PLoS ONE: Genetisk variation i 15-Hydroxyprostaglandin dehydrogenase og tyktarmskræft Susceptibility

Abstrakt

Baggrund

15-Hydroxyprostaglandin dehydrogenase (15-PGDH) er en metabolisk antagonist af COX-2, katalysere nedbrydningen af ​​inflammation mediator prostaglandin E2 (PGE

2) og andre prostanoider. Nylige undersøgelser har etableret 15-PGDH genet som tyktarmskræft lyddæmper.

Metoder

Vi evaluerede 15-PDGH som tyktarmskræft modtagelighed locus i en tre-scenografi. Vi først genotypet 102 enkelt-nucleotid polymorfismer (SNP’er) i 15-PGDH-gen, der spænder over -50 kb op og nedstrøms for den kodende region, i 464 tyktarmskræft tilfælde og 393 populationskontroller. Vi derefter genotypet de samme SNP’er, og også analyseret ekspressionsniveauerne af 15-PGDH i colonvæv fra 69 uafhængige patienter, for hvem colon væv og parrede kimlinie DNA-prøver var tilgængelige. I den afsluttende fase 3, vi genotype de 9 mest lovende SNPs fra trin 1 og 2 i en uafhængig stikprøve på 525 sager og 816 kontroller (fase 3).

Resultater

I de to første etaper, tre SNP’er (rs1365611, rs6844282 og rs2332897) var statistisk signifikante (p 0,05) i kombineret analyse af association med risiko for tyktarmskræft og foreningsfrihed med 15-PGDH udtryk, efter korrektion for multiple test. For en ekstra SNP, rs2555639, viste T-allelen øget kræftrisiko og faldt 15-PGDH udtryk, men bare savnet statistisk signifikans (p-justeret = 0,063). I fase 3, rs2555639 alene viste tegn på forbindelse med en odds ratio (TT i forhold til CC) på 1,50 (95% CI = 1,05-2,15, p = 0,026).

Konklusioner

Vores data tyder på, at rs2555639 T-allelen er forbundet med øget risiko for tyktarmskræft, og at bærere af denne risiko allel udstilling nedsat ekspression af 15-PGDH i tyktarmen

Henvisning:. Thompson CL, Fink SP, Lutterbaugh JD , Elston RC, Veigl ML, Markowitz SD, et al. (2013) Genetisk Variation i 15-Hydroxyprostaglandin dehydrogenase og tyktarmskræft følsomhed. PLoS ONE 8 (5): e64122. doi: 10,1371 /journal.pone.0064122

Redaktør: Xiao-Ping Miao, MOE Key Laboratory for Miljø og Sundhed, Institut for Folkesundhed, Tongji Medical College, Huazhong Universitet for Videnskab og Teknologi, Kina

modtaget: 16 jan 2013; Accepteret: April 10, 2013; Udgivet: May 22, 2013 |

Copyright: © 2013 Thompson et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af National Cancer Institute (tilskud K07 CA136758 til CLT, R01 CA136726 til LL) og Case Comprehensive Cancer center (P30 CA043703). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

tyktarmskræft er slutresultatet af en flertrinsproces af genetiske og epigenetiske ændringer resulterer i aktiveringen af ​​onkogene veje samt inaktivering af tumor suppressor pathways [1]. En vigtig hændelse under progression af tyktarmskræft er opreguleringen af ​​cyclooxygenase-2 (COX-2) oncogenet [2], [3], [4], [5]. COX-2 katalyserer omdannelsen af ​​arachidonsyre til PGH

2, som er et mellemprodukt substrat for en række bioaktive prostaglandiner, herunder PGE

2 [6], [7], den dominerende prostaglandin fundet i coloncancer væv [8]. Flere linjer af beviser tyder på, at den øgede produktion af PGE

2 medierer onkogene effekt af COX-2 [7], [9], [10], [11].

15-Hydroxyprostaglandin dehydrogenase ( 15-PGDH) er det hastighedsbegrænsende enzym i nedbrydningen af ​​prostaglandiner, herunder PGE

2, og direkte modvirker COX-2 onkogen vej af prostaglandin produktion [12]. 15-PGDH er højt udtrykt i normal colon mucosa, reguleres gennem TGF-β tumor suppressor pathway, og undergår tab af ekspression i colon cancer [13], [14]. Vi har tidligere demonstreret tumorsuppressorfunktion af 15-PGDH, at fastslå, at re-ekspression af 15-PGDH i en coloncancercellelinie blokke tumorvækst efter injektion i athymiske mus, og at udskære murine 15-PGDH resulterer i en forøget udvikling af colon tumorer [13], [15]. Desuden er der i humane undersøgelser fandt vi en betydelig 12-fold forskel i rektal 15-PGDH blandt personer med laveste til højeste 15-PGDH udskrift niveauer, og at lave niveauer af rektal 15-PGDH var forbundet med øget kolorektal adenom (en forløber til tyktarmskræft) gentagelser [16].

