PLoS ONE: associering mellem RASSF1A Promotor Methylering og kræft i æggestokkene: En metaanalyse

Abstrakt

Baggrund

RAS foreningen domænenavn familie protein 1a genet (

RASSF1A

) er en af ​​de tumorsuppressorgener (

TSG

) . Inaktivering af

RASSF1A

er kritisk for patogenesen af ​​cancer. Aberrant

GTS

methylering blev betragtet som en vigtig epigenetisk inaktivering mekanisme i udviklingen af ​​kræft i æggestokkene. En række undersøgelser har diskuteret sammenhæng mellem

RASSF1A

promotor methylering og kræft i æggestokkene. Imidlertid blev de for det meste er baseret på et lille antal prøver og viste inconsist resultater, derfor vi foretaget en meta-analyse til bedre at identificere foreningen.

Metoder

Støtteberettigede studier blev identificeret ved at søge PubMed, EMBASE, Web of Science, og CNKI databaser ved hjælp af en systematisk søgning strategi. Vi samlet odds ratio (periferi) fra enkelte studier ved hjælp af en fast-effekter model. Vi udførte heterogenitet og publikationsbias analyse samtidigt.

Resultater

Tretten undersøgelser, med 763 æggestokkene kræftpatienter og 438 kontroller indgik i metaanalysen. Hyppigheden af ​​

RASSF1A

promotor methylering varierede fra 30% til 58% (median er 48%) i kræft og 0 til 21% (median er 0) i kontrolgruppen. Hyppigheden af ​​

RASSF1A

promotor methylering i cancer-gruppen var signifikant højere end i kontrolgruppen. Den samlede odds ratio var 11,17 (95% CI = 7,51-16,61) i kræft versus den tilsvarende kontrolgruppe under faste effekter model.

Konklusion

Resultaterne antydede, at

RASSF1A

promotor methylering havde en stærk tilknytning til kræft i æggestokkene

Henvisning:. Shi H, Li Y, Wang X, Lu C, Yang L, Gu C, et al. (2013) associering mellem

RASSF1A

Arrangøren Methylering og kræft i æggestokkene: en meta-analyse. PLoS ONE 8 (10): e76787. doi: 10,1371 /journal.pone.0076787

Redaktør: J.Christopher stater, University of Louisville, USA

Modtaget: Juni 13, 2013; Accepteret: 3. september 2013; Udgivet: 8 oktober 2013

Copyright: © 2013 Shi et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Forfatterne har ingen støtte eller finansiering til at rapportere

konkurrerende interesser:. forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

kræft i æggestokkene er den femte mest almindelige årsag til kræft. dødsfald blandt kvinder og regnskab for den højeste tumor-relaterede dødelighed af gynækologiske maligniteter. Ca. 1,5% af kvinder lider æggestokkene af kræft, og de fleste tilfælde diagnosticeres på sent tidspunkt på grund af manglen på effektive tidlige påvisningsmetoder [1], [2]. Over 80% af patienter med fremskreden ovariecancer tilbagefald [3]. Mens 5-års overlevelse er tæt på 30% [4].

Hypermethylering af tumorsuppressorgen (

TSG

) promotor kan føre til gen-inaktivering, som er afgørende for patogenesen af cancere, og forekommer altid i den tidlige fase af udviklingen af ​​kræft i mange typer cancer, herunder ovariecancer [5], [6]. Nogle undersøgelser viste også, at methylering af

TSG

blev påvist i tumorvæv og var forbundet med kliniske funktioner [7], [8]. RAS association domæne familie protein 1A (

RASSF1A

) er en formodet tumorsuppressorgen beliggende på 3 p21 spanning 11.000 bp, indeholdende otte exoner og to forskellige promotorer [9]. Epigenetisk inaktivering af genet ofte resulterede fra methylering af CpG-øer i promotorer [5]. En in vitro-undersøgelse viste, at afvigende methylering ofte blev observeret i æggestokkene kræft cellelinjer [10]. Disse undersøgelser viste, at methylering af

RASSF1A

promotor kan spille en vigtig rolle i udviklingen af ​​kræft i æggestokkene.

Nogle undersøgelser har rapporteret forskelle i methylering frekvenser af

RASSF1A

mellem kræft væv og ikke-kræft væv. Imidlertid blev de for det meste baseret på et lille antal prøver og viste inconsist resultater. Derfor har vi foretaget en meta-analyse til bedre at identificere sammenhængen mellem

RASSF1A

promotor methylering og ovariecancer.

