PLoS ONE: Atomic Indsigt i de ændrede O6-methylguanin-DNA Methyltransferase Protein Arkitektur i Gastric Cancer

Abstrakt

O

6-methylguanin-DNA methyltransferase (MGMT) er en af ​​de største DNA-reparation protein der modvirker alkalyting agent-induceret DNA-skader ved at erstatte O

6-methylguanin (mutagene læsion) tilbage til guanin, i sidste ende at undertrykke mismatch fejl og dobbelt streng krydsbindinger. Exoniske ændringer i form af nukleotid polymorfisme kan resultere i ændret proteinstruktur, der igen kan føre til tab af funktion. I nærværende undersøgelse har vi fokuseret på befolkningen frygtede for høj eksponering for alkylerende midler på grund af deres typiske og specialiserede kostvaner. Til dette formål gastriske kræftpatienter puljet ud fra populationen blev udvalgt til mutationel screening af en specifik risiko for fejl region MGMT-genet. Vi fandt, at næsten 40% af de undersøgte neoplastiske prøver nærede missense mutation i codon

151 resulterer i serin til Isoleucin variation. Denne variation resulterede i at gennemføre den strukturelle forstyrrelse, derefter efterfølgende til en større støkiometrisk varians i genkendelsesdomæne, substratbinding og selektivitet løkke af det aktive sted af MGMT protein som observeret under virtuel mikroskop af molekylært dynamik simulering (MDS). Den atomare indblik i MGMT protein ved beregningsmæssige tilgang viste en signifikant ændring i hydrogenbinding mønster intra molekylære, hvilket fører til de observerede strukturelle anomalier. For yderligere at undersøge de mutationsmønstre konsekvenser for regulatoriske propper af MGMT, der holder proteinet i et DNA-bindende position blev en MDS baseret analyse udført på, alle kendte fysisk interagerende aminosyrer hovedsageligt grupperet i grupper baseret på deres position og funktion. De resultater, som fysisk-funktionelle klyngedannelse af protein indikerede, at den identificerede mutation i nærheden af ​​det aktive sted i MGMT protein forårsager lokal og global destabilisering af et protein ved enten at fjerne de stabiliserende saltbroer i klynge C3, C4, og C5 eller ved lokalt at destabilisere “protein stabiliserende hing” kortlagt på C3-C4 klynge, forud for den aktive sted

Henvisning:. Chikan NA, Bukhari S, Shabir N, Amin A, Shafi S, Qadri RA et al. (2015) Atomic Indsigt i Altered O

6-methylguanin-DNA Methyltransferase Protein Arkitektur i Gastric Cancer. PLoS ONE 10 (5): e0127741. doi: 10,1371 /journal.pone.0127741

Academic Redaktør: Reiner Albert Veitia, Institut Jacques Monod, FRANCE

Modtaget: 16. december 2014 Accepteret: 19. april, 2015; Udgivet: May 26, 2015

Copyright: © 2015 Chikan et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Data Tilgængelighed: Alle relevante data er inden for papir og dens støtte Information filer

finansiering:. forskningen blev støttet af VIT University forskningslektor tilskud og finansiering agentur havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

konkurrerende interesser:. forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Selvom faldende, den sygdom af gastrisk kræft, ifølge GOLOBOCON 2012 er. stadig den tredje hyppigste årsag til kræft dødsfald på verdensplan [1, 2]. I patogenesen af ​​denne sygdom, forskellige genetiske og molekylære forandringer foregår der fører til malign transformation af maveslimhinden [3]. Denne transformation er en flertrinsproces, som medfører abnormiteter i vigtige cellulære funktioner, såsom DNA-reparation, adhæsion, signaltransduktion, celledifferentiering og andre [4,5]. Alkylerende carcinogener såsom N-nitrosodimethylamin, Methyl nitrosourinstof (NMU), N-methyl-N’-nitro-N-nitroguanidin etc. føre til dannelse af O

6-methylguanin, en DNA-addukt hvis tilstedeværelse fører til induktion af mutationer ( G: C-A: T overgang) og resulterer i udviklingen af ​​kræft [6-10].

