PLoS ONE: Polymorfi af DNA Methyltransferase 3b og associeringsaftalen med udvikling og Prognose i Gastric Cancer

Abstrakt

Målsætning

DNA methyltransferase 3b (DNMT3b) spiller en vigtig rolle i unormal methylering under tumorigenese. Polymorfi af

DNMT3b

gen kan påvirke

DNMT3b

aktivitet og være forbundet med risiko kræft. Denne undersøgelse havde til formål at undersøge sammenhængen mellem enkelt nukleotid polymorfier (SNPs) i

DNMT3b

gen og modtagelighed og prognose af mavekræft.

Metoder

Fire hundrede og fyrre syv histologisk-bekræftede gastrisk kræfttilfælde, 111 gastrisk atrofi tilfælde og 961 tumor-fri kontroller blev indrulleret i studiet. Fem tag SNPs (rs6119954, rs1569686, rs4911107, rs4911259 og rs8118663) af

DNMT3b

gen blev genotype af TaqMan assay. DNMT3b udtryk blev evalueret i 104 cancer væv ved immunhistokemi metode.

Resultater

Den mediane follow-up tid for 422 gastriske patienter med prognose oplysninger var 55,1 (51,8-58,5) måned. Vi fandt, at personer med rs1569686 variant genotype (TG /GG) signifikant var forbundet med dårlig prognose i mavekræft i forhold til dem, der udfører TT genotypen (HR = 1,43, 95% CI: 1,02-1,99). Denne tendens var mere tydelig i overlevelse mavekræft langsigtet. Lignende resultater blev observeret for G allel bærere af rs4911107 og T allel bærere af rs4911259 da disse to steder var i fuldstændig bindingsuligevægt med rs1569686. De rs8118663 GG luftfartsselskaber havde tendens til at leve kortere end AA /AG-genotypen (HR = 2,72, 95% CI: 1,45-5,12) hos patienter lever længere end 2,0 år. Ingen af ​​de fem SNPs var forbundet med risikoen for mavekræft eller gastrisk atrofi. Og ingen sammenhæng blev fundet mellem hver af de fem SNPs og DNMT3b udtryk.

Konklusioner

Denne undersøgelse dokumenterer, at

DNMT3b

polymorfier kan forudsige langsigtede overlevelse mavekræft . Der er dog behov for yderligere undersøgelser for at afsløre de underliggende biologiske roller

DNMT3b

polymorfi

Henvisning:. Wang C, Jia Z, Cao D, Du L, Jin M, Wu X, et al . (2015) Polymorfi af DNA Methyltransferase 3b og associeringsaftalen med udvikling og Prognose i Gastric Cancer. PLoS ONE 10 (8): e0134059. doi: 10,1371 /journal.pone.0134059

Redaktør: Valli De Re, Centro di riferimento Oncologico, IRCCS National Cancer Institute, ITALIEN

Modtaget: 16. april, 2015; Accepteret: 3 juli 2015; Udgivet: 11 August, 2015

Copyright: © 2015 Wang et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Data Tilgængelighed: Alle relevante data er inden for papir og dens støtte Information filer

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af National Natural Science Foundation of China (81072369, JJ), National Natural Science Foundation of China (81373084, JJ), National Natural Science Foundation of China (81273065, XYC), Norman Bethune Program for Jilin Universitet (2013025, JJ), Ungdom Foundation of The First Hospital Jilin Universitet (JDYY42013014, ZFJ), Ungdom Foundation of The First Hospital Jilin University (JDYY42013018 , DHC), og Videnskab og Teknologi Development Program i Jilin provinsen (20150414014GH, JJ). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Gastrisk cancer (GC) er en af ​​de mest almindelige ondartede tumorer i Kina, og det er den næststørste årsag til kræft dødsfald [1, 2].

Helicobacter pylori

(

H

.

pylori

) er blevet klassificeret som en gruppe I kræftfremkaldende af gastrisk kræft af IARC i 1994 [3].

H

.

pylori

er også en af ​​de risikofaktorer for gastrisk atrofi (GA), som er involveret i udviklingen af ​​mavekræft [4, 5]. Selvom halvdelen af ​​verdens befolkning har

H

.

pylori

infektion, kun en lille del af dem videre til kronisk atrofisk gastritis og derefter mavekræft. Disse tyder på en mulig rolle for værten genetiske faktorer som reaktion på kronisk

H

.

pylori

infektion og mavekræft udvikling, senere [6].