Materialer og metoder

Søg Strategi og Study Selection

Online elektroniske databaser (PubMed, EMBASE, Web of Science, og China National Knowledge Infrastructure (CNKI)) blev søgt efter publicerede undersøgelser op til 1. juni, blev 2013. følgende søgestrategi udført i PubMed: (æggestokkene ELLER æggestok) OG (kræft ELLER karcinom eller tumor) OG (

RASSF1A

methylering). Den tilsvarende søgning strategi blev anvendt i andre databaser. Søgningen var begrænset til humane undersøgelser, uden sproglige begrænsninger. En undersøgelse indgår i metaanalysen skulle opfylde følgende kriterier: 1) undersøgelser, som evaluerede sammenslutningen af ​​

RASSF1A

methylering med kræft i æggestokkene, 2) en case-kontrol undersøgelse eller et herunder case og kontrol populationer, 3) en undersøgelse rapporterer

RASSF1A

methylering frekvens i tilfælde og kontrolgrupper, 4) prøvetype begrænset til væv. Først blev titlen og abstrakte undersøgelser fra den indledende søgning evalueret i henhold til inklusionskriterierne. Så alle potentielt relevante studier blev vurderet som fuld tekst papirer. Hvis en undersøgelse blev offentliggjort mere end én gang, kun den mest komplette og up-to-date information indgik i metaanalysen. Figur 1 viser detaljerede oplysninger om undersøgelsen udvælgelsesprocessen. Endelig i alt 13 undersøgelser (PubMed 7, Web of Science 1, og CNKI 5) med 763 tilfælde og 438 kontroller blev inkluderet i vores meta-analyse.

Data Extraction og kvalitetsvurdering

Tre korrekturlæsere (Hao Shi, Ya Li, og Changmei Gu) uafhængigt anmeldt de udvalgte studier. Følgende oplysninger blev ekstraheret fra disse studier: første forfatterens navn, udgivelsesår, studiepopulation, prøve størrelse, alder af kvinder i sagen gruppen, kontroltype, status for de personer i kontrolgruppen, at antallet af personer i case og kontrolgrupper, de målemetoder for methylering, og modulation frekvenser af

RASSF1A

i case og kontrolgrupper. Alle de detaljerede oplysninger i de inkluderede studier blev kontrolleret af fire korrekturlæsere (Meixia Lu, Shixuan Wang, Xiaozhong Wang, og Yangxin Huang) som foreskrevet af Cochrane Handbook for systematiske reviews.

Kvaliteten af ​​disse undersøgelser blev evalueret ifølge Newcastle Ottawa Scale (NOS) (https://www.ohri.ca/programs/clinical_epidemiology/oxford.asp). NOS har højst ni ‘stjerner’ på emner relateret til valget af studiegrupperne (fire stjerner), sammenligneligheden af ​​de grupper (to stjerner), og konstatering af resultatet af interesse (tre stjerner). Undersøgelserne blev uafhængigt evalueret baseret på NOS med tre korrekturlæsere (Cheng Lu, Lilan Yang, og Jiaqiang Xiong). Undersøgelser med kvalitetsresultater større end eller lig med 5 blev inkluderet.

Statistisk analyse

For at vurdere styrken af ​​sammenhængen mellem

RASSF1A

methylering og kræft i æggestokkene de samlede odds ratio (yderste periferi) og deres 95% konfidensintervaller (CIS) blev beregnet.

x

2-baserede Cochran Q statistik test og

jeg

2 statistik blev brugt til at teste heterogenitet blandt de inkluderede studier [11]. De udvalgte studier blev anset for at have en alvorlig heterogenitet, når

jeg

2 var større end 50%. Når

P

0,05 for Q statistik, heterogenitet blev betragtet som signifikant, og en random-effects model (DerSimonian-Laird skøn) blev anvendt til at beregne de samlede yderste periferi. Ellers blev en fast-effekter model (Mantel-Haenszel metode) anvendes. En meta-regression (begrænset maksimal-estimatoren metode) blev anvendt til at undersøge kilden til heterogenitet. Endvidere blev en undergruppe analyse udført for at vurdere kilden til heterogenitet. Bidraget af hver undersøgelse til de endelige resultater af meta-analyse blev evalueret i henhold til følsomhedsanalyse. Vi brugte også Peters testen, Begg rang korrelation metode [12] og en tragt plot for Egger test [13] for at vurdere publikationsbias. Den fejlsikker tal [14] blev også anvendt til at vurdere publikationsbias. I vores undersøgelse, alle de

p

værdier var to sider med et betydeligt niveau på 0,05. Når de enkelte studier har celler med nul tæller, standard er at tilføje 0,5 til alle nul tæller i Meta pakke. Alle statistiske analyser blev udført med Meta pakke [15] (version 2.2-1) i R (version 3.00; https://www.r-project.org/).

