PLoS ONE: Den prognostiske værdi af Global DNA hypometylering i Cancer: En metaanalyse

Abstrakt

Baggrund

Aberrant methylering af den globale genom er blevet undersøgt som en prognostisk indikator i forskellige kræftformer, men resultaterne er kontroversielle og tvetydige.

Metoder og resultaterne

denne metaanalyse præsenterer poolede estimater af beviserne at belyse dette spørgsmål. Vi søgte de elektroniske databaser: PubMed, Embase, ISI Web of Science og Cochrane Library (op til august 2013), i at identificere alle relevante undersøgelser. Sammenhængen mellem niveauet for surrogater ‘indekser for genom-dækkende hypometylering (LINE-1, Alu og lør-α) og samlet overlevelse (OS) af kræftpatienter blev undersøgt. Desuden blev de poolede hazard ratio (HRS) med deres 95% konfidensinterval (95% CI) beregnet til at estimere de påvirkninger gennem fast-effekter og tilfældige effekter model. Endelig tyve studier med samlet befolkning på 5447 mødte inklusionskriterierne. Resultaterne viser, at de sammenfattende HRs for undersøgelserne beskæftiger LINE-1, Alu, og lør-a repetitive elementer viser også, at den globale DNA hypometylering har betydelige ønskelige virkninger på tumor prognostisk værdi. De puljede HRs (og CIS) LINE-1, Alu og lør-α var 1,83 (1,38-2,44), 2,00 (1,16-3,45), og 2,92 (1,04-8,25), med en heterogenitet foranstaltning indeks I

2 (og

s

-værdi) viser på 66,6% (

s

= 0,001), 57,1% (

s

= 0,053) og 68,2% (

s

= 0,076) henholdsvis. Den meta-regression og undergruppe analyse viste, at procentdelen af ​​hypomethylated prøve af kræftpatienter er en kilde til heterogenitet.

Konklusion

Vores meta-analyse resultater støtter hypotesen om, at den globale DNA hypometylering er forbundet med en skadelig prognose i tumor patienter

Henvisning:. Li J, Huang Q, Zeng F, Li W, han Z, Chen W, et al. (2014) Den prognostiske værdi af Global DNA hypometylering i Cancer: en meta-analyse. PLoS ONE 9 (9): e106290. doi: 10,1371 /journal.pone.0106290

Redaktør: Surinder K. Batra, University of Nebraska Medical Center, USA

Modtaget: Marts 12, 2014 Accepteret: 29 juli 2014; Udgivet: 3 September, 2014

Copyright: © 2014 Li et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Data Tilgængelighed:. Det forfattere bekræfter, at alle data, der ligger til grund resultaterne er fuldt tilgængelige uden restriktioner. Alle data er inkluderet i papiret

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af National Natural Science Foundation of China (81101562, 81273099), grundlæggende forskningsmidler for de centralasiatiske universiteter (12ykpy13), Foundation of Natural Science of Guangdong-provinsen (S2012010009633), Videnskab og Teknologi Planlægning Projekt i Guangdong-provinsen (2012B060300005), Key Project Guangzhou Medicinsk og Sundhedsvidenskab og Teknologi (20121A021018), projektet for Key Medicin Discipline Konstruktion af Guangzhou Kommune (2013-2015-07). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Kræft er en førende dødsårsag på verdensplan, der tegner sig for 7,6 millioner dødsfald (ca. 13% af alle dødsfald) i 2008, og dette tal forventes at fortsætte stigende til en anslået 13,1 millioner dødsfald i 2030 [1] . Den pålidelig identifikation af molekylære prognostiske biomarkører har betydning for lettelse af rationelle valg af potentielle terapeutiske metoder i kræftbehandlingen og til at forbedre prognosen for kræftpatienter [2] – [4].

