PLoS ONE: Funktionel genetiske polymorfier i PP2A Subunit Genes Confer øget risiko for lungekræft i det sydlige og østlige Chinese

Abstrakt

Proteinphosphatase-2A (PP2A) er en af ​​de store cellulære serin-threonin fosfataser og funktioner som en tumorsuppressor, som negativt regulerer aktiviteten af ​​nogle onkogene kinaser. Nylige undersøgelser har rapporteret, at PP2A ekspression blev undertrykt under lunge carcinogenese, vi der antaget, at den enkelt-nukleotid polymorfismer (SNP’er) i PP2A subunit gener kan påvirke PP2A funktion og dermed bidrage til lungekræft modtagelighed. I et to-trins case-kontrol undersøgelse med i alt 1559 patienter lungekræft og 1679 kontroller, vi genotype otte formodede funktionelle SNP’er og en identificeret funktionelle SNP (dvs. rs11453459) i syv store PP2A underenheder (dvs.

PPP2R1A

,

PPP2R1B

,

PPP2CA

,

PPP2R2A

,

PPP2R2B

,

PPP2R5C

,

PPP2R5E

) i de sydlige og østlige kinesisk. Vi fandt, at rs11453459G (-G /GG) variant genotyper af

PPP2R1A

og rs1255722AA variant genotype af

PPP2R5E

tillagt øget risiko for lungekræft (rs11453459, -G /GG vs -: OR = 1,31, 95% CI = 1.13-1.51; rs1255722, AA vs AG /GG: OR = 1,27, 95% CI = 1.07-1.51). Efter kombinerede de to varianter, blev antallet af de negative genotyper positivt forbundet med risiko lungekræft i en dosis-respons måde (

P

trend = 5,63 × 10

-6). Yderligere funktionel analyse viste, at lungekræft væv bærer rs1255722AA variant genotype havde en signifikant lavere mRNA niveau af PPP2R5E sammenlignet med væv bærer GG /GA genotyper. Imidlertid var sådan virkning ikke observeret for de andre SNPs og andre kombinationer. Vores resultater viste, at de to funktionelle varianter i

PPP2R1A

og

PPP2R5E

deres kombination er forbundet med risiko for lungekræft i kinesisk, som kan være værdifulde biomarkører til at forudsige risikoen for lungekræft.

Henvisning: Yang R, Yang L, Qiu F, Zhang L, Wang H, Yang X, et al. (2013) Funktionel genetiske polymorfier i PP2A Subunit Genes Confer øget risiko for lungekræft i det sydlige og østlige kinesisk. PLoS ONE 8 (10): e77285. doi: 10,1371 /journal.pone.0077285

Redaktør: Francesc Calafell, Universitat Pompeu Fabra, Spanien

Modtaget: April 27, 2013; Accepteret: September 2, 2013; Udgivet: 29 Oktober 2013

Copyright: © 2013 Yang et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Denne undersøgelse blev støttet af National Natural Scientific Foundation of China giver 30671813, 30872178, 81072366, 81273149 (JL), og dels 81.001.278, 81.171.895 (YZ); Guangdong Provincial højtstående eksperter Tilskud 2010-79 (JL); Changjiang Scholars og Innovative Research Team i University tilskud IRT0961 (JW), Guangdong naturvidenskab fundament hold tilskud 10351012003000000 (WL). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:. Forfatterne har erklæret nogen interessekonflikter

Introduktion

Reversibel phosphorylering af proteiner er en vigtig regulerende mekanisme for opretholdelse cellehomeostase der regulerer cellevækst, proliferation, apoptose, overlevelse og differentiering [1]. Den afbalancerer phosphoryleringsafhængige signaltransduktionsveje i kraft af phosphorylering med proteinkinaser og dephosphorylering med proteinphosphataser. Flere beviser har indikeret, at den afvigende aktivitet af phosphorylering indebærer udvikling af flere kræftformer (fx lungecancer), der var forårsaget af aktiverede onkogene kinaser og inaktiverede phosphataser [2]. Inaktiverede phosphataser ville føre til afvigende aktivering af onkogene signalveje, og i sidste ende medføre tumorigenese [3], [4]. Dysfunktionelle fosfataser er blevet observeret i forskellige tumorer med genetiske eller funktionelle ændringer [2].

