelse mellem

C

.

pneumoniae

infektion og risiko for lungekræft, men resultaterne har ikke været konsekvent [10]. Det foreslås, at den

C

.

pneumoniae

virker som en cofaktor med andre årsager til progression og udvikling af lungerne caner [7, 8, 11, 12]. Det er blevet observeret, at de titere af

C

.

pneumoniae

antistof forhøjet hos patienter med lungecancer. Blandt heks, patienter med høje titre af anti-

C

.

pneumoniae

IgA antistof har ti-tid risiko for adenokarcinomer og småcellede lungecarcinomer [9]. Denne mulighed er forbedret specifikt i mandlige ryger patienter med kronisk infektion af

C

.

pneumoniae

[11]. Endnu fund har vist en vigtig forbindelse mellem forhøjet

Chlamydia Hsp-60

seropositivitet og chancen for lungekræft, som kan foreslå den ætiologiske rolle

C

.

pneumoniae

i vækst og udvikling af lungekræft [3].

C

.

pneumoniae

er en fælles intracellulær respiratorisk patogen, som kræver regulering af værtscellen for deres overlevelse og vækst. Følgende mekanismer er blevet foreslået at belyse, hvordan kronisk infektion af

C

.

pneumoniae

kunne øge muligheden for lungekræft. En mulig mekanisme er medieret gennem generering af reaktive oxygenspecies under inflammation, hvilket kan bidrage til DNA-beskadigelse [7]. Desuden inflammation resulterer i cellebeskadigelse og efterfølgende reparation, der kan forøge celledeling. Formering af celler vil øge risikoen for en mutation gennem en fast rente på DNA-skade, hvilket kan føre til cancer [13]. Indsamling beviser foreslår, at immunologiske hændelser bidrager delvist i den kræftfremkaldende virkning af

C

.

pneumoniae

. Tidligere

in vitro

undersøgelser har faktisk vist, at TNF-α, IL-1β, IL8, og superoxid oxygenradikaler frigivet af alveolære makrofager fra raske personer spiller en afgørende rolle i lungevæv og DNA-beskadigelse [14].

C

.

pneumoniae

er også effektiv inducer af TNF-α, IL-1β og IL-6 i værts monocytiske celler, som potentielt kan bidrage i carcinogenese. I dette papir, forsøger vi at forudsige nukleare målrettede proteiner af

C

.

pneumoniae

på grund af deres potentielle rolle i reguleringen af ​​værtsceller og involvering i udviklingen og udvikling af lungekræft.

Resultater

Valg af protein database

Vi valgte TW-183-stammen af ​​

C

.

pneumoniae

da det indeholder højeste antal (1112) af protein i komplet proteom G /11222. Men resten af ​​de fire stammer indbefatter AR39, LPCoLN, CWL029 og J138 har 1109, 1105, 1052 og 1069 proteiner henholdsvis [15-18].

Forudsigelse af kernelokaliseringssignalet

den cNLS mapper forudsagde placeringen af ​​protein i cytoplasmaet, både kerne og cytoplasma, delvis i cellekernen, og lokaliseret i kernen med skåret af værdi 1-2, 3-5, 7-8 og 8-10, henholdsvis. Resultaterne blev illustreret i supplerende data (S1 tabel).

Forudsigelse af subcellulære lokalisering i eukaryote celle organeller

Resultaterne af BaCeILo vurdering af total protein af

C

.

pneumoniae

opsummeret i tabel 1. Resultatet viste, at BaCeILo forudsagde total cytoplasmatisk (515), mitokondrie (183), nuklear (98) og Sekretoriske (318) proteiner.

