PLoS ONE: Foreningen mellem DNA Copy Number Afvigelser på kromosom 5q22 og Gastric Cancer

Abstrakt

Baggrund

mavekræft er almindelige kræftform. Opdage nye genetiske biomarkører kan hjælpe til at identificere højrisiko-individer. Kopital variation (CNV) har for nylig vist at påvirke risikoen for flere kræftformer. Formålet med denne undersøgelse søgt at teste sammenhængen mellem kopi nummer på en variant region og GC.

Metoder

I alt 110 gastrisk kræftpatienter og 325 raske forsøgspersoner blev indskrevet i dette studere. Vi søgte efter en CNV og fundet en CNV (Variation 7468), der indeholder en del af

APC

gen,

SRP19

genet og

REEP5

gen. Vi valgte fire sonder målrettet på

APC-intron8

,

APC-exon9

,

SRP19

REEP5

at afhøre denne CNV. Specifikke Taqman prober mærket med forskellige reporter fluorophorer blev anvendt i en real-time PCR platform til opnåelse kopital. Både de oprindelige ikke-heltal data og transformerede heltal data om kopi antal blev anvendt til analyser.

Resultater

Gastric Caner patienter havde en lavere ikke-heltal antal kopier end kontrol for

APC-exon9

sonde (Justeret p = 0,026) og

SRP19

sonde (Justeret p = 0,002). Analysen af ​​heltal kopi nummer gav et lignende mønster, selv om mindre væsentlige (Justeret p = 0,07 for

APC-exon9

sonde og Justeret p = 0,02 for

SRP19

sonde).

Konklusioner

Tab af en CNV ved 5q22, især i DNA regionen omkring

APC-exon 9

, kan være forbundet med en højere risiko for mavekræft.

Henvisning : Tsai PC, Huang SW, Tsai HL, Ma CJ, Hou MF, Yang IP, et al. (2014) Sammenslutningen mellem DNA Copy Number Afvigelser på kromosom 5q22 og Gastric Cancer. PLoS ONE 9 (9): e106624. doi: 10,1371 /journal.pone.0106624

Redaktør: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, USA

Modtaget: April 29, 2014 Accepteret: 30 Juli 2014; Udgivet: 11 September, 2014

Copyright: © 2014 Tsai et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Data Tilgængelighed:. Det forfattere bekræfter, at alle data, der ligger til grund resultaterne er fuldt tilgængelige uden restriktioner. Alle relevante data er inden for papir og dens Støtte Information filer

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af tilskud fra Kaohsiung Medical University Hospital (KMUH98-8I04, KMUH98-8G05, KMUH99-9R03), Excellence for Cancer Research center Grant gennem finansiering fra Department of Health, Executive Yuan, Taiwan, Kina (MOHW103-TD-B-111-05), og National Science Rådet for Republikken Kina (NSC 99-2320-B- 037-014-MY3, NSC 94-2314B037-104). Grundlæggerne havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

mavekræft (GC) er den fjerde mest almindelige kræftform, og den tredje hyppigste årsag til kræftdødsfald i hele verden hos mænd; den femte mest almindelige cancer og den femte hyppigste årsag til kræft død hos kvinder [1]. Ifølge Det Internationale Agentur for Kræftforskning (IARC), Japan, Kina og Korea har en højere forekomst af GC [2]. I Taiwan, GC var den sjette væsentlig årsag til kræft dødsfald i 2010 (https://www.doh.gov.tw/statistic/index.htm; tilgås i juni 2011). Mavekræft er meget kompleks og udviser heterogenitet i kliniske, biologiske og genetiske aspekter. Kendte miljømæssige faktorer, der påvirker GC omfatter

Helicobacter pylori (H. pylori)

infektion, kostvaner, rygning, familie historie, og køn (en højere han-til-kvinde-forhold) [3]. Som familiens historie er en væsentlig risikofaktor for GC, de seneste undersøgelser har fokuseret på de genetiske faktorer, der spiller en rolle i GC. Flere forskere har dokumenteret de genetiske ændringer, der er involveret i udviklingen af ​​GC [4].