MGMT

er det enzym, der er ansvarlig for reparation O

6-methylguanin addukter [11-13]. MGMT er en suicidal enzym, der fjerner en methylgruppe fra O

6-stillingen i guanin og overfører den til sin egen cystinrest ved kodon 145 i proteinet, hvilket således inaktiverer selv mens der rettes guanin [14]. Under eksponeringen af ​​NMU har MGMT-defekte mus vist sig at udvikle kræft [15], mens som transgene mus, der bærer ekstra kopier af det fremmede MGMT genet var mindre tilbøjelige til sygdommen [16] .Den, genetisk polymorfisme af dette enzym har vist sig at være en potentiel risikofaktor for kræft [17-22]. Denne undersøgelse fokuserer således på mutations profilering af fejlbehæftet region i exon 5 af MGMT, som koder for det aktive sted af proteinet, nemlig aktive sted omgivet af domæner, der er ansvarlige for at holde fast DNA [13]. Det repræsentative befolkning mavecancerpatienter, der er valgt til denne undersøgelse er en enestående kohorte væsentlige blive meget udsat for kosten alkylerende stoffer [6, 23-28].

Anvendelse af

InSilico

teknikker til at forstå effekten af ​​polymorfi på protein struktur og dynamik har været i praksis, og et væld af arbejde er blevet gjort i denne henseende [29-32]. Computeren hjulpet forudsigelse metoder ved hjælp af evolutionære og struktur baseret forudsigelse giver et indblik i den skadelige evne polymorfi [33]. De molekylær dynamik kan bruges til at observere konformationelle ændringer polymorfismen kan påføre i proteinet. Disse konformationsændringer i den tredimensionelle struktur af protein kan påvirke fysiologiske affiniteter og forskellige biokemiske pathway interaktioner. For at undersøge virkningen af ​​mutation ved evolutionære samt atomare niveau, InSilico forudsigelser ved hjælp af forskellige servere samt MDS af vildtype (wt) og mutant (Mu) MGMT-protein blev udført. For MDS protein baner og atomare interaktionsanalyse, gromacs indbyggede værktøjer blev brugt. Principal komponent analyse (PCA) blev udført for at estimere fleksibiliteten af ​​begge strukturer. Fri energi landskaber (FEL) af indfødte og Mu MGMT blev også undersøgt for at forstå effekten af ​​mutation.

Resultater og Diskussion

exon 5 segment af MGMT gen, blev succesfuldt amplificeret fra alle prøver . Amplikoner efter sekventering viste en transversion mutation i codon 151AGC, sekvenserne af hvilke der er indgivet til GeneBank bærende numre tiltrædelse KM000795 og KM000796. Den i silico værktøjer til at studere den mulige skadelige virkning af mutationen blev udvalgt omhyggeligt, så hver faktor er undersøgt og dobbelt kontrolleres af andet værktøj, der bruger anden algoritme. Detaljerne i de servere, der bruges i vores undersøgelse er beskrevet i S1 tabel, hvor der algoritme, arbejde og kriterier for forudsigelse er givet. Valgte server forudsiger mutationen at være skadelig. MDS simulering baner til 30ns køre wt og mutant protein blev analyseret udførligt ved hjælp gromacs indbyggede værktøjer. S1 Fig viser en nsSNP i codon 151, som fører til en missense mutation fra Ser til Ile, andet i sin vildtypeform hjælper med Protein-DNA-interaktioner [34-36]. Som vist i figur 1, wtMGMT. (PDBID: 1T39) SER 151, ud over at gøre normal elektrostatisk interaktion med thymin også dannet to hydrogenbindinger med det via amidnitrogenet