DNA methylering er en af de epigenetiske modulationer og er vigtig i transskription regulering og kromatin struktur remodeling [7]. Aberrant DNA-methylering kan resultere i hele genomet hypometylering og regional hypermethylering, der identificeres som en mulig mekanisme for inaktivering af tumorsuppressorgener [8-10]. DNA methyltransferase-3b (DNMT3b) er en

de novo

methyltransferase og overudtrykt i forskellige tumorer, såsom lungekræft [11], bryst karcinomer [12], hepatocellulært carcinom [13] og store B- cellelymfomer [14]. Vores tidligere arbejde viste, at DNMT3b udtrykt markant højere i gastrisk kræftvæv sammenlignet med de parrede kontrolprøver [15]. Og højere niveauer af DNMT3b blev rapporteret at være involveret i lymfeknude metastaser af ovariecancer [16] og kortere samlet overlevelse af akut myeloid leukæmi [17]. Disse foreslog mulige rolle DNMT3b i udviklingen og progressionen af ​​tumorer.

DNMT3b

lokaliserer i kromosom 20q11.2 med en samlet størrelse på 47kb. Det var opfattelsen, at en enkelt nukleotid polymorfier (SNP) inden for promotor-regionen i

DNMT3b

gen kan ændre genekspressionsniveauer [18]. Tidligere undersøgelser har vist, at SNP’er af

DNMT3b

blev korreleret med modtagelighed af forskellige kræftformer, såsom hepatocellulært carcinom [19], lungecancer [18], nasopharyngeale carcinomer [20], brystcancer [7] og gastrisk kræft [21], og Azad et al [22] har vist, at

DNMT3b

rs2424913 polymorfi var korreleret med en øget risiko risiko for i hoved og halscancer. Disse SNP’er fandtes at påvirke aktiviteten af ​​

DNMT3b

på DNA-methylering ved at ændre niveauet af DNMT3b, hvorved modulering af modtageligheden for cancer [23, 24].

Men så vidt vi vide, intet papir var tilgængelige på den rolle,

DNMT3b

polymorfi i prognosen for mavekræft. I den foreliggende undersøgelse undersøgte vi sammenhængen mellem polymorfier af

DNMT3b

gen og modtagelighed mavekræft samt gastrisk atrofi, og klinisk-patologiske træk og samlet overlevelse af mavekræft i en kinesisk befolkning.

Materialer og metoder

Etik erklæring

Denne undersøgelse blev godkendt af den etiske komité for Første Hospital Jilin Universitet. Skriftligt informeret samtykke blev opnået fra alle personer før at deltage i denne forskning.

Undersøgelse befolkninger

Nyligt diagnosticerede gastrisk kræfttilfælde gennemgår tumorectomy var inviteret til studiet ved Institut for Gastric og Kolorektal kirurgi, First Hospital i Jilin Universitet (Changchun, Kina) i løbet af 2008 til 2010. i alt 447 tilfælde med histopatologisk diagnosticeret mavekræft var inkluderet og ingen af ​​tilfældene blev modtaget kemoterapi eller strålebehandling inden operationen. De vigtigste kliniske karakteristika blev indsamlet fra journaler eller via telefoninterview. Vi definerede kemoterapi som en effektiv behandling i mindst 3 cykluser. Patienterne modtaget flere postoperative kemoterapi, herunder FOLFOX-4 regime (kombination med 5-fluorouracil, leucovorin og oxaliplatin); XELOX regime (capecitabin og oxaliplatin); andre kemoterapier såsom capecitabin eller 5-fluorouracil alene. I samme periode blev eksaminanderne deltog i sundhed check-up center uden tumor historie inviteret til kontrolgruppen i samme hospital og 1072 individer underskrevet informeret samtykke. Blandt dem, blev 150 personer fundet at have gastrisk atrofi af serumpepsinogen undersøgelse og 111 blev bekræftet ved biopsi og histopatologi og blev inkluderet som gastrisk atrofi gruppen. De resterende patienter (961) indgik i kontrolgruppen. Fem milliliter perifert blod blev opsamlet fra alle deltagere og opbevares ved -80 ° C indtil genomisk DNA-ekstraktion.