mavekræft ofte udviser sen klinisk præsentation, og det er normalt diagnosticeres i fremskredent stadium og bærer en dårlig prognose. Tidlig påvisning af GC er afgørende for at forbedre terapeutisk effekt og reducere dødeligheden derfor identificere relevante genetiske biomarkører kan hjælpe i tidlig påvisning af GC. Et stort antal associationer mellem strukturelle genomiske forandringer og sygdomme modtagelighed er blevet bragt i orden [5], [6]. Flere specifikke genetiske ændringer, herunder dobbeltarbejde og mutation er blevet mistænkt eller bevist at være relateret til GC progression [7]. DNA kopi nummer variationer (CNVs) er almindelige i flere kræftformer og andre sygdomsområder endpoints. Variationer i DNA-kopital kan være en indikator for høj risiko for GC i individer. Brug komparativ genomisk hybridisering (CGH) /matrix-CGH (aCGH) analyse, har flere genomiske regioner blevet fundet i GC celler eller GC patienter at få gevinster på DNA-regioner, herunder 3q26-28, 7p12-15, 7q21-22, 8q21-24 , 13q21-23, 17q21-22, 20p12, og 20q11-13 og tab af DNA-regioner, herunder 4q26-27, 5q14-22, 9p21-23, 17p12-13, og 18q22 [8] – [13]. Disse resultater indikerer, at mønstrene for kromosomal ustabilitet kan korrelere med klinik-patologiske karakteristika GC.

Tidligere undersøgelser har dokumenteret abnormiteter i adenomatøs polypose coli (

APC

) genet ved kromosom 5q22 til resultat i familiær adenomatøs polypose (FAP), arvelig ikke-polypose coloncancer og andre kræftformer [14] – [16]. De fleste hyppige tab af antal kopier ved 5q22 i GC patienter forskel race er sammenfattet i tabel S1 i File S1 [8] – [10], [12], [13], [17] – [22]. Undersøgelser rapporterede, at 15,4% på Japansk [10], 35% i Korean [21], og 21% i Turk [20] af GC patienter havde genmutationer ved 5q14-22. er fundet Tab af kopi nummer på kromosom 5q22 at være signifikant associeret med histologisk type, [13], [18], [19], lymfeknude status [12] og metastase [12] i GC patienter. Ud over forholdet til gastrisk cancer, blev 5q tab også ofte involveret i præmaligne fase [17], [22]. Disse undersøgelser har vist, at

APC

gen kan spille en væsentlig rolle i GC. Derfor, i denne undersøgelse, testede vi sammenslutningen af ​​kopi nummer på 5q22 med GC i den taiwanske befolkning.

Metoder

studiepopulation

I alt 110 GC patienter og 325 raske kontrolpersoner blev inkluderet fra Kaohsiung Medical University Hospital i Taiwan. Alle patienter var enten taiwanske eller fastlandet kinesisk. Tilstedeværelsen af ​​GC blev også patologisk bekræftet. Den histologiske klasse blev klassificeret i henhold til kriterierne i Lauren [23]. Tumoren iscenesættelse var i overensstemmelse med den amerikanske Blandede Cancer (AJCC) iscenesættelse systemet [24]. Forsøgspersoner med andre maligniteter blev udelukket fra undersøgelsen. De kontrolpersoner var raske frivillige, som deltog i regelmæssige helbredsundersøgelser checkups på det samme hospital. Ingen af ​​kontrollerne havde personlige historie af kræft eller andre diagnosticerede betydelige gastrisk lidelser ved indskrivning. Undersøgelsen protokoller og metoder blev godkendt af Institutional Review Board of Kaohsiung Medical University Hospital. Alle deltagere forudsat skriftligt informeret samtykke forud for påbegyndelsen af ​​studiet.

Vælg kandidat CNV af GC-relaterede

Den kandidat CNVs omfatter den

APC

gen på kromosom 5q22 blev hentet fra en offentlig database (database af genomiske varianter, DGV, https://projects.tcag.ca/variation~~number=plural). Indtil november 2010 database angivet fysiske positioner for 66,741 CNVs beliggende i 15,963 almindelige CNV regioner. Blandt dem var en CNV (Variation 7468) ved 5q22 der spænder 127,5 kb (kromosom placering: 112.138.707 til 112.266.194, baseret på NCBI bygge 36 /hg18 udgave), der dækker en del af

APC

gen og

SRP19

gen ved den forreste DNA-streng og

REEP5

gen på den modsatte DNA-streng. Baseret på array CGH data fra 50 raske French men, hyppigheden af ​​gevinst og tab af kopier på dette område var 2% og 2%, henholdsvis [25]. Litteraturen viser seks mutationer i den alternativt splejsede område af exon 9 i

APC

gen at være forbundet med FAP [26] og tyktarmskræft [27], men ingen er blevet rapporteret i forbindelse med GC.