Resultater

undersøgelse Karakteristika og kvalitetsvurdering

i alt tretten undersøgelser med 763 tilfælde og 438 kontroller blev inkluderet i metaanalysen. 115 undersøgelser blev indledningsvis identificeret ved at søge de elektroniske databaser. 84 potentielt relevante studier blev hentet til yderligere evaluering efter fjernelse 31 duplikeres artikler. Baseret på deres titler og abstracts blev 61 studier udelukket (5 anmeldelser eller opfylder anmeldelser, 2 cellelinjer, 6 afhandling papirer, 40 irrelevante artikler, og 8 papirer, der ikke har fuld tekst versioner). Fire studier uden kontrolgruppe og seks studier uden

RASSF1A

methylering data blev udelukket fra fuld-tekst gennemgang. Undersøgelserne blev udgivet mellem 2001 og 2012, og dækket fra 20 til 110 tilfælde. Endelig blev 13 studier inkluderet i vores metaanalyse. Otte studier var af asiatiske patienter og fem undersøgelser var af kaukasiske personer. Seks studier analyserede methylering af

RASSF1A

promoter CpG øer [16] – [21] og syv undersøgelser analyseret

RASSF1A

promotor methylering [22] – [28]. Sagen bestod af cancervæv danner Ovariecancerpatienter. Kontrolgruppen omfattede tilstødende væv (AT) fra patienter med ovariecancer, ovarievæv fra godartede ovariesygdom patienter (BOT), samt normalt ovarievæv fra kræft-fri patienter eller raske mennesker (NT). Blandt de 13 undersøgelser, som indgår, 11 studier anvendes methyleringsspecifik polymerasekædereaktion (MSP), 1 studie anvendte methyleringsspecifik multiplex ligering-afhængig probe amplifikation (MS-MLPA) og 1 studie anvendte bisulfit sekventering PCR (BSP) at udforske

RASSF1A

methylering i kræft og kontrol i æggestokkene. Karakteristik af de 13 undersøgelser er vist i tabel 1.

Resultaterne af NOS viste, at de fleste undersøgelser havde et hospital kontrol bortset Li [26] og havde ikke modsvaret styring ifølge den potentielle confounder undtagen Ibanez [20]. Scoren af ​​undersøgelserne lå mellem 5 og 8 med en median score på 7. Detalje information af NOS blev vist i tabel 2.

Meta-analyse

x

2-baserede Cochran Q statistik test og

jeg

2 statistik ikke registrerer en betydelig heterogenitet blandt de inkluderede studier (

I

2

= 29,0%, Q = 16,9,

P =

0,15). Derefter brugte vi en fast-effekter model til at vurdere sammenhængen mellem

RASSF1A

promotor methylering og kræft i æggestokkene. I metaanalysen,

RASSF1A

promotor methylering frekvens var signifikant associeret med kræft i æggestokkene (resumé eller var 11.17, 95% CI = 7,51-16,61) (fig. 2).

meta-regression og undergruppe Analyse

Selvom test ikke fandt en signifikant heterogenitet på tværs af studier, vi først foretaget meta-regression til at undersøge potentielle kilder til heterogenitet. Baseret på tidligere studier vi antog, at heterogenitet kan komme fra befolkningen undergruppe, stikprøvestørrelse og kontrolprøve type. Vi har udført en multipel regressionsmodel med tre variable (dvs. befolkningen undergruppe, publikation år, og tilfælde prøve størrelse). I sidste ende blev ingen kilde til betydelig heterogenitet fundet (tabel 3). Vi udførte en undergruppe analyse for yderligere at vurdere kilden til heterogenitet ifølge befolkninger, sag stikprøvestørrelse og kontroltype.

I undergruppen analyse OR mellem

RASSF1A

promotor methylering og ovariecancer var 14,76 (95% CI = 5,73-38,01) i asiater og 6,85 (95% CI = 3,46-13,58) hos kaukasiere under faste effekter model. Tilsvarende OR for sagen stikprøvestørrelse undergruppe var 8,93 (95% CI = 4,43-18,42) i 50 tilfælde gruppe under den faste effekter model, og 11,19 (95% CI = 4,83-25,96) i ≥50 tilfælde gruppe under den tilfældige effekter model. I undergruppen analyse af kontroltype, OR var 8,43 (95% CI = 4,03-17,63) i BAT-gruppe, herunder godartede ovarie væv og tilstødende væv under tilfældige effekter model og 16.50 (95% CI = 6,82-39,88) i NT gruppe under den faste effekter model (tabel 4).

følsomhedsanalyse

Ifølge følsomhedsanalyse odds ratio varierede fra 9,16 (95% CI = 6,07-13,81) til 12,99 (95% CI = 8,40-20,08) ved at udelade en enkelt undersøgelse under random effect model (fig. 3). Ingen enkelt undersøgelse viste sig at påvirke den poolede OR som angivet med følsomhedsanalyse.

