PLoS ONE: decifrere genomiske Ændringer i kolorektal cancer gennem Transcriptional Undertype-Based Network Analysis

Abstrakt

Både transkriptionelle undertype og signalering netværk analyser har vist sig nyttig i kræft genomforskning. Men disse to tilgange normalt anvendes i isolation i eksisterende undersøgelser. Vi ræsonnere, at decifrere genomiske ændringer baseret på kræft transkriptionelle undertyper kan hjælpe afsløre undertype-specifikke driver netværk og give indsigt til udvikling af personlige terapeutiske strategier. I denne undersøgelse, vi definerede transkriptionelle undertyper for tarmkræft (CRC) og identificerede driver netværk /veje for hver undertype. Anvendelse konsensus clustering til en patient kohorte med 1173 prøver identificeret tre transkriptionelle undertyper, som blev valideret i en uafhængig kohorte med 485 prøver. De tre undertyper var præget af forskellige transkriptionelle programmer relateret til normal voksen kolon, tidlig kolon fosterudvikling, og epitelial mesenkymale overgang, hhv. De viste også statistisk forskellige kliniske resultater. For hver undertype, kortlagt vi somatiske mutation og kopi nummer variation data på en integreret signalering netværk og identificerede subtypespecifik driver netværk ved hjælp af en random walk-baseret strategi. Vi fandt, at genomiske ændringer i Wnt signaling pathway var almindelige blandt alle tre undertyper; dog unikke kombinationer af pathway ændringer herunder Wnt, VEGF og Notch kørte distinkte molekylære og kliniske fænotyper i forskellige CRC undertyper. Vores resultater giver et sammenhængende og integreret billede af human CRC, der forbinder genomiske ændringer af molekylære og kliniske konsekvenser, og som giver indsigt til udvikling af personlige terapeutiske strategier for forskellige CRC undertyper

Henvisning:. Zhu J, Wang J , Shi Z, Franklin JL, Deane NG, Coffey RJ, et al. (2013) decifrere genomiske Ændringer i kolorektal cancer gennem Transcriptional Undertype-Based Network Analysis. PLoS ONE 8 (11): e79282. doi: 10,1371 /journal.pone.0079282

Redaktør: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, USA

Modtaget: August 19, 2013; Accepteret: September 20, 2013; Udgivet 15. november, 2013