Gastric kræfttilfælde blev fulgt op af telefonsamtaler tre måneder og seks måneder og et år efter tumorectomy og hvert et år senere indtil døden eller den sidste planlagte opfølgning. Sager ville ikke indgå i overlevelse analyse, hvis (i) de var tabt for opfølgning på første gang af telefoninterview, eller (ii) de var døde af komplikationer af kirurgisk operation i den perioperative periode. Overlevelsestiden blev defineret som varigheden fra datoen for kirurgisk operation til datoen for død, hvis patienterne døde eller for datoen for den sidste vellykkede interview, hvis patienterne blev tabt for opfølgning eller levende indtil udgangen af ​​undersøgelsen . Overlevelse tid blev ret censureret, bortset fra at patienterne døde af mavekræft.

Test af

H

.

pylori

infektion og diagnosticering af gastrisk atrofi

Serum Immunoglobulin G (IgG) antistoffer mod

H

.

pylori

, pepsinogen I (BGB) og pepsinogen II (PGII) blev evalueret ved enzymbundet antistof (ELISA) efter fabrikantens anvisninger (Biohit, Finland). Personer med BGB 82,3 ng /ml og forholdene mellem PGI /PGII 6.05 var positive for gastrisk atrofi screening og derefter valideret af biopsi og histopatologi gennem gastroskopi [25]. Den interdag variationskoefficient (CV) af kontrolprøver blandt kits var 4,5%, 4,3% og 4,7% for

H

.

pylori

IgG, PG I og PG II.

Tagging SNPs valg

SNPs dækker regionen

DNMT3b

blev analyseret ved hjælp SNPbrowser Software v4.0 baseret på Han kinesiske befolkning i HapMap Project (06-02-2009 HapMap). Fire tagging SNP’er (tagSNPs, rs6119954, rs4911107, rs4911259 og rs8118663) blev udvalgt som kan dække de 22 SNPs i

DNMT3b

med et minimum mindre allel frekvens (MAF) på 0,05 og en parvis

r

2 på 0,8 eller større [26]. Derudover tre andre SNPs, rs2424913, rs6087990 og rs1569686, blev også beregnet til at blive valgt som kandidat SNPs. Men kun rs1569686 blev genotype rs2424913 havde for lavt MAF (0,012, data fra HapMap Project) og rs6087990 var i en absolut LD (

D

‘= 1 og

r

2 = 1) med rs4911107. Endelig blev fem SNP’er, rs6119954 (intron), rs1569686 (promotor), rs4911107 (intron), rs4911259 (intron) og rs8118663 (3 ‘flankerende region) valgt til genotypebestemmelse.

Genotypning

genomisk DNA blev ekstraheret fra fuldblod prøve under anvendelse blod genomisk DNA-ekstraktion kits ifølge producentens instruktioner (Axygen Biosciences, USA). Genotyper af hver SNP blev bestemt under anvendelse af TaqMan genotypebestemmelse assays efter fabrikantens protokol i 384-brønds plader (Applied Biosystems, USA). Sekvenser af primere og prober er tilgængelige på anmodning. Polymerasekædereaktioner (PCR) var som følger: 1 cyklus ved 95 ° C i 10 minutter, efterfulgt af 40 cykler ved 95 ° C i 15 s og 60 ° C i 1 min. De amplifikationsprocesser blev udført på BIO-RAD S1000 termocyclere (Bio-Rad, California) og slutprodukterne blev aflæst på en ABI PRISM 7900 HT Sequence Detector anvendelse af sekvensen Detector Software V2.3 (Applied Biosystems, USA). To blanke kontroller blev inkluderet i hver 384-brønds assay lette at identificere, genotyper. Fem procent af tilfældigt udvalgte dobbelte prøver blev inkluderet i hver 384-brønds plader til kvalitetskontrol, og den samlede overensstemmende sats var 99,91%.