DNA methylering er en epigenetisk modifikation involverer en kovalent tilsætning af en methylgruppe (CH

3) fra methyl donor S-adenosylmethionin (SAM) til 5-stillingen carbon i pyrimidinringen af ​​en cytosinbase og dannelse af 5-methylcytosin (5meC), typisk forekommer i CpG-dinukleotid sammenhænge i pattedyrsceller. Selvom CpG’er er uforholdsmæssigt koncentreret i berigede områder benævnt CpG øer (CGI’er), som synes at være forskelligt placeret i promotorområder af gener, 70-90% af alle CpG’er i det menneskelige genom er i områder af store repetitive sekvenser (dvs. centromerer og retrotransposonpartikler elementer) og er typisk methyleres under normale forhold [5]. Så methylering niveauet for de repetitive elementer, herunder lange afbrudt element-1 (LINE-1), Alu element (Alu), og satellit-α (lør-α), som udgør 11%, 17% og 4% af genomet henholdsvis og dækker mere end 30% af de samlede CpG steder i genomet, kan tjene som surrogat indekser som genom-dækkende DNA methylering niveau [6].

med den seneste udvikling i den højt gennemløb og høj -Opløsning metoder til methylering af DNA-analyse, såsom pyrosekventering og luminometriske methylering assays (Lumas), global DNA methylering niveau var fuldt analyseret i forskellige tumorer. Flere og flere forskere fandt, at DNA hypometylering omvendt er forbundet med tumor fremskridt ved at fremme carcinogenese ved at øge DNA-rekombination eller ved direkte og indirekte virkninger på genekspression, såsom overekspression af nogle prægede gener, aktivering af gener, der er forbundet med tumor invasion eller metastase og så på [7]

Selvom talrige undersøgelser har forsøgt at vurdere den prognostiske værdi af DNA hypometylering i forskellige kræftformer, identifikation af resultaterne forbliver kontroversiel og tvetydig som følgende:. flere undersøgelser har vist, at den globale DNA hypometylering var en prognostisk faktor for dystre resultat, andre undersøgelser har imidlertid trak gavnlige konklusioner [8] – [10] eller fundet nogen signifikant sammenhæng [8], [9], [11] – [14]. For at afklare dette spørgsmål, vi gennemførte denne meta-analyse for at vurdere den prognostiske værdi af den globale genomisk hypometylering i forskellige tumorer.

Materialer og metoder

Søg strategi og udvælgelseskriterier

Vi fulgte retningslinje af MOOSE (meta-analyse af observationelle studier i Epidemiologi) [15] og PRISMA (Preferred Reporting Produkter til systematiske reviews og meta-analyse) [16] til systematisk gennemføre og rapportere dette meta-analyse. To korrekturlæsere (Jinhui Li og Qingyuan Huang) uafhængigt foretaget en systematisk søgning af følgende elektroniske databaser litteratur at identificere undersøgelser, der vurderede den prognostiske anvendelighed af den globale DNA (herunder dets surrogatmarkører: Alu, LINE-1 og lør-α) hypometylering hos patienter med enhver form for karcinomer uden sprog begrænsning:. PubMed, Embase, ISI Web of Science og Cochrane-biblioteket (sidste søgning var på august 2013)

på baggrund af mesh (MeSH) og tilsvarende søgetermer, vores søgestrategi var følgende: (hele genomet “DNA” eller “LINE-1” eller “Sat-α” ELLER “Alu” OG “hypometylering *”) OG ( “Prognose” [Mesh] ELLER “Survival Rate” [Mesh ] eller “Dødelighed” [Mesh]) OG ( “tumor” eller “kræft”). I samme periode har vi også manuelt søgt efter abstracts fra udvalgte bibliografier omhyggeligt for at identificere yderligere undersøgelser. Kun de papirer begrænset til humane studier og offentliggjort som fuldtekstartikler på engelsk eller kinesisk blev inkluderet som primære kandidater. Desuden blev de identificerede studier ikke begrænset af den udgivelsesåret

Den indledende sæt udvælgelseskriterier anvendte var følgende: (1). Artiklerne repræsenterede oprindelige epidemiologiske undersøgelser, der vurderede niveauet for den globale DNA hypometylering og dens tilsvarende cut-off standard, herunder dets surrogatmarkører (LINE-1, Alu, og lør-α); (2) Resultatet af den samlede overlevelse (OS), der anvendes i undersøgelserne kunne accepteres; (3) De undersøgelser rapporteret en hazard ratio (HR) og den tilsvarende 95% konfidensinterval (95% CI) direkte eller forudsat den relevante data eller overlevelse kurve, som vi kan bruge til at vurdere HR og 95% CI; (4) Undersøgelsen stikprøvestørrelse var højere end tredive personer.

