PLoS ONE: En Global View of Cancer-Specific Transcript Varianter af Subtraktiv Transkriptomet-Wide Analysis

Abstrakt

Baggrund

Alternativ præ-mRNA splejsning (AS) spiller en central rolle i skabelsen af ​​komplekse proteomer og påvirkninger udvikling og sygdom. Imidlertid er regulering og ætiologi AS i human tumorigenese ikke godt forstået.

Metode /vigtigste resultater

En grundlæggende Local Alignment Search Tool databasen blev bygget til de udtrykte sekvens tags (EST) fra alle tilgængelige databaser af human cancer og normale væv. En indsættelse eller sletning i tilpasningen af ​​EST /EST blev anvendt til at identificere alternativt splejsede udskrifter. Tilpasning af EST’erne med den genomiske sekvens blev yderligere anvendt til at bekræfte AS. Alternativt splejset udskrifter i hvert væv blev derefter subtraktivt cross-screenet for at opnå vævsspecifikke varianter. Vi identificerede systematisk og karakteriserede cancer /vævsspecifik og alternativt splejset varianter i det humane genom baseret på et samlet overblik. Vi identificerede 15.093 kræft-specifikke varianter af 9.989 gener fra 27 typer af humane kræft og 14,376 normale vævsspecifikke varianter af 7.240 gener fra 35 normale væv, som dækker de vigtigste typer af humane tumorer og normale væv. Ca. 70% af disse transkripter er hidtil ukendte. Disse data blev integreret i en database HCSAS (https://202.114.72.39/database/human.html, pass: 68.756.253). Desuden har vi observeret, at de cancerspecifikke AS begge onkogener og tumorsuppressorgener er forbundet med specifikke cancertyper. Kræft viser en præference i udvælgelsen af ​​alternative splice-sites og udnyttelse af alternative splejsning typer.

Konklusioner /Betydning

Disse funktioner af kræft hos mennesker, sammen med opdagelsen af ​​et stort antal nye splejsning former for cancer-associerede gener, foreslår en vigtig og globale rolle kræftspecifikke AS under human tumorigenese. Vi anbefaler brug af kræft-specifikke alternativ splejsning som en potentiel kilde til nye diagnostiske, prognostiske, forudsigende, og terapeutiske redskaber til human cancer. Den globale syn på kræft-specifikke AS er ikke kun nyttig til at udforske kompleksiteten af ​​kræft transkriptomet men også udvider eyeshot af klinisk forskning

Henvisning:. Han C, Zhou F, Zuo Z, Cheng H, Zhou R (2009) A Global View of Cancer-Specific Transcript Varianter af Subtractive Transkriptomet-Wide Analysis. PLoS ONE 4 (3): e4732. doi: 10,1371 /journal.pone.0004732

Redaktør: Joseph Alan Bauer, Cleveland Clinic, USA

Modtaget: November 6, 2008; Accepteret: 29 januar 2009; Udgivet: 6 marts 2009

Copyright: © 2009 Han et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Arbejdet blev støttet af National Natural Science Foundation of China, National Key Basic Forskningsprojekt (2006CB102103, 2004CB117401), Program for New Century Fremragende Talenter i University, og 111-projektet # B06018. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Det er fortsat uvist, hvor både intron fjernelse og exon omlægning er præcist reguleret til at producere korrekte proteomer i en celle type-eller udviklingstrin-specifik måde. Alternativ splejsning, den proces, hvor exonerne af primære transkripter kan splejses ind forskellige arrangementer til at producere strukturelt og funktionelt forskellige mRNA og proteinvarianter, er den mest anvendte mekanisme til at øge protein mangfoldighed af højere eukaryote organismer. Det er blevet anslået, at 35% -94% af alle humane gener synes at blive alternativ splejsning [1] – [7], hvilket tyder på, at denne mekanisme har en vigtig rolle i at generere protein mangfoldighed. Som sekvensdata fortsat genereres fra projekter på et stadigt stigende tempo, behovet for minedrift data og konstruere et opbevaringssted for transkriptom oplysninger fortsætter med at vokse så godt.

