PLoS ONE: Methylering Markers af tidlige fase Ikke-småcellet lungekræft

Abstrakt

Baggrund

På trods af intens forskning i tidlig detektion af kræft, der er en mangel på biomarkører for pålidelig detektering af maligne tumorer, herunder ikke-småcellet lungekræft (NSCLC) . DNA methylering ændringer er almindelige og relativt stabilt i forskellige typer af kræft, og kan anvendes som diagnostiske eller prognostiske biomarkører.

Metoder

Vi udførte DNA methylering profilering af prøver fra 48 patienter med stadium I NSCLC og 18 matchende kræft-fri lung prøver ved anvendelse microarrays der dækker promotorregioner fra mere end 14.500 gener. Vi korreleret DNA methylering ændringer med genekspressionsniveauer og udførte overlevelse analyse.

Resultater

Vi observerede hypermethylering af 496 CpG’er i 379 gener og hypometylering af 373 CpG’er i 335 gener i NSCLC. Sammenlignet med adenocarcinom prøver, pladecellekræft prøver havde 263 CpG’er i 223 hypermethyleret gener og 513 CpG’er i 436 hypomethylated gener. 378 ud af 869 (43,5%) bindingssteder for CpG skelne NSCLC og kontrolprøver viste en omvendt korrelation mellem CpG websted methylering og genekspressionsniveauer. Som resultat af en overlevelse analyse, fandt vi 10 CpG’er i 10 gener, hvor methylering niveau adskiller i forskellige overlevelse grupper.

Konklusioner

Vi har identificeret et sæt gener med ændret methylering i NSCLC og fandt, at et mindretal af dem viste en omvendt korrelation med genekspression niveauer. Vi fandt også et sæt gener, der er forbundet med overlevelse af patienterne. Disse nyligt identificerede markør kandidater til den molekylære screening af NSCLC vil kræve yderligere analyse for at bestemme deres kliniske anvendelighed

Henvisning:. Lokk K, Vooder T, Kolde R, Valk K, VOSA U, Roosipuu R, et al. (2012) methylering Markører for early stage Ikke-småcellet lungekræft. PLoS ONE 7 (6): e39813. doi: 10,1371 /journal.pone.0039813

Redaktør: Alfons Navarro, University of Barcelona, ​​Spanien

Modtaget: November 6, 2011; Accepteret: 28. maj 2012; Udgivet: 29 juni, 2012