PLoS ONE: Identificering af Patogen signaturer i prostatakræft Brug RNA-seq

abstrakt

Infektioner i prostata af bakterier, humane papillomavira, polyomavira, xenotrope murin leukæmi virus (MLV) -relaterede gammaretroviruses, humane cytomegalovirus og andre medlemmer af herpesvirusfamilien er blevet bredt undersøgt. Men mange undersøgelser givet modstridende og kontroversielle resultater. I denne undersøgelse, vi systematisk undersøgt transcriptomes af humane prostata prøver til de unikke genomiske signaturer af disse patogener ved hjælp af RNA-seq data fra både vestlige og kinesiske patienter. Menneskelig og nonhuman RNA-seq læser blev kortlagt på menneskelige og patogen referencepunkter genomer henholdsvis bruger alignment værktøjer Bowtie og BLAT. Patogene infektioner og integrationer blev analyseret i tilslutning til de standarder fra offentliggjorte undersøgelser. Blandt de ni patogener (Propionibacterium acnes, HPV, HCMV, XMRV, BKV, JCV, SV40, EBV og HBV) vi analyserede, blev Propionibacterium acnes gener fundet i alle prostata tumorprøver og alle tilstødende prøver, men ikke i prostata prøver fra sunde individer. SV40, HCMV, blev påvist EBV og lavrisiko-HPV- udskrifter i en tumor prøve og to tilstødende prøver fra kinesiske prostatakræft patienter, men ikke i nogen prøver af vestlige patienter med prostatacancer; XMRV blev BKV og JCV sekvenser ikke identificeret i vores arbejde; HBV, som en negativ kontrol, var fraværende fra eventuelle prøver. Desuden blev der ikke patogen integration identificeret i vores undersøgelse. Mens yderligere validering er påkrævet, vores analyse dokumenterer Propionibacterium acnes infektioner i humane prostata tumorer. Noteret forskelle i virusinfektioner tværs etnicitet mangler at blive bekræftet med andre store prostata kræft datasæt. Virkningerne af bakterielle og virale infektioner og deres bidrag til prostatakræft patogenese vil kræve løbende forskning på patogener

Henvisning:. Chen Y, Wei J (2015) Identifikation af Patogen signaturer i prostatakræft Brug RNA-seq. PLoS ONE 10 (6): e0128955. doi: 10,1371 /journal.pone.0128955

Academic Redaktør: Andrew McDowell, University of Ulster, Storbritannien

Modtaget: September 24, 2014 Accepteret: May 1, 2015; Udgivet: Juni 8, 2015

Copyright: © 2015 Chen Wei. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Data Tilgængelighed: Alle relevante data er inden for papir og dens støtte Information filer

Finansiering:. AstraZeneca ydet støtte i form af løn til forfattere JW og YC, men havde ikke nogen ekstra rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet. De specifikke roller disse forfattere er formuleret i afsnittet “forfatter bidrag”

Konkurrerende interesser: En eller flere af forfatterne er ansat af et kommercielt selskab (AstraZeneca R og ofte fortsætter som latente infektioner i en vært uden at forårsage sygdomme, men kan forårsage svulster i et væld af en anden art, eller en vært med en ineffektiv immunsystem. De polyomavira der inficerer mennesker, herunder BK virus (BKV), JC virus (JCV) og abevirus 40 (SV40), typisk forårsage infektioner, der er subklinisk og vedvarende [18].

xenotropisk murine leukæmi virus-relateret virus (XMRV) blev først opdaget i patienter med PCa og senere i patienter med kronisk træthedssyndrom (CFS) [26, 27]. Nogle yderligere undersøgelser har fremlagt dokumentation for XMRV infektion i PCa [28-31] selvom dens association med CFS og PCa er stort set miskrediteret [32, 33]. Nylige undersøgelser har antydet, at tilstedeværelsen af ​​XMRV kan være et resultat af muse DNA-kontaminering [34, 35]. Fordi nogle resultater, der indikerer tilstedeværelsen af ​​XMRV i PCa ikke kan være fuldt tilskrives prøve forurening [36], her undersøgte vi den mulige sammenhæng mellem XMRV og PCa.

Afdækning de genomiske virkninger af kendte patogener i PCa fortsat en udfordring. Mens de fleste PCa forskning har fokuseret på PCR-baseret målrettet påvisning af virus, fremme af næste generations sekventering teknologi gør hele genomet forhør muligt. Vores mål er at analysere RNA-seq data fra kinesiske og vestlige PCA patienter for at identificere patogener og deres integration i værten genomer.