Immunhistokemi

DNMT3b ekspression blev vurderet i tumorvæv af 104 gastriske kræftpatienter ved immunohistokemi metode. De 4 um tykke snit fra vævsblokke blev udskåret, afparaffiniseret og farvet under anvendelse af et streptavidin-biotin immunoperoxidaseteknik. Kort fortalt blev vævssnittene inkuberet natten over ved 4 ° C med anti-humant DNMT3b polyklonalt antistof (1: 200 fortyndet, sc-20.704, Santa Cruz, USA). Signaler blev visualiseret med 3, 3-Diaminobenzidin (DAB) og objektglassene blev modfarvet med hematoxylin. Som negative kontroller blev objektglassene behandlet med isotype IgG’er til erstatning af primære antistoffer. De farvede objektglas blev evalueret af to uafhængige patologer, som var blindede fra kliniske data. Den bredt accepteret HScore system blev anvendt til at vurdere farvningsintensitet og procentdele af celler farvet med en specifik størrelse af intensitet. Den HScore blev beregnet ved følgende ligning: HScore = ΣPi (i) (i = 0, 1, 2, 3, Pi = 0-100%). Den I betyder intensiteten af ​​farvning, dvs. ingen farvning = 0, svag farvning = 1, moderat farvning = 2 og stærk farvning = 3. Pi repræsenterer procentdele af farvede celler med intensiteter varierer fra 0 til 100%. Den HScore går fra 0 til 300.

Statistisk analyse

Kontinuerlig data såsom alder og HScore scoringer af DNMT3b udtryk blev sammenfattet som median (25. til 75. percentiler) og sammenlignet med Mann-Whitney U test eller Kruskal-Wallis test. Kategoriske data blev beskrevet som frekvens og procent og sammenlignet ved hjælp af χ

2 test eller Fishers eksakte test, når det er relevant. Hyppigheden af ​​genotyper af hver SNP blev bestemt via direkte optælling og afvigelse fra Hardy-Weinberg ligevægt i kontrolgruppen blev vurderet ved en goodness-of-fit χ

2 test. Koblingsuligevægt (LD) mellem par af biallel loci blev bestemt ved anvendelse af to foranstaltninger,

D

‘og

r

2. Ubetinget logistisk regressionsanalyse blev brugt til at beregne odds ratio (OR) og 95% konfidensintervaller (CIS), med justering for mulige konfoundere (alder som en skala variabel, køn som en nominel variabel og

H

.

pylori

antistof som en nominel variabel). Overlevelse funktioner af mavecancerpatienter inden for hver SNP blev afbildet af Kaplan-Meier-metoden og sammenlignet med Log-Rank test. Hazard ratio (HR) med 95% CIs blev brugt til at kvantificere indflydelsen af ​​genotyper hver SNP på samlet overlevelse og blev beregnet med Cox regressionsmodel. For haplotyper med frekvenser 1%, risici på modtagelighed og død fare blev evalueret sammenligne med referencen haplotype (større haplotype i kontrolgruppen) ved hjælp af den ubetingede logistiske regressionsmodel og Cox regressionsmodellen henholdsvis med THESIAS version 3.1 software [27, 28]. Alle statistiske tests var to-sidede og

P

værdi 0,05 blev anset for at være statistisk signifikant. Medmindre andet er angivet, analyser ovenfor blev udført i SAS 9.1.3 software (SAS Institute Inc., USA).

Resultater

Emne egenskaber

I alt 1519 emner, 447 mavekræft tilfælde blev 111 gastrisk atrofi tilfælde og 961 tumor-fri kontrol indgår i denne undersøgelse. Karakteristika for alle individer er opsummeret i tabel 1. Den demografisk faktorer, alder og køn, blev ikke ensartet fordelt i de tre grupper, at GC gruppe havde flere mandlige og ældre forsøgspersoner. Og 69,1% af GC sager var positive for

H

pylori

, signifikant højere end kontrolgruppen (49,7%,

P

0,001). Hvorimod ikke- væsentligt lavere end den gastriske atrofi gruppen (75,7%,

P

= 0,176). Da disse faktorer kan forvirre effekten af ​​SNP’er blev sammenligninger af genotype fordeling nedenfor justeres efter alder, køn og

H

.

pylori

infektion. De fleste gastriske kræfttilfælde havde tarm form for kræft (87,3%) og 140 patienter fik postoperativ kemoterapi (31,3%).

Foreningen af ​​SNPs med risiko for mavekræft eller gastrisk atrofi

Fire SNP loci, rs1569686, rs4911107, rs4911259 og rs8118663, var i overensstemmelse med Hardy-Weinberg ligevægt i kontrolgruppen (

P

var 0,321, 0,341, 0,362 og 0,874 henholdsvis). Den rs6119954 locus dog viste sig at fraviges det (

P

= 0,0331). Ikke desto mindre var dette locus inkluderet i den endelige analyse, da konkordansen hastigheden af ​​de dobbelte prøver af rs6119954 var 100%. Parvise målinger af koblingsuligevægt optaget i S1 tabel. Tre loci, rs1569686, rs4911107 og rs4911259 viste fuldstændig koblingsuligevægt (

D

‘ 0,98,

r

2 0,96). Derfor kun rs1569686 blev analyseret repræsenterer rs4911107 og rs4911259.

