PLoS ONE: DSIR: Vurdering af Design af højpotente siRNA ved Test et sæt med kræft-Relevante målgener

Abstrakt

Kemisk syntetiseret lille interfererende RNA (siRNA) er en udbredt molekylær værktøj, der anvendes til at banke ned gener i pattedyrsceller. Men designe potent siRNA stadig en udfordring. Blandt værktøjer forudsige siRNA effekt, har meget få valideret på endogene mål i realistiske forsøgsbetingelser. Vi har tidligere beskrevet et værktøj til at hjælpe effektiv siRNA design (DSIR, designer af siRNA), der fokuserer på reelle indhold af siRNA sekvens. Her evaluerede vi DSIR præstation ved systematisk at undersøge styrken af ​​den siRNA det designs at målrette ti kræftrelaterede gener. mRNA knockdown blev målt ved kvantitativ RT-PCR i cellebaserede assays, afslører, at over 60% af siRNA sekvenser designet af DSIR tavshed deres målgener med mindst 70%. Silencing effekt blev opretholdt, selv når lave koncentrationer siRNA blev anvendt. Denne systematiske analyse afslørede især, at for en undergruppe af gener, konstruerer effektiviteten af ​​siRNA øges væsentligt, hvis sekvensen er placeret tættere til 5′-enden af ​​målgenet kodende sekvens, hvilket tyder afstanden til 5′-ende som en ny funktion for siRNA potens forudsigelse. En ny version af DSIR indarbejde disse nye fund, samt listen over validerede siRNA mod de testede cancer gener, er blevet gjort tilgængelig på nettet (https://biodev.extra.cea.fr/DSIR).

Henvisning: Filhol O, Ciais D, Lajaunie C, Charbonnier P, Foveau N, Vert JP, et al. (2012) DSIR: Vurdering af Design af højpotente siRNA ved Test et sæt med Cancer-Relevant målgener. PLoS ONE 7 (10): e48057. doi: 10,1371 /journal.pone.0048057

Redaktør: Szabolcs Semsey, Niels Bohr Instituttet, Danmark