PLoS ONE: Carboplatin med Decitabin Therapy, i Tilbagevendende Platinum Resistant kræft i æggestokkene, Alters Cirkulerende miRNA Koncentrationer: En Pilot Study

Abstrakt

Målsætning

Plasma miRNA repræsentere potentielle minimalt invasive biomarkører til at overvåge og forudsige resultater fra kemoterapi. Det primære mål med den aktuelle undersøgelse, bestående af patienter med recidiverende, platin-resistente æggestokkræft-var at identificere de ændringer i cirkulerende miRNA-koncentrationer, der er forbundet med decitabin efterfulgt af carboplatin kemoterapi behandling. Et sekundært mål var at knytte klinisk respons med ændringer i cirkulerende miRNA koncentration.

Metoder

Vi målte miRNA-koncentrationer i plasma prøver fra 14 patienter med platin-resistent, tilbagevendende ovariecancer indskrevet i en fase II klinisk forsøg, der blev behandlet med en lav dosis af hypomethyleringsmidlet (HMA) decitabin i 5 dage efterfulgt af carboplatin på dag 8. det primære effektmål var at bestemme kemoterapi-associerede ændringer i plasma miRNA koncentrationer. Det sekundære endepunkt var at korrelere miRNA ændringer med klinisk respons målt ved progressionsfri overlevelse (PFS).

Resultater

Seventy-otte miRNA plasmakoncentrationer blev målt ved baseline (før behandling) og ved slutningen af ​​den første cyklus af behandlingen (dag 29). Af disse 10 miRNA (miR-193a-5p, miR-375, miR-339-3p, miR-340-5p, miR-532-3p, miR-133a-3P, miR-25-3p, miR-10a- 5p, miR-616-5p, og miR-148b-5p) vises fold ændringer i koncentrationen spænder fra -2,9 til 4 (p 0,05), i tilbagevendende platin resistente kræftpatienter i æggestokkene, der var forbundet med respons på Decitabin efterfulgt af carboplatin kemoterapi. Desuden blev lavere koncentrationer af miR-148b-5p efter denne kemoterapi forbundet (P 0,05). Med PFS

Konklusioner

Dette er den første rapport demonstrerer ændret cirkulerende miRNA-koncentrationer efter en kombination platin plus HMA kemoterapi regiment. Derudover blev cirkulerende MIR-148b-5P koncentrationer forbundet med PFS og kan repræsentere en hidtil ukendt biomarkør for terapeutisk respons, med denne kemoterapi hos kvinder med tilbagevendende, lægemiddel-resistente ovariecancer

Henvisning:. Benson EA , Skaar TC, Liu Y, Nephew KP, Matei D (2015) Carboplatin med Decitabin Therapy, i Tilbagevendende Platinum Resistant kræft i æggestokkene, Alters Cirkulerende miRNA Koncentrationer: en pilotundersøgelse. PLoS ONE 10 (10): e0141279. doi: 10,1371 /journal.pone.0141279

Redaktør: Ratna B. Ray, SAINT LOUIS UNIVERSITET, UNITED STATES

Modtaget: August 27, 2015; Accepteret: 5 Oktober 2015; Udgivet: 20 oktober 2015

Copyright: © 2015 Benson et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Data Tilgængelighed: Alle relevante data er inden for papir og dens Støtte Information filer

Finansiering: Dette arbejde blev delvist finansieret af National Cancer Institute Award CA133877-01 (DM), NCI-CA182832 (DM KPN), National Institute of General. Medical Sciences 5T32GM008425-19 (EAB), og Indiana University Simon Cancer center Cancer center Support Grant P30 CA082709-15 understøtter Bioinformatik kerne. Forfatterne takker Eisai Co., Ltd (Tokyo, Japan) til at tilvejebringe decitabin, Mrs. Amber Allen, Carol Kulesavage, Nancy Menning, og Jessica Roy for koordinering af kliniske forsøg aktiviteter. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:. Dr. Matei rapporter tilskud fra NCI, andre fra Eisai, under udførelsen af studere; personlige gebyrer fra Astra Zenecca, tilskud fra US Department of Veterans Affairs, tilskud fra V Foundation, og tilskud fra NCI, uden det indsendte arbejde. Dr. Benson rapporterer tilskud fra National Institute of Health, NIGMS, under udførelsen af ​​undersøgelsen. Dr. Nephew rapporter NIC og V fondsmidler. De andre forfattere har nogen relevant interessekonflikt. Eisai Co., Ltd (Tokyo, Japan), forudsat decitabin til denne undersøgelse. Dette ændrer ikke forfatternes overholdelse PLoS ONE politikker på datadeling og materialer