Materialer og metoder

Tre RNA-seq datasæt

Datasæt 1:. single-end miRNA-seq data af en poolet biopsi-verificeret PCa prøven og en poolet kontrolprøve af australske patienter uden påviselig cancer

Lille RNA-sekventering blev brugt til at profilere og sammenligne miRNA i den ikke-sæd cellulære brøkdel af sædvæske fra mænd med biopsi-verificeret kræft (en samleprøve fra 6 mænd) og mænd med forhøjet serum PSA, men negative biopsi resultater (en samleprøve fra 6 mænd) [37]. RNA blev ekstraheret under anvendelse af Trizol-reagens (Life Technologies) og renset ved hjælp af RNeasy Mini kit (Qiagen). . Den fælles-ende miRNA-seq data blev hentet fra EBI ENA (https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRP041082)

Datasæt 2: parret ende mRNA- seq data fra PCA væv fra kaukasiske patienter.

Transcriptomes (polyA +) på 20 prostata tumorer og 10 matchede tilstødende væv blev sekventeret ved hjælp af Illumina GAII platformen. RNA blev ekstraheret fra prøver under anvendelse af Ribopure kit (Ambion). Total RNA-prøver blev bearbejdet til transkriptom sekventering under anvendelse af Illumina mRNA-seq protokol. Den patologiske status tumorprøver blev bekræftet inden behandling, og tumor prøver havde en tumor celle procentdel 80% med Gleason score spænder fra 6 til 9 [38]. MRNA-seq data blev hentet fra EBI ENA (https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRX022060-SRX022089)

Datasæt 3:. Parret-end mRNA-seq data af kinesiske PCA væv.

Prostatakræft og tilstødende normale væv fra 14 patienter opnået fra Shanghai Changhai Hospital blev brugt som en kohorte for RNA-sekventering (ved hjælp af Illumina HiSeq 2000 sekventering maskine). De tumorprøver havde Gleason score spænder fra 4 til 8 [39]. MRNA-seq data blev hentet fra EBI ENA (https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERP000550). Fem prøver (4T, 5T, 6N, 11T, 12N) havde ingen tilgængelige parret ende læser, som vi analyseret ved hjælp af en enkelt-end strategi.

Alle datasæt blev genereret i FASTQ format. Prøven samling, sekventering og kliniske oplysninger af de 3 RNA-seq datasæt blev opført i S1 File. Den gennemsnitlige read længde for Datasæt 1, 2, 3 er 49bp, 36 bp, og 90bp henholdsvis.

undersøgt i vores arbejde

patogener

Vi gjorde en systemisk litteraturgennemgang af virus og bakterier rapporteret i prostatakræft og endelig udvalgt syv virus: HPV, HCMV, XMRV, BKV, JCV, SV40, EBV og en bacterium- Propionibacterium acnes (

P

acnes

.) for at undersøge deres patogene foreninger med PSA. Vi brugte også HBV-virus, som kan forårsage hepatitis B og sjældent forekommer hos patienter med PCa som negativ kontrol virus til at vurdere vores sekventering analyseresultater.

Reference Sekvenser anvendes til kortlægning

Henvisningen sekvenser bestod af menneskelige og patogene sekvenser. Humane genom og transkriptom sekvenser blev hentet fra NCBI website (NCBI bygge 37). Propionibacterium acnes og alle de virale genom og transkriptom sekvenser blev også taget fra NCBI bygge 37.

påvisning af patogener og analyse af patogene integration steder i

mRNA-seq dataanalyse pipeline for Datasæt 2 og datasæt 3.

Vi brugte NGS QC Toolkit (v2.3) [40] for at fjerne dårlig mRNA-seq læser. To kriterier blev anvendt til at vælge gode lyder: cutOffQualScore = 20 og cutOffReadLen4HQ = 90, hvilket betyder, at 90% af grundlaget for en kvalificeret læse skal have kvalitet scoringer = 20. Alle efterfølgende analyser var baseret på ren mRNA-seq læser.

Både Bowtie [41] og BLAST-lignende justering værktøj-BLAT [42] blev brugt i vores virusbeskyttelse pipeline. Bowtie er en ultrahurtig læse aligner, som hurtigt kan kortlægge millioner af single-end eller parret ende læser. Vi brugte Bowtie2 (version 2.1.0) og anvendt standardparametre til at udføre justeringen.