I mange patologiske tilstande, afvigende splejset præ- mRNA genereres fordi de slipper mekanismer de kvalitetskontrol inden celler (f.eks nonsens medierede mRNA henfald pathway) og er derfor oversat til afvigende proteiner involveret i humane sygdomme, herunder kræft [8] – [11]. Det anslås, at cirka 60% af sygdomstilstande mutationer i det humane genom er splejse mutationer [12], [13]. I øjeblikket er analyse af kræft-specifikke alternativ splejsning er et lovende skridt fremad og potentiel kilde til ny klinisk diagnostisk, prognostisk og terapeutiske strategier. Beviser akkumulerer som understøtter en forbindelse mellem tumorigenese og alternativ splejsning [14] – [18]. Brug af bioinformatiske metoder, Xu og Lee opdagede cancerspecifikke splejsningsvarianter i 316 gener [19]. Vi har tidligere identificeret testis- /testis cancer-specifik splejsning varianter bruger bioinformatiske og eksperimentelle metoder [20].

På trods af den stigende interesse for effekten af ​​alternativ splejsning i forskellige aspekter af de biologiske processer, vores forståelse af alternativ splejsning er stadig spredt, og dens generelle reguleringsmekanismer, især i tumorigenese, er ikke kendt [21], [22]. Imidlertid antages det, at cancerspecifikke splejsningsvarianter kunne være involveret i etiopathogeny af mange sygdomme og nogle kunne tjene som diagnostiske eller prognostiske markører. Desuden direkte målretning af protein er sandsynligvis en fordelagtig måde til at rette cancerassocierede splejsende ændringer. For eksempel kunne cancer-begrænset splejsningsvariant protein anvendes som målet for specifikke antistoffer konjugeret til tumor celletoksiner for kræftbehandling. Den etiopathogeny om kræft-specifikke AS og alle relaterede applikationer skal undersøges nærmere.

For at fremme vores forståelse af den biologiske betydning af alternativ splejsning i menneskelige kræftformer, er det vigtigt at systematisk at identificere kræft-specifikke splejsning begivenheder på transkriptomet niveau. I den foreliggende undersøgelse, udførte vi en genom-dækkende analyse af alternativ splejsning i human cancer og normale væv under anvendelse af et skæringspunkt /subtraktiv model bestående af følgende trin: 1) identifikation insertioner eller deletioner i de opstillinger af udtrykte sekvens-tags (EST’er) til identificere alternativ splejsning transkripter baseret på en tidligere beskrevet metode [2], 2) tilpasning af EST /genom at bekræfte transkripter, og 3) opnåelse af vævsspecifikke og alternativt splejsede varianter af subtraktivt cross-screening af de alternativt splejsede transkripter i hver væv. Vores resultater skelne karakteristiske mønstre af kræft-specifikke alternativ splejsning og identificere et stort antal kræft- og væv-specifikke splejsning isoformer, som giver et samlet overblik over human cancer-specifik alternativ splejsning i en storstilet tilgang og en potentiel kilde til nye kliniske diagnostiske, prognostiske og terapeutiske strategier for human cancer.

Materialer og Metoder

Datakilder og filtrering

menneskelig EST data for både kræft og normale væv blev trukket fra Kræft Genome Anatomy Project (CGAP) (https://cgap.nci.nih.gov/Tissues/LibraryFinder). Den CGAP indsamler EST biblioteker fra hele verden og giver god væv oplysninger. Alle tilgængelige EST biblioteker til både human cancer og normale væv blev hentet fra CGAP biblioteker, pattedyr Gene Collection biblioteker og Open Reading Frame EST Sequencing biblioteker. Vi søgte at undgå at blande flere væv. Blandt disse biblioteker, var dem, underskrevet “poolet” udelukket, fordi disse procedurer påvirker klassificering væv. For normalt væv, blev EST’eme klassificeret i henhold til udviklingsstadiet oplysninger og biblioteker uden disse oplysninger blev ikke brugt. Alle EST og bibliotek data om forskellige væv, der blev brugt, er opført i tabel 1 og 2.

Alle data indsamling blev derefter behandlet i tre procedurer: gentag sekvens maskering at fjerne simple gentagelser i datasættet (program, repeatmasker, gentag database, repbase; girnst server: www.girinst.org), vektor og forurening maskering at rense vektor sekvenser (program, crossmatch vektor database, UniVec_Core; National center for Biotechnology Information ftp server: ftp : //ftp.ncbi.nih.gov/), og en endelig rengøring af korte og skidt sekvenser (program, seqclean fra egassembler server: https://egassembler.hgc.jp). Enhver Alu gentagelser blev inkluderet i, og de filtrerede EST’erne var tilgængelige for den følgende analyse.