Introduktion

Hvert år bliver over 200.000 kvinder diagnosticeret med kræft i æggestokkene i hele verden.; mere end 21.000 af dem er amerikanske. Ca. 15.000 amerikanske kvinder dør af epitelial ovariecancer (EOC) hvert år; af de forskellige typer af kræft i æggestokkene, høj kvalitet serøs ovariecancer er den mest almindelige (HGSOC) [1, 2]. For HGSOC identifikation, en veletableret serum biomarkør er cancerantigenet 125 (CA-125). Selvom CA-125 identificerer mest sent primær og recidiverende sygdom og stort set korrelerer med sygdomsbyrden, CA-125, hvad angår sensitivitet og specificitet, er ikke prædiktiv for risikoen for tilbagefald eller kemoterapeutiske respons [2, 3]. Generelt er der behov for EOC biomarkører, og cirkulerende miRNA, som har forbindelse med sygdom resultatet [4], kan repræsentere en hidtil ukendt kilde til klinisk informative kræft i æggestokkene biomarkører. Salg

MikroRNA’er (miRNA) er korte RNA’er differentielt udtrykt i mange sygdomstilstande, herunder cancer. De ændrer målet proteinsyntese ved at regulere posttranskriptionel genekspression [5-7]. miRNA frigives i plasma ved væv og tumorer [6, 8]. miRNA er relativt varmestabil i både helblod og plasma [9, 10]. Cirkulerende miRNA har været forbundet med tidlig opsporing og prognose af EOC [11, 12], og kan forudsige terapeutisk respons.

Første linje EOC behandlinger udnytte platin baseret kemoterapi. Disse kemoterapier er blevet vist at ændre, inden væv, miRNA ekspression [13-16]. I denne undersøgelse blev plasma miRNA-koncentrationer målt fra en tidligere afsluttet fase II klinisk forsøg [17]. I dette studie blev 17 patienter med platin resistent recidiverende kræft i æggestokkene testet for effekten og tolerabiliteten af ​​en kombinationsbehandling af lav dosis decitabin (5-aza-2′-deoxycytidin, en DNA-methyltransferase inhibitor) og carboplatin. Hovedformålet med det kliniske forsøg var at teste hypotesen om, at behandling med decitabin ville resensitize tumorer i æggestokkene til carboplatin. Forsøget blev baseret på tidligere prækliniske undersøgelser indikerer, at tilbageførsel af DNA hypermethylering inducerer re-ekspression af tumor suppressor og differentieringsfaktorer tilknyttede gener, som kunne genskabe følsomhed for platin [18]. Resultaterne af forsøget viste forlænget progressionsfri overlevelse (PFS på ~ 10 måneder) og en lovende på objektive responsrater på 35% [17]. Drage fordel af de klinisk kommenterede plasmaprøver indsamlet til dette forsøg, vi bestemt som reaktion på decitabin efterfulgt af carboplatin kemoterapi ændringerne i cirkulerende miRNA koncentrationer. Sekundært blev miRNA ændringer i forbindelse med klinisk respons.

Metoder

Patient befolkning

Den blindede fase II kliniske forsøg og responsrater blev tidligere beskrevet af Matei et al [17 ]. Kort fortalt alle patienter havde platin resistent EOC og alle, men en patient havde målbar sygdom som defineret af respons evalueringskriterier i Solid Tumor (RECIST). Patienten med ikke-målbar sygdom havde en CA-125 større end det dobbelte af den øvre grænse for normalområdet og ascites. Alle patienter i denne undersøgelse var ældre end 18 år, havde mere end 3 måneders forventet levetid, og havde en Eastern Cooperative Group performance status på 0 eller 1. Patienterne kunne have modtaget ubegrænset antal tidligere cytotoksiske behandlinger; dog blev de udelukket, hvis de havde en forhistorie med hjernemetastaser, en allergi over for carboplatin, ukontrollerede medicinske spørgsmål, eller grad 2 eller højere neuropati. Alle patienter underskrevet informeret samtykke, og protokollen blev godkendt af Indiana University Board Institutional Review.