BLAT er en tilpasning værktøj som BLAST, men struktureret forskelligt. Det kan effektivt kortlægge kort læser tværs exon-exon kryds og identificere nye splejsesamlinger. Her bruger vi standalone BLAT V.35. De anvendte parametre for at tilpasse læser med reference- sekvenser er som følger:. MinScore = 20, minIdentity = 88, trinstørrelse = 5, og kombineret-fine og ingen fine tilstand

Før kortlægge læser, vi udførte en tilpasning mellem humane og patogene sekvenser for at identificere konsensussekvenser, som blev brugt til at filtrere falske fusionerne. Som vist i fig 1A, læser rå blev først kortlagt til humant og patogene referencenumre sekvenser med Bowtie2, og derefter kortlagt læser (kun for længde (læse) 30) blev plukket ud til at udføre lokal tilpasning til BLAT. Hvis to parret ende læser blev entydigt kortlagt med en read mappet til humane sekvenser, og det andet læse kortlagt til specifikke patogen-sekvenser, læser den parrede ende blev betragtet som en menneske-patogen fusion kandidat læse. Hvis en læst fra en parret-enden aflæses entydigt blev kortlagt til humant eller patogene sekvenser, og den anden ende read var entydigt fra to dele: én del kortlagt til humane sekvenser og den anden del til patogene sekvenser, blev det mærkede en rå menneske- patogen fusion begivenhed. Efter at afsløre alle de rå fusion begivenheder, vi anvendte vores kriterier for at bortfiltrere falsk positiv læser og vælg fusion kandidater.

(A) med påvisning af patogener rørledning (B) Fusion Læser med en del (P1) kortlagt til humane sekvenser og den anden del (P2) kortlagt til patogen sekvenser. Læser markeret med blåt er kortlagt til humane sekvenser, læser markeret med grøn er kortlagt til patogene sekvenser, læser markeret med sort er kortlagt.

For hver enkelt ende læses med en del (P1) mappes til humane sekvenser og den anden side (P2) kortlagt til patogen sekvenser (se fig 1B), blev følgende kriterier anvendt til fusion filtrering:

det kræves, at P1 er strengt knyttet til menneskelige sekvenser og P2 er strengt kortlagt til patogene sekvenser . Hverken P1 eller P2 kan overlappe med konsensussekvenser

kortlagt forholdet P1 /(P1 + P2) eller P2 /(P1 + P1) = 0,8.

P1 eller P2 skal entydigt kortlægges.

P1 eller P2 bør ikke have lav-kompleksitet sekvenser.

Efter at få fusionen kandidat læser kortlagde vi dem til de humane-patogen konsensussekvenser at fjerne falske positive fusioner i tilfælde, hvor fusionen læser sandsynligvis kom fra konsensussekvenser. Endelig har vi også manuelt kontrolleret deres pålidelighed ved at gennemse deres tilpasning ved hjælp af web-værktøj BLASTN (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) for at sikre, at de P1and P2 regionerne blev kortlagt på menneskelige og patogene sekvenser .

miRNA-seq dataanalyse pipeline for Datasæt 1.

miRNA-seq er en type af RNA-seq, som bruger næste generations sekventering teknologi at sekventere MikroRNA’er. Først, vi filtreret ud den rå læser med en base kvalitet score på mindre end 20. Så vi fjernede 3’sekventering adapter ved hjælp af en BioPerl script (findes på https://www.bioperl.org/wiki/Removing_sequencing_adapters). Der var små RNA som nedbrudte mRNA fragmenter, rRNA’er, tRNA’er, miRNA, siRNA’er i rengjort læser.

Fordi vores formål er at afsløre, om der findes patogener i prøverne ved hjælp af miRNA-seq data, vi analyserede den rene læser ved hjælp af mRNA-seq pipeline for enkelt-ende læser.

Måling patogen repræsentation.

i vores undersøgelse, kvantificeret patogen repræsentation bestemmes af et mål for den samlede optælling af kortlagt læser på patogen genom og de udtrykte patogen mRNA i humane prøver.

Vi beregnede de udtrykte patogen mRNA-niveauer ved at udelukke ikke-transskriberet patogen genom elementer. Dette eliminerer og reducerer potentialet for nonsens læser og antallet af ikke-transkriberede patogen genomiske elementer fra datapool. De udskrift niveau og gen-niveau tæller blev beregnet og FPKM (fragmenter pr kilobase af exon per million fragmenter kortlagt) blev normaliseret ved hjælp Manchetknapper [43]. Så en FPKM filtrering cutoff på 1,0 [44] eller afskrift count = 2 blev anvendt til at bestemme niveauet af udtrykte transkripter. Enhver patogen ekspressionsniveauet under cutoff blev mærket som havende nogen indlysende mRNA-ekspression.