Sammenligning med de mest almindelige genotype af hver SNP blev ingen forskel observeret på fordelingerne af de tre loci mellem mavekræft gruppe og kontrolgruppen efter justering for alder , køn og

H

.

pylori

infektion (tabel 2). Ingen allel eller haplotype var forbundet med risiko for mavekræft. Lignende negative resultater blev opnået på risikoen for gastrisk atrofi (tabel 2). Desuden blev der ikke observeret foreninger mellem SNPs eller haplotype og risiko for

H

.

pylori

infektion i kontrolgruppen (S3 tabel).

Foreningen af ​​SNPs med clinicopathologic parametre for mavekræft

Genotypiske fordelinger af SNPs blev analyseret i henhold til clinicopathologic parametre som tumorstørrelse, scene, kvalitet og fjernmetastaser i mavens kræfttilfælde. Patienter bærer AA genotype rs6119954 havde højere frekvens af fjernmetastaser (25,6%

vs

. 9,1%,

P

= 0,003). Og patienter, der bærer AA genotype rs8118663 havde mere andel af tumorstørrelse ≥ 5 cm (33,5%

vs

. 23,3%,

P

= 0,040) (S4 tabel).

Foreningen af ​​SNPs med overlevelse af mavekræft

Opfølgning oplysninger var tilgængelige for 435 (97,3%) mavecancerpatienter indtil februar 2015. Tretten patienter døde af postoperative komplikationer inden for 30 dage i begyndelsen af ​​studiet og disse sager blev udelukket fra analysen af ​​virkningerne af SNP’er på overlevelse. Endelig blev 422 tilfælde med i overlevelse analyse. Under opfølgningen, 195 (46,2%) patienter døde af mavekræft, 14 (3,3%) tilfælde døde af andre årsager, 203 patienter (48,1%) levede og 10 (2,4%) patienter blev tabt for opfølgning. Den mediane follow-up tid var 55,1 måneder (der spænder fra 1,1 til 79,2 måneder) for alle tilfælde indgår i overlevelse analyse.

Cox regressionsanalyser blev udført for at vurdere sammenslutning af

DNMT3b

genotyper på overlevelse af mavekræft hjælp af dominant eller recessiv model. Vi fandt, at rs1569686 TG /GG variant genotype var forbundet med en statistisk signifikant 43% øget risiko for død sammenlignet med TT genotypen i den dominerende model. Desuden kunne tendens effekter på langsigtet overlevelse observeres fra overlevelse plots. Derfor undergruppe analyser blev udført hos patienter lever længere end to år. Patienter, der bærer G allelen (TG eller GG genotype) af 1.569.686 viste sig at leve kortere end TT genotypen (HR = 2,46, 95% CI: 1,29-4,69,

P

= 0,006) efter justering for alder, køn, TNM stadie og kemoterapi efter tumorectomy (fig 1A). Lignende resultater blev observeret for de G allele bærere af rs4911107 og T allel bærere af rs4911259 i samlet overlevelse af gastrisk cancer (tabel 3). Og dem, der udfører GG genotype rs8118663 tendens til at have kortere overlevelsestid end A allel luftfartsselskaber (AA eller AG) efter justering for alder, køn, TNM stadie og kemoterapi efter tumorectomy (HR = 2,72, 95% CI: 1,45-5,12,

P

= 0,002) (figur 1B).

(A) plot for rs1569686 bruger den dominerende model (TG /GG

vs

.TT). Patienter der bærer rs1569686 TG /GG genotype havde tendens til at leve kortere end dem, der udfører TT genotype. Denne tendens var mere tydelig i patienter, der levede længere end 2,0 år med en hazard ratio (HR) 2,46 (95% CI 1,29-4,69) efter justering for alder, køn TNM stadie og kemoterapi type. (B) plot for rs8118663 hjælp af recessive model (GG vs. AA /AG). Svarende til rs1569686, rs8118663 GG luftfartsselskaber tendens til at have kortere overlevelsestid.

associering mellem SNPs og udtryk for DNMT3b

DNMT3b udtryk blev evalueret i kræft væv af 104 mavekræft tilfælde under anvendelse immunhistokemisk metode. DNMT3b ekspression blev observeret hovedsagelig i cellekernen og niveauer af ekspression var høj (HScore 200) i 64 sager (61,5%), moderat (100 HSCORE≤200) i 30 (28,8%), lav (HSCORE≤100) i to (1,9%) og negative (HScore = 0) i 8 (7,7%). Resultater af udtryk i henhold til genotyper af de tre SNP loci blev vist i tabel 4. Imidlertid kunne ingen forskel på DNMT3b udtryk observeres blandt genotyper af hver SNP.