Prediction af subcellulære lokalisering i humane celle organeller

resultaterne af Hum-mPLoc 2.0 viser i tabel 1, og sammenlignet med resultatet af BaCeILo. Resultatet viste, at Hum-mPLoc 2.0 forudsagt total cytoplasmatisk (250), mitokondrie (196), nuklear (292) plasmamembranen 94, endoplasmatisk reticulum 63, Golgi apparatet 05, peroxisom 11, mikrosom 01, lysosomer 11, extracell 179, centrosom 05 , cytoskeleton 01 og ukendte (04) proteiner.

synkronisering af BaCeILo forudsagde proteiner med Hum-mPLoc 2.0 prædiktor

synkroniseringen resultater viste, at blandt de BaCeILo forudsagde samlede cytoplasmatisk (515), mitokondrie ( 183), nukleare (98) og sekretoriske (318) proteiner, ikke alle følger de samme forudsigelse resultater efter Hum-mPLoc 2.0 (tabel 2). Når disse BaCeILo proteiner yderligere i forhold til Hum-mPLoc 2.0 resultater, blev kun 47 proteiner fundet i overensstemmelse med BaCeILo resultater og viste nukleare lokalisering gennem

i silico

forudsigelse af både beregningsværktøjer.

Disse 47 vært nukleare målrettede proteiner illustreret i tabel 3 og arrangeret som pr deres NLS cutoff værdi. Forøgelse cutoff-værdien af ​​monopartite NLS er forbundet med nedsat nuklear targeting, hvorimod der observeres den omvendte mønster med todelte NLS værdier, hvor den høje cutoff-værdien forøger procentdelen af ​​protein målretning til Nucleus undtagen afskæringsværdi 8 (tabel 3). S1 Table indeholder oplysninger om forudsagte proteiner målrette at Nucleus under

i silico

analyse.

Ikke desto mindre blev ikke nogen præcise relation findes mellem nuklear målrettet protein og molekylvægt, men den øgede molekylvægt konsekvent øget nuklear targeting undtagen den ene række molekylvægt 60-80 kDa, de højeste molekylvægt-proteiner ( 80 kDa). iagttoges mest målrettede proteiner til kernen i værtscellen (tabel 4)

Desuden har værdien af ​​isoelektriske punkt (pI) ikke nogen fast mønster for mitokondrie målretning (tabel 5).

mønstre af

C

.

pneumoniae

protein målrettet i host cellekernen med forskellige parameter viser i figur 1, mens alle proteiner målretning af

C

.

pneumoniae

i værtens celler komponenter med forskellige parametre illustrerer i Fig 2. Den supplerende data giver oplysninger om proteiner forudsagt at målrette kerne af værtscelle under vores analyse (S1 tabel).

diskussion

Epidemiologiske rapporter har grundlagt flere veldefinerede potentielle faktorer for vækst og udvikling af kræft, såsom arvelighed, alder, brug af tobak, kost, inflammation og kroniske infektioner med patogener. Infektion ligger til grund for ca. 16% af alle malignanser verdensplan [19]. En række bakterier har vist evnen til at ændre mange veje og molekyler af værtsceller for deres intracellulære overlevelse i værten. Tanken om, at en infektion af bakterier kunne fremme til carcinogenese tilsidesætter i første omgang. Men skelsættende studier i begyndelsen af ​​1990’erne etablerede

C

.

pneumoniae

som agens af forskellige lungekræft, hvilket resulterer i en ny orientering af det videnskabelige fokus mod mønstre af bakteriel forbindelse med kræft (5, 6).

C

.

pneumoniae

bakterielle afledte effektormolekyler kan ændre det interne miljø i værtscelle gennem produktion af kronisk inflammation, hæmning af tumor suppressor mekanismer, induktion af immunosuppression, og transformation af celler ved overførsel af oncogener [7, 13, 14 , 20-22]. Proteinerne af

C

.

pneumoniae

vil blive eksisteret i værtscellen under kronisk infektion og visse proteiner kan migrere til de mange organeller af værtscellen, såsom nucleus, endoplasmatisk reticulum, Golgi-apparatet, mitokondrier etc. Proteiner indgår host kerner har mange bivirkninger, der kan hæmme eller fremme visse vigtige biologiske aktiviteter, der fører til udviklingen af ​​kræft.