Resultater Salg

Vi analyserede tre RNA-seq datasæt af PCa prøver-to fra den vestlige befolkning og en fra kinesiske befolkningsbaserede anvender de metoder, der er skitseret i materialer og metoder i denne forskning papir. For data-sæt 1 af miRNA seq data, læser 1% på ca. 100M rå blev kortlagt til det humane genom (fordi det meste af læser bør kortlægges til det humane miRNA bibliotek). For data-sæt 2, bestående af vestlige prostata patienter, den effektive tilpasning optælling var om 17M i gennemsnit. Ca. 86% af læser blev kortlagt til det humane genom. For data-sæt 3, består af kinesiske prostata patienter, den effektive tilpasning tæller ca. 56M i gennemsnit. Ca. 85% af læser blev kortlagt til det humane genom.

Ingen virus, men

P

.

acnes

påvist i PCA prøve fra Datasæt 1

Ingen af ​​de vira blev påvist i enten poolet kræft prøve eller normale prøve fra den vestlige befolkning, men

P

.

acnes

blev identificeret i kræft prøve (se S2 File og tabel 1). Der var ikke høje læse masser af

P

.

acnes

genom (ca. 77 læser knyttet til hver 100 kb i gennemsnit) på grund af det begrænsede antal små RNA-sekvenser mappet til reference- sekvenser. De udtrykte gener med FPKM 1 blev anført i tabel 1. Intracellulær protease /generel stress protein 18 (YP_056816.1) reagerer på miljømæssige stressfaktorer, herunder ekstreme temperaturer, udsættelse for toksiner, og mekaniske skader. Hypotetisk protein PPA0381 (YP_055091.1) sandsynligvis spille en rolle i vært-væv biologisk nedbrydning og inflammation [45]. Bakteriel ABC transportører er afgørende i celle levedygtighed, virulens, og patogenicitet [46]. Fe (III) dicitrate ABC transportør (YP_056465.1) deltager i Iron ABC uptake systemer, der er vigtige effektorer af virulens

Siden den læste længde var 60bp, vi kan ikke bruge en enkelt-end strategi for at finde menneske-bakterier fusioner i disse prøver.

Ingen virus, men

P

.

acnes

påvist i både PCa og tilstødende godartede prøver i datasættet 2

Der var ingen indlysende virus-kortlagt læser påvist i de 20 PCA prøver heller ikke i de 10 matchede tilstødende prøver fra vestlige patienter. Men

P

.

acnes

signatur blev påvist i både kræft prøver og tilstødende prøver (se S2 File). 14 ud af 20 kræft prøver og 9 ud 10 tilstødende godartede prøver havde mindst to udtryk

P

.

acnes

udskrifter.

Brug 10 parrede kræft og tilstødende prøver, vi identificeret 7 cancer-specifikke gener fra

P

.

acnes

, som alle er udtrykt i mindst 3 ud 10 cancer prøver (se tabel 2). Blandt dem bakteriel topoisomerase I (YP_054960.1), der kræves til at forhindre hypernegative supercoiling af DNA under transkription og spiller en vigtig rolle i transkription af stress gener under den bakterielle stressrespons [47]. Og elongeringsfaktor G (YP_056556.1) fremmer translokation skridt i bakterielle proteinsyntese.

Vi har forsøgt at finde menneske-bakterie fusion i

P

.

acnes

identificerede prøver, men ikke sådan parret ende læser, hvor man læse mappet til humane sekvenser, og det andet kortlagt til

P

.

acnes

sekvenser blev identificeret.

Vira og

P

.

acnes

identificeret i kræft og tilstødende prøver i Datasæt 3

I denne undersøgelse var der 9 matchede kræft og tilstødende prøver, 3 uparrede kræft prøver og 2 uparrede tilstødende prøver til rådighed i Datasæt 3 (se materialer og metoder).

læser fra

P

.

acnes

blev identificeret i alle kinesiske kræft prøver og tilstødende normale prøver. Prøve 7N, 7T, 8N havde en høj RNA niveau

P

.

acnes

(se S2 File). Alle undtagen 2 kræft prøver har beviser for udtrykt

P

.

acnes

udskrifter. Men vi fandt ikke kræftspecifikke

P

.

acnes

udskrifter, som blev udtrykt i mindst 3 kræft prøver som vores standard tærskel.