Disse resultater fik os til at undersøge, om nedarvet genetisk variation på 15-PGDH locus ville forklare den brede befolkning variation i niveauerne af colon 15-PGDH, og vil også være forbundet med risiko for at udvikle tyktarmskræft. Vi evaluerede foreningen med tyktarmskræft risiko for SNP-markører, der spænder over -50 kB opstrøms til -40 kB nedstrøms for 15-PGDH gen kodende region i en populationsbaseret case-kontrol undersøgelse i to faser. Vi derefter testet disse samme SNPs for deres foreninger med ekspressionsniveauer af 15-PGDH i kolon væv i en separat patientpopulation.

Materialer og Metoder

Study Design

Vi ansat en 3 fase studie design for dette projekt. I første fase, vi undersøgte alle kendte SNP’er i de 15-PGDH gen, der spænder over 50 kb opstrøms til 40 kb nedstrøms, for association med risiko for tyktarmskræft i en population-baserede case-kontrol undersøgelse. I anden fase, vi evaluerede sammenslutningen af ​​disse samme SNP’er med 15-PGDH ekspression i colon epitel væv fra en uafhængig stikprøve af patienter. Vi brugte så en meta-analyse tilgang til at kombinere resultaterne fra fase 1 og 2 med henblik på at identificere de mest lovende SNPs at bevæge sig fremad i fase 3. I fase 3 vi genotype disse top SNPs i en ny prøve af patienter med tyktarmskræft og befolkning styrer til validering.

Patient populationer

for foreningen analyse af 15-PGDH SNPs med risiko for tyktarmskræft, blev hændelsen sager identificeret fra staten Kentucky Surveillance, Epidemiologi og End Results ( SEER) registreringsdatabasen. Kontroller blev rekrutteret gennem tilfældige tal opkald og ven henvisninger. Rekrutteringen af ​​denne undersøgelse population blev beskrevet mere detaljeret tidligere [17]. Samlet denne undersøgelse befolkning er ca. 94% kaukasiske [17]. For at minimere effekten af ​​befolkningen lagdeling og øge homogenitet, begrænsede vi vores analyser kun enkeltpersoner selvrapportering som kaukasiere. For opdagelsen sæt (fase 1), blev forsøgspersonerne rekrutteret i perioden februar 2003 til december 2005 og omfattede 464 tilfælde og 393 kontroller selvrapportering som kaukasisk. Den replikation sæt (bruges i fase 3) omfattede 525 kaukasiske tilfælde og 816 kaukasiske kontroller rekrutteret fra januar 2006 til juni 2010. Alle deltagere forudsat skriftligt informeret samtykke, gennemført en omfattende risikofaktor spørgeskema og doneret en blodprøve. Fuldblod blev sendt til forskningslaboratorium på Case Western Reserve University natten over og behandles straks. DNA blev isoleret fra fibrinlag adskilt fra fuldblod indsamlet i standard ETDA rør.

For at undersøge virkningen af ​​SNP’er på væv genekspression (trin 2), normal colon vævssnit blev opsamlet fra 69 kaukasiske patienter rekrutteret på University Hospitaler Case Medical center (UHCMC). Alle deltagere forudsat informeret samtykke. RNA og DNA fra vævsprøverne blev fremstillet ved ekstraktion med guanidinisothiocyanat som tidligere beskrevet [18]. Totalt cellulært RNA og genomisk DNA blev separeret ved ultracentrifugering af ekstrakten gennem en cæsium pude. Begge undersøgelser blev godkendt af UHCMC institutionelle Review Board.