Subcellulær protein målretning kan forudsiges ved hjælp af forskellige værktøjer, der virker på forskellige principper og forskellige parametre. Disse parametre indgår sammensatte motiver gennem den kunstige neurale feed-forward netværk, forskellige bindende riller importin α, enkel Hidden Markov model, identitet /justering søgning, lineære motiver og deres rolle i cellesignalering og regulering, støtte vektor maskine (SVM), og funktionelt domæne oplysninger sammen med sekventiel evolution oplysninger [23-28]. Vi forudsagde sub cellulære proteiner målrettet hjælp cNLS Mapper BaCeILo og Hum-mPLoc 2,0 prædiktorer for at opnå mere nøjagtige og ensartede resultater.

Nuclear lokalisering signaler (NLS’er) er meget afgørende for at sikre den selektive transport af proteiner i kernen [29]. Den cNLS Mapper Værktøjet lokaliserer korrekt nukleare lokalisering signaler (NLS’er) især til importin α /β vej ved at forudsige NLS scoringer. Den beregnede NLS’er er opdelt i to klasser, monopartite (1 grundlæggende klynge) og tosidet (2 grundlæggende klynge) NLS’er ifølge eksistensen af ​​klynge af rige basiske aminosyrerester. Endvidere er snesevis af NLS evalueret med fire klasser af profiler med bestemte afskåret værdier. Højere værdier af NLS score vise flere NLS aktiviteter. Proteiner med afskæringsværdi 8-10 blev forudsagt som lokaliseret til kernen, 8-10, delvis i kernen, 3-5 som både i kernen og cytoplasmaet, og 1-2 som især i cytoplasmaet. Proteinerne af

C

.

pneumoniae

indikerer mellemmand afskåret værdi indgik i et bestemt udvalg af afskåret værdi på protein liste som en afskåret værdi 7.5 eller ovenfor blev rundet op til 8, mens 7,4 eller derunder blev rundet ned til 7. cNLS mapper blev anvendt til at beregne NLS aktivitet i stedet for NLS-sekvensen, fordi NLS sekvenser ikke er strenge nok [26]. Det skal dog huskes, at NLS profiler af cNLS Mapper blev frembragt ved nukleare assays import under anvendelse af data for gær. Derfor kan forudsigelsen af ​​NLS for andre arter ikke være så nøjagtige som i gær selvom importin α /β pathway eukaryoter stærkt bevaret. Nylig undersøgelse identificeret et nyt bakterielt protein sinc der retter sig mod den nukleare konvolut i inficerede og ikke-inficerede nabolandet værtscelle med potentiale for at ændre kuvert funktioner nukleare. Disse kapaciteter

C

.

psittaci

bakterier kan fremme processen med destruktive patogenese [30].

BaCelLo er en beregningsmæssige indikator bruges i vores studie for subcellulære lokalisering af proteiner i eukaryoter. Dyr, planter og svampe prædiktorer blev gennemført i BaCelLo; derfor brugte vi dyr bestemt prædiktor. Den er baseret på forskellige SVMs til forudsigelse af nukleare, cytoplasmatisk, mitokondrie, sekretorisk, og chloroplastmålrettet proteiner [24]. BaCelLo forudser subcellulære målretning baseret på information rest sekvens og evolutionære oplysninger i tilpasning profiler inden for N og C termini og hele protein sekvens.

