PLoS ONE: Integrativ Genomisk Analyse afslører Udvidet Kimcellelinje homozygoti med lungekræft Risiko i PLCO Kohorte

Abstrakte

Modtagelighed for almindelige kræftformer er multigenic følge af lave til høj penetrans disposition-faktorer og eksponering af miljøet. Genomisk undersøgelser tyder kønscellelinie homozygoti som et nyt lav penetrans faktor, der bidrager til almindelige kræftformer. Vi hypotese at lange homozygote regioner (skrifter-of-homozygositet [TOH]) havn tobak-afhængig og uafhængig lunge-cancer disposition (eller beskyttelse) gener. Vi udførte i

n silico

genom-dækkende SNP array-baseret analyse af lunge-cancer patienter af europæisk afstamning fra PLCO screening-forsøg kohorte til at identificere Toh regioner blandt 788 cancer-tilfælde og 830 herkomst-matchede kontroller. Foreningen analyser blev derefter udført mellem tilstedeværelsen af ​​lungekræft og almindelige (c) TOHs (operationelt defineret som 10 eller flere fag deler ≥100 identiske homozygote opkald), aTOHs (allelically-matchede grupper inden en cTOH), demografi og tobak-eksponering. Endelig integration af betydelig c /aTOH med transkriptom blev udført til funktionelt-map lunge-cancer risiko-gener. Efter justering for demografi og rygning, vi identificeret 7 cTOHs og 5 aTOHs forbundet med lungekræft (justeret p 0,01). Tre cTOHs var overrepræsenteret i sager i forhold til kontroller (OR = 1,75 til 2,06, p = 0,007-0,001), mens fire blev underrepræsenteret (OR = 0,28 til 0,69, p = 0,006 til 0,001). Interaktion mellem rygning status og cTOH3 /aTOH2 (2p16.3-2p16.1) blev observeret (justeret p 0,03). De resterende betydelige aTOHs har regioners 0,23-0,50 (p = 0,004 til 0,006) og 2,95-3,97 (p = 0,008 til 0,001). Efter at integrere betydelige cTOH /aTOHs med offentligt tilgængelige lunge-cancer transkriptom datasæt efterfulgt ved at filtrere baseret på lungekræft og dets relevante veje afslørede 9 formodede disponerende gener (p 0,0001). Afslutningsvis forskelligt-distribueret cTOH /aTOH genomiske varianter mellem cases og kontroller harbor sæt af plausible differentielt udtrykte gener tegner sig for kompleksiteten af ​​lunge-cancer disposition

Henvisning:. Orloff MS, Zhang L, Bebek G, Eng C (2012) Integrativ Genomisk analyse viser Udvidet Kimcellelinje homozygoti med lungekræft Risiko i PLCO Kohorte. PLoS ONE 7 (2): e31975. doi: 10,1371 /journal.pone.0031975

Redaktør: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, USA

Modtaget: 10. oktober 2011; Accepteret: 16 Jan 2012; Publiceret: 27 februar, 2012