PLoS ONE: Next-Generation Sekventering af lungekræft EGFR Exon 18-21 Giver Effektiv Molekylær Diagnostik af Små rutineprøver (Cytologi og biopsi)

Abstrakt

Udvælgelse af patienter med lungecancer til behandling med tyrosinkinaseinhibitorer rettet mod EGFR kræver en identifikation af specifikke

EGFR

mutationer. I de fleste patienter med fremskredne, ubrugeligt lunge karcinom begrænset tumorprøver ofte repræsenterer det eneste materiale til rådighed for både histologisk skrive og molekylær analyse. Vi definerede en næste generation sekventering protokol målrettet til

EGFR

exoner 18-21 egnet til rutinemæssig diagnose af sådanne kliniske prøver. Protokollen blev valideret i en umarkeret serie af 80 små biopsier (n = 14) og cytologi (n = 66) prøver er repræsentative for det materiale, der normalt indsendt til diagnostisk evaluering tre indbringelsen medicinske centre i Italien. Prøver blev systematisk vurderet for tumorcelle antal og andel i forhold til ikke-neoplastiske celler. De blev analyseret i partier af 100-150 amplikoner pr løb og nåede en analytisk sensitivitet på 1% og opnå et tilstrækkeligt antal læser, til at omfatte alle exons på alle analyserede prøver. Næste generation sekventering blev sammenlignet med Sanger sekventering. Sidstnævnte identificeret 15

EGFR

mutationer i 14/80 tilfælde (17,5%), men har ikke fundet mutationer, når andelen af ​​neoplastiske celler var under 40%. Næste generation sekventering identificeret 31

EGFR

mutationer i 24/80 tilfælde (30,0%). Mutationer blev påvist med en andel af neoplastiske celler så lave som 5%. Alle mutationer identificeret af Sanger-metoden blev bekræftet. I 6 tilfælde næste generation sekventering identificerede exon 19 deletioner eller den L858R mutation ikke set efter Sanger-sekventering, tillader patienten, der skal behandles med tyrosinkinaseinhibitorer. I et yderligere tilfælde R831H mutation knyttet til behandling modstand blev identificeret i en

EGFR

vildtype tumor efter Sanger-sekventering. Næste generation sekventering er robust, omkostningseffektiv og i høj grad forbedrer påvisning af

EGFR

mutationer. bør fremmes dets anvendelse til den kliniske diagnose af mutationer i prøver med ugunstig indhold tumorceller

Henvisning:. de Biase D, Visani M, Malapelle U, Simonato F, Cesari V, Bellevicine C, et al. (2013) Next-Generation Sekventering af lungekræft

EGFR

Exon 18-21 Giver Effektiv Molekylær Diagnostik af Små rutineprøver (Cytologi og biopsi). PLoS ONE 8 (12): e83607. doi: 10,1371 /journal.pone.0083607

Redaktør: Pan-Chyr Yang, National Taiwan University, Taiwan

Modtaget: August 18, 2013; Accepteret: 5. november 2013; Udgivet: 23 december, 2013