Data udvinding og ledelse

Vi har designet en standardformular med Access-database i Microsoft Office Suite, der lettede udvinding og input fra data i en tilsvarende blank plot. Databasen blev brugt til at optage de mest relevante data, som omfattede (1) de generelle oplysninger af undersøgelserne (udgivelsesår, gennemsnitsalder og opfølgning, antal patienter, opdaget materialer og metoder, behandling administreres, cancertyper, og evaluering score) og (2) de HRs og tilsvarende 95%-initiativer for OS af patienter med et globalt hypometylering niveau sammenlignet med patienter uden globalt hypometylering niveau. Hele proceduren, én anmeldelse forfatter (Jinhui Li) minerede data fra de inkluderede studier og en anden forfatter (Qingyuan Huang) kontrolleres de udtrukne data. Alle mindre forskelle blev løst ved drøftelser mellem forfatterne.

Undersøgelser giver univariate eller multivariat analyse (eller begge) resultater for overlevelse blev brugt til at aggregere overlevelsesdata. Når relaterede data var tilgængelige direkte fra studierne, vi beregnet den tilsvarende HR og 95% CI ved hjælp af de indirekte metoder beskrevet af Tierney

et al

[17]. Denne fremgangsmåde muliggør anvendelsen af ​​parametrene i de publikationer, såsom OE statistik og varians, antallet af patienter, der udviste gavnlige eller skadelige prognose og af log-rank statistik eller dets

s

-værdi at estimere HR og dens varians ved hjælp af de etablerede formler. Hvis manuskripter tilbydes kun overlevelse kurve, brugte vi Engauge 4.1 software til at opnå de enkelte overlevelsesdata på bestemte angivne tidspunkter, og derefter Excel-tabeller, som Tierney

et al

blev brugt til at opnå de summariske HRs og SNG.

kvalitetsresultat Assessment

for at vurdere den metodologiske kvalitet af studierne, to forfattere (Jinhui Li og Qingyuan Huang) scorede dem i overensstemmelse med retningslinjerne bemærkning. Retningslinjerne bemærkning omfatter følgende fire dele med flere underpunkter: introduktion, materialer og metoder, resultater og diskussion. Hver af disse dele indeholder nogle få elementer, såsom markører undersøgt, biologiske materialer og standard prognostiske variable blandt andre. De to efterforskere scorede kvaliteten af ​​hver publikation uafhængigt, og derefter nået til enighed værdi for hver vare, ved hjælp af en tjekliste, hvor et tidspunkt blev tildelt hver indberettet én. En højere score repræsenterede en bedre metodologisk kvalitet.

Statistisk analyse

For at kvantitativt kombinere overlevelsesdata, vi udpakkede HRs og deres 95% CIs at vurdere virkningen af ​​den globale hypometylering status på tumor prognose. I

2 blev vedtaget for at vurdere heterogenitet blandt undersøgelser [18]. I

2 værdier på 25%, 50%, og 75% svarer til cut-off point for lav, moderat og høj grad af heterogenitet [19]. Hvis antagelsen om homogenitet blev støttet (I

2 25%), den tilfældige effekter model blev vedtaget for at beregne HR henhold til DerSimonian-Laird metoden [20]. Ellers blev det faste effekter model (Mantel-Haenszel metode) anvendes direkte [21]. Derudover har vi også udforskes heterogenitet gennem enkelt variabel meta-regressionsanalyse og undergruppeanalyser ved hjælp af de ovennævnte faktorer. Funnel parceller med Egger regression blev vedtaget at undersøge effekten af ​​publikationsbias. For at bestemme, om de konklusioner, kunne blive påvirket ved at fjerne en eller to studier, vi gennemførte følsomhedsanalyser. Alle forskelle med

p- Drømmeholdet værdi, der var mindre end 0,05 blev betragtet som signifikant. Alle de ovennævnte blev udført ved hjælp af STATA 12,0 software platform (Stata Corporation, College Station, TX, USA).