serin-threonin protein phosphatase 2A (PP2A) er en af ​​de store cellulære Ser /Thr proteinphosphataser som spiller vigtige roller i reguleringen cellevækst [5], apoptose [6], transformation [7] og forårsager dephosphorylering i flere signalveje såsom MAP kinase signalering og WNT signalering [8], [9]. Flere beviser har foreslået, at PP2A fungerer som en tumor suppressor [10], [11] ved at hæmme flere onkogene kinases_ENREF_11 såsom c-myc og AKT [12] – [14], og tumorsuppressorer ligesom p53 [15]. Derimod vil inaktiveret PP2A fremme tumorgenese ved at fremme celledeling og overlevelse [16] _ENREF_19_ENREF_20. Der er observeret dysfunktionel PP2A i forskellige humane cancere, herunder lungekræft, hvilket kan skyldes genetiske eller epigenetiske ændringer i forskellige PP2A subunit gener [17], [18].

PP2A er en trimer holoenzym bestod af en stilladser a-underenhed, en regulerende B-underenhed og en katalytisk C underenhed [19]. Typisk er den strukturelle kerne subunit PP2Aa (PPP2R1A /PPP2R1B) interageret med den katalytiske subunit PP2Ac (PPP2CA /PPP2CB) for at gøre op kernen af ​​enzymet, og bindingen af ​​den vidt forskellige B-regulatoriske subunits (15 gener) til kernen enzymet resulterer i væv-udtrykte specificitet og substratspecificiteten af ​​de PP2A holoenzym komplekser. For nylig har flere undersøgelser rapporteret, at genetiske varianter i disse PP2A subunit gener blev forbundet med forskellige humane sygdomme, herunder cancer [20] – [22]. Bemærkelsesværdigt resultaterne fra et genom-dækkende sammenslutning undersøgelse (GWAS) udføres på kinesisk, hvor vi tidligere deltaget, der er konstateret en intron enkelt-nukleotid polymorfisme (SNP) nær én B regulatoriske underenhed (

PPP2R2B

) at være en lungekræft modtagelige locus, hvilket afspejler en vigtig rolle i PP2A på lungekræft modtagelighed [23]. Imidlertid har ingen undersøgelse endnu systematisk testet foreningerne mellem genetiske varianter i PP2A subunit gener og risiko for lungekræft. Derfor, i aktuelle undersøgelse testede vi den hypotese, at de genetiske varianter i PP2A subunit gener kan ændre modtagelighed for lungekræft.

Fordi PP2A har tissue-udtrykt specificitet, valgte vi genetiske varianter af disse PP2A underenheder med funktion i lungen baseret på tidligere publicerede artikler (dvs.

PPP2R1A

[24],

PPP2R1B

[25],

PPP2CA

[26],

PPP2R2A

[27],

PPP2R2B

[23],

PPP2R5C

[28] og

PPP2R5E

[29]). I et to-trins case-kontrol undersøgelse, vi genotype ni formodede funktionelle SNPs af ovenstående gener i det sydlige kinesiske og valideret de lovende SNPs i østlige kinesiske at analysere associationer mellem dem og risiko for lungekræft. blev yderligere opdaget Effekten af ​​lovende SNPs på genekspression.

Materialer og metoder

Undersøgelse emner

I denne undersøgelse to uafhængige case-kontrol prøvetagninger, herunder en sydlig kinesisk befolkning som en opdagelse sæt og en østlig kinesiske befolkning som en validering sæt blev brugt som beskrevet tidligere [30] – [34]. Kort sagt, var der 1056 histopatologisk bekræftet primær lungekræft tilfælde og 1056 alder (± 5 år) og køn frekvens-matchede kræft-fri kontrol i opdagelsen sæt og 503 nydiagnosticerede lungekræftpatienter og 623 alder (± 5 år) og sex frekvens-matchede raske kontrolpersoner i valideringen sæt. Alle deltagerne var genetisk relateret etniske han-kinesere, og ingen havde blodtransfusion i de sidste 6 måneder. Efter at have givet et skriftligt informeret samtykke, blev hver deltager planlagt til et interview med en struktureret spørgeskema for at indsamle udvalgte oplysninger, og at donere 5 ml perifert blod. Definitionen af ​​rygning status, pakke-år røget, drikke status og familie historie af kræft er blevet beskrevet tidligere [32], [35]. Undersøgelsen blev godkendt af de institutionelle anmeldelse bestyrelser Guangzhou Medical University og Soochow Universitet.