Diskussion

I nærværende undersøgelse, vi systematisk udforsket rolle varianter af

DNMT3b

gen i udvikling og prognose af mavekræft i en stor population. Vi fandt, at rs1569686 TG /GG genotyper markant var forbundet med dårlig overlevelse mavekræft. Desuden observerede vi, at

DNMT3b

polymorfier påvirker langsigtede overlevelse mavekræft og effekten var endnu stærkere hos patienter lever længere end to år.

De fleste værker udgivet kun fokusere på den rolle,

DNMT3b

i carcinogensis af forskellige maligniteter. Så vidt vi ved, er dette den første rapport, der beskriver sammenhængen mellem

DNMT3b

polymorfi og gastrisk kræft overlevelse i en kinesiske befolkning. Vores nuværende undersøgelse viste, at

DNMT3b

varianter bidraget til overlevelse mavekræft langsigtet.

DNMT3b

rs1569686 variant TG eller GG genotype luftfartsselskaber viste øget HR med en

P

-værdi af 0,036 (HR = 1,43, 95CI: 1,02-1,99) sammenlignet med TT vildtype. Desuden individuel bærende G allel af rs1569686 (TG eller GG) har 2,46-dobling af dødelighed risiko end ikke G allel luftfartsselskaber i patienter lever længere end 2 år (Fig 1A), og individer, der bærer rs8118663 GG genotype tendens til at have højere risiko i den langsigtede overlevelse (fig 1B).

Vi længere for første gang undersøgt sammenhængen mellem

DNMT3b

polymorfier og kliniske karakteristika for gastrisk kræftpatienter. Patienter bærer rs6119954 AA-genotypen havde mere hyppighed af fjerne metastaser, hvilket antyder, at rs6119954 polymorfi kan være involveret i udviklingen af ​​mavekræft. Tilsvarende patienter med rs8118663 AA-genotypen tendens til at have større tumorstørrelse (≥5cm), hvilket antyder, at rs8118663 SNP kan spille en rolle i tumoren progression af GC patienter. Tilsammen alle disse fund demonstrerede den prædiktive værdi af

DNMT3b

polymorfier for progression og overlevelse prognose hos patienter med mavekræft.

DNMT3b

genet koder DNMT3b, en familiemedlem til DNA methyltransferase, som deltager i en lang række biologiske processer, herunder tumorudvikling og tumorgenese [29]. Adskillige tidligere undersøgelser har vist, at polymorfismer af

DNMT3b

er forbundet med udviklingen af ​​cancer i en række tumorer. Shen et al [18] først rapporteret, at bærere af T alleler, især heterozygot (CT) af rs2424913, havde næsten 2-fold øget risiko for risiko lungekræft sammenlignet med den homozygote genotype CC i kaukasiske population. Endvidere var dette C-til-T almindelig genetisk variant i DNMT3b promotoren fundet at dybt forøge mRNA-ekspression [30]. rolle rs2424913 på kræft i kinesisk, kunne dog være ubetydelig som C-allelen i kinesiske befolkning er fraværende eller sjældne [20], betydningen af ​​stor mangfoldighed i

DNMT3b

SNP fordeling kan skyldes forskellige etniske grupper , ukendte miljømæssige faktorer eller samspillet mellem miljøfaktorer og genetisk disposition. Den rs1569686 blev rapporteret at være forbundet med modtagelighed for lungekræft [31] og gastrisk kræft [21], men ikke i hepatocellulært carcinom [19], spiserør kræft [32] og nasopharyngeal karcinom [20]. I en tidligere metaanalyse baseret på 24 case-kontrol studier,

DNMT3b

rs1569686 G allelen er blevet identificeret som en lav risikofaktor for at udvikle kolorektal cancer [33]. Den rs1569686 er placeret i CpG dårlig promotorregion. In vitro-promotor assay har afsløret, at rs1569686 polymorfi ikke påvirker transkriptionelle aktivitet af