Computational procedurer til at identificere kræft /vævsspecifik alternativ splejsning

En grundlæggende lokal tilpasning søgeværktøj (BLAST) databasen blev konstrueret for EST’erne ifølge hvert væv. Alternativ splejsning blev analyseret på grundlag af et tidligere [2] metode. Udskrifter specifikke for væv T blev identificeret på grundlag af et kryds /subtraktiv model:

Hvor

TS

er de alternativt splejsede udskrifter specifikke for vævet T,

T

er alle udskrifter i vævet T, og

O

er alle udskrifter i andre væv (∩, vejkryds)

Kort fortalt de tre trin var som følger:.

tissue Ts EST datasæt var sprængt mod sig selv. E-værdi blev indstillet til 1e-30. Mellemrum (insertion eller deletion) i EST’erne blev identificeret efter justering. Parametre til at identificere alternativ splejsning: forskellen længde, 10 bp; nukleotid identitet, 95%.

Tissue Ts EST’eme blev sprængt mod EST’erne af de andre væv. Parametre var de samme som trin 1.

Subtraktive EST’er blev identificeret som væv T-specifik EST’er ved insertion /deletion sammenligninger efter BLAST. Computerprogrammer blev skrevet ved hjælp af Perl sproget.

EST /genomisk sekvensopstillinger, kromosomkortlægning og splejsningssite analyse

For at mindske fejl i EST linjeføringer og bestemme den kromosomale loci af hver gen, vi lokaliserede EST’er til genomiske sekvenser ved anvendelse BLAST-lignende alignment værktøjer (https://genome.ucsc.edu). Vi brugte de standardparametre og udvalgt de bedste score resultater. Exon position på kromosomet blev registreret for hver transkript og anvendes til bestemmelse splejsningssites og genstruktur. Splejsningssites for både 5′- og 3′-exon /intron-grænserne blev justeret online ved https://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi. Vi tillod en fejl på 10 bp i exon /intron grænse. Baseret på sammenligninger af EST /genomiske justeringer, kan kontrolleres to mulige fejl: (i) hvis kandidaten EST i det samme gen ikke var på samme kromosom og (ii) er den kandidat EST i det samme gen ikke var i den samme locus på kromosomet. Årsagerne til disse fejl hovedsageligt inkluderet EST sekventeringsfejl, pseudogener, og flere kopi-gener. De to sager blev udelukket som falske positiver i den endelige database.

Funktion klassificering af alternativ splejsning

Hver alternativt splejset EST blev sprængt til RefSeq mRNA-databasen (forventninger 1e-30) for at identificere den tilsvarende gener. Bruger Jaguar (https://www.pantherdb.org/tools/genexAnalysis.jsp) blev disse gener grupperet af genet ontologi (GO) proces. Vi søgte også Entrez Gene Database til at korrigere vores resultater.

Alternativ splejsning database byggeri

Vi input alle forudsigelse resultater i den lokale alternativ splejsning database. Denne database blev bygget med MySql og programmeret af Perl og CGI. Alle oplysninger såsom gen-id, gen-struktur, tiltrædelse EST, mRNA tiltrædelse, gen-information, og exon placering på kromosomet blev indsamlet i databasen

Resultater

HCSAS:. En database til kræft -specifikke alternativ splejsning

for at analysere kræftspecifikke alternativ splejsning, vi omhyggeligt klassificeret alle tilgængelige EST biblioteker i 35 forskellige normale væv klasser og 27 typer af kræft for at undgå at blande flere væv. Vores endelige klassifikation bestod af 1.992 biblioteker med 1,496,839 EST’eme for normale humane prøver og 3.443 biblioteker med 2,078,302 EST’eme for kræft prøver (tabel 1 og 2). Gennem beregningsmæssigt subtraktiv analyse, vi har registreret 15.093 kræft-specifikke transkripter i 9.989 gener fra de 27 typer af kræft, og 14,376 normale vævsspecifikke udskrifter i 7.240 gener fra de 35 væv (tabel 3 og 4), der dækker de vigtigste former for menneskelig tumorer og væv. Cancer-specifik transcript numre pr gen detekteret var 1 til 1,69 med et gennemsnit på 1,51, mens der var 1 til 6 normale vævsspecifikke transkripter med et gennemsnit på 1,99 (tabel 3 og 4), hvilket indikerer færre alternative splejsningsbegivenheder (kræftspecifikke ) i kræft sammenlignet med normale væv.