Genotypning

Vi omfattede alle kendte SNPs fra 50 kb opstrøms til 40 kb nedstrøms for 15-PGDH at der på tidspunktet for at indlede vores undersøgelse var opført som Illumina Golden Gate valideret, og for hvilke ABI TaqMan assays var til rådighed. ABI TaqMan kemi blev anvendt til at genotype disse prøver ifølge fabrikantens protokol. Specifikt blev 2 pi prøver indeholdende 5-10 ng DNA overført fra 96-brønds reservoir plader til 384-brønds assayplader for hver enkelt væsen genotype. Multiple 384-brønds plader blev genereret; DNA’et blev tørret ned, pladerne forsegles, og frosset indtil analyse. En 5 pi alikvot af Master Mix, Probe Primer blev af robotter tilsat til hver brønd i en plade med 384 brønde, der tidligere belagt med DNA. PCR [40 cykler] blev udført på en ABI GeneAmp PCR System 9700 Dual Hoved Instrument og endepunkt læsninger blev udført under anvendelse af ABI 7900 Sequence Detection System (SDS). Da TaqMan Kemi er en PCR-baseret procedure blev alle assay blandinger fremstillet på en amplikon-fri plads for at undgå forurening.

For at sikre datakvaliteten, hver SDS-fil var individuelt revideret før dataene blev eksporteret til at sikre den baseline er korrekt indstillet. I 384-brønd assay layout, blev den sidste kolonne i pladen forbeholdt vand emner for at sikre ingen forurening opstået under plating. DNA-prøver, enten fra Coriell eller fra vores egen database, med kendte genotyper for SNPs blive afhørt i denne undersøgelse blev inkluderet på hver analyse plade til at tjene som positive kontroller og til at identificere de 3 genotyper. Fire gentagne prøver blev inkluderet i opdagelsen prøve (fase 1) og kolon vævsekspression prøve (fase 2), som blev genotypebestemt samtidig, og 29, der udtages indgik i valideringen prøve (fase 3) for at bekræfte korrekt genotypebestemmelse i Studiet. Genotype konkordans af gentagelser og kontrolprøver blev bekræftet. Hvis 100% konkordans ikke blev observeret, blev de primære datafiler revideret og typisk analysen blev gentaget. Den samlede takst var 94,6% (detaljer i tabel S1).

Kvantitative Real-Time PCR Måling af 15-PGDH

Integritet af isolerede total RNA blev kontrolleret ved hjælp af en Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent teknologier, Santa Clara, CA) og koncentrationer blev bestemt under anvendelse af et ND-1000 Spectrophotometer (NanoDrop, Wilmington, DE). Alle revers transkription kvantitative real-time PCR assays blev udført at følge de retningslinjer MIQE [19]. cDNA blev syntetiseret ud fra 1 ug af input RNA ved anvendelse AMV revers transkriptase (Roche, Indianapolis, IN) ved at følge fremstiller anbefalede protokol. Real-time PCR måling af 15-PGDH blev udført ved anvendelse af human hydrolyse Probe /primer sæt Hs00168359_m1 (HPGD, NM_000860) fra Applied Biosystems (Foster City, CA). En 25 pi reaktionsblanding indeholdt 1 pi (40 ng) af cDNA skabelon og fortyndet 1:20 en individuel primer /probe sat i 1X Supermix (Bio-Rad, CA) og blev kørt på en CFX96 optiske modul (Biorad, Hercules , CA). Termisk cykling for alle assays var 95 ° C i 4 min, efterfulgt af 50 cykler ved 95 ° C i 15 sek og 60 ° C i 1 min. Cytokeratin 20 (KRT20), en markør for colon epitel cellemasse, blev anvendt som reference genet for normalisering og blev amplificeret under anvendelse af humane KRT20 (NM_019010) hydrolyse primer /probe sættet Hs00300643_m1 fra Applied Biosystems efter de samme reaktionsbetingelser ovenfor. KRT20 blev valgt, fordi det er en specifik markør for colon epithelial masse [7], [15], [16], samt at have ensartet ekspression ved microarray analyse på 16 normale colon vævsbiopsier og colon-crypt epitelceller isoleret fra en yderligere 5 normale biopsiprøver (Markowitz, upublicerede data). For hver revers transkription reaktion, blev 15-PGDH og KRT20 kvantificering cyklus (Cq

15-PGDH og Cq

KRT20) værdier bestemt som de gennemsnitlige værdier fra tre uafhængige real-time PCR-reaktioner. Det samlede niveau af 15-PGDH RNA-ekspression blev bestemt som forholdet mellem 15-PGDH: KRT20 = 2 exp (Cq

15-PGDH-Cq

KRT20). RNA, som ikke var blevet underkastet revers transkriptase trin, samt en vandprøve, der blev ført gennem den reverse transkriptase trin blev anvendt som negative kontroller og var negative for alle analyser udført.