Fig 2 viser snapshots af både WT og Mu strukturer på forskellige tidsintervaller, der regulerer den synopsis af effekten af ​​mutation på strukturelle dynamik MGMT. Fra snap shots, afslører bortset Mu struktur udvidet konformation, også dannet helisk konformation ved aminosyre nummer 87 til 90, og giver en idé, at mutationen ikke begunstiger den strukturelle kompakthed af proteinet, som praktikant fører til dens kompromitteret og aberreret konformation har en betydelig strukturel skift, der er afgørende i forårsager hedengangne ​​protein funktion [37]. Efter visuel analyse blev g_rms værktøj, der anvendes til at beregne RMSD for protein-atomer, ved anvendelse af begyndende struktur som reference. Mutanten struktur viste brat forhøjelse i RMSD på omkring 17 ns. På observere anomali på strukturen plan, fandt vi, at skrueformede og loop indhold af den mutante struktur varierede (figur 3A). Den RMSD fra gennemsnittet over tid er nævnt som RMSF, g_rmsf blev anvendt til at beregne den atomare standardafvigelse og observation, viste Mu struktur højere fleksibilitet. Den RMSF af begge strukturer viste en mindre ændring i rest 151, men varierer betydeligt i et protein loop region 27-53 (Fig 3B), som kunne være resultanten af ​​en intermolekylær langtrækkende tertiære interaktion variation. I r_rmsf værktøj optionen-OQ blev brugt til at konvertere RMSF værdien i B-Factor værdier og implicitte dem på den gennemsnitlige struktur (blå repræsenterer den mest stabile og rød mest fluktuerende). Den sammenlignende B faktor projektion (S2A Fig) om wt og Mu MGMT indikerer primært udsving variationer inden for den gennemsnitlige struktur, hvilket giver os et indblik i ændringen i det svingende mønster mellem de to strukturer. Farvning mønster er standard på mellem blå til rød. En væsentlig ændring i udsving observeret i Mu struktur udover hvilke den gennemsnitlige sekundære struktur layout (S2B Fig) afveg betydeligt, hvilket igen medfører, at Mu kan være uhensigtsmæssig for DNA-reparation.

De snapshots blev hentet på hver 5 ns interval langs 30 ns simulering.

(Inlays A og B) viser de relative strukturer ved punktet for RMSD hoppe. (B) MGMT rest RMSF langs MDS og pilen peger ud til området med angivelse maksimal udsving. (C) RMSD vs. Atomic enheder. Plot, der viser meget ustabilt Mu kurve i rødt.

At analysere formen af ​​proteinet ved hvert givet tidspunkt, G_ rotere værktøjet blev anvendt, som beregner inertiradius af en gruppe af atomer langs X -, y- og z-aksen, som en funktion af tid. Vores resultater viser den største afvigelse i gyrationsradius for Mu struktur, bestået efter 17 ns kørt (S3 Fig). Mens da det er kendt, at MGMT struktur ikke varierer i stor udstrækning i forhold til MGMT-bundet-DNA-struktur, der indikerer stabil bundet struktur via tætte associering rester anerkendelse (Ala126, Ala127, Ala129, Gly131 og Gly132), og Ser93, Thr95, Gln115, Asn123 og Ser151, interagere med fosfat rygraden i DNA [36] men da radi af gyration blev registreret skal øges på grund af mutation og derfor tyder det udvidede væltede proteinstruktur formentlig akavet skifter Arginin finger (intrahelical placeret Arg128) fra sin position, som er ansvarlig for at fremme flippe af nukleotid i MGMT aktive site, og dermed kunne forringe omhu er nødvendig for at fjerne O