Behandlingsplan

Hver kemoterapicyklus varede 4 uger og bestod af decitabin (Eisai, Tokyo, Japan) givet intravenøst ​​ved 10 mg /m

2 dagligt i 5 dage; efterfulgt af, carboplatin (Bristol Meyers Squibb, New York, New York) givet intravenøst ​​med en AUC5 på dag 8 [17]. Desuden blev PEG-filgastrim (Amgen, Thousand Oaks, CA) gives på dag 9 for at forhindre langvarig myelosuppression. Behandlingen fortsattes indtil sygdomsprogression eller uacceptabel toksicitet.

RNA ekstraktion fra plasma

miRNA blev udvundet fra plasma efter en tidligere offentliggjort protokol [9]. Kort fortalt blev plasmaprøver optøet på is for at ~ 4 ° C og centrifugeret ved 1500 RCF, 4 ° C i 10 minutter. Halvtreds pi plasma blev ekstraheret efter Qiagen miRNeasy plasma protokol (Qiagen, Valencia, CA). Efter Qiazol lysis trin C. elegans MIR-39 miRNA (cel-MIR-39) blev tilsat (5 pi 5 nM stamopløsning) som en intern kontrol til ekstraktion effektivitet og normalisering. Derudover 0,3 pi af en bestand (0,8 ug /pi) Bakteriofag M2 RNA blev tilsat pr 200 pi Qiazol puffer til at øge miRNA udbytte. miRNA blev elueret fra rensning kolonnen to gange i 30 pi RNase /DNase frit vand (i alt 60 pi) og opbevaret ved -80 ° C.

Statistisk analyse

I denne pilotundersøgelse, den primære resultatet var analysen af ​​forskellen i plasma miRNA koncentrationer mellem før og efter behandling med kemoterapi. Alle værdier blev normaliseret til cel-miR-39 tilsat i kontrol. Statistisk signifikans (p-værdi) i sammenligningerne af grupperne blev bestemt ved parrede t-test. I tabel 1 baseline sammenligning var to halet t-test. De heatmaps blev afsluttet i Partek software ved hjælp af delta delta C

T (ddC

T) værdier. De følgende parametre blev anvendt til Heatmap: nej skala; afstanden vektor = Spearman rank korrelation; og klyngedannelse = gennemsnit. Notatet, 1 er ingen fold-ændring, mens 2 er en fordobling af fold forandring.

Kaplan Meier-kurve

progressionsfri overlevelse (PFS) analyse blev udført med “overlevelse” pakke i R. Prøverne blev delt i 2 grupper af medianværdien af ​​de “-delta delta CT” værdier. Den log-rank test blev udført i R for at vurdere sammenhængen mellem miRNA-koncentration (høj vs. lav) med tid til progression, og p-værdi mindre end 0,05 blev betragtet som signifikant. Kaplan-Meier kurver blev bruges til visuelt at undersøge den kumulative sandsynlighed for resterende progressionsfri over tid for miRNA undergrupper.

Resultater

Plasma stikprøveudvælgelse

Kort fortalt fuldblod blev opsamlet i EDTA holdige rør, og derefter centrifugeret til plasma. Prøver anvendt til microRNA analyse blev indsamlet på to tidspunkter: ved basislinie (før begyndelsen af ​​den første behandlingscyklus); og på dag 29 efter behandlingsstart (skrive den første cyklus af kemoterapi, Fig 1). Prøver fra 14 af de 17 patienter var tilgængelige for denne miRNA analyse. De resterende 3 prøver blev ikke analyseret på grund af utilstrækkelig plasma. Prøverne blev analyseret efter den første cyklus for at muliggøre tidlig miRNA-analyse, som kan dokumentere over for deres fremtidige brug i tidlig klinisk beslutningstagning.

Fjorten platin resistente ovariecancer patienter blev behandlet med decitabin /carboplatin i en fase II klinisk forsøg. For første kemoterapicyklus blev decitabin givet daglig i 5 dage; efterfulgt af carboplatin gives på dag 8. miRNA analyse anvendte plasmaprøver indsamlet ved baseline (før start af cyklus én behandling) og på dag 29 (før start af anden cyklus).