SNP valg

Ved at søge i dbSNP databasen (https://www.ncbi.nim.nih.gov /), fandt vi der var ni formodede funktionelle SNP’er i de førnævnte syv gener, der er placeret i det forudsagte 2000 bp promotor, kodende region og 3′-utranslateret region (3′-UTR) med mindre allel frekvens (MAF) 5 % i han-kinesere. De er rs13344984T C i promotor, rs10421191G A i 3′-UTR af

PPP2R1A

, rs2850247 C A og rs612345 A G i promotor af

PPP2R1B

, rs7840855C T i promotor af

PPP2R2A

, rs3742424G C i kodende region af

PPP2R5C

(forårsager en aminosyre ændring fra alanin til Proline ved codon 476), rs1255720T C og rs1255722G A i promotor af

PPP2R5E,

rs2292283G A i promotor af

PPP2CA

. Den bindingsuligevægt (LD) analyse viste endvidere, at de to SNPs (rs1255720T C og rs1255722G A) af

PPP2R5E

var i helt LD med hinanden (r

2 = 0,309, D ‘ = 1,0), derfor valgte vi en af ​​dem (rs1255722G A) i aktuelle undersøgelse. Desuden har Yu-Chun Lin et.al identificeret en SNP rs11453459- G i promotoren af ​​

PPP2R1A

er funktionel og fælles med MAF 5% i kinesisk, vi også valgt denne SNP omend det var ikke rapporteret i dbSNP med frekvensdata på CHB [36]. Der blev imidlertid ikke sådan SNP observeret for

PPP2R2B

. Tilsammen valgte vi ni SNPs af PP2A subunit gener (rs10421191G A, rs11453459- /G og rs13344984T C på

PPP2R1A

, rs2850247 C A og rs612345 A G i

PPP2R1B

, rs7840855C T af PPP2R2A, rs1255722A G i

PPP2R5E

, rs3742424G C på

PPP2R5C

, rs2292283A G i

PPP2CA

) i aktuelle undersøgelse.

Genotype analyse

Taqman diskrimination allel blev anvendt til at genotype hver SNP på ABI PRISM 7500 Sequence Detection Systems (Applied Biosystems, Foster City, CA), og dukke genotyperne med Detection Systems software 2.0.1 (Applied Biosystems). Primerne og prober til påvisning hver SNP blev selvstændig designet af Primer Express 3.0 (Applied Biosystems) og syntetiseret ved Shanghai GeneCore Biotechnologies (Shanghai, Kina) som opregnet i tabel S1. Vi yderligere tilfældigt udvalgt ca. 10% prøver at udføre gentag analysen, og resultaterne var 100% overensstemmende. De succesrater for genotypning for disse polymorfier var alle over 99%

PPP2R5E mRNA-ekspression analyse

Fordi tidligere undersøgelse havde vist funktionen af ​​SNP rs11453459- . G [36], vi fokuserede på at teste den biologiske effekt af en anden SNP rs1255722A G PPP2R5E, som har en signifikant sammenhæng med risiko lungekræft. MRNA-niveauet af

PPP2R5E

blev påvist i toogtredive lunge tumorvæv [32]. Totalt RNA blev ekstraheret under anvendelse af Trizol Reagent (Invitrogen) og revers transkriberet til komplementært DNA under anvendelse af oligo primer og Superscript II (Invitrogen). MRNA-niveauer af PPP2R5E og en intern reference gen β-actin blev målt på ABI Prism 7500 Sequence Detection System (Applied Biosystems) under anvendelse af SYBR- Green metoden. Primerne for

PPP2R5E

var: 5’TCA GCA CCA ACT ACT FTT CCA -3 «(fremad) og 5’GCC TTG AGA FTT AAA CTG TGA G -3« (omvendt) og for β- actin var: 5’GGC GGC ACC ACC ATG TAC FTT -3 “og 5 ‘- AGG GGC CGG ACT CGT CAT ACT -3”. Alle analyser blev udført i et blindet måde med de laboratoriemetoder personer uvidende om genotypebestemmelse data og hver analyse blev udført tre gange.