6-methylguanin addukt fra DNA

Yderligere som vi ved, at hver aminosyre har sin egen hydrofobicitet-værdi, den oprindelige vildtype-rester og nyindført mutant rest afviger i denne egenskab. At evaluere denne, anvendte vi g_sas værktøj, som beregner hydrofob, hydrofil og total SASA af proteinet over tid. Mutanten struktur har større SASA, som korrelerer med vores tidligere fund af forøget Rg i mutant struktur (S4 Fig). For at kontrollere effekten af ​​Mu på MGMT struktur forankret med DNA FBF ID: 1T39 [38], brugte vi Discovery studie til farve og beregne hydrofobicitet ifølge Kyte-Dolittle skala (S5 Fig). Den wt hydrofobicitet og fem rest løbende gennemsnit hydrofobicitet var -0.8 og 0,94, hvorimod de tilsvarende værdier for Mu-rest var betydeligt højere ved 4,5 og 2, hvilket viser, at Mu-resten er mere hydrofob end den vægt- rest. Den indekserede afvigelse i værdierne af mutantprotein hydrofobicitet i forhold til vægt- protein i betydelig grad kan påvirke stiochiochemistry af hydrogen bindingsdannelse mellem enzymet og DNA, som det fremgår af S5 Fig. Efterfølgende kan den ugunstige Enzym-DNA docking føre til manglende lydhørhed af enzymet med hensyn til dens kooperativ funktionalitet.

For at fremme forståelsen af ​​mutation på protein dynamik, vi delte vigtige aminosyrer, der er involveret i fysisk interaktion med DNA og Mg

+ ion i klynger (Fig 4) afhængig af deres position og bidrag i DNA docking, bund spejlvende og DNA-reparation [36]. Cluster1 indeholdt fem aminosyrer, der involverer i DNA docking nemlig. SER93, PHE94, THR95, ASN123 og LYS125. Cluster 2 indeholdt enkelt aminosyre ARG 135 også involveret i DNA docking. Klynge 3 indeholdt tre aminosyrer TYR114, GLN115 og SER151 hvor TYR 114 er involveret i basen flipping kræves til DNA-reparation og de to andre har roller i DNA docking. Cluster 4, foruden indeholdende klynge 3 aminosyrer, indeholdt CYS145 som er et aktivt sted i MGMT, der er ansvarlig for DNA-reparation. Klynge 5 består tre aminosyrer (CYS24, HIS29 og HIS85), som alle vekselvirker med Mg

+ ion. g_rama værktøj blev anvendt til dannelse phi /psi dihedrale kombinationer af udvalgte klynger og blev anvendt til at beregne vinklerne som en funktion af tid. Deres kontur plot blev genereret ved hjælp af energi minima at forstå deres respektive mobilitet (S6 Fig). Alle de udvalgte klynger var påvirket af mutation fra SER151 til ILE151. For at forstå virkningen, især på klynge 3 og 4, blev PSI /Phl distributioner vedrører den mærkede energi minima afbildet (figur 5). kan observeres Forskellen i toppen region energi minima i de tilsvarende wt og Mu klynger, hvilket giver markante indtryk af mulige imparity i DNA-reparation.

For dybere forståelse af den strukturelle variation observeret indtil nu, vi kiggede ind i dannelsen af ​​de udvalgte klynger intra hydrogenbinding hjælp g_hband værktøj, hvis resultater er blevet vist i Fig 6. Alle klyngerne udvalgt til denne analyse viser fald i den gennemsnitlige antal hydrogenbindinger per ramme i mutant struktur forvente Cluster 1. stigningen i antallet af gennemsnitlige hydrogenbindinger per billedfelt in Cluster 1 er slank sammenlignet med variationerne vi observerer. Det samlede fald i den gennemsnitlige hydrogen bindingsdannelse pr rammen er i co-relation med øget RMSF og Rg i mutant struktur. Resultatet, der genereres af denne analyse er endeligt medfører anomali observeret indtil nu med ændring i mønstret intra hydrogenbinding.

