PLoS ONE: Identifikation af Plasma Lipid Biomarkører for prostatakræft ved Lipidomics og Bioinformatik

Abstrakt

Baggrund

Lipider har kritiske funktioner i cellulære energilagring, struktur og signalering. Mange individuelle lipid molekyler er blevet forbundet med udviklingen af ​​prostatakræft; men ingen af ​​dem er blevet godkendt til anvendelse som en biomarkør. Formålet med denne undersøgelse er at identificere lipid molekyler fra hundredvis plasma tilsyneladende lipid arter som biomarkører for diagnosticering af prostatakræft.

Metode /vigtigste resultater

Brug af lipidomics, lipid profilering af 390 individuelle tilsyneladende lipid arter blev udført på 141 plasmaprøver fra 105 patienter med prostatacancer og 36 mandlige kontroller. High throughput data genereret fra lipidomics blev analyseret ved hjælp af bioinformatiske og statistiske metoder. Fra 390 tilsyneladende lipid arter blev 35 arter påvist at have potentiale i differentiering af prostatacancer. Inden for de 35 arter, blev 12 identificeret som individuelle plasma lipid biomarkører for diagnosticering af prostatacancer med en følsomhed på over 80%, specificitet over 50% og nøjagtighed over 80%. Brug top 15 af 35 potentielle biomarkører sammen forøgede forudsigelseskraft dramatisk i diagnosticering af prostatakræft med en følsomhed på 93,6%, specificitet 90,1% og nøjagtigheden af ​​97,3%. Principal komponent analyse (PCA) og hierarkisk klyngedannelse analyse (HCA) viste, at patient- og kontrolpopulationer visuelt var adskilt af identificerede lipid biomarkører. RandomForest og 10 gange krydsvalidering analyser vist, at de identificerede lipid biomarkører var i stand til at forudsige ukendte befolkninger præcist, og dette blev ikke påvirket af patientens alder og race. Tre ud af 13 lipidklasser, phosphatidylethanolamin (PE), ether-bundet phosphatidylethanolamin (EPE) og ether-linked phosphatidylcholin (EPC), kan anses som biomarkører i diagnose af prostatacancer.

Konklusioner /Betydning

Brug lipidomics og bioinformatiske og statistiske metoder, har vi identificeret et par ud af hundreder plasma tilsyneladende lipid molekylære arter som biomarkører for diagnosticering af prostatakræft med en høj følsomhed, specificitet og nøjagtighed

Henvisning:. Zhou X Mao J, Ai J, Deng Y, Roth MR, Pound C, et al. (2012) Identifikation af plasma Lipid Biomarkører for prostatakræft ved Lipidomics og bioinformatik. PLoS ONE 7 (11): e48889. doi: 10,1371 /journal.pone.0048889

Redaktør: Christina Lynn Addison, Ottawa Hospital Research Institute, Canada

Modtaget: Juni 2, 2012; Accepteret: 2 oktober 2012; Udgivet: November 12, 2012