Statistisk analyse

Hardy-Weinberg ligevægt (HWE) er blevet underkastet en goodness-of-fit chi-square test for at sammenligne de forventede genotypefrekvenser med observerede genotypefrekvenser i kontrol. Den chi-square test blev anvendt til at vurdere forskellene i fordelingen af ​​genotyper samt alleler af hver SNP mellem cases og kontroller. En ubetinget logistisk regressionsmodel med justering for alder, køn, rygning status, drikke status og familie historie af kræft blev brugt til at estimere sammenhængen mellem SNPs og kræftrisiko. Den bedste genetiske model af hver SNP var valgte baseret på den mindste Akaike oplysninger kriterium [37]. Den mulige samspil mellem SNPs og de omkringliggende faktorer på risiko lungekræft blev vurderet ved en multiplikativ interaktion model som når OR 11 OR 10 × OR 01, hvor OR 11 = OR når begge faktorer var til stede, OR 01 = OR når kun faktor 1 var til stede, OR 10 = OR når kun faktor 2 var til stede [38], [39]. Den Breslow-Day testen blev brugt til at teste homogeniteten mellem stratum-RYP’erne. Desuden blev den statistiske effekt beregnes ved hjælp af PS Software [40]. One-way ANOVA test og studerendes

t

test blev anvendt til at vurdere forskellene i

PPP2R5E

udtryk i tumorvæv mellem forskellige genotyper. Alle tests var to-sidet ved hjælp af SAS-software (version 9.3, SAS Institute, Cary, NC).

P

. 0,05 blev betragtet som statistisk signifikant

Resultater

Fordeling af PP2A subunit gener genotyper og deres foreninger med risiko for lungekræft

genotype frekvenser af ovenstående SNPs blandt kontroller var alle efter aftale med Hardy-Weinberg ligevægt (

P

0,05 for alle). Som vist i tabel 1, viste den logistiske regressionsanalyse, at -G og GG genotyper af rs11453459- G tillagt en 1,29 gange og 1,51 gange øget risiko for lungekræft i forhold til den almindelige – genotypen (-G vs. – : odds ratio [OR] = 1,29, 95% konfidensinterval [CI] = 1,08-1,56,

P

= 0,006; GG vs -: OR = 1,51, 95% CI = 1,04-2,22,

P

= 0,033), og AA variant genotype rs1255722G a havde en 38% øget risiko for lungekræft (OR = 1,28, 95% CI = 1,07-1,77,

P

= 0,012) i forhold til den fælles GG genotype, men AG ikke. Ifølge den mindste AIC, effekten af ​​rs11453459- G bedst monteret den dominerende model, den rs11453459G varianter (-G + GG) udøvede en 1,32 gange øget risiko for lungekræft (OR = 1,32, 95% CI = 1.11- 1.58,

P

= 0,002); mens rs1255722G En bedste monteret recessive genetiske model, den rs1255722AA varianten havde en 27% øget risiko for lungekræft (OR = 1,27, 95% CI = 1,02-1,57,

P

= 0,031) sammenlignet med G genotyper (AG + GG). Men for de øvrige syv SNPs, ikke signifikant sammenhæng mellem dem og risikoen for lungekræft (

P

0,05 for alle). Desuden blev de rs11453459G varianter stadig signifikant associeret med øget risiko for kræft, efter flere forsøg (

P

Bonferroni = 0,018), mens rs1255722AA var ikke (

P

Bonferroni = 0,279 ).

de sammenslutninger af de to lovende SNPs blev yderligere bekræftet i valideringen indstillet som vist i tabel 2, de rs11453459G genotyper var signifikant associeret med en øget risiko for lungekræft (OR = 1,28, 95 % CI = 1,00-1,63,

P

= 0,048), og rs1255722AA genotypen tillagt en øget risiko for lungekræft i forhold til andre genotyper (OR = 1,32, 95% CI = 0,98-1,77) med et grænsetilfælde statistisk signifikans (

P

= 0,069). viste imidlertid, det multiple test, der kun polymorfi rs11453459- G havde en nærmer signifikant sammenhæng med risiko lungekræft (

P

Bonferroni = 0,096), mens rs1255722G A havde ikke (

P

Bonferroni = 0,198). Vi kombinerede de to populationer for at øge undersøgelsen magt, fordi homogeniteten test viste, at de ovennævnte foreninger i to sæt var homogen (

P

= 0,974 for rs11453459- G;

P

= 0,559 for rs1255722G A). Bærerne af rs11453459G genotyper havde en 1,31 gange øget risiko for lungekræft i dominerende model (justeret OR = 1,31; 95% CI = 1,13-1,51;

P

= 2,00 × 10

-4;

P

Bonferroni = 4.00 × 10

-4), og bærere af rs1255722AA genotype havde en 1,27 gange øget risiko for lungekræft i recessiv model (OR = 1,27; 95% CI = 1.07- 1,51;

P

= 0,007;

P

Bonferroni = 0,014). Hertil kommer, at fordelingen af ​​demografiske karakteristika og risikofaktorer for opdagelsen sæt og validering sæt blev præsenteret i tabel S2.