Det er interessant, læser nogle virus blev påvist i tre kinesiske prostata prøver-cancer prøve 7T og tilstødende prøver 7N, 8N – alle fra patienter med stadium III PCa og med høj PSA score (7T 7N: PSA 30,33; 8N: PSA10.4) (se S1 File)

Alle 3 prøver blev identificeret som havende virus-DNA belastninger,. udtrykt udskrifter og mere end én slags virus blev fundet i hver. De inficerede virus profilerne var ens på tværs af de 3 prøver (se tabel 3). De vira med mere læser var SV40, HCMV, EBV og lav risiko HPV’er (ligesom HPV49, 50, 88.108) (se tabel 3 og S3 File).

På samme måde brugte vi fusion afsløring rørledning at identificere humant patogen fusionsbegivenheder. Vi filtreret de rå-fusioner under anvendelse af konsensussekvenser mellem hver patogen og humane sekvens. Ingen virale eller bakterielle fusioner blev identificeret i Datasæt 3.

Det er kendt, at forskellige

P

.

acnes

stammer er forbundet med prostata end dem, der almindeligvis findes på huden [48]. Udkastet genom sekvenser af to stammer af

P

.

acnes

isoleret fra radikal prostatektomi prøver (

P

.

acnes

P6 og

P

.

acnes

PA2) blev rapporteret [ ,,,0],49]. Vi forsøgte at bruge genom sekvenser af 3 stammer: KPA171202 (fra huden), P6 og PA2 (fra prostata), men de læste tællinger var ikke høj nok til at detektere stammen specifikke sekvenser af gener, såsom husholdning genet (RecA) eller det formodede hæmolysin genet (Tly) for at undersøge det fylogenetiske forhold mellem bakterielle organismer [50, 51]. 16S rRNA er den gyldne standard for fylogenetisk analyse. Imidlertid kunne 16S rRNA fjernes under sekventering bibliotek præparat ifølge protokollerne af RNA-seq teknologi. Vi har ikke identificere nogen læser knyttet til 16S rRNA.

Diskussion

mikroorganismer infektioner i prostata ved

P

.

acnes

, HPV, HCMV, JCV og BKV og. den nyligt opdagede, XMRV er blevet foreslået som vigtige risikofaktorer i udviklingen af ​​PCa [17, 19, 23, 29, 52, 53]. Indtil nu har undersøgelser med henblik på at gentage sammenhængen mellem disse patogene infektioner med PCa givet modstridende resultater på tværs af forskellige etniske grupper. Vores nuværende undersøgelse analyserede sammenhænge mellem patogene infektioner blandt kinesiske og vestlige PCA patienter ved hjælp af RNA-seq. Til vores viden, er dette den første analyse af den rolle, disse vira og bakterier i udviklingen af ​​prostata tumorer i både vestlige og kinesiske patienter, der bruger NGS data.

Bakterien

P

.

acnes

blev påvist i alle tre datasæt, i både kræft væv og tilstødende godartede prostata væv undtagen i normale prøver fra raske individer. På grund af begrænsninger data, kan vi ikke udelukke muligheden for, at

P

.

acnes

vi opdagede i prostata væv kan være kommet fra huden. Vores observation var i overensstemmelse med tidligere rapporter,

P

.

acnes

var fremherskende i både godartede og ondartede prostatavæv [9, 54]. Det er meget sandsynligt, at

P

.

acnes

var til stede i prostatakræft, men ikke normale prøver.

P

.

acnes

menes at fremkalde og vedligeholde en inflammatorisk reaktion ved at producere kemotaktiske faktorer, der tiltrækker neutrofiler [55] og evne til

P

.

acnes

at overleve fagocytose in vitro er blevet bekræftet [56]. Desuden

P

.

acnes

frigiver proteaser og andre enzymer, der bidrager til vævsbeskadigelse [45]. Værten respons på

P

.

acnes

er kendetegnet ved produktion af proinflammatoriske cytokiner, såsom tumornekrosefaktor-α (TNF-α), interleukin 1-α (IL-1α) og interleukin 8 (IL-8) [57].

P

.

acnes

er blevet vist at inducere disse cytokiner i begge makrofager og keratinocytter gennem TLR2 og TLR4 signalveje [58, 59].