Vi valgte to tilstødende sonder forhører intron8 og exon9 af

APC

gen henholdsvis én probe for

SRP19

gen, og en sonde for

REEP5

gen til påvisning af kopiantallet af denne CNV henviser

RPPH1

blev anvendt som en reference-gen. Disse prober er kommercielt tilgængelige fra TaqMan (Applied Biosystems Inc (ABI), CA, USA) og deres detaljerede oplysninger om genomer (build 36 /hg18) er vist i tabel S2 i File S1 og fig S1 i File S1.

Genomisk DNA-fremstilling og real-time PCR for kopiantal detektion

DNA-isolering blev udført ved anvendelse af kommercielt tilgængelige DNA-isolering kits (QIAamp DNA mini kit, Qiagen, Hamburg, Tyskland). RNase A (Qiagen) blev anvendt til at fordøje enkeltstrenget RNA til isolering af RNA-fri DNA. Genomisk DNA blev ekstraheret fra perifere blodleukocytter. DNA blev kvantificeret først ved UV-absorption (Beckman DU 640 spektrofotometer, Beckman Coulter, Brea, CA, USA) og derefter forstærket af Real-Time PCR. DNA-koncentrationer blev justeret til 10 ng /pl før genotypebestemmelse. Real-Time PCR blev udført under anvendelse af TaqMan prober i en ABI 7900HT Real-Time PCR instrument (ABI). Kommercielt tilgængeligt FAM farvestof-mærkede prober blev designet til at forstærke den

APC

,

SRP19

og

REEP5

. VIC dye-mærket

ribonuklease P RNA-komponent H1 (RPPH1)

blev anvendt som den endogene kontrol, fordi

RPPH1

har præcis to kopier pr diploid menneskelige genom, som er placeret på kromosom 14q11.2 [ ,,,0],28]. Primere og prober blev konstrueret ud fra genomisk sekvens (build 36 /hg18) under anvendelse af ABI proprietær software. Det TaqMan kopi nummer assay indeholdt 1 pi

APC, SRP19 eller REEP5

sonde (20x, FAM-mærket), 1 pi

RPPH1

probe mix (20x, VIC-mærket), 10 pi TaqMan Universal PCR Master Mix (2x), 1,5 pi genomisk DNA og 6,5 pi vand. Amplifikationsprotokollen anvendes til reaktionen er 95 ° C i 10 minutter, efterfulgt af 95 ° C i 15 sek og 60 ° C i 1 min i 40 cykler. En manuel tærskelcyklus tærskel (Ct) på 0,2 og en automatisk baseline blev anvendt til at detektere skabelon mængde målgener og

RPPH1

genet ved en sekvens detektionssystem software (ABI, version 2.4). For hver prøve, fire prober (

APC-intron8, APC-exon9, SRP19

og

REEP5

) blev udført sammen med en intern kontrol. De mål sonder og intern kontrol blev læsset på samme brønd og hver reaktion blev udført i firdobbelte. CopyCaller software (ABI, version 1.0) blev anvendt til at beregne heltal kopiantallet af hver probe baseret på realtids-PCR data. Vi beregnede middelværdi og standardafvigelse (SD) af firdobbelte af ACt for hvert fag. For at kontrollere for datakvalitet, blev data filtreret ved hjælp af tre trin. Kun de emner, der har bestået alle tre trin i data kvalitetskontrol blev anvendt i de efterfølgende analyser.

Kopier nummer kvalitetskontrol

Til kvalitetskontrol af dataene, kopien antal hver probe fra det virkelige -tid PCR blev filtreret af tre trin. I det første trin blev dataene fra individuelle real-time PCR kørsler undersøgt. Følgende kriterier blev anvendt til at udelukke til analyse: 1) VIC Ct 32, muligvis på grund af en manglende evne til at forstærke den interne

RPPH1

signal, 2) enhver sonde med ACt 4,0 eller 3) FAM Ct 40 . Data, der mødtes med de to sidstnævnte kriterier foreslog svigt af forstærkning af mål sonder, og derfor dataene blev betragtet som upålidelige. Efter det første skridt, vi beregnet den gennemsnitlige ACt for hver undersøgelse emne.

Det andet skridt var at udelukke outlier af middelværdien ACt hjælp ± 3 SD’er som cutoffs. Efter det første og andet trin, blev kopiantallet af hver probe for hver enkelt beregnet ved formlen 2

-ΔΔCt × 2. Følgelig kan kopiantallet ikke være et heltal. I betragtning af, at kopien nummeret er teoretisk et heltal, vi yderligere fulgt retningslinjerne i CopyCaller software til at estimere helt tal på hver kopi nummer ved hjælp af automatisk maksimal sandsynlighed analysemetode baseret på sandsynlighedsfordeling på tværs af alle prøver.

