PLoS ONE: Angivelse af MikroRNA’er i NCI-60 kræftcelle-Lines

Abstrakt

NCI-60 panel af 60 humane cancer cellelinjer af ni forskellige væv af oprindelse er blevet grundigt karakteriseret i biologiske, molekylære og farmakologiske undersøgelser. Analyser af data fra sådanne undersøgelser har givet værdifulde oplysninger til forståelse cellulære processer og udvikle strategier for diagnosticering og behandling af kræft. Her blev Affymetrix® GeneChip ™ miRNA version 1- oligonukleotid mikroanalyse anvendes til at kvantificere 847 microRNA at generere et udtryk datasæt af 495 (58,4%) microRNA, som blev identificeret som udtrykt i mindst en cellelinje af NCI-60 panel. Nøjagtigheden af ​​microRNA målingerne blev delvist bekræftet af revers transkription og polymerasekædereaktion analyser. Svarende til den, der ses blandt de fire eksisterende NCI-60 microRNA datasæt, overensstemmelsen af ​​det nye udtryk datasæt med de fire andre var beskedent, med gennemsnitlige Pearson korrelationskoefficienter på 0,37 til 0,54. På trods af dette, var sammenlignelige resultater med forskellige datasæt bemærket i klynger af cellelinjer ved deres microRNA udtryk, differential udtryk for microRNA af linjerne ‘væv af oprindelse, og korrelation af specifikke microRNA med fordobling tid af celler eller deres stråling følsomhed. Mutation status cellelinjer til

TP53, PTEN

BRAF

men ikke

CDKN2A

eller

KRAS

cancer-relaterede gener viste sig at være forbundet med ændringer i ekspression af specifikke microRNA. Den microRNA datasæt genereret her bør være værdifuld for dem, der arbejder inden for microRNA samt i integromic undersøgelser af NCI-60 panel

Henvisning:. Patnaik SK, Dahlgaard J, Mazin W, Kannisto E, Jensen T, Knudsen S, et al. (2012) Angivelse af MikroRNA’er i NCI-60 kræftcelle-Lines. PLoS ONE 7 (11): e49918. doi: 10,1371 /journal.pone.0049918

Redaktør: Sumitra Deb, Virginia Commonwealth University, USA

Modtaget: August 6, 2012; Accepteret: Oktober 15, 2012; Udgivet: November 28, 2012