DNMT

promotor [34], men de nøjagtige mekanismer er stort set ukendt. En undersøgelse af Lee et al [35] viste, at rs6087990 i promotorregionen

DNMT3b

, som var i fuldstændig LD med rs1569686, kunne modificere promotoraktiviteten af ​​

DNMT3b

, transkriptionen aktivitet af T-allelen var signifikant lavere sammenlignet med den C-allelen, men den rs1569686 polymorfi påvirkede ikke promotoraktivitet. I vores undersøgelse, men vi observerede ikke nogen associering rs1569686 med udviklingen af ​​gastrisk cancer eller gastrisk atrofi, en vigtig risikofaktor for gastrisk cancer (tabel 2). Også, vi ikke observere eventuelle forskelle i DNMT3b udtryk inden for genotyper af hver SNPs hjælp immunhistokemi metode. Den underliggende mekanisme

DNMT3b

på mavekræft bør præciseres i fremtidige studier. En anden steder, rs2424908, som er i fuldstændig bindingsuligevægt med rs8118663 (

r

2 = 0,956), har også vist sig at være involveret i tumor, såsom spiserøret kræft [32] og kolorektal cancer [ ,,,0],34]. Men i vores undersøgelse, ingen positiv association med mavekræft kunne observeres. Svarende til vores resultater, Yang et al rapporterede, at

DNMT3b

rs2424908 polymorfier var ikke associeret med modtageligheden for mavekræft i den sydlige kinesiske befolkning [36]. Derfor kan flere undersøgelser være nødvendige for at afslutte rolle genetisk polymorfi af

DNMT3b

i udviklingen af ​​mavekræft.

To begrænsninger bør anerkendes i vores undersøgelse. Den ene var, at kun SNPs med et minimum mindre allel af 0,10 eller større medtaget på grund af udvælgelseskriterierne. frekvensvariationer Lav også kan korrelere med udvikling af kræft, såsom rs2424913 [22]. er behov for yderligere undersøgelse dækker SNPs med lav frekvens. Den anden er, at opfølgningen tid til gastrisk kræfttilfælde synes utilstrækkelig, da de fleste af de tilfælde, på højre side af overlevelse plots er censureret. Påvirkninger af SNP’er på langfristet overlevelse kunne ikke løse problemet, selvom kunne observeres en tendens. Men når sagerne stratificeret i undergruppe lever længere end to år, kunne der observeres en signifikant sammenhæng på langsigtet prognose. Ikke desto mindre rolle

DNMT3b

på mavekræft vil blive revurderes og opdateret i fremtiden, da opfølgningen er stadig i gang.

Konklusioner

Sammenfattende finder vi polymorfier af

DNMT3b

kan påvirke den samlede overlevelse mavekræft, hvilket tyder potentialet i

DNMT3b

SNPs som en nyttig markør til at forudsige den samlede overlevelse af mavekræft, især hos patienter overlever længere end to år. Men vi ikke observere nogen signifikante associationer mellem

DNMT3b

varianter og risikoen for mavekræft eller gastrisk atrofi. Yderligere undersøgelser er nødvendige for at fuldt ud at præcisere, hvilken rolle den

DNMT3b

på mavekræft i forskellige etniske befolkningsgrupper.

Støtte Information

S1 Table. Koblingsuligevægt koefficienter (

D

‘) og

r

2 mellem

DNMT3b

htSNPs

doi:. 10,1371 /journal.pone.0134059.s001

(DOCX)

S2 Table. Kliniske data for mavecancerpatienter

doi:. 10,1371 /journal.pone.0134059.s002

(DOCX)

S3 Table. Foreningen af ​​SNP’er og

H

pylori

infektion i kontrolgruppen

doi:.. 10,1371 /journal.pone.0134059.s003

(DOCX)

S4 Table . Udlodning af genotyper efter kliniske parametre i gastrisk kræfttilfælde

doi:. 10,1371 /journal.pone.0134059.s004

(DOCX)

S1 baggrundsdata. De kliniske data og genotypefrekvenser af DNMT3b gen polymorfier i tilfælde og kontroller

Doi:. 10.1371 /journal.pone.0134059.s005

(XLS)

anerkendelser

Forfatterne vil gerne takke alle dem, der deltager i denne undersøgelse, især Ying Song for hendes arbejde med opfølgning af emner og Chang-Song Guo for hans tekniske support.