Forudsigelse af subcellulære lokalisering af proteiner i den menneskelige er en mere udfordrende opgave. En anden subcellulære lokalisering forudsigelse værktøj Hum-mPLoc 2.0 blev anvendt til at behandle den nukleare målretning af protein i menneskelige system. Den Hum-mPLoc 2.0 værktøj forudsiger proteiner målrettet på grundlag af domænet oplysninger og den sekventielle evolution oplysninger. Prædiktoren beregner 14 subcellulære lokationer herunder kerne, cytoplasma, mitokondrier plasmamembranen, endoplasmatisk reticulum, extracell, Golgi-apparatet, cytoskeleton, endosom, lysosom, peroxisom, mikrosom, synapse, og centriole. Selvom sammenlignende resultater af BaCeILo og Hum-mPLoc 2.0 blev demonstreret lille forskel i subcellulære lokalisering af

C

.

pneumoniae

proteiner i host organeller, kan den lille forskel i resultaterne af BaCeILo og Hum-mPLoc 2,0 skyldes eksistensen af ​​forskellige data i deres respektive datasæt anvendes under forudsigelse. Derfor kan de små variationer i resultater opnået fra forskellige værktøjer være derfor berettiget.

I denne undersøgelse præsenterer vi en systematisk beregningsmæssige forudsigelse af

C

.

pneumoniae

proteiner ved hjælp af forskelligt fungerende prædiktorer: NLS Mapper, BaCeILo, og Hum-mPLoc 2.0, der virker på forskellige datasæt. Forudsigelsen af ​​BaCeILo baseret på animalsk datasæt, mens Hum-mPLoc 2.0 arbejdede på humane specifikke datasæt, som omfatter 3.681 humane proteiner, der er klassificeret i 14 forskellige menneskelige sub cellulære steder. Derfor blev resultatet yderligere indsnævre og granskes efter brug menneskelig datasæt specifik prædiktor. Det er blevet rapporteret, at mange proteiner kan lokaliseres i kernen i fravær af NLS [24, 31]. Endvidere proteiner mindre end 40 kD, kan frit diffundere til nucleus [32]. Ifølge vores forudsigelser, lidt variation i resultaterne forventet på grund af anvendelsen af ​​forskellige værktøjer. Derfor er disse resultater af

i silico

forudsigelse kræver yderligere eksperimentel verifikation forud for en endelig konklusion. Derudover har vi fokuseret på de potentielle virkninger af disse nukleare proteiner rettet i tumorigenese og udvikling af kræft.

DNA-replikation og DNA-bindende proteiner

genomisk instabilitet er en afgørende faktor i kræft. Ikke desto mindre forbliver mekanismerne i dets vækst og udvikling ikke fuldt forstået. En hyppigt erklærede antagelse er, at uregelmæssigheder i translesion DNA-syntese eller fejlbehæftede fænotyper i DNA-replikation deltager i genomisk DNA ustabilitet og er fremtrædende årsag til udviklingen af ​​kræft. Sådanne, fejlagtige DNA replikering mekanismer er blevet impliceret som en ætiologisk faktor i mange cancere [33-35].

For eksempel DNA-polymerase-beta-protein er involveret i ca. 30% alle humane tumorer rapporteret til dato på grund af mutationer [33, 34]. Den bakterielle DNA-polymerase III subunit beta har en homolog af eukaryot prolifererende cellekerneantigen (PCNA). PCNA er identificeret som en molekylær markør for celleproliferation under replikation [36, 37]. I vores undersøgelse fandt vi nuklear lokalisering af DNA-polymerase III subunit beta-protein. PCNA blev karakteriseret som en potentiel antigen, der udtrykkes i den fase af DNA-syntese i cellecyklus og involveret i carcinogenese [38]. Derfor under infektion, den mulige eksistens af to homologer proteiner i samme celle med unikke enzymatisk handling ændrer den relative aktivitet vært protein. Som DNA-polymerase III subunit beta er en DNA-replikation tilsluttet proteiner, den anomali i DNA-replikation kan også fungere som en faktor for vækst og udvikling af kræft.

