PLoS ONE: A Novel Multiplex Tetra-Primer ARMS-PCR til samtidig Genotypning Six Single-polymorfier associeret med Kvindelige Kræft

Abstrakt

Baggrund

tetra-primer forstærkning ildfast mutation systemet PCR (T-ARMS-PCR) er en hurtig og økonomisk hjælp af analyse SNP s, der kun kræver PCR-amplifikation og efterfølgende elektroforese til bestemmelse af genotyper. For at forbedre gennemløb og effektiviteten af ​​T-ARMS-PCR, vi kombineret T-ARMS-PCR med en kimære primer-baserede temperatur switch PCR (TSP) strategi, og brugte kapillarelektroforese (CE) for amplikon separation og identifikation. Vi vurderede denne proces i den samtidige genotypning af fire brystkræft-og to livmoderhalskræft risikorelaterede SNP’er.

Metoder

I alt 24 T-ARMS-PCR primere, hver 5′ opmærket med en universel sekvens og et par af universelle primere, blev samlet sammen til amplifikation de 12 target alleler af 6 SNP’er i 186 kontrol- kvindelige blodprøver. Direkte sekventering af alle prøver blev også udført for at vurdere rigtigheden af ​​denne metode.

Resultater

Af de 186 prøver, så mange som 11 amplikoner kan produceres i en enkelt PCR og adskilt af CE . Genotypebestemmelse resultaterne af multiplex T-ARMS-PCR var fuldstændig enig med direkte sekventering af alle prøver.

Konklusioner

Denne nye multiplex T-ARMS-PCR-metoden er den først rapporteret metode tillader en til genotype seks SNP’er i en enkelt reaktion med nogen anden end elektroforese post-PCR-behandling. Denne fremgangsmåde er pålidelig, hurtig og let at udføre

Henvisning:. Zhang C, Liu Y, Ring BZ, Nie K, Yang M, Wang M, et al. (2013) A Novel Multiplex Tetra-Primer ARMS-PCR til samtidig Genotypning Six Single-polymorfier associeret med Kvindelige kræftformer. PLoS ONE 8 (4): e62126. doi: 10,1371 /journal.pone.0062126

Redaktør: Gayle E. Woloschak, Northwestern University Feinberg School of Medicine, USA

Modtaget: Juli 5, 2012; Accepteret: 19 marts 2013; Udgivet: 17 april, 2013