miRNA udvælgelse og koncentration

Ninety-tre miRNA blev udvalgt til måling i de 28 prøver (14 baseline og 14 efter behandling). For at vælge miRNA, real-time qPCR miRNA OpenArrays (Life Technologies, Carlsbad, CA), der måler 756 miRNA, blev brugt til at analysere en samlet baseline prøve (14 prøver) versus en poolet dag 29 prøve (14 efter prøver behandling). RNA blev ekstraheret fra hver enkelt prøve og puljet. De miRNA, der var let kvantificerbare og med den største forskel mellem baseline og dag 29 blev udvalgt til yderligere analyse af de enkelte prøver. De 93 miRNA udvalgte blev analyseret ved en brugerdefineret realtids-PCR Taqman miRNA lav densitet array (TLDA) (Life Technologies). For sidste ende af de oprindelige 93 miRNA, 78 havde acceptable qPCR kurver. Plasmaprøver blev analyseret ved hvert af de to tidspunkter (baseline og dag 29; 14 patienter hver), og det samme TLDA kortet blev anvendt for begge prøver. Data udtrykkes som relative koncentrationer baseret på C

T-værdier, der er blevet normaliseret til

C

.

elegans

miRNA (5 pi 5 nM) tilsat i plasma som en intern kontrol.

Patient karakteristika

Fjorten af ​​de oprindelige 17 patienter i moderselskabet retssagen havde plasma prøver til rådighed for miRNA-analyse. Patienternes sygdomsstatus blev vurderet ved hjælp af RECIST og CA-125 kriterier hver 2 cyklusser af kemoterapi. Kemoterapi blev afbrudt med optagelse af en uacceptabel toksicitet eller sygdomsprogression. Sygdomsprogression hos patienter før 6 cyklusser (n = 8) af kemoterapi blev betragtet som ikke-respondere; og sygdomsprogression efter 6 cyklusser (n = 6) af kemoterapi blev betragtet respondenter. Af de respondenter, én patient forblev uden progressiv sygdom for ~ 17 måneder. Hver patient afsluttet antallet af cyklusser af kemoterapi vist i figur 2. De respondenter og ikke-respondenter er adskilt af den røde linje.

patienternes er nummererede og beordrede baseret på antallet af modtagne cyklusser af kemoterapi. Patienterne blev adskilt af en rød linje til at skelne kemoterapi respondere og non-respondere. Respondenter været fri for sygdomsudvikling i mindst 6 cykler (n = 6); og ikke-responderende været fri for sygdomsprogression under 6 cyklusser (n = 8). Hver cyklus var 28 dage lang.

Cirkulerende miRNA ændring i respons på kemoterapi

Det primære endpoint i vores undersøgelse var at bestemme ændringer i cirkulerende miRNA efter decitabin /carboplatin kemoterapi. Forud for kemoterapi (baseline) og før starten af ​​cyklus 2 (dag 29) blev plasmakoncentration sammenlignet for 78 miRNA. Alle 78 miRNA blev visualiseret ved hjælp af en Spearman rangeret Heatmap (figur 3; samme patient identifikationsnumre som i figur 2). I Heatmap, patienter tendens til at diskriminere, efter kemoterapi, i grupper. Tre forskellige patientgrupper blev visualiseret: GROUP1 (patienter # 1, # 3, # 4, # 7, # 10 og # 11); gruppe 2 (patienter # 8, # 13 og # 14); og gruppe 3 (patienter # 2, # 5, # 6 og # 12). Grupperinger var baseret på en sammenligning af inden patient ligheder de relative ændringer i miRNA koncentrationer. For eksempel, gruppe 3, patient # 12 var steget, med behandling, alt miRNA koncentrationer i forhold til andre patienter i gruppen. Patient # 12 s miRNA koncentrationer ændret sig i de samme relative andele som dem registreret for patient # 6. Således patient # 12 og # 6 blev tilsvarende grupperet. Da disse visualiserede grupperinger antyder, kan dette kemoterapi fremkalde tydelige ændringer i cirkulerende miRNA-koncentrationer i subpopulationer.

Patienter er nummereret (venstre side af figur 3) i henhold til konventionen etableret, se fig 2. Patienter grupperet visuelt baseret på klyngedannelse (røde tal = gruppe 1, grønne numre = gruppe 2, og blå tal = gruppe 3). Den klyngedannelse var baseret på lighed mellem ændringerne i miRNA fusioner og baseline (DC

T baseline) og efter kemoterapi behandling (dC

T behandling). Blå = faldt koncentrationer efter kemoterapi, Rød = øgede koncentrationer efter behandling.