Kombinerede genotyper og risikoen for lungekræft

Som vist i tabel 3 vi kombinerede de risikofaktorer genotyper af de to SNP’er baseret på antallet af risikofaktorer genotyper (dvs., rs11453459G og rs1255722AA genotyper). Vi definerede, at bærerne med rs11453459- og rs1255722G genotyper har nul risiko genotype; bærerne med rs11453459- og rs1255722AA eller rs11453459G og rs1255722G genotyper har en risiko genotype; og bærerne med rs11453459G og rs1255722AA genotyper har to risikofaktorer genotyper. Vi fandt, at i forhold til de risikofaktorer nul genotyper luftfartsselskaber, blev den ene og to række risikofaktorer genotyper forbundet med øget risiko for lungekræft i en dosisafhængig måde (OR = 1,32, 95% CI = 1,14-1,53 for én, OR = 1,59, 95% CI = 1,23-2,06 for to risikofaktorer genotyper

P

trend = 5,63 × 10

-6)

Stratificering analyse af antallet. af risikofaktorer genotyper og lungekræft risiko

Vi udførte lagdeling analyse for at vurdere effekten af ​​omgivende faktorer på foreninger mellem øget antal af risikofaktorer genotyper og risiko for lungekræft. Som vist i tabel 3, foreningerne var signifikante i alle undergrupper, undtagen i personer med en familie historie af lungekræft, rygere, der røget mindre end 20 pakke-år, fag, hvis histologiske typer er storcellet carcinom og i fase II, der kan skyldes begrænsningen af ​​små stikprøvestørrelser i disse undergrupper. Desuden observerede vi en positiv signifikant interaktion mellem antallet af

PPP2R1A

og

PPP2R5E

risiko genotyper og drikke status på at øge risikoen for lungekræft (

P

= 0,034, tabel S3) .

associering mellem det rs1255722G A genotyper og mRNA-niveauer af PPP2R5E gen

Som vist i figur 1, mRNA niveauerne af PPP2R5E i væv med rs1255722AA genotypen var betydeligt lavere end dem med G genotyper (ANOVA test:

P

= 0,003). Den dikotomiseret analyse viste, at AA-genotypen var signifikant associeret med en nedsat mRNA niveau af PPP2R5E forhold til G-genotyper (Students

t

test:

P

= 0,032).

Bioinformatik analyse

Vi yderligere udført bioinformatik analyse til at forudsige den biologiske effekt af rs1255722G A på at påvirke bindingen evne af potente transkriptionelle faktorer ved hjælp TFSEARCH (https://www.cbrc.jp/research /db/TFSEARCH.html). Softwaren viste, at G til A transversionen kan resultere i et tab binding af en transkriptionsfaktor c-Ets.

Diskussion

I de nuværende to-trins case-kontrol studier af 1559 lungekræft tilfælde og 1.679 kontroller gennemført i de sydlige og østlige kinesiske befolkningsgrupper, fandt vi, at de rs11453459G genotyper af

PPP2R1A

og rs1255722AA genotype af

PPP2R5E,

og deres samlede genotyper tillagt øget risiko for lungekræft. Begge de to SNPs var funktionelle som at rs1255722AA genotypen udøvede en signifikant nedsat udtryk for

PPP2R5E

i lunge tumorvæv i sammenligning med G-genotyper, og rs11453459G genotype faldt

PPP2R1A

udtryk som beskrevet tidligere [ ,,,0],36]. For de øvrige SNPs i PP2A subunit gener, vi ikke observere nogen signifikante sammenhænge mellem dem og risiko for lungekræft. Så vidt vi ved, er dette den første rapport om de genetiske varianter i PP2A subunit gener og lungekræft modtagelighed.

Strukturen En subunit PPP2R1A og lovgivningsmæssige B-underenhed PPP2R5E er almindeligt udtrykt i lunge [24], [28] _ENREF_36. De kan dephosphorylere flere onkogene kinaser via dannelse af PP2A kompleks [9]. De ofte genetiske mutationer og tab af funktion af dem i tumorer (fx lungecancer) foreslog dem at være tumorsuppressorer [41] – [43]. En tidligere undersøgelse har identificeret, at SNP rs11453459- kan G resultere i lav transkriptionsaktivitet og nedsætte

PPP2R1A

udtryk i lungevæv [36]. Her har vi konsekvent fundet, at SNP rs1255722G En kunne faldt betydeligt

PPP2R5E

udtryk i lunge tumorvæv, fordi G til A transversion kan forårsage et tab binding af en transkriptionsfaktor c-Ets som bioinformatik analyse vist. Interessant er det rapporteret, at c-Ets fungerer som transskription forstærkere fremmer PP2A udtryk i menneskelig [44]. Derfor er det biologisk tænkeligt, at de to SNPs blev forbundet med øget risiko og deres kombination forårsage en langt højere risiko for lungekræft, fordi de kan forårsage dysfunktionel PP2A.

