PLoS ONE: Estimering af Fraktion af cancerceller i en Tumor DNA-prøve Brug DNA-methylering

Abstrakt

Forurening af normale celler er næsten altid til stede i tumorprøver og påvirker deres molekylære analyser. DNA-methylering, en stabil epigenetisk modifikation, er celletype-afhængig, og forskellige mellem cancer og normale celler. Her var det et mål at vise, at DNA-methylering kan anvendes til at estimere den del af cancerceller i en tumor DNA-prøve, ved anvendelse af esophageal pladecellecarcinom (ESCC) som eksempel. For det første ved en Infinium HumanMethylation450 BeadChip array, vi isoleret tre genomiske regioner (

TFAP2B

,

ARHGEF4

, og

RAPGEFL1

) i) stærkt methyleret i fire ESCC cellelinjer, ii) næppe methyleres i en samleprøve af ikke-kræft slimhinder, en samleprøve af normal esophageal slimhinder, og perifere leukocytter, og iii) ofte methyleret i 28 ESCCs (

TFAP2B

, 24/28;

ARHGEF4

, 20/28, og

RAPGEFL1

, 19/28). For det andet, ved hjælp af otte par cancer og ikke-cancercellelinier prøver fremstillet ved hjælp af laser capture mikrodissektion, bekræftede vi, at mindst en af ​​de tre regioner blev næsten fuldstændig methyleret i ESCC celler, og alle tre regioner var næsten helt methyleret i ikke-cancer celler. Vi bekræftede også, at DNA-kopi antal ændringer af de tre regioner i 15 ESCC prøver var sjældne, og påvirkede ikke estimeringen af ​​den del af kræftceller. Derefter blev den del af cancerceller i en tumor DNA-prøve defineret som den højeste methylering niveau af de tre regioner, og vi bekræftede en høj korrelation mellem den vurderet af methylering af DNA fraktion markør fraktion og fraktionen vurderet af en patolog (r = 0,85; p 0,001). Endelig har vi observeret, at, ved korrektion af indhold cancercellen, blev CpG-øer i promotorområder af tumorsuppressorgener næsten fuldstændigt methyleret. Disse resultater viser, at DNA-methylering kan anvendes til at estimere den del af cancerceller i en tumor DNA-prøve.

Henvisning: Takahashi T, Matsuda Y, Yamashita S, Hattori N, Kushima R, Lee Y-C, et al. (2013) Vurdering af den Fraktion af kræftceller i en Tumor DNA prøve ved hjælp DNA-methylering. PLoS ONE 8 (12): e82302. doi: 10,1371 /journal.pone.0082302

Redaktør: Qian Tao, Den kinesiske University of Hong Kong, Hongkong

Modtaget: Juni 6, 2013; Accepteret: 22 oktober 2013; Udgivet: December 2, 2013