Dernæst ændringerne i koncentrationerne af de enkelte cirkulerende miRNA blev evalueret efter kemoterapi behandling. Efter decitabin /carboplatin terapi som vist i tabel 1 (enkelte patients miRNA ændringer vist i S1 Fig), to microRNA faldt i koncentration. miR-193a-5p og miR-375 havde respektive fold-ændringer i -1,7 og -2,0 (p 0,05). Derudover fold ændring steg 1,9 (P 0,05). For miR-339-3p

Når responder undergruppen blev analyseret, 4 miRNA, miR-339-3p, miR-340-5p, miR-133a og mIR-10a, forøget med en fold interval 1.9 til 4,1 (tabel 1 S2 fig). Den undergruppe af non-respondenter havde tre faldende miRNA, mir-375, og miR-25-3p, miR-148b-5p. miR-148b-5p havde største fald (p 0,05) i miRNA-koncentration (tabel 1 S3 Fig).

For at afgøre, om de enkelte miRNA var forbundet med behandlingsrespons, vi sammenlignet i respondere med non-respondere på koncentrationer efter behandling af cirkulerende miRNA (fig 2). Tre miRNA, miR-616, og miR-532-3p, miR-148b-5p, blev forøget i respondenter (tabel 1 S4 Fig). Af disse miRNA, miR-148b-5p stigning (3,2 gange) i respondere var i overensstemmelse med undergruppen analyse, nævnt ovenfor, afslører dens fald i koncentrationen (2,86) i ikke-respondenter.

Lower miR-148b- 5P koncentrationer forudsagde værre progressionsfri overlevelse

Dernæst en Kaplan Meier PFS-analyse blev anvendt til at vurdere, om nogen af ​​ændringerne i miRNA-koncentrationer forudsagt behandlingsrespons. For at gøre mere gælder for den kliniske omgivelser, blev patienter, der skred i løbet af 1. cyklus (4 patienter) fjernes fra analysen. For de patienter, ville progression observeres ved anvendelse af standard diagnostik, og en prædiktiv biomarkør ville være unødvendigt. Som vist i figur 4 af Kaplan Meier analyse, lavere (p = 0,015) MIR-148b-5p koncentration på dag 29 forbundet med sygdomsprogression. Baseline miR-148b-5p-koncentration var lav (figur 4, indsat); og i non-respondere, miR-148-5p faldt i koncentration i høj grad efter 1 måneds behandling.

For Kaplan Meier progressionsfri overlevelse kurve blev patientprøver opdelt i 2 grupper ved medianværdien af ​​” -delta delta CT “værdier (post behandling værdi trækkes fra baseline værdi). Den log-rank test var mellem plasma miRNA-koncentration (høj [rød linje] vs. lav [sort linje]) med tiden til ikke-respons, og p-værdi mindre end 0,05 blev betragtet som signifikant. Det indsatte plotter den rå C

T værdier for alle patientprøver for miR-148-5p, stiplede linjer-non-respondere, faste linjer-responders.

Diskussion

Vores undersøgelse har flere vigtige fund. Først decitabin /carboplatin kemoterapi-induceret ændringer i cirkulerende miRNA-koncentrationer hos patienter med platin-resistent recidiverende kræft i æggestokkene. For det andet, undergruppe analyse viste miRNA ændret markant i nonresponders vs. respondenter. For det tredje, miR-148-5p forudsiger mulig kliniske resultat.

Konsekvent i alle patientprøver, denne kemoterapi inducerede ændringer i tre cirkulerende miRNA miR-375, miR-339, og miR-193a. Af disse miRNA har miR-193a tidligere blevet undersøgt i menneskelig EOC. MIR-193a er en tumorsuppressor, og overekspression af MIR-193a i humane EOC celler fører til øget apoptose [19]. Den cirkulerende koncentration af MIR-193a, i vores undersøgelse, faldt (-1.7-fold) efter kemoterapibehandling. Forholdet mellem cirkulerende og tumor miR-193a kan berettige yderligere undersøgelse. Ændringer i cirkulerende miRNA fælles for alle patienter kan være en markør for kemoterapi overholdelse og dosis-respons.

De observerede ændringer i cirkulerende miRNA koncentrationer hos patienter med tilbagevendende ovariecancer deltager i denne undersøgelse svarer til tidligere rapporterede kemoterapi-induceret ændringer i cirkulerende miRNA hos patienter med melanom. I denne indstilling, cirkulerende miRNA forudsagde drug dosis respons på dacarbazin og interferon-alfa-2b [20]. miRNA fold ændringer i forhold positivt til vores undersøgelsens -2 til 4 fold ændringer. De fold ændringer observeret i vores undersøgelse synes rimeligt og i overensstemmelse med dem optaget af andre.