Statistiske analyser Salg

for kvalitetskontrol, blev hver SNP testet for afvigelse fra Hardy-Weinberg ligevægt (HWE) i kontrolgruppen befolkning via en chi-square test af forskel fra forventning. SNPs, der viste tegn på afvigelse fra HWE (p 0,05), blev udelukket fra yderligere analyser

Odds ratio (OR) og 95% konfidensintervaller (CI) for tyktarmskræft blev vurderet via en logistisk regression kontrollerende for alder. og køn. I de logistiske regressioner, blev allelen mere almindelige i de tilfælde (sammenlignet med kontroller) betragtet risikoen allel. For hver SNP blev individer kodet som 0, 1 eller 2, der repræsenterer antallet af risikofaktorer alleler på det sted. De odds ratio blev beregnet for at have en risiko allel og for at have to risikofaktorer alleler, forhold til at have nogen risiko alleler. Den samlede p-værdi blev beregnet for p-værdien af ​​den tendens til risikoen pr række risikofaktorer alleler (additive model)

Forskellen i den gennemsnitlige 15-PGDH væv udtryk for hver af de tre mulige genotyper for hver SNP blev evalueret under anvendelse af en envejs ANOVA med to frihedsgrader. I betragtning af at vi testede vores

a priori

hypotese, at risikoen allelen er forbundet med nedsat 15-PGDH udtryk vi rapporterede ensidige p-værdier. Når risikoen allelen viste højere udtryk blev en p-værdi på 1 tildelt.

For at afgøre, hvilke SNPs viste den mest bevis på både sammen med 15-PGDH udtryk og risiko for tyktarmskræft, brugte vi Fishers metode til at kombinere p-værdier [20] fra opdagelsen SNP forenings- og ytringsfriheden analyser. Fisher metode muliggør at kombinere p-værdier, især i etapevis analyse, at drage lignende inferens ved hjælp af forskellige statistiske beregnet ud fra de samme prøver. Hver af de statistikker, kombineret tester et andet aspekt af den biologiske hypotese under efterforskning. Effekt kan forbedres ved at kombinere p-værdierne for de forskellige prøver. For at løse flere test, så udnyttede vi den falske opdagelse sats (FDR) metode Benjamini og Hochberg [21] for de kombinerede p-værdier.

De øverste 9 SNPs identificerede blev derefter vurderet for association med risiko tyktarmskræft i replikation indstilles med de samme statistiske metoder som opdagelsen sæt. Vi kombinerede resultaterne fra det første og andet case-kontrolprøver ved anvendelse af en tilfældig effekt model. Alle statistikker undtagen metaanalysen blev beregnet ved hjælp af SAS 9.2 og p-værdier 0,05 blev betragtet som statistisk signifikant

Resultater

SNP-Colon Cancer Association Discovery

Sager. i fase 1 var mere tilbøjelige til at være mandlige og var i gennemsnit ældre end kontrollerne (tabel 1). Af de 102 SNPs evalueret i opdagelsen befolkning, 25 var enten monomorf eller havde en MAF 5% i vores befolkning. Af de resterende blev to anset for at være ud af HWE, og 1 havde ringe sats 80%. Disse 28 SNPs blev udelukket fra alle yderligere analyser. Blandt de resterende 75 SNPs blev 8 signifikant associeret med tyktarmskræft risiko i den logistiske regressionsmodel på p 0,05 (ikke justeret for multipel testning) niveau (tabel S1): rs1365611, s 0,0001; rs6844282, p 0,0001; rs2332897, p 0,0001; rs10520282, p = 0,0035; rs1426936, p = 0,012; rs34299544, p = 0,024; rs2555639, p = 0,038; og rs5007089, p = 0,046. Alle resultater er angivet i tabel S1, og fem af disse, der mødte kriterierne for optagelse i replikation sæt (baseret på resultater i både risiko forening og tyktarmen væv genekspression eksperiment, se også nedenfor) er beskrevet i tabel 2.

Association med 15-PGDH Expression

Den samme komplette sæt af 102 SNPs blev evalueret for association med væv ekspressionsniveauer af 15-PDGH i et uafhængigt sæt af 69 patienter (fuldstændige resultater i tabel S2). Af disse patienter, 38 (55%) var mænd og 31 (45%) var kvinder. Gennemsnitsalderen var 70,1 (SD = 13,8), og aldersgruppen var 18-94. Af de 102 genotypede SNPs, to mislykkede QC og 14 var monomorft. Disse blev udelukket fra yderligere analyser. Af de resterende 84 SNP’er blev fire statistisk signifikant korreleret med ekspressionsniveauer ved P 0,05 (Tabel S2). Detaljerede udtryk resultater er fastsat for de samme 9 SNPs udvalgt til validering (se også nedenfor) i tabel 3.