Resultater

Søgeresultater og karakteristika

I alt af 146 relevante citater blev identificeret til indledende gennemgang ved hjælp af søgestrategier tidligere beskrevne. Baseret på en gennemgang af titler og abstracts, 107 af de oprindelige undersøgelser blev fjernet, fordi de ikke opfylder de oprindelige kriterier for støtteberettigelse. Den fulde ordlyd af de resterende 39 oprindelige undersøgelser blev derefter revideret, og 14 af disse artikler blev elimineret på grundlag af utilstrækkelige data, og en artikel blev udelukket, fordi det var en overlappende publikation. Seks studier omfattede ikke tilstrækkelig overlevelse data, fem studier ikke indeholdt detaljerede oplysninger om globale methylering, fire studier var bare seminar abstracts uden metode til at opnå den fulde tekst, og de resterende fem studier var grundlæggende videnskabelige undersøgelser. Således efter anvendelse af inklusionskriterierne og eksklusionskriterier angivet ovenfor, blev 20 studier inkluderet i analysen (figur 1) [8] – [14], [22] -. [33]

de vigtigste elementer udvundet de 20 undersøgelser, der indgik i meta-analyse er sammenfattet i tabel 1. Blandt disse undersøgelser, 15 forsøg var på LINE-1, og tre undersøgelser fokuserede på LINE-1 og Alu. Et studie var om Alu og lør-α, og en anden undersøgelse undersøgte de tre indekser. Den samlede undersøgte population var 5447, med et gennemsnit på 183 emner pr studie (i intervallet 42 til 2068). Den gennemsnitlige alder af de emner var 58,6 år, med en rækkevidde på 42 til 72 år gammel. Forsøgene blev gennemført i seks lande (Korea, USA, Kina, Thailand, Japan og Italien), og publikationen år varierede fra 2008 og 2013. Den globale DNA methylering niveau blev opdaget gennem fire vigtigste metoder (pyrosekventering methylering, BSP, MSP og COBRA) med to typer hypometylering dividere niveau. Analysen af ​​de biologiske materialer viste, at 15 undersøgelser anvendte vævsprøver, to brugte blodprøver, ét klarede cellekultur af væv prøver, og en anden anvendes knoglemarvsprøver. Den gennemsnitlige vurdering score var 16,5 med en række 14 til 20. Og de tumorer indeholdt forskellige typer, såsom tumorer i fordøjelsessystemet, åndedrætsorganerne tumorer og andre tumorer. Desuden kunne vi direkte opnå de HRs og kreditinstitutter fra 16 af de undersøgelser, mens vi var nødt til at ekstrapolere HRs og cis i de andre fire forsøg fra den grafiske udtryk for overlevelse distributioner.

meta-analyse

En metaanalyse blev anvendt til at analysere de undersøgelser, der blev vedtaget den surrogat indekser (LINE-1, Alu og lør-α) til bestemmelse af graden af ​​genomisk methylering. Brug af random-effects model på grund af den betydelige heterogenitet af undersøgelserne, blev dystre overlevelse resultater observeret for tumor patienter med global DNA hypometylering. De sammenfattende HRs opnået i de undersøgelser, der anvender LINE-1, Alu og lør-a repetitive elementer oplyste også, at den globale DNA hypometylering har betydelige negative virkninger på tumor prognose. De samlede HRs og cis var 1,83 (1,38-2,44), 2,00 (1,16-3,45), og 2,92 (1,04-8,25) med I

2 værdier på 66,6%, 57,1%, og 68,2% hhv. Figur 2 viser resultaterne af skoven plot forklaret ovenfor.

firkanter repræsenterer størrelsen af ​​undersøgelsen og er centreret på HR, og knurhår repræsenterer 95% kreditinstitutter. Et tilfældige effekter (RE) model blev anvendt.