Undergruppe analyse viste forskelle i miRNA fusioner og ikke-respondenter og respondenter. Disse forskelle i miRNA kan være en markør for specificitet for en undergruppe. I undergruppen analyse af ikke-respondenter, kemoterapi faldt yderligere to miRNA, miR25-3p, og miR148b-5p. Antyder, at disse kan være specifikt for en ikke-responder.

MIR-148b-5p forudsiger mulige kliniske resultater. Den cirkulerende miR-148b-5p koncentration var 3,2 gange højere i vores undersøgelse efter decitabin /carboplatin kemoterapi hos patienter med længere PFS: miR-148b-5p nedsat hos patienter med kortere PFS. Cirkulerende miR-148b-5p er ikke blevet rapporteret tidligere; dog har intracellulær MIR-148-5p blevet undersøgt. miR-148b-5p er overudtrykt i æggestokkene kræftvæv; men dens overekspression er ikke forbundet med histologiske undertyper [21]. Andre undersøgelser har vist, at ændringer i intracellulær MIR-148 (også kaldet MIR-148a, og MIR-148a-5p) ekspression, placeret på kromosom 7, er forbundet med ovariecancer resultater [22-27]. Så vidt vi ved, er dette den første undersøgelse der viser, at MIR-148b, som er placeret på kromosom 12, er forbundet med kliniske resultater efter behandling med kemoterapi.

Vores undersøgelse har et par styrker. Den første styrke var en velbeskrevet gruppe patienter. Denne undersøgelse fokuserede på decitabin /carboplatin kemoterapi inducerede ændringer i cirkulerende miRNA fokuseret i tilbagevendende kræft i æggestokkene. Mange andre undersøgelser være blevet forstyrret, for eksempel ved enten heterogene cancerpatient population eller yderligere behandlinger i forbindelse med kemoterapi. For eksempel måling cirkulerende miRNA som biomarkører for neoadjuverende kemoterapi i brystcancer, en undersøgelse omfattede kirurgi og en meget heterogen population, og den anden også inkluderet kirurgi [28, 29]. Resultaterne af undersøgelserne var ikke i overensstemmelse med hinanden. I undersøgelsen med kemoterapi efterfulgt af kirurgi, de fold ændringer i cirkulerende miRNA varierede fra 1,5 til 4. I den anden undersøgelse, der omfattede patienter med de mange forskellige stadier af brystkræft, de emner havde miRNA fold ændringer fra 1 til 15.000 [28] . Derudover fra disse studier, cirkulerende miRNA ændringer induceret af kemoterapi var vanskelige at skelne fra ændringer forårsaget af kirurgi. En anden styrke i vores undersøgelse var timingen af ​​prøvetagningen. Vores undersøgelse blev udtaget tidligt i behandlingen regimen sammenlignet med undersøgelserne er anført. Vores undersøgelse evaluerede ændringer i cirkulerende miRNA efter en cyklus af kemoterapi; disse andre undersøgelser analyserede ændringer i cirkulerende miRNA efter 4 cyklusser af behandlingen. Vi foreslår, at evaluere cirkulerende miRNA efter kun en cyklus giver mulighed for tidlig klinisk beslutningstagning. En vigtig tidlig beslutning er, om at fortsætte den nuværende kemoterapi regime eller skifte til en anden regime. Denne beslutning er især vigtigt for patienter med recidiverende ovariecancer, som progression af sygdommen kan være hurtig.

En sekundær spørgsmål er hensigtsmæssig udnyttelse af Heatmap. Vores Heatmap visuelt identificeret grupper af patienter med forskelle i miRNA koncentrationer. Selvom beskrivende, de Heatmap højdepunkter cirkulerende miRNA er mange og potentielt ændres ved kemoterapi. Cirkulerende miRNA i kombination kan være en biomarkør for kemoterapi respons værd at undersøge i fremtidige studier.