Ved at kombinere p-værdier fra ytringsfrihed og foreningsfrihed resultater ved hjælp af Fishers metode, den 9 mest statistisk signifikante SNP’er (tabel 2), blev udvalgt til validering ved at teste for association med risiko tyktarmskræft i en uafhængig replikation sæt af sager og kontroller. Af disse top 9 væsentligste SNPs, 3 (rs1365611, rs6844282 og rs2332897) forblev signifikant efter justering for multiple test (tabel 3) (rs1365611 p = 0,038, rs6844282 p = 0,038 og rs2332897 p = 0,032), og endnu havde en multiple test justeret p-værdi på lidt over 0,05 (rs2555639, p = 0,063).

validering Association

i fase 3 validering prøve, sager var mere tilbøjelige til at være mandlige og var ældre, på gennemsnit, end kontrollerne, som i fase 1 (tabel 1). De øverste 9 SNPs, baseret på de kombinerede p-værdier, der viser tegn på association med tyktarmskræft risiko og /eller 15-PGDH udtryk i tyktarmen, blev udvalgt til validering i det uafhængige sæt af 525 patienter tyktarmskræft og 816 kontroller. Af disse SNP’er, rs2555639 viste statistisk signifikant evidens for sammenhæng med risiko tyktarmskræft på p. 0,05 niveau (via en logistisk regressionsanalyse) (tabel 4)

Ved at kombinere data fra case-kontrol opdagelse og validering befolkninger, vores data tyder på, at have to eksemplarer af T allel af rs2555639 giver en anslået 58% (95% CI: 19% -109%, p = 0,0015) stigning i odds på tyktarmskræft sammenlignet med personer med to kopier af C-allel (tabel 5). Endvidere er rs2555639 T allelen også forbundet med nedsat ekspressionsniveauer af den 15-PGDH tumorsuppressorgen (tabel 3, p = 0,012),

Diskussion

Her præsenterer vi beviser af sammenhængen mellem T allel af de 15-PGDH rs2555639 SNP og risiko for tyktarmskræft i et iscenesat studie design. Denne allel blev også forbundet med nedsat 15-PGDH ekspression i colon væv i en uafhængig patientpopulation. Denne SNP maps 17.74 Kb opstrøms for 5 ‘UTR af 15-PGDH-genet, i den formodede regulatoriske region af genet (fig. 1). Vores undersøgelse fremhæver derfor betydningen af ​​at overveje genetisk variation i promotorområder ved vurderingen af ​​sammenslutningen af ​​nedarvet variation med disposition til sygdom.

Mens rs2555639 var den eneste SNP, der væsentligt var forbundet med risiko for tyktarmskræft i hver af opdagelsen og validering sætter uafhængigt, flere andre SNPs havde meget signifikant sammenhæng med risiko, når man kombinerer data fra opdagelse og validering prøver (tabel 5), herunder rs1365611 (OR = 1,73, 95% CI: 1,26-2,37, p = 0,0008 ), rs6844282 (OR = 1,42, 95% CI: 1,10-1,83, p = 0,0078), og rs2332897 (OR = 1,74, 95% CI: 1,27-2,38, p = 0,0006). Opdagelsen og replikation sæt viser dog tegn på heterogenitet (tabel 5), og disse 3 SNPs var ikke signifikant i valideringen prøven. Yderligere undersøgelse med en større stikprøve vil være påkrævet, før endelige konklusioner kan nås med hensyn til foreningen af ​​disse tre yderligere SNPs med risiko for tyktarmskræft.

SNP rs2555639 falder i en meget lille LD blok, med dårlige korrelationer med nabolandene SNPs. Dette kan forklare, hvorfor ingen andre SNPs i tagging panel testede vi var signifikant associeret med risiko for sygdom (fig. 2). Af samme grund, ville rs2555639 være usandsynligt at have været påvist i tidligere genom-dækkende forening undersøgelser (GWAS), der påberåbes markeringer af paneler af tagging SNP’er, og kunne ikke finde en statistisk signifikant sammenhæng i de 15-PGDH region [22] , [23], [24].

LD plot af alle SNPs udvalgt til replikation i alle kaukasiske prøver. Værdier inden bokse er korrelationer (R

2).