for at lette fremtidige undersøgelser og henvisninger af alternativt splejsede gener, for både human cancer og normale væv, vi konstrueret en menneskelig kræft- og normal vævsspecifik alternativ splejsning database (HCSAS) baseret på vores analyse, som blev opdelt i to dele: cancer-specifikke (15.093 udskrifter) og normal vævsspecifik (14.376) alternativ splejsning. Af disse kræft- eller vævsspecifikke AS, ca. 70% er hidtil ukendte isoformer. For eksempel i hjernekræft, på grund af den alternative splejsning og deletion af domæne af peptidase M20 familiemedlem blev aminoacylase-1-genet (ACY1) splejset til frembringelse af en hjerne cancer-specifik transkript (figur 1a), og alternativ splejsning forekommer i SRP19 genet til frembringelse af en brystcancer-specifik transkript af en alternativ deletion af exon 3 (figur 1b). Tilsvarende i leverkræft, lungekræft, og prostatacancer, blev cancer-specifikke isoformer detekteres i vores subtraktiv screening (Figur 1c-e).

(a) Brain kræft (gen acyl), (b) bryst cancer (SRP19), (c) levercancer (CDK5), (d) lungecancer (CDKN1A), og (e) prostatacancer (SMS). Cancer-specifikke isoformer viste på bunden i hvert panel. De biologiske processer i disse transkripter (GO proces) er angivet til højre. Slettede domæner er vist med blå pile. Pile med en ret vinkel angiver startkodonen ATG.

Endvidere har vi systematisk identificerede cancerspecifikke transkripter i begge onkogener og tumor suppressorer. Tredive-ni onkogen isoformer og 38 tumorsuppressorgen isoformer med kræft-specifikke AS hændelser blev påvist (Tabel 5). For eksempel har vi identificeret en lungecancer-specifik transkript i onkogenet RAF1 med en deletion af Raf-lignende Ras-bindende domæne, en uterus cancer-specifik transkript i onkogene FOS (figur 2a), og et retinoblastom-specifik transkript i tumorsuppressor GLTSCR2, og en hud-cancer-specifik transkript i tumorsuppressor EMP3 (figur 2b).

(a) Oncogene, (b) tumorsuppressorgen. Den alternative splejsning af RAF1 genererer en lungekræft-specifik udskrift, mens alternativ splejsning af FOS producerer en livmoder kræft-specifik udskrift. Tumorsuppressor GLTSCR2 er alternativt splejset til at producere to retinoblastom-specifikke transkripter og EMP3 at generere en hudkræft-specifik transkript. Slettede domæner er vist med blå pile. Pile med en ret vinkel angiver starten codon, ATG.

HCSAS databasen giver et samlet overblik over kræft-specifikke alternativ splejsning i mennesker og er afgørende for at forstå tumorigenese på et systematisk niveau. De vigtigste oplysninger i denne database indeholder den specifikke alternativ splejsning i både kræft og normale væv, gen-id, gen-struktur, splejse sites, kromosom lokalisering, DNA og protein sekvenser forbundet med NCBI website, og GO proces, funktion og subcellulære lokalisering. Et eksempel side sæt viser detaljerne i en adrenal kræft-gen, FDPS (figur 3). Den HCSAS-databasen kan tilgås på https://202.114.72.39/database/human.html.

Et eksempel side indstillet fra databasen viser detaljerne i en adrenal kræft-gen, FDPS. Oplysningerne omfatter den specifikke alternativ splejsning af både kræft og normale væv, gen-id, gen-struktur, splejsningssteder, kromosom lokalisering, DNA og protein sekvenser forbundet med NCBI website, og GO proces, funktion og subcellulære lokalisering.

Biased udnyttelse af alternative splejsning typer i kræft

en undersøgelse af kræft-specifikke alternativ splejsning afslørede en forudindtaget distribution af alternative splejsning typer i kræft. Både den alternative 3′-splejsningssted og 5′-splejsningssted blev anvendt oftere i cancer; imidlertid en lavere andel af intron fastholdelse og kassette alternativ exon forekom i cancervæv sammenlignet med normale væv (figur 4B). Desuden adskiller alternativ splejsning typer mellem forskellige former for kræft (figur 4a). For eksempel i leverkræft, brystkræft, og prostatakræft, intron fastholdelse faldt og kassette alternative exons steget markant, mens der i livmoderen kræft og hudkræft, kassette alternative exons markant nedsat.