Offentliggørelse Bias

Undersøgelsen fra Peters [29] viste, at type I fejlprocenter for Egger test [13] er højere end for den alternative regressionstest når de summariske skøn er lnORs. Derfor blev Begg rang korrelation, en tragt plot og Peters test anvendt til at vurdere publikationsbias af litteraturen. Formen på Begg s tragt plot i figur 4 viste en mulig asymmetri men Peters testen ikke afsløre publikationsbias (

P =

0,48) og Begg rang korrelation heller ikke registrere publikationsbias (

P =

0,14). Den fejlsikker nummer (

Z

= 48,23, N

fs0.05 = 851,98, N

fs0.01 = 415,53) også foreslået, at undersøgelsen havde en meget lille grad af offentliggørelse bias.

diskussion

RASSF1A

modulerer flere apoptotiske, tubulin dynamik og cellecyklus checkpoint veje. Nogle undersøgelser fandt, at overekspression af

RASSF1A

fremmer apoptose og cellecyklusstop i kræft cellelinjer [9], [30].

RASSF1A

kan inaktiveres ved genmutation og promotor methylering og sidstnævnte tegnede sig for langt størstedelen af ​​tilfældene [9].

RASSF1A

promotor methylering er en af ​​de hyppigste epigenetiske inaktiveringsprocesser begivenheder detekteret i human cancer og fører til lyddæmpning af

RASSF1A

udtryk [31]. Tab af

RASSF1A

udtryk er blevet rapporteret i lunge-, bryst-, blære, mave, cholangiocarcinom og øsofageale sqaumous celle karcinom primære tumorer [32] – [36].

Den nuværende metaanalyse inkluderet tretten artikler med 763 tilfælde og 438 kontroller.

RASSF1A

methylering niveau af kræft gruppen var signifikant højere end kontrolgruppen. Den samlede odds ratio under fast effekt model var 11,17 (95% CI = 7,51-16,61) i de tilfælde kræft versus kontrollerne. Resultatet viste, at

RASSF1A

promotor methylering var forbundet med kræft i æggestokkene, som var i overensstemmelse med tidligere undersøgelser [22], [23].

Resuméet ELLER var 14,76 (95% CI = 5,73 -38,01) i asiater og 6,85 (95% CI = 3,46-13,58) i kaukasiere. Sammenhængen mellem

RASSF1A

promotor methylering og ovariecancer i asiater var stærkere end hos kaukasiere. Tilsvarende Fraser undersøgelse observeret divergerende DNA methylering mellem afrikanske og europæiske befolkning, hvilket kan skyldes methylering-associerede SNPs (mSNPs) og komplekse epistasis eller gen × miljø interaktioner [37].

For stikprøve størrelse, resumé ELLER var 8,93 (95% CI = 4,43-18,42) i 50 case gruppe og 11.19 (95% CI = 4,83-25,96) i ≥50 tilfælde gruppen. I en anden undergruppe resuméet eller ændres lidt mellem 50 case gruppe og ≥50 case gruppe. De yderste periferi for de forskellige kontrol undergruppe var 8,43 (95% CI = 4,03-17,63) for BAT-gruppen og 16.50 (95% CI = 6,82-39,88) for NT-gruppen. Dette resultat viste, at forskellen i hyppigheden af ​​

RASSF1A

promotor methylering mellem sagen gruppen og NT-gruppen var større end mellem sagen gruppen og BAT-gruppen. Resultatet viste, at godartede ovarie væv og tilstødende væv havde en højere frekvens af

RASSF1A

promotor methylering end normalt ovarievæv, som også foreslået, at

RASSF1A

promotor methylering kan spille en vigtig rolle i patogenesen af ovariekarcinom [23], [38].

Der var nogle begrænsninger i undersøgelsen. Den første begrænsning er potentiale confounder. Fordi der var en mangel på information om variabler i kontrolgruppen, vi kun betragtet tre variabler (befolkning, sag stikprøvestørrelse, og kontrol type) i undergruppen analyse. En anden mulig forstyrrende faktorer kunne eksistere i meta-analysen. Den anden begrænsning er publikationsbias. Selv om ingen signifikant publikationsbias fandtes ifølge Peters test, kan negative og upublicerede studier føre til en vis skævhed.

Som konklusion hypermethylering af

RASSF1A

promotoren blev fundet at være associeret med ovariecancer i henhold til den meta-analyse, som foreslog, at promotor methylering af

RASSF1A

er en potentielt nyttig biomarkør i den kræftfremkaldende proces med kræft i æggestokkene. Den foreliggende undersøgelse kræver bekræftelse via hensigtsmæssigt udformede prospektive studier.

Støtte oplysninger

Tjekliste S1.

PRISMA Tjekliste

doi:.. 10,1371 /journal.pone.0076787.s001

(DOCX)

anerkendelser

Forfatterne takker Helen Neumann til redigering af artiklen