Vi anerkendte begrænsninger vores undersøgelse, herunder den lille stikprøve. Men trods det lille antal patienter analyseret, var vi stadig i stand til at detektere forskelle i kemoterapi-inducerede ændringer i cirkulerende miRNA. Vi anerkender, at disse specifikke miRNA ændringer kan være begrænset til dette regime, som ikke er en standardbehandling for patienter med ovariecancer, og at patienter, der tidligere havde modtaget en række forskellige behandlingsregimer, før du starter dette forsøg. Endelig er denne undersøgelse omfattede et enkelt tidspunkt, en almindelig begrænsning af disse typer af undersøgelser, og resultaterne tyder på, at et tidsforløb analyse kan være berettiget i fremtidige studier af kemoterapi inducerede ændringer i cirkulerende miRNA.

Som konklusion vores undersøgelse viser, at en carboplatin og decitabin kemoterapi regime inducerer ændringer i cirkulerende miRNA koncentrationer, der kan være prædiktorer for klinisk respons på dette regime. Vores resultater indikerer endvidere, at cirkulerende miRNA ikke direkte kan afspejle tumoren miRNA udtryk. Disse undersøgelser viser, at fremtidige undersøgelser fokuseret på at identificere cirkulerende miRNA prædiktiv af kemoterapi respons er berettiget.

Støtte Information

S1 Fig. miR-148-5p og miR-25-3p ΔΔ C

T ændringer i patienter 1-14

ΔΔ C

T forandring for de væsentligt ændrede miRNA baseret på p 0.05 fra “Alle fag behandling /baseline” kolonnen i tabel 1 er vist for de enkelte patienter (noteret på x-aksen). Røde søjler-nonresponders (patienter 1-8); blå søjler-responders (patienter 9-14)

Doi:. 10,1371 /journal.pone.0141279.s001

(TIF)

S2 Fig. miR-340-5p, miR-133a-3p, og miR-10a-5p ΔΔ C

T ændringer i patienter 1-14.

ΔΔ C

T forandring til det markant ændret fra den “Behandling sammenligning i responsive fag “kolonnen i tabel 1 er vist for de enkelte patienter (noteret på x-aksen). miR-339-3p, som i væsentlig grad ændret allerede vist i S1 Fig røde søjler-nonresponders (patienter 1-8); blå søjler-responders (patienter 9-14)

Doi:. 10,1371 /journal.pone.0141279.s002

(TIF)

S3 Fig. miR-148b-5p og miR-25-3p ΔΔ C

T ændringer i patienter 1-14.

ΔΔ C

T forandring til det markant ændret fra den “Behandling sammenligning ikke-responsive fag” kolonnen i tabel 1 er vist for individuelle patienter (noteret på x-aksen). MIR-375 (ikke vist), som i væsentlig grad ændret sig, er allerede vist i S1 Fig røde søjler-nonresponders (patienter 1-8); blå søjler-responders (patienter 9-14)

Doi:. 10,1371 /journal.pone.0141279.s003

(TIF)

S4 Fig. miR-616-5p, og miR-532-3p kolonne ΔΔ C

T ændringer i patienter 1-14.

ΔΔ C

T forandring til det markant ændret fra den “Behandling sammenligning i responsive fag” i tabel 1 er vist for individuelle patienter (noteret på x-aksen). miR-148b-5p (ikke vist), som i væsentlig grad ændret allerede vist i S2 Fig røde søjler-nonresponders (patienter 1-8); blå søjler-responders (patienter 9-14)

doi:. 10,1371 /journal.pone.0141279.s004

(TIF)

S1 File. Data, der anvendes til at skabe Figur 4 og Tabel 1.

doi: 10,1371 /journal.pone.0141279.s005

(XLSX)

S2 fil. Data, der anvendes til at skabe figur 3 og S1-S4 Fig

doi:. 10,1371 /journal.pone.0141279.s006

(CSV)

S3 fil. Data, der anvendes til at skabe indsat i figur 4.

doi: 10,1371 /journal.pone.0141279.s007

(XLSX)

S4 fil. Data, der anvendes til at skabe Fig 2 og 4.

doi: 10,1371 /journal.pone.0141279.s008

(XLSX)

Tak

Dette arbejde blev delvist finansieret af National Cancer Institute Award CA133877-01 (DM), NCI-CA182832 (DM KPN), Statens Institut for Almen medicin Sciences 5T32GM008425-19 (EAB) og Indiana University Simon Cancer center Cancer center Support Grant P30 CA082709-15 støtte Bioinformatik kerne. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet. Forfatterne takker Eisai Co., Ltd (Tokyo, Japan) til at tilvejebringe decitabin, Mrs. Amber Allen, Carol Kulesavage, Nancy Menning, og Jessica Roy for koordinering af kliniske forsøg aktiviteter.