Desuden observerede vi en positiv signifikant interaktion mellem række risikofaktorer genotyper og drikke på at øge risikoen for lungekræft. Det er velkendt, at lang tid alkoholforbrug er en potent cancer risikofaktor [45], og ethanol drikke er en stimulus af PP2A-aktivitet [46], SNP-induceret lav

PPP2A

ekspression kan forårsage mere skadelig virkning som svar til ethanol stimulering og dermed interageret med at drikke på lunge carcinogenese.

Genetiske varianter i

PPP2R1A

eller

PPP2R5E

var blevet rapporteret at være forbundet med risiko for menneskelige kræftformer. Flere SNPs i

PPP2R1A

blev rapporteret til forbundet med forskellige risici kræft, herunder brystkræft [22], og uterin serøs karcinom [41]. Tilsvarende

PPP2R5E

SNPs er modtagelige loci for risiko for brystkræft [47], lymfatisk leukæmi [48], og bløddelssarkom [49]. Men disse SNPs alle beliggende i introns. Vores undersøgelse var enestående og afslørede to funktionelle SNPs i

PPP2R1A

og

PPP2R5E

var forbundet med øget risiko for lungekræft. Anyway, alle disse impliceret den SNPs i

PPP2R1A

og

PPP2R5E

er involveret i tumorgenese, hvilket tyder på, at varianter i

PPP2R1A

og

PPP2R5E

kan være værdifulde biomarkører til at forudsige risikoen for kræft.

Da denne undersøgelse er et hospital-baseret case-kontrol undersøgelse begrænses på kinesisk Han befolkninger, nogle begrænsninger er uundgåelige (f.eks selektionsbias). Men genotypefrekvenser blandt kontroller monteret, Hardy-Weinberg uligevægt loven den foreslåede tilfældighed af emnet udvælgelse. Og undersøgelsens magter var acceptabelt, vi har opnået en 95,5% undersøgelse effekt (tosidet test, α = 0,05) til at detektere en OR på 1,31 for rs11453459G genotyper (37,1% i kontrollerne) og 88,3% undersøgelse magt til at opdage en OR på 1,27 for rs1255722AA genotypen (som fandt sted med en frekvens på 18,3% i kontrollerne). I mellemtiden, foreningerne var også funktionelle muligt. Desuden resultater fra GWAS viste også, at frekvensfordelingen af ​​SNP rs1255722G A var signifikant forskellig mellem cases og kontroller (rs1255722:

P

= 0,014) [23], men det SNP rs11453459- G blev ikke medtaget i Affymetrix® Genome Wide Menneskelig SNP Array 6.0. Således fremgår det, at vores konstatering af, at sammenhængen mellem PP2A subunit genvarianter og øget risiko for lungekræft er usandsynligt, at der er opnået ved en tilfældighed.

Som konklusion foreslog vores data, at de to funktionelle SNPs (rs11453459- G i

PPP2R1A

og rs1255722A G i

PPP2R5E

) er forbundet med risiko for lungekræft på kinesisk. Identifikation og beskrivelse af disse to SNPs kan føre til deres anvendelse som genetisk biomarkør som personlig forebyggelse og terapeutisk strategi. Valideringer med større populationsbaserede studier i forskellige etniske grupper er berettiget.

Støtte oplysninger

tabel S1.

Primær oplysninger om TaqMan assay af ni SNPs i PP2A subunit gener

doi:. 10,1371 /journal.pone.0077285.s001

(DOC)

tabel S2. Salg Frekvens fordelinger af udvalgte variable i lunge kræftpatienter og kræft-fri kontrol

doi:. 10,1371 /journal.pone.0077285.s002

(DOC)

tabel S3.

samspillet mellem antallet af risikofaktorer genotyper og drikke på øget risiko for lungekræft ved en multipel interaktionsanalyse

doi:. 10,1371 /journal.pone.0077285.s003

(DOC)

tak

Vi takker Dr. Bohang Zeng, Dr. Zhanhong Xie og Ms. Wanmin Zeng for deres bistand i at rekruttere de emner.