Endelig ifølge fordelingen af ​​heltal kopitallet blev et standardiseret z score og den tillid værdi beregnes. En højere absolutte værdi for den standardiserede z score og en lavere tillid værdi underforstået større variation. Som foreslået af brugerens retningslinjer CopyCaller software (ABI, version 1.0), det tredje trin for data kvalitetskontrol er at udelukke eventuelle prøver, der mødtes med begge af følgende kriterier: 1) den absolutte værdi af z score 2,65 og 2) den tillid værdi 0,9. Kun de deltagere, der bestået alle tre trin i data kvalitetskontrol blev anvendt i de efterfølgende analyser.

Statistisk analyse

Da kun et par af deltagerne havde en kopi antal større end 3 eller mindre end én, blev kopitallet kategoriseret i tre grupper (≤1, = 2 eller ≥3). For at teste for sammenhængen mellem den kategori af eksemplar nummer for hver probe og sygdomsstatus, brugte vi logistisk regression med justeringer for alder og køn. Odds ratio (OR) og deres 95% konfidensintervaller (CIS) blev beregnet. Vi beregnede også konkordansen på kopi nummer kategori på tværs af de fire prober. Den Cochran-Armitage trend test blev anvendt til at finde den lineære sammenhæng mellem kopi antal mål sonder og GC risiko. Students t og Mann-Whitney U (hvis ikke normalt fordelt) blev anvendt til at sammenligne kopitallet af hver probe mellem GC patienter og raske kontroller. En to-halet p værdi 0,05 blev betragtet som statistisk signifikant. Statistiske analyser blev udført af JMP software version 9.0 (SAS Institute Inc., NC, USA).

Resultater

Undersøgelse emner

Alle 110 GC patienter og 325 kontrolpersoner havde kopiantallet information for mindst ét ​​af de fire prober ved 5q22. Fordelingen af ​​kopital værdier for hver probe er vist i figur 1. GC patienter var signifikant ældre end de raske kontroller (alder; middelværdi ± SD: GC patienter = 66,5 ± 13,8, Controls = 62,5 ± 9,7; p = 0,001). Mænd udgjorde en større andel (61,8%) af GC patienter, men de omfattede kun 46,4% af de raske kontroller (p = 0,005). Blandt GC patienter, 55 havde

H. pylori

infektion, 28 blev ikke smittet af

H. pylori,

og 27 havde ingen sådanne oplysninger. 37 af GC patienter havde histologisk Lauren klassificering (19 diffus, 16 tarm, og 2 blandede undertyper); 34 havde differentiering bedømmelse (3 veldifferentieret, 9 moderat differentieret og 22 dårligt differentierede); 45 havde AJCC tumor stadie (12 fase I, 7 trin II, 13 fase III, og 13 trin IV).

A.

APC_intron8

; B.

APC_exon9

; C.

SRP19

; D:

REEP5

. * Linje repræsenterer medianen værdien af ​​den ikke-heltal kopi nummer på GC grupper og sunde grupper,

† Adj_p:. Regulering for alder og køn

associering mellem CNV og mavekræft

Som forventet, de fleste af deltagerne i undersøgelsen havde 2 kopier af den nærliggende CNV segmentet: spænder fra 78,2 til 92,6% blandt de 4 sonder i kontrollerne og 87,3-93,6% i GC patienter. Den samstemmende sats for kopitallet på tværs af de 4 sonder varierede fra 80,5 til 93,1% (tabel S3 i File S1). Dette eksemplar nummer var ofte variabel i et større område af kendte funktionelle

APC

og

SRP19

. Derfor kan variationerne udgør afstanden længde og funktionelle variationer (Tabel S3 i File S1). For sonden af ​​

APC-exon9

, 9,1% af GC patienterne tilhørte kopiere nummer kategori 3, mens 17,5% af kontrollerne var i kategori 3 (OR = 0,48, 95% CI: 0,22-0,93; rå p = 0,04, alder /køn-justeret p = 0,07, tabel 1). Tilsvarende færre GC patienter var i kategori 3 sammenlignet med kontrolpersoner for de øvrige tre sonder, men forskellene var ikke signifikant (tabel 1). Endvidere blev der observeret en dosisafhængig relation mellem GC- og kopiantallet af sonden til

APC-exon9

(tabel 1). Dette indebærer, at kontrollerne tendens til at have en større andel af gevinst på kopiantal end sager med en trend p-værdi på 0,026 (alder /køn justeret p = 0,067 for trend test).