(a) 16 typer human cancer og 17 normale væv, (h) de gennemsnitlige værdier mellem tumorer og normale væv. De fem farver angiver de fem typer af vævsspecifik alternativ splejsning: kassette alternativ exon, alternative 5′-splejsningssted, alternative 3′-splejsningssted, intron fastholdelse, og gensidigt udelukkende alternative exoner. Gullige regioner angiver over 30% af de frekvenser.

Preference i udvælgelsen af ​​alternative splejsningssites i kræft

At udforske præference /diversificering af alternative splejsningssites i kræft, vi analyserede alle splejsningssites i de 27 typer af kræft og 35 normale væv ved at sammenligne hver EST med dets genomiske sekvens og kortlægge det på kromosomet. Vi har registreret fem grundlæggende donor-acceptor splejsningssteder: GT-AG, CT-AC, GC-AG, GG-AG, og GT-GG, hvoraf GT-AG er de mest dominerende sites. De andre blev klassificeret i sjældne splejsningssteder. Vi fandt, at kræft anvender sjældne splejsningssites og GT-AG hyppigere, men mindre CT-AC sammenlignet med normale væv (figur 5a, b). Desuden var valget af splejsningssteder varierer mellem forskellige former for kræft (figur 5c). For eksempel er CT-AC sites sjældent i brystcancer, levercancer, lungecancer og prostatacancer; i leverkræft, 5’lokaliteter af sjældne splejsning er næsten AA.

splejsningssites indbefatter GT-AG, GC-AG, GG-AG, GT-GG, og de andre (a) i human cancer ( b) og normale væv. (C) Procentvis fordeling af splejsningssites i fem typer af kræft og normale væv (hjerne, bryst, lunge, lever, og prostata).

Foreningen af ​​kræft-specifikke alternativ splejsning af både onkogener og tumorsuppressorgener med kræft

Selv om både onkogener og tumor undertrykkere menes at være vigtige faktorer i tumorigenese, søgte vi at identificere kræft-specifikke varianter og deres mulige involvering i kræft. Vi observerede, onkogener med cancer-specifik AS forekommer oftere i ovariecancer (6 oncogener) og muskel cancer (5 oncogener), hvorimod tumorsuppressorgener med kræftspecifikke AS er hyppigere i kimcelle cancer (6), hudkræft (5), og primitive neuroectodermal cancer (5) (figur 6). Nogle onkogener og tumor undertrykkere med kræft-specifikke alternativ splejsning, såsom EWSR1, CDKN1A, og GLTSCR2, er til stede i flere typer af kræft. Desuden påvistes hverken onkogener eller tumor suppressorer med cancerspecifikke AS i hjernen, prostatacancer, adrenal cancer eller lymfom. Denne fordeling bias for kræftspecifikke AS indebærer, at cancer-specifikke alternativ splejsning af både onkogener og tumorsuppressorgener er forbundet med specifikke cancertyper.

blå firkanter indikerer onkogener, røde firkanter angiver tumorsuppressorer og gule firkanter viser både onkogener og tumor undertrykkere.

Biologisk relevans af kræft-specifikke udskrifter i diversificering af protein funktioner

de kræft-specifikke udskrifter blev klassificeret baseret på gen-funktion ved at søge på RefSeq database og GO. Vi klassificeret 15.093 kræft-specifikke udskrifter fra 9.989 gener i 15 funktionsgrupper. Protein metabolisme og ændring, og nukleinsyre metabolisme er den mest udbredte funktionelle processer i kræft. Men funktionen grupper af disse kræft-specifikke udskrifter forskellige i forskellige kræftformer. For eksempel er den mindst almindelige proces i brystcancer er præ-mRNA-processering, hvorimod ansættelsesgrupper af celle kommunikation og lipid, fedtsyre og steroid metabolisme sjældent findes i prostatacancer (figur 7).

fem cancertyper er hjerne, bryst, lever, lunge, og prostatakræft. Tallene angiver de procentsatser for hver proces i kræft. proces klassifikation GO er baseret på PANTHER (https://www.pantherdb.org/tools/genexAnalysis.jsp).