For at forstå effekten af ​​denne mutation på globale korrelerede bevægelser i atomare simuleringer, PCA, en matematisk teknik, der er effektiv i karakterisering af generelle foldning og ikke-folding træk ved protein, blev anvendt. Teknikken identificerer dominerende bevægelser i proteinet ved ekstraktion vigtigste tilstande involveret i involveret i molekylet bevægelse. De vigtigste komponenter i protein bevægelse blev beregnet som egenvektorerne (EV) af massen vægtet kovariansmatrix af protein-atomer. Beregningen af ​​disse værdier blev udført under anvendelse væsentlige dynamik (ED) fremgangsmåde ifølge standardprotokol [39] til rådighed inden for GROMACS softwarepakken. To af de første otte Ev er der tegner til mere at 85% bevægelse af det samlede system blev udvalgt til analyse, projektionen over tid og RMSF udsving, der er afbildet i figur 7. Både Ev s blev kombineret i en enkelt bane; kombinationen producerede et fælles sæt Principal Komponent (PC) egenvektorer for wt og Mu MGMT, hvilket gør direkte sammenligning mulig mellem forskellige systemer. De baner blev opnået ved hjælp af g-KOVARIANS og g-anaeig af gromacs forsyningsselskaber. I fig 8 (A) fremspringene, PC 1 vs. PC 2, af begge strukturer er projiceret (sort wt /rød Mu), opnået fra wt struktur klynge er stabil, når som projektionen af ​​første to PC af mutant omfatter en stort område. For yderligere at analysere PC fremskrivninger, blev deres frie energi overflader plottet (figur 8B), som viste, at stabiliteten af ​​wt over løb er ensartet over tid i forhold til Mu baseret på energi Minima bassiner dannet af begge. Strukturerne med minimum energi blev hentet fra fri energi Landskab på forskellige tidspunkter. Strukturerne på højre side af hvert fremspring i fig 8 (C), i PC er fra starten af ​​simulering til venstre en fra den nære ende af simulering. Denne analyse var afgørende at belyse kompromitteret fri energi landskab af Mu struktur, en observation, at ud over at bestyrke med vores tidligere resultater, har endegyldigt indebar en drastisk konformationel ændring i Mu struktur.

Sort og grøn farve repræsenterer wt og Mu henholdsvis (b) RMSF af alle atomer af begge vektorer.

(b) FEL af både bevægelserne genereret separat. (C) Separate todimensionale fremstillinger af PCA både wt og Mu MGMT med indsatte tre mest stabile strukturer på forskellige tidspunkt.

Konklusion

Uoverensstemmelser af DNA-reparation og kræft ætiologi er synonymer i en måde, at det er forekomsten af ​​den mutation, der er blevet bredt accepteret som grundlag af cancer. En mutation i et DNA-reparation protein, som kan påvirke dens funktion (S7 Fig) kan skabe pretumorigenic miljø og kan hjælpe med kræft progression på noget tidspunkt. MGMT er en af ​​de vigtige DNA-reparation protein har en væsentlig rolle i at opretholde genomisk stabilitet ved at fjerne O

6Methyleguanine addukter. Således vil en betydelig genetisk polymorfi i dette protein har en effekt på udviklingen af ​​kræft og dens progression. Da ingen af ​​de undersøgelser, indtil dato har rapporteret mutationsanalyse af MGMT hjælp MDS, har det først og fremmest fået os til at undersøge muligheden for MGMT bliver muteret i et klassificeret befolkning, hvor forbruget af fødevarer, der indeholder højere niveauer af N-nitrosoforbindelser er almindeligt og gastrisk kræft er fremherskende.

anvendelsen af ​​molekylær dynamik at undersøge virkningen af ​​hidtil ukendte mutation ved codon

151 har givet os et indblik i arkitekturen af ​​begge strukturer på atomart niveau over en kørsel af 30 ns periode . Effekten af ​​mutationen var ikke kun begrænset til dens nærhed, men også greb ind i den samlede struktur, herunder sekundære elementer på forskellige steder af proteinet. De strukturelle overgange observeret i sekundære elementer, fremmer sammenbruddet af strukturel arkitektur Mu MGMT protein. Opnået ved quasiharmonic analyse (PCA) FEL konkluderede også, at mutationen væsentligt påvirker stabiliteten af ​​MGMT over tid, en faktor, der kan hæmme den normale støkiometriske mode af DNA reparation af MGMT.