Fordi kopiantal blev estimeret ud fra den realtids-PCR-data, den oprindelige kopiantal var ikke et heltal og normalt ikke fordelt. Derfor kan vi også teste den ikke-parametriske associering mellem de ikke-heltal data om kopiantallet og sygdomsstatus. De medianer og interkvartile intervaller (IQRs) af kopi antallet af hver probe (

APC-intron8, APC-exon9, SRP19

og

REEP5

) blev sammenlignet mellem GC patienter og raske kontroller ( tabel 1). Svarende til resultaterne fra heltal kopi nummer, GC patienter havde en signifikant lavere kopi antal i forhold til kontrollerne til

APC-exon9

(rå p for t-test = 0,006, rå p for Mann-Whitney U test = 0,013, køn /alder-justeret p = 0,026) og

SRP19

(rå p for t-test = 0,0004, rå p for Mann-Whitney U test = 0,017, køn /alder-justeret p = 0,002) prober (Figur 1B og Figur 1C). Der var ingen signifikant forskel for de andre to CNV prober (

APC-intron8

REEP5

) (figur 1A og figur 1D). Yderligere analyse af sammenhængene mellem kopi nummer og GC kliniske patologiske klassificeringer, viste resultaterne, at nogen væsentlig kopi nummer forskel på exon-9 af

APC

gen uanset histologiske, differentiering kvaliteter eller TNM stadie, der måske grundet små stikprøvestørrelser (tabel 2).

diskussion

Denne undersøgelse brugt 4 sonder til at undersøge sammenhængen mellem kopi nummer variation på kromosom 5q22 og GC. Denne region omfatter tre gener: 3′-enden af ​​

APC

gen, hele

SRP19

gen, og den 3 ‘

REEP5

gen. For sonden af ​​

APC-exon9

, kontrollen havde højere kopital værdier end GC patienter i alle tre analyser (dvs. kopiantallet kategorien trend test, og ikke-heltal kopital). Sonden af ​​

SRP19

også havde en signifikant højere kopi nummer (baseret på eksemplar nummer kategori og ikke-heltal analyser) i kontrollerne end i GC patienter. For

APC-intron8

REEP5

sonder, kopien talværdier var ikke signifikant forskellig mellem GC patienter og kontrolgruppen i nogen af ​​de tre analyser. Resultaterne af denne undersøgelse viser, at et reduceret kopital i region denne CNV kan være forbundet med en højere risiko for mavekræft.

APC

gen indeholdende 15 exons er placeret på kromosom 5q21-22. De fleste mutationer af

APC

gen blev observeret i exon 15 i FAP-patienter [26] og GC patienter [29]. Seks mutationer i den alternativt splejsede område af exon 9 er blevet dokumenteret at være forbundet med FAP [26] og tyktarmskræft [27], men disse mutationer er ikke blevet rapporteret at være associeret med GC. Denne undersøgelse er den første til at rapportere sammenhængen mellem antal kopier på

APC-exon9

og GC. En mulig Wnt /β catenin /Tcf signalering transduktion pathway associeret med APC er blevet rapporteret for GC [30]. En hovedfunktion APC menes at regulere fri β catenin og så tab af APC-funktion kan resultere i ustabilitet af β cateninkomplekset og den cellulære ophobning af β catenin. Efter translokation til cellekernen, β catenin tjener som en aktivator af T-celle faktor-afhængig transskription, hvilket fører til en forøget ekspression af flere specifikke målgener som kan være involveret i forekomsten af ​​gastriske læsioner, der spænder fra kronisk gastritis, gastrisk atrofi, intestinal metaplasi , dysplasi endelig gastrisk adenocarcinom [31].