En anden chaperone protein DnaJ en homolog af Hsp40 er også forudsagt nuklear mål, der kan ændre aktiviteten af ​​Hsp40 og involveret i carcinogenese [39, 40]. Desuden er der i visse DNA-replikation og bindende proteiner også forudsagt som nukleare målretning proteiner, såsom DNA-gyrase underenhed A, enkeltstrenget DNA-bindende protein (SSB), og primosomal protein, som også kan være involveret i udviklingen af ​​cancer.

genekspression associerede proteiner

Translationel regulering er en afgørende proces i progression og udvikling af kræft. Det forvalter både det samlede udtryk for proteinsyntese og den specifikke oversættelse af selektive mRNA, der kan støtte forskellige onkogene egenskaber, herunder celle transformation, tumor celle overlevelse, invasion, metastase, og angiogenese. Den nukleare målretning af disse genekspression proteiner indebærer deres potentielle roller i vækst og udvikling af lungecancer. Følgelig ændring i genekspression forbundet med væksten og udviklingen af ​​kræft gennem dysregulering af mange kritiske gener. Dysregulering kan dirigere aktiveringen af ​​proto-onkogener og undertrykkelse af anti-onkogener [41].

Resultaterne af vores undersøgelse viser, at DNA-dirigeret RNA-polymerase β og p ‘underenheder af

C

.

pneumoniae

er målrettet til at være vært cellekernen. Dette er i overensstemmelse med andre rapporter, der demonstrerede en ændring i niveauet af genekspression i mange værter, herunder menneskelige og andre eukaryoter, som en handling af bakteriel RNA-polymerase. For eksempel kan forskellige menneskelige gener transskriberes gennem inddragelse bakteriel transskription regulatorer med

E

.

coli

DNA-dirigeret RNA-polymerase II [42, 43]. Disse forudsagte transskription-associerede proteiner kan effektivt binde at være vært DNA og dermed hindre den bindende affinitet af vært transskription regulatorer og i sidste ende deregulere genekspression [42]. Selvom det er blevet bekræftet, at

C

.

pneumoniae

er forbundet med ændring af host genekspression [21], sit engagement i progression og udvikling af lungekræft hos mennesker kræver yderligere eksperimentel vurdering. Vores resultat omfatter vigtige resultater, der kan bidrage til dette nye område.

DNA skader og reparation proteiner

Forrige undersøgelse viste, at

C

.

pneumoniae

har evnen til at inducere DNA-beskadigelse via induktion af reaktive oxygenarter (ROS) [13]. Vores resultater har vist nukleare målretning af DNA-skadelige proteiner, herunder exonuclease V subunit RECB, ribonuklease R, exodeoxyribonuclease VII lille underenhed, og exodeoxyribonuclease VII store underenhed. Desuden har det vist sig, at DNA mismatch reparation er vigtig for at øge nøjagtigheden af ​​replikation i de fleste organismer, herunder bakterier, gær og mennesker osv MutS er blevet identificeret som et protein ifølge ABC ATPase superfamilien, som er involveret i uparret og mispaired baser i dobbeltstrenget DNA, der initierer mismatch reparation. Mutation i MutS kan være en mulig årsag til den vækst og udvikling af kræft [44, 45]. Vi forudsagde nukleare lokalisering af DNA mismatch reparation proteiner MutS og MutL under analysen. Ændring i mismatch reparation proteiner potentielt forbundet med forskellige typer af humane kræftformer, herunder lunge.

Konklusion

Vi foreslog en ny og integrativ

i silico

tilgang til at identificere mistænkelige rolle af

C

.

pneumoniae

proteiner i vækst og udvikling af lungekræft hos mennesker. Resultaterne af

i silico

forudsigelse afslørede 47 kandidater proteiner. Hvoraf kan forskellige proteiner har potentialet til at udløse cancervækst gennem ændring i replikation, transkription, og DNA-beskadigelse reparation mekanisme. Det bekræftes, at forskellige proteiner af

C

.

pneumoniae

kan målrette forskellige organeller, herunder kerne og andre dele af værtsceller, som kan være en ætiologisk årsag til lungekræft. Vores forudsigelse data viste mere nøjagtighed beregningsmæssige forudsigelse på grund af brugen af ​​forskellige forudsigelse værktøj baseret på forskellige datasæt, hvilket kan tyde på, at nuklear målrette proteiner af