Diskussion

Kompleksiteten af ​​transkriptomet har været undervurderes. I dette papir, beskrev vi den transkriptomet hele identifikation og karakterisering af kræft-specifikke og alternativt splejsede varianter i human cancer baseret på et globalt syn på kræft-specifikke alternativ splejsning udviklet af subtraktiv transkriptom hele analyse. Baseret på en kryds /subtraktiv model, har vi udviklet en analysemetode til netop screening kræftspecifikke alternativ splejsning. EST-sekvenserne blev justeret, når der sammenlignes med deres genomiske sekvenser, og derefter afbildet på kromosomer. Disse procedurer elimineret mange EST fejl, pseudogen og flere kopier /gentage gen problemer, når data var fra forskellige EST databaser. Endelig alternativt splejsede transkripter var underlagt den subtraktive screening af et væv sammenlignet med alle andre væv, og disse analyser endelig gav cancerspecifikke transkripter. Vi identificerede en lang række cancerrelaterede /normale vævsspecifikke udskrifter. Hævet over enhver tvivl, dette er en rigelig ressource for forskning og udvikling af nye diagnostiske, prognostiske, forudsigende, og terapeutiske værktøjer mod human cancer. Endvidere er disse ressourcer integreret i en tilgængelig database. Den HCSAS databasen giver et samlet overblik over kræft-specifikke alternativ splejsning i mennesker og er afgørende for at forstå tumorigenese på et systematisk niveau.

Der er to primære metoder til samlet analyse af alternativ splejsning. Først baseret på tilgængeligheden af ​​sekventeret genomer og store databaser af sekventerede udskrifter (EST og cDNA’erne), kan alternative splejsningsbegivenheder søges gennem gensidige udskrift alignments og justeringer til genomiske sekvenser. Flere analyser på denne måde er blevet rapporteret [6], [23] – [29]. På grund af sin større begrænsning af EST dækning bias, har et mikroarray-baseret teknologi er udviklet til at søge efter alternative splejsningsbegivenheder [3], [30] – [36]. Store sæt oligonucleotidprober kan designet specielt til de enkelte exoner og /eller splice junction-sekvenser, der tillader identifikation af nye AS begivenheder. Her har vi yderligere udviklet en systematisk metode til at søge efter kræft- eller vævsspecifikke AS begivenheder i transcriptomes baseret på skæringspunktet /subtraktiv screeningsanalyser af transcriptomes, hvilket er særligt nyttige til identifikation af cancer /vævsspecifikke varianter. Ved hjælp af denne metode blev et stort antal cancer-specifikke isoformer identificeret for de vigtigste menneskelige kræftformer. Ikke desto mindre, har brug for at blive yderligere bekræftet for deres kræft /væv specialisering disse udskrifter. RT-PCR-teknologi og /eller mikroarrays kan være nyttige screening-værktøjer til denne analyse.

Baseret på transkriptomet hele analyse, gjorde vi iagttage særlige mønstre af kræft-specifikke alternativ splejsning. 1) Mindre kræft-specifikke AS begivenheder forekommer i kræft sammenlignet med normale væv. 2) Cancer besidder fordeling bias for alternativ splejsning typer. 3) Cancer anvender sjældne splejsningssites og GT-AG hyppigere, men mindre CT-AC sammenlignet med normale væv. 4) Udvælgelsen af ​​splejsningssteder varierer mellem forskellige former for kræft. 5) kræftspecifikke alternativ splejsning af både onkogener og tumorsuppressorgener er associeret med den specifikke cancer type. Og endelig de funktionelle grupper af disse cancerspecifikke transkripter forskellige i forskellige cancere, hvilket indikerer, at individuelle cancere foretrækker kombination kontrol af veje i præference for anvendelse af AS i tumorigenese. Disse særlige træk ved menneskelige kræftformer viser, at 1) cellulære splejsning maskiner ændres under transformationen fra normal til kræft, 2) alternativ splejsning spiller en vigtig rolle under tumorigenese, og 3) de enkelte kræftformer har unikke regulatoriske kombinationer på den alternative splejsning niveau, hvilket yderligere støtter forudsigelse, at ca. 60% af sygdomstilstande mutationer i det humane genom er splejse mutationer [12], [13]. Vores data omfatter opdagelsen af ​​mange nye splejsede former for cancer-associerede gener og alternative splejsning mønstre i kræft, og det tyder på en betydelig ny retning for den menneskelige kræftforskning. Vi anbefaler på det kraftigste brugen af ​​kræft-specifikke alternativ splejsning som en potentiel kilde til nye diagnostiske, prognostiske, forudsigende, og terapeutiske værktøjer mod human cancer. Den globale syn på kræft-specifikke AS er ikke kun nyttig til at udforske kompleksiteten af ​​kræft transkriptomet, men det udvider også eyeshot for klinisk forskning.

Tak

Forfatterne takker J.Yuan X. Fu, Y. Sheng, og H. Qi for deres dataindsamlinger.