På grund af den relativt høje heterogenitet udstillet i forsøgene aggregerede med hensyn til den samlede overlevelse, analyser meta-regression og undergruppe blev udført for at undersøge heterogenitet de kovariater herunder undersøgelsen placering, antal patienter, gennemsnitsalder, opfølgning, biologiske materialer, hypometylering sats og cut-off, methylering påvisningsmetode, kræftformer, information behandling og kvalitet score. På grund af det begrænsede antal undersøgelser, der brugte Alu (n = 5) og Sat-α (n = 2) til analyse af globale hypometylering og OS forhold, vi kun udførte meta-regression for publikationer om LINE-1 som surrogat globale genomisk methylering. I sidste ende blev det methylering niveau viser sig at være en kilde til heterogenitet (

s

= 0,067), mens de andre variable var ikke (tabel 2). Undergruppen analyser af den samlede overlevelse og global DNA hypometylering status opdaget lidt signifikant sammenhæng i patienter med en global DNA methylering på mindre end 50% (HR, 2,52; 95% CI, 1,72-3,71; I

2, 54,2 %). Men efter stratificering efter gennemsnitlig alder, udgivelsesår, betyde opfølgning, biologiske prøver, der anvendes, hypometylering cut-off, og testmetode, blev ingen signifikante resultater.

offentliggørelse skævhed og følsomhedsanalyse

Vi valgte Egger test til at vurdere publikationsbias. Tragten parceller viste, at alle de inkluderede studier viste ingen tegn på åbenlys asymmetri (

s

= 0,142, figur 3). Desuden følsomhedsanalyse viste, at udeladelsen af ​​en individuel undersøgelse ikke ville påvirke det samlede resultat.

De tragt graf plots den log af hazard ratio (HR) mod standardfejlen af ​​log HR ( en indikator for prøvens størrelse). De åbne cirkler angiver de enkelte undersøgelser. Linjen i midten repræsenterer den poolede HR. Egger test til offentliggørelse partiskhed har ingen betydning (p = 0,322).

Diskussion

Så vidt vi ved, er dette meta-analyse er den første undersøgelse for en systematisk vurdering foreningen mellem global DNA-methylering niveau og tumor prognose. Vores undersøgelse aggregeres resultatet af 5447 prøver fra 20 individuelle undersøgelser. Sammenfattende alle tre surrogat indekser, LINE-1, Alu og lør-α havde vejledende effekt på tumor prognose, og er potentielt uafhængige prognostiske biomarkører [22], [25].

Indledningen mekanisme global DNA hypometylering stadig dårligt forstået og er blevet rapporteret flere faktorer at være impliceret i sådanne processer [28]. Miljømæssige faktorer [34], [35], kemiske giftstoffer [36] – [38], kost og ernæring [39] kan forstyrre den underliggende mekanisme af genom methylering og kan ændre niveauet for den globale DNA methylering [40]. Enzymer i forbindelse med DNA-methylering, såsom DNMT1, DNMT3a, DNMT3b [41], og TET1-3 [42], [43] kan være mål for exogene eller endogene forbindelser og forstyrrelsen af ​​dem kan resultere i DNA hypometylering.

Den mekanisme, hvormed globale DNA hypometylering giver en dårlig tumor prognose stadig at blive fuldt udforsket. Hele genomet DNA hypometylering er blevet vist at være associeret med genomisk ustabilitet. Den globale tab af methylcytosin er blevet foreslået at kompromittere genrepression i genomiske regioner, der normalt er tavs i normale celler, og denne virkning kan resultere i genekspressionen af ​​proto-onkogener eller prægede gener, såvel som aktiveringen af ​​virale og parasitære transposoner, som alle vil bidrage til genomisk instabilitet [29]. Desuden har DNA hypometylering fast påvist at forøge immunogeniciteten og immungenkendelse af cancerceller gennem opregulering af forskellige molekyler, der er involveret i antigen-pro-afgivende og præsentation, herunder HLA klasse I antigener og co-stimulerende molekyler [44]. En anden forklaring er, at den globale hypometylering kan påvirke transkriptionel dysregulering, derefter proto-onkogener endogene retrovirus, og det er også muligt, at transposerbare elementer kan actived, og disse kan påvirke tumor aggressivitet [25].