Ligeledes tidligere kandidat gen studier i foreningen af ​​den 15-PGDH SNPs med risiko tyktarmskræft også undladt at opdage rs2555639. Disse tidligere undersøgelser identificeret to SNPs i PGDH – rs2612656 og rs8752 – individuelt viser signifikant sammenhæng med tyktarmskræft risiko [25]. Men hverken blev gentaget i en validering undersøgelse [26]. Begge disse to tidligere undersøgelser begrænsede regionen undersøgt til enten kroppen af ​​15-PGDH gen eller til kun 5 kb flankerende genomisk sekvens [25], [26]. Således ville ingen af ​​disse undersøgelser har opdaget sammenslutningen af ​​rs2555639 med risiko tyktarmskræft. En anden tidligere undersøgelse evaluerede sammenslutning af kun to ikke-synonyme kodende SNP’er i 15-PGDH med colonadenom risiko [27]. Vi har ikke vurdere sammenslutning af disse SNPs med risiko for tyktarmskræft i vores undersøgelse på grund af deres lave mindre allelfrekvenserne (3% og 1%, henholdsvis).

En begrænsning af vores undersøgelse er, at vi kun evalueret sammenslutningen af ​​15-PGDH locus SNPs med tyktarmskræft risiko blandt individer selvrapportering som kaukasisk, som er overvejende af europæisk afstamning. Vi er således i stand til at vurdere, om sammenslutningen af ​​rs2555639 med både tyktarmskræft risiko og 15-PGDH udtryk besidder i andre racemæssige grupper. Desuden har vi udelukket SNP’er med en mindre allel frekvens mindre end 5%. Dette, kombineret med vores relativt lille opdagelse stikprøvestørrelse, kan have begrænset vores evne til at opdage enhver sammenslutning til enten sjældne 15-PGDH varianter eller til mere almindelige varianter med meget lave effekter. En anden potentiel begrænsning er, at både vores fase 1 og fase 3 prøver blev trukket fra staten Kentucky befolkning. Validering af vores resultater i andre uafhængige, ikke-Kentuckian populationer er således berettiget.

Den vigtige rolle af COX-2 og den arachidonsyre-vejen i udviklingen af ​​tyktarmskræft er veletableret, som er den rolle 15 -PGDH som en metabolisk suppressor af COX-2 reaktionsvejen og en coloncancer-gen [4], [5]. I denne undersøgelse har vi vist bevis for nedarvede variationer i 15-PGDH-genet i potentielt regulering 15-PGDH ekspressionsniveauer i tyktarmen samt giver modtagelighed for tyktarmskræft. Vi har identificeret en enkelt SNP, rs2555639, 17,74 kb opstrøms for 5 ‘UTR af 15-PGDH-genet, som er forbundet både med lavere colon 15-PGDH ekspression og med øget risiko for tyktarmskræft. Denne undersøgelse illustrerer fordelen ved at kombinere test af SNP forbindelse med væv 15-PGDH udtryk og med risiko for sygdom, da dette kombinerede fremgangsmåde har givet os mulighed for at identificere den 15-PGDH rs2555639 T allel som en potentielt funktionelt og roman tyktarmskræft modtagelighed variant i en 3-trins undersøgelse på trods af de beskedne stikprøvestørrelser af både forsknings- og replikation case-kontrol sæt. Vi skal understrege, at vi brugte α = 0.05 som cut-off til at erklære replikation betydning i valideringsfasen uden yderligere justering for multiple test. Selvom validering SNPs blev udvalgt på grundlag af den kombinerede beviser fra trin 1 og 2 for deres tilknytning til både risikoen for tyktarmskræft og 15-PGDH væv udtryk, skal der udvises forsigtighed ved fortolkning vores replikation resultater. Ikke desto mindre bør vores resultater stimulere yderligere undersøgelser for at validere rs25556399 variant som disponerer til tyktarmskræft i andre uafhængige populationer, samt at undersøge andre SNP varianter i 15-PGDH locus i udviklingen af ​​tyktarmskræft.

Støtte Information

tabel S1.

Complete SNP-Colon Cancer Association Resultater i Discovery Befolkning. Distribution (N (%)) af homozygot større allel, heterozygot og homozygot mindre allel, og OR af homozygot risiko (defineret som mere almindeligt i de tilfælde, i forhold til kontroller) vs. homozygot henvisning

doi:. 10,1371 /journal.pone. 0064122.s001

(DOCX)

tabel S2. Salg Komplette SNP-Expression Resultater i vævsprøve Befolkning

doi:. 10,1371 /journal.pone.0064122.s002

(DOCX)