P

.

acnes

kan udgøre en øget risiko for PCa givet sin rolle i inflammatoriske processer.

Et andet interessant resultat i vores undersøgelse er, at vi observerede forskel mellem tilstødende væv, der omgiver tumorer og normale væv fra raske individer .

P

.

acnes

ikke fandtes i normale prøver fra raske individer, men dukkede op i alle tilstødende prøver af PCA patienter i vores arbejde. Vævene støder op til prostatatumorer kan også undergå tumor relaterede ændringer, derfor omhyggelig karakterisering af disse forskellige væv er nødvendigt at forstå de molekylære ændringer, som fører op til PCa [60].

Ingen vira blev detekteret i de vestlige prostataprøver i Datasæt 1 og 2. Men virus ligesom HCMV, EBV, SV40 og lav risiko HPV’er blev identificeret i nogle af de kinesiske prostata væv (både kræft og tilstødende prøver) i Datasæt 3. tilstedeværelsen af ​​både HPV og EBV gensekvenser var til stede i en lige andel af normal, godartet, og PCa prøver fra australske hanner. Men ved hjælp af en række analytiske teknikker, herunder in situ polymerasekædereaktion (IS-PCR) og standard flydende PCR før endelig sekventering produktet [21], blev der ikke DNA-virus udskrifter opdaget, i partnerskabs- og samarbejdsaftalen prøver ved anvendelse af RNA-seq data fra den TCGA Portal (https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/) [61, 62]. De forskellige resultater fra forskellige undersøgelser er mest sandsynligt tilskrives prøve forskelle: etnisk forskel, patologisk forskel, osv Den kinesiske prøve 7N blev 7T, 8N inficeret med både

P

.

acnes

og andre vira. Tilstedeværelsen af ​​flere virale sekvenser i samme prostatatumor prøve er særligt bemærkelsesværdigt, fordi disse observationer bekræfter vurderingen af ​​Zambrano et al. [63], at prostata er levested for flere virale og andre infektioner, hvoraf nogle kan have onkogent potentiale. Fordi kun 2 ud af 14 patienter (patient No.7 og patient No.8) i Datasæt 3 havde virusinfektioner, kan nogen fast konklusion drages, om disse vira bidrager til udviklingen af ​​PSA.

XMRV og andre vira blev ikke påvist i nogen af ​​de tre datasæt. Vore resultater stemmer overens med de fleste publicerede undersøgelser af XMRV, der viser, at XMRV ikke er til stede i mennesker [33, 64-66]. Fraværet af højrisiko HPV 16 og HPV18 fra nogen af ​​datasættene analyserede indikerer, at høj risiko HPV ikke er forbundet med PCa i de undersøgte patienter.

Det er blevet rapporteret, at viral og bakteriel integration forekommer i den humane somatiske genom og kan spille en rolle i carcinogenese. Det faktum, at vi ikke afsløre eventuelle menneskelige-bakterier eller menneske-virus fusion i enhver datasæt kan antyde, at

P

.

acnes

og de 4 virus (HCMV, EBV, SV40, lav risiko HPV’er), kan ikke udgøre alvorlige risici for udvikling af prostatakræft.

Vores undersøgelse gav en række interessante resultater vedrørende til patogen underskrifter PCA patienter. De væsentligste begrænsninger med denne undersøgelse er den lille RNA-seq datasæt størrelse og manglen på tilgængelige vævsprøver til validering. Mens resultaterne af denne undersøgelse, især tilstedeværelsen af ​​virus i kinesiske PCA patienter, endnu ikke valideret af store prostata datasæt, vores analyse kaster lys over den nye anvendelse af RNA-seq teknologi i detektering patogen signaturer i humane kræftformer og belyse roman mekanismer patogen-drevet kræft patogenese.

Støtte Information

S1 fil. oplysninger Prostata prøve for de tre datasæt

doi:. 10,1371 /journal.pone.0128955.s001

(XLSX)

S2 fil. Kortlagt læst dækning af

P

. .

acnes

sekvenser i de tre datasæt

doi: 10,1371 /journal.pone.0128955.s002

(XLSX)

S3 fil. Virale gener udtrykt i prøver 7N, 7T, 8N af Datasæt 3.

doi: 10,1371 /journal.pone.0128955.s003

(XLSX-)

Tak

Vi taknemmeligt anerkende Ziliang Qian og Sophie Dong til rådgive os om virale fusion detektionsmetoder.