C

.

pneumoniae

kan være potentielle mål for lungekræft ledelse. Derfor kan resultatet af denne

i silico

undersøgelse åbne den nye vej til lungekræft forskning. Selvom den onkogent potentiale og væsentligt bidrag af denne nukleare målrettet protein af

C

.

pneumoniae

i vækst og udvikling af kræft blev foreslået af vores viden og beregningsmæssige analyse, de genfremsatte roller og specificitet af disse forudsagte proteiner i carcinogenese proces kræver yderligere eksperimentel validering.

Materialer og metoder

Valg af protein database

C

.

pneumoniae

er en obligat intracellulær gram negative patogen, inficerer mennesker og mistænkeligt involveret som en ætiologisk agent for lungekræft [5, 46]. Den proteom af

C

.

pneumoniae

TW-183 blev hentet fra UniProt database. Fem proteomer af forskellige stammer af

C

.

pneumoniae

var tilgængelige [15-18]. Den proteom af TW-183-stammen af ​​

C

.

pneumoniae

blev analyseret for forudsigelse af kernelokaliseringssignalet og menneskelig celle subcellulære lokalisering ved hjælp af forskellige beregningsværktøjer.

Forudsigelse af kernelokaliseringssignalet

cNLS Mapper værktøj til eukaryote celler blev anvendt til forudsigelse af kernelokaliseringssignal i TW-183-proteinet af

C

.

pneumoniae

[23]. Den komplette sekvens af hver

C

.

pneumoniae

protein blev anvendt til forudsigelse af monopartite og tosidet NLS sekvens.

Forudsigelse af subcellulære lokalisering i eukaryote celle organeller

Den afbalancerede subcellulære lokalisering prædiktor (BaCeILo) blev anvendt at forudsige den subcellulære lokalisering af TW-183 protein

C

.

pneumoniae

i eukaryote celle rum. BaCelLo har baseret på tre specifikke prædiktorer for eukaryote riger herunder dyr, planter og svampe [24]. BaCeILo forudsige fem klasser af sub cellulære lokalisering herunder nuklear, mitokondrie, cytoplasmatisk, sekretorisk, og chloroplast. Vi blev gjort forudsigelsen med dyr bestemt prædiktor hjælp proteiner af TW-183-stammen af ​​

C

.

pneumoniae

.

Forudsigelse af subcellulære lokalisering i humane celle organeller

Desuden humant protein subcellulære lokalisering Hum-mPLoc 2.0 (Hum-mPLoc 2.0) prædiktor blev anvendt til at forudsige subcellulære lokalisering af TW-183

C

.

pneumoniae

proteiner i kernen og andre celleorganeller i human [25]. Hum-mPLoc 2.0 forudsige fjorten klasser af subcellulære lokalisering, der omfatter kerne, cytoplasma, mitokondrier, endoplasmatisk reticulum, centriole, cytoskelettet, endosom, extracell, Golgi apparatet, lysosomer, mikrosom, peroxisom, plasmamembranen, og synapser.

synkronisering af BaCeILo forudsagde proteiner med Hum-mPLoc 2.0 prædiktor

Desuden synkronisering prædannedes til predication nuklear målrettet protein i menneskelig hjælp Hum-mPLoc 2.0. Resultaterne af BaCelLo blev brugt til at indsnævre sub cellulære lokalisering af

C

.

pneumoniae

proteiner.

Støtte Information

S1 Table. S1 Tabel indeholder oplysninger information af forudsagte proteiner målrettet til kerne af værtsceller

doi:. 10,1371 /journal.pone.0148530.s001

(DOC)

Tak

Dette projekt blev finansieret af Research Groups Program (Research Group nummer RG-1436-027), Dekanat for Videnskabelig Forskning, King Saud University, Riyadh, Saudi-Arabien.