udforsket mutation i exon 5 synes at være forbundet med chauffør mutation, som synes at påvirke DNA /protein-interaktion, en vigtig faktor, der kan påvirke DNA docking, bund spejlvende og i sidste ende reparere mekanisme, som, hvis forringet, også kan resultere i genom bred stigning i O

6 methyl guanin addukter fører til øget genomisk instabilitet.

Materialer og metoder

Etisk erklæring

de protokoller /forsøg med anvendelse af menneskelige prøver blev behørigt undersøgt og godkendt af University Menneskelig etiske komité (UHEC), VIT University, Vellore (UHEC-VIT /2011).

patienter og væv samling

i alt 30 patienter diagnosticeret med gastrisk karcinom optaget til Sheri-Kashmir Institute of Medical Sciences (skims), blev Srinagar anset for undersøgelsen. Patienter, der gennemgår kirurgi som den primære behandling på forskellige stadier af sygdommen blev rekrutteret til undersøgelsen med deres samtykke. Kendetegnene for de undersøgte patienter er anført i S2 tabel.

Tumor prøver 5mm

3 blev udskåret fra kirurgisk resektion enheder inden for tumormassen, bortset margenen. Hosliggende ikke neoplastiske prøver af tilsvarende dimension blev taget fra resektionsranden, ca. 10 mm fra den makroskopiske tumor kant og efterfølgende bekræftet som godartet ved rutinemæssig histopatologi på stryger. I alt 30 tumor og 30 normale vævsprøver blev opsamlet og opbevaret ved -80

° C indtil analyse.

DNA-ekstraktion og polymerasekædereaktion

DNA blev ekstraheret fra 2 mm

3 vævsprøver under anvendelse af DNA-ekstraktion kit (Hi Pura Mammalian Genomisk DNA Isolation kit-HiMedia). Koncentration og kvaliteten af ​​DNA blev målt ved rutinemæssig spectrophotometeric analyse. Amplifikation af exon 5 regioner af MGMT exon blev udført i gradient minicycler (Eppendorf) i en 25 pi reaktionsblanding indeholdende 1 pi (400 ng /pl) genomisk DNA, DNA-polymerase {1X ​​PCR buffer (200 mM Tris-HCI, 200 mM KCI, 50 mM, (NH4) 2 SO4) forsynet med 25 mM MgCl2, Fermentas}, Nuclease frit vand og 1 pi fremad (5’GCCCGTGCAGGTACGGTCTT-3 ‘) og revers (5’AGCTCCCGCTCCCTTGAGCC-3’) primere hver. Annealingstemperaturen blev optimeret ved 65,5 ° C. For at lette Polymerase Chain Reaction (PCR) produkt analyse for mutation blev PCR-produkt sekventering udført.

SNP Damage Forudsigelse.

Skaderne forudsigelse af polymorphisim blev udført ved hjælp af SIFT [40] , Polyphen-2 [41], PhD-SNP [42], MutPred [43], SNAP [44], SNPs Go [45] og popmusik [46].