CGH platformen har været meget anvendt til cancer studier, og proberne ifølge denne platform ofte dækker en DNA-region af mere end 1 kb DNA-region. Derfor er CGH fremgangsmåde begrænset i indkredsning CNV segmenter, når ændringerne er mindre end 1 kb. I denne undersøgelse anvendte vi specifikke TaqMan prober mærket med forskellige reporter fluoroforer (VIC og FAM) i en enkelt reaktion. Denne fremgangsmåde tillod os at detektere en mere subtil DNA forandring. PCR-amplifikation for hver afprøvet probe baseret på ABI TaqMan er blevet vurderet til at være næsten 100% effektiv [32]. For nylig er denne metode blevet bredt anvendt til andre sygdomme, såsom aldersrelateret maculadegeneration og allergisk astma [33], [34]. Før kopi nummer genotypebestemmelse, blev vores genomiske DNA-koncentrationer strengt kvantificeres og styres ved hjælp af to uafhængige metoder: UV-absorbans (rationel forhold vifte af OD 260/280: 1,8 ± 0,2) og PCR-amplifikation af

RPPH1

(rationel Ct rækkevidde af VIC: 25-27). Amplifikation af

RPPH1

blev udført ved den samme brønd som probe til at beskytte mod kunstige variationer (såsom forskelle i DNA lastning eller fejlagtig detektion af nul-genotype). Derfor kan vores metode anses for at være pålidelige til kvantitativ karakterisering af fragmentarisk CNV. Baseret på de tidligere CGH eksperimenter, har undersøgelser rapporteret, at 2% af tab eksemplarer og 2% af gain kopier på 5q22 hos raske franske mænd [25]. Vi anvendte TaqMan prober, der har en højere opløsning til at detektere en mindre område af kopital variation, og fandt, at procentdelen af ​​tab eksemplarer på 4 prober lå mellem 0 til 2,7% i de sunde taiwanske. Men en højere andel af gevinst kopier spænder fra 2,7% (

REEP5

) til 14,1% (

APC-exon9

), blev observeret i de raske mænd. Svarende til dataene for mandlige deltagere, hyppigheden af ​​gevinst kopier af

APC-exon9

var også høj for kvindelige deltagere (20,2% af gain kopier). Men en anden undersøgelse undersøger den japanske befolkning også rapporteret en højere andel (20,6%) af gevinst kopi nummer på 5q hvor vores undersøgt CNV ligger [9].

Som forventet fleste deltagere havde 2 eksemplarer af CNV segment blandt de fire sonder i alle fag. Kun en 80% overensstemmende blev observeret mellem kopi tal er målt af

APC-exon9

sonde og

SRP19

sonde (tabel S3 i File S1). Dette er faktisk den laveste konkordans på alle de parvise kurser mellem proberne, alligevel blev begge prober signifikant associeret med GC. Det er muligt, at variation 7468 er ikke en kontinuerlig CNV, men det anses det, fordi det blev identificeret ved anvendelse matrix CGH, en teknik med en lavere opløsning end de disponible dag (dvs., kan det bestå af flere kortere regioner med variable kopiantal) . Derfor kan den variable grænse af genet indsnævres fra

APC-exon9 at SRP19

. For så vidt angår den forreste del af

APC-exon9

angår, hvorvidt andre variable regioner forbundet med GC eksisterer kræver yderligere udforskning. I denne undersøgelse var der ingen signifikante forskelle i kopi tal mellem GC patienter og kontroller i

APC-intron8

endda

APC-intron7 Hotel (data ikke vist).

som det er tilfældet med de fleste forskningsindsats, vores undersøgelse havde begrænsninger. Prøven størrelse anvendt i denne undersøgelse måske ikke været tilstrækkeligt til at påvise en CNV med en lille effekt. Desuden har vi begrænset information om klinikken patologiske karakteristika (såsom

H. Pylori

infektion, histologiske kvalitet, differentiering kvalitet og tumor stadie gør det vanskeligt for test interaktion af CNV og disse parametre. Flere emner var nødvendige for at bekræfte dette resultat i fremtiden. Afslutningsvis underskud i et CNV ved 5q22 (Variation 7468), især i DNA regionen omgivende APC-exon 9, kan være forbundet med en højere risiko for mavekræft. et tab af denne CNV kan tjene som en roman biomarkør for at identificere højrisiko-individer. Ikke desto mindre er en stor forening-undersøgelse berettiget at bekræfte nytten af ​​denne biomarkør og den detaljerede mekanisme stadig mangler at blive afklaret.

Støtte Information

File S1.

Kombineret Støtte Information fil. tabel S1 i File S1. Genetisk abnormitet ved kromosom 5q22 i GC undersøgelser. tabel S2 i File S1. oplysninger fra fire sonder på kromosom 5q22 og intern sonde på kromosom 14q11. tabel S3 i File S1. konkordansen af kopiere tal mellem hver tilstødende probe (110 GC patienter og 325 raske kontrolpersoner). Figur S1 i File S1. Placeringen af ​​de fire sonder på CNV indeholder

APC /SRP19 /REEP5

gener

doi:. 10,1371 /journal.pone.0106624.s001

(DOCX)