PLoS ONE: Genome Wide Søg efter Gene-Gene Interactions i kolorektal cancer

Abstrakt

Genom-dækkende forening undersøgelser (GWAS) har med succes identificeret en række enkelt-nukleotid polymorfier (SNP) i forbindelse med kolorektal cancer (CRC) risiko. Men disse modtagelighed loci dag kendte forklare kun en lille del af den genetiske risiko. Gene-gen interaktion (GXG) anses for at være en kilde til manglende arvelighed. For at løse dette, vi udførte en genom-dækkende søgen efter parvis GXG forbundet med CRC risiko ved brug 8.380 tilfælde og 10,558 kontroller i opdagelsen fase og 2.527 tilfælde og 2.658 kontroller i replikation fase. Vi udviklede en enkel, men kraftfuld metode til test interaktion, som vi kalder den gennemsnitlige risiko på grund af Interaction (Ardi). Med denne metode gennemførte vi et genom-dækkende søgning for at identificere SNPs viser tegn for GXG med tidligere identificerede CRC modtagelighed loci fra 14 uafhængige regioner. Vi gennemførte også en genom-dækkende søgen efter GXG hjælp den marginale forening screening og undersøge samspillet mellem SNPs, der passerer grænsen screening (p 10

-4). For den kendte locus rs10795668 (10p14), fandt vi en interagerende SNP rs367615 (5q21) med replikering p = 0,01 og kombineret p = 4,19 × 10

-8. Blandt de øverste marginale SNPs efter LD beskæring (n = 163), identificerede vi et samspil mellem rs1571218 (20p12.3) og rs10879357 (12q21.1) (nominel kombineret p = 2,51 × 10

-6; Bonferroni justeret p = 0,03). Vores undersøgelse er den første omfattende søgning efter GXG i CRC, og vores resultater kan give ny indsigt i den genetiske ætiologi CRC

Henvisning:. Jiao S, Hsu L, Berndt S, Bézieau S, Brenner H, Buchanan D, et al. (2012) Genom-Wide Søg efter Gene-Gene Interactions i kolorektal cancer. PLoS ONE 7 (12): e52535. doi: 10,1371 /journal.pone.0052535

Redaktør: Zhaoxia Yu, University of California, Irvine, USA

Modtaget: September 25, 2012; Accepteret: November 15, 2012; Udgivet: 26 december, 2012