Molekylær dynamik simulation

MDS blev udført af Gromacs 4.5.3 pakke [47]. For wt MGMT, blev FBF struktur 1QNT [48] bruges som et udgangspunkt struktur for MDS. Accelrys Discovery Studio [49] blev anvendt til at gøre det indre punktmutation på vildtype struktur. Både wt og Mu MGMT blev påført med GROMOS96 43a1 kraftfelt og derefter anbragt i en model for en præækvilibreret vandbad og modioner blev tilsat for at opnå en neutral kasse ved hjælp af “genion” værktøj, der kommer sammen med gromacs pakke. Opløsningsmiddelmolekyler blev fastholdt til den oprindelige position med en kraft begrænse, af 100 kcal /mol for 5000 trin før det underkastes energiminimering til 5000 iteration. Til regulering af temperaturen inde i kassen, blev Berendsen temperatur koblingsfremgangsmåde [50] anvendes. Elektrostatiske interaktioner blev beregnet ved hjælp af Particle Mesh Ewald metoden [51]. Ioniserende tilstand rester, tryk og andre parametre blev sat i standardsortiment. Ikke-bundet par Listen blev opdateret efter hver 10 trin og konformationer blev opbevaret hver 2 pico sekunder (ps). Position tilbageholdenhed simulering for 500 ps blev gennemført for at muliggøre molekyler opløsningsmiddel at komme ind i hulrum region struktur. Endelig systemet blev underkastet MDS i 30 nanosekunder (ns). Kvadratrodsafvigelsen (RMSD), Root Mean Square Svingninger (RMSF), Solvent Tilgængelig Surface Area (SASA), blev Radius gyration (Rg) og PCA udføres ved hjælp af indbyggede gromacs værktøjer. g_hbond blev anvendt til at beregne antallet af distinkte hydrogenbindinger dannet ved specifikke rester til andre aminosyrer i proteinet under simuleringer (NH bond). g_sham blev brugt i udstrakt grad til at opnå fri energi landskab. Grafer blev afbildet ved hjælp Grace GUI toolkit 5.1.22-version, mens som frie energi landskaber blev plottet hjælp gnuplot 4.6.0 version. Alle visualiseringer blev udført under anvendelse PyMOL, Ligplus, VMD [52] og grafer blev afbildet under anvendelse af Grace Program [53] og gnuplot. Baner blev analyseret ved hjælp af den indbyggede værktøj i GROMACS distribution.

Støtte Information

S1 Fig. a) Et repræsentativt kromatogram af MGMT exon 5 viser den enkelt basepar, G . T i position 151 som vist ved en pil i den neoplastiske kromatogrammet

b) justering af exon 5 sekvens, der blev amplificeret fra neoplastiske og ikke-neoplastiske væv (tilstødende normal) med den af ​​vildtype (reference-sekvens erhvervet fra NCBI) blev oversat og SNP kortlagt viste sig at ændre på serin i Isoleucin

doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s001

(TIF)

S2 fig. (A) Gennemsnitlige tertiære strukturer farvet i henhold til Bfactor værdier (b) Gennemsnitlig Sekundær struktur repræsentation af begge strukturer

doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s002

(TIF)

S3 Fig. (A) gyrationsradius af wt og Mu MGMT vises separat.

(b) Rg af alle atomer af wt og Mu MGMT versus tid på 300K.

Wt er represted af Black og Mu af Green.

doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s003

(TIF)

S4 fig. Opløsningsmiddel Tilgængelig Areal af vægt (sort) og Mu (grøn) MGMT over tid på 300K

doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s004

(TIF)

S5 Fig. Variation i farve (Surface af protein ifølge Kyte-Doolittle-skala) ved muteret region og den grafiske repræsentation af variationen i Kyte-Doolittle-skala i enkelt aminosyre og fem gennemsnitlig drift hydrofobicitet både vægt- og Mu MGMT

doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s005

(TIF)

S6 fig. Tid afhængig Ramachandran Contour plot af alle de udvalgte klynger over tid, hver linje viser overgangen af ​​1.

doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s006

(TIF)

S7 Fig. Billedlig fremstilling af GC: AT Transition ved forringet MGMT

doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s007

(TIF)

S1 Table. Polymorfi Forudsigelse ved hjælp af forskellige servere

doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s008

(DOCX)

S2 Table. Karakteristik af Study Emner

doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s009

(DOCX)

Tak

Forfatterne vil gerne anerkende Dr. Daniele Granata for hans kind indgange på gratis energi landskaber.