I denne analyse , heterogenitet varet i undergruppen af ​​indekset LINE-1 med en i

2 af 66,6%. Kilden til inter-studie heterogenitet stede i OS fundet i denne analyse blev vurderet gennem meta-regression og undergruppe analyse. Resultaterne viser, at andelen af ​​hypomethylated prøve af kræftpatienter kan forklare en del af den inter-studiet heterogenitet (

s

= 0,067). Desuden undergruppen analyse viser, at procentdelen af ​​hypomethylated prøve af kræftpatienter havde en oplagt forhold til patienternes prognose i gruppen med en hypometylering niveau mindre end 50% (HR, 2,52; 95% CI, 1,72-3,71) og ikke i gruppen med et hypometylering niveau højere end 50%. Derfor blev tilfældige modeller vedtaget. Denne anderledes kan tilskrives flere årsager, hvoraf den ene er den manglende detaljerede oplysninger om medicin disse patienter. Som methylering er reversibel, hvis patienterne havde brugt stoffer, der påvirker DNA-methylering, den epigenetiske biomarkør vil blive påvirket af behandling. Derudover kan de biologiske prøver, der anvendes påvirke methylering sats. Desuden kan demethylering også være cancer-specifik, dvs., kan nogle genomsekvenser udviser differentieret modtagelighed for DNA hypometylering. Endvidere kan graden af ​​globale hypometylering markant afhænge af kræft histologiske subtype [29]. Helt, den samlede analyse af alle de undersøgelser af forskellige typer af kræft, der anvendes i denne meta-analyse viser den prædiktive værdi af den globale DNA hypometylering for skadelig overlevelse hos kræftpatienter. Men selv om nogle faktorer havde ingen signifikant indflydelse, vi kan ikke helt udelukke muligheden for, at nogle af disse kovariater potentielt kan forklare en del af den heterogenitet, som magt meta-regressionsanalyse var kendt for at være lav. Hertil kommer, på grund af det begrænsede antal undersøgelser af Alu og lør-α inkluderet, meta-regression og undergruppe analyser kunne ikke gennemføres for disse indekser baseret på stabilitet af resultatet. Desuden undergruppen analyse af de metoder, der anvendes til at vurdere DNA methylering status afslørede, at pyrosekventering metode var signifikant bedre (HR 0,54; 95% CI, 0,15-0,93) for gennemgangen af ​​status methylering af biosamples sammenlignet med andre metoder. Som for afskæringsværdi af hypometylering blev medianen anvendes i langt størstedelen af ​​de inkluderede studier, og undergruppe analyse af “dikotomi” viste også meningsfuld prædiktiv betydning af dårlig prognose (HR: 2,15; 95% CI: 1,25-3,71 ). Således pyrosekventering med median som en cut-off kriteriet hypomethylering kan være det optimale valg for klinikere, der har brug for at forudsige patientens prognoser baseret på deres genom methylering status. Dette fund er i overensstemmelse med tidligere rapporter dem viste, at pyrosekventering er et ideelt værktøj til diskrimination af status methylering af patienter med forskellige kliniske karakteristika [45], [46].

Som alle de tre indekser udstillet den tilsvarende prædiktiv værdi, og i forskellige kliniske kohorte og case-control studier, LINE-1 er blevet vedtaget som en prædiktiv biomarkør for overlevelsen af ​​tumor patienter [45], [47], kan vi konkluderede, at LINE-1 alene eller ledsaget af to andre biomarkører bør være kirurgernes påskønnelse. Disse indekser er almindelige i de fleste cancertyper [48], og nogle publikationer viser, at forudsigelsen af ​​effekten vil være bedre ved at kombinere detektering af to eller tre indikatorer [11], [22], [49], selv om disse endnu har brug for yderligere undersøgelser. Desuden, nogle kliniske forsøg om methylering er under research, såsom epigenetiske lægemidler (f.eks, DHA, IHD eller andre kliniske forsøg et al), kombineres med disse prædiktive biomarkører, vil belyse disse maligne tumor patienter og kliniske læger [50], [51].

følsomhedsanalyse udført i denne undersøgelse viste, at vores pooled skøn over effekten var robust og ikke ændre mærkbart i de forskellige testede scenarier. Desuden metaanalysen omfattede data fra en lang række lande, hvilket indikerer, at resultaterne er mere repræsentative. Dette kan tilskrives det faktum, at vi har fulgt disse to retningslinjer strengt og brugte en streng søgestrategi og udvælgelseskriterier. Desuden det vigtigste skridt i søgestrategien var, at vi ikke begrænser sproget til engelsk. Dette resulterede i evalueringen scores er relativt højere, det vil sige de kvaliteter af de undersøgelser, udvalgte var større. Men inddragelsen af ​​upublicerede studier og konference abstracts i vores analyse, at antage, at der kan udføres den tilsvarende vurderingsmetode og meta-analyse, vil forbedre resultaterne.

Vi anerkender, at vores metaanalyse lidt fra flere begrænsninger på trods af vores forsøg på at udføre en omfattende analyse. Et af de vigtigste begrænsninger er heterogenitet af de tre indeks grupper. LINE-1, lør-a, og Alu repetitive elementer udstillet median heterogenitet (I

2 værdier på 66,6%, 57,1% og 68,2%, henholdsvis). Dette kan skyldes, at den meta-analyse var en undersøgelse analyse og ikke en individuel analyse. Desuden er stikprøvestørrelse på indekser af Sat-α, og Alu er lidt lille (5 og 2) at være særlig stærk til at udforske kilderne til deres heterogene kan eksisteret, selvom kvaliteten af ​​disse papirer er stor. vores omfattende analyse viste imidlertid, at hypometylering sats er en kilde til heterogenitet og vi forudsat generelle forklaringer på denne opdagelse. Desuden er det kun en af ​​de undersøgelser, der indgår i vores meta-analyser anvendte metode til Q-MSP, og dens fjernelse ikke påvirke resultaterne, som bestemt ved den følsomhedsanalyse var upåvirket ved fjernelse af det. Endelig, selv om Egger test foreslog en

p-

værdi = 0,142, tragten plot giver nogle mindre beviser for asymmetri mellem de inkluderede studier, hvilket indikerer, at nogle epidemiologisk forskning skævhed eksisterer. Nogle af de begrænsede stikprøvestørrelser kan uundgåeligt øge bias risiko eller risiko for tilfældige fejl, fordi kun 20 studier (19 publikationer) blev inkluderet i metaanalysen. Men fordi vi udførte en omfattende gennemgang af litteraturen med strenge evalueringskriterier, snesevis af disse undersøgelser var relativt højere. Den gennemsnitlige score var 16,5 (interval på 14 til 20) i overensstemmelse med retningslinjerne bemærkning. Derfor alle undersøgelser var af god kvalitet.

På baggrund af resultaterne af denne meta-analyse, støtter vi den hypotese, at tumor patienter med global hypometylering i alle de bestande anses har dystre prognoser. Fra synspunkt klinikere, at brugen af ​​”median” som hypometylering benchmark, og under anvendelse af pyrosekventering detektere LINE-1 alene eller kombineret med andre to biomarkører methylering niveau af biologiske prøver fra en patient kan være en nyttig måde at forudsige deres patienternes resultat, og hvis der registreres lav methylering, en styrkelse behandling, såsom anvendelse af postoperativ strålebehandling og kemoterapi [52], [53], eller nogle type intervention behandling og immun-terapi [7], [54], bør blive overvejet. Imidlertid er yderligere validering nødvendig for at vurdere, om denne epigenetiske biomarkør bør anvendes i rutinemæssig klinisk anvendelse som prognostisk redskab for patienter med forskellige tumorer. Fremtidige undersøgelser bør have en strengere design, større stikprøvestørrelser (for at øge den statistiske effekt af resultaterne), ensartet analysere overlevelse resultater og niveauet for hypometylering, og overensstemmende bio-prøver. Desuden fremtidige studier kræver brug af en lang og specificeret opfølgningsperiode for at bekræfte disse resultater.

Støtte oplysninger

Tjekliste S1.

PRISMA Tjekliste

doi:. 10,1371 /journal.